공급받은 자를 정정하여 수정신고한 세금계산서 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 사립학교법에 의하여 설립된 비영리법인으로 1946.12.19. 부가가치세 면세사업자로서 고유번호(○○○)를 부여받아 부가가치세 면세사업을 영위하고 있으며, 산하에 고등교육사업을 운영하는 ○○○대학교를 설치·운영하고 있는데, ○○○대학교는 1946.12.18. 별도의 고유번호(○○○)를 부여받아 부가가치세 면세사업을 영위하여 왔다.
• 나. 청구법인은 ○○○대학교 내에서 수익사업을 영위하기 위하여 2003년초부터 주차장 신축공사를, 2004년초부터 종합복지관 신축공사를 각각 착공하였고, 2004.3.1. 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 하고 면세사업의 고유번호와는 별도의 등록번호(○○○)를 부여받았으나, 위 주차장 및 종합복지관 신축사업 관련 매입세금계산서를 청구법인의 등록번호로 수취하지 아니하고, 위 ○○○대학교 명의의 면세사업자 고유번호로 수취하였다가, 2006년 12월경 청구법인이 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 한 날 이후에 ○○○대학교 명의로 수취한 매입세금계산서에 대하여 ‘착오 정정’을 이유로 공급받는 자를 청구법인으로 수정한 공급가액 32,838,613,636원 상당의 수정세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받고, 2007.1.23. 처분청에 ‘쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하여 청구법인이 기납부한 2004년 1기부터 2006년 1기까지의 부가가치세 중 1,640,876,584원을 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 공급받는 자를 ○○○대학교에서 청구법인으로 수정한 쟁점세금계산서는 착오에 의한 수정세금계산서 교부대상이 아니어서 경정청구에 의한 매입세액 공제대상에 해당되지 않는다고 보아 2007.4.16. 청구법인에게 ‘경정할 이유가 없다’는 뜻을 통지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2007.7.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장·

○○○대학교는 청구법인이 청구법인의 정관에 설치된 목적을 달성하기 위하여 산하에 설치한 고등교육기관으로, 학교에 속하는 회계를 청구법인에 속하는 회계와 별도로 구분·관리하기 위하여 편의상 청구법인과는 별도로 고유번호를 부여받은 것일 뿐, 사실상 별도의 법인격이 부여되지 아니한 청구법인의 산하조직 일부로서 청구법인과 동일체에 해당되어 부가가치세가 과세되는 재화나 용역의 공급기능 등을 독립적으로 수행할 수 있는 사업주체에 해당되지 아니하고, 이 건 수익사업용 주차장과 종합복지관의 신축사업 및 운영사업 주체는 청구법인이므로 청구법인이 실제 용역을 공급받는 자에 해당되나, 청구법인은 당초 착오에 의하여 ○○○대학교의 고유번호로 세금계산서를 수취한 것이므로 공급받는 자를 청구법인으로 정정한 쟁점세금계산서는 정당한 수정세금계산서로 보아야 하며, 청구법인은 사업자등록일 이후 공급분에 대하여만 수정세금계산서를 교부받아 쟁점세금계산서상의 매입세액은 등록전 매입세액에도 해당되지 아니하므로 청구법인의 매입세액으로 공제되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 ○○○대학교가 청구법인의 산하조직의 일부에 해당된다고 주장하나, 청구법인과 별도로 고유번호를 부여받은 독립된 사업주체로 보아야 하고, 위 주차장과 종합복지관 신축사업과 관련된 건축허가와 계약 및 발주 등이 청구법인에서 이루어졌다 하더라도 건물신축 용역이 ○○○대학교 사업장 내에서 이루어져 동 주차장 및 종합복지관 신축과 관련된 매입세금계산서는 ○○○대학교 명의로도 수취할 수도 있다고 보이므로 공급받는 자를 ○○○대학교에서 청구법인으로 정정하는 것은 단순한 기재사항의 착오로 볼 수 없어 오류 정정에 따른 수정세금계산서 교부대상이 아니라고 보이며, 청구법인은 사업자등록일 이후 공급분에 대하여만 수정세금계산서를 교부받았으므로 쟁점세금계산서상의 매입세액이 등록전 매입세액에 해당되지 않는다고 주장하나, 청구법인의 과세사업 등록 여부와 관계없이 당초 세금계산서를 교부받은 ○○○대학교가 과세사업으로 등록하지 아니하여 쟁점세금계산서상의 매입세액은 등록전 매입세액에 해당된다고 보이므로 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하지 아니한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 공급받는 자를 정정하여 수정신고한 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 3년이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

○ 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제4조 【신고·납세지】

① 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하여야 한다.

○ 제5조 【등록】

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.

② 사업장 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 등록번호가 부여된 등록증(이하 "사업자등록증"이라 한다)을 교부하여야 한다.

○ 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2.~4. (생략)

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

○ 부가가치세법시행령(2006.7.21. 대통령령 제19619호로 개정되기 전의 것) 제4조 【사업장의 범위】

① 법 제4조 제1항에 규정하는 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각호의 사업에 있어서는 당해 각호에 규정하는 장소를 사업장으로 한다.

4. 부동산임대업에 있어서는 그 부동산의 등기부상의 소재지. 다만, 부동산상의 권리만을 대여하거나 다음 각목의 1에 해당하는 사업자가 부동산을 임대하는 경우에는 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소로 한다.

○ 제7조 【등록신청과 등록증교부】

① 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록하고자 하는 사업자는 사업장마다 다음 각호의 사항을 기재한 사업자등록신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

3. 사업개시연월일 또는 사업장설치 착수연월일

○ 제8조 【등록번호】

① 법 제5조 제2항에 규정하는 등록번호는 사업장마다 관할세무서장이 부여한다.

② 관할세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제20조 제3항 또는 제4항에 규정하는 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다.

○ 제53조 【세금계산서】

① 제16조 제1항 제5호의 규정에 의하여 세금계산서에 기재할 사항은 다음 각호와 같다.

2. 공급받는 자의 상호·성명·주소 2의2. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

② 재화 또는 용역을 공급받는 자가 사업자가 아닌 경우에는 법 제16조 제1항 제2호의 등록번호에 갈음하여 제8조 제2항의 규정에 의하여 부여받는 고유번호 또는 공급받는 자의 주소·성명 및 주민등록번호를 기재하여야 한다.

○ 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

○ 제60조 【매입세액의 범위】

① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.1의4. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

⑧ 법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.

⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일이내의 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 정관에 의하면, 청구법인은 대한민국의 교육이념에 의거하여 고등교육을 실시함을 목적으로 설립되었고(제1조), 설립목적 달성을 위하여 산하에 ○○○대학교를 설치·경영하기로 하였으며(제3조), 회계는 법인에 속하는 회계와 학교에 속하는 회계로 구분하되, 법인에 속하는 회계는 일반회계와 수익사업회계로 구분하여 이사장이 집행하고, 학교에 속하는 회계는 학교장이 집행하도록 한(제9조) 내역이 기재되어 있다.

(2) 처분청 전산자료에 의하면, 청구법인과 ○○○대학교의 고유번호 및 등록번호 부여내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인과 ○○○대학교의 고유번호 및 등록번호 부여내역 법인명 고유번호(등록번호) 개업일 부가가치세 과세여부 주업종 청구법인 000-82-00000 1900.00.00. 면세

○○○대학교 000-82-00000 1900.00.00. 면세 청구법인 000-82-00000 2004.00.00. 과세 서비스/주차장

(3) 청구법인이 제출한 토지 등기부등본에 의하면, ○○○대학교용 부지로 사용되고 있는 ○○○ 학교용지는 모두 청구법인의 소유로 되어 있고, 청구법인은 ○○○대학교 내에서 수익사업을 영위하기 위하여 2003.2.19. ○○○주식회사와 ○○○대학교 대주차장 신축공사 도급계약을 체결하고, 2004.3.12. ○○○주식회사와 종합복지관 신축공사 도급계약을 체결하였으며, 관할 ○○○구청장으로부터 2002.6.19. 및 2003.5.14. 위 주차장 및 종합복지관의 증축 및 신축과 관련된 건축허가를 받았는 바, 동 공사 도급계약서, 동 공사와 관련된 건축설계 및 공사감리 계약서, 건축허가서 등에 의하면, 동 공사의 대지위치는 ○○○ 일대(○○○대학교 부지내)로 표시되어 있으나, 동 공사의 시공사 및 건축주는 모두 청구법인으로 되어 있으며, 증축 및 신축된 주차장 및 종합복지관은 2005.11.21. 및 2005.9.27.자로 사용승인을 받고, 모두 청구법인의 명의로 소유권 보존등기를 한 것으로 확인된다.

(4) 위와 같이 공사를 수행하는 과정에서 청구법인은 2004.3.1.자로 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 하고, 별도의 등록번호를 부여받았으나, 위 주차장 및 종합복지관 신축과 관련된 세금계산서를 모두 청구법인의 등록번호로 수취하지 아니하고, ○○○대학교(고유번호 ○○○)의 명의로 교부받았다가, 청구법인이 부가가치세 과세사업자로서 등록번호를 부여받은 2004.3.1.이후에 교부받은 세금계산서에 대하여 공급받는 자를 ○○○대학교(고유번호 ○○○)에서 청구법인(등록번호 ○○○)으로 수정한 수정세금계산서를 교부받아 2007.1.23. 처분청에 동 수정세금계산서상의 매입세액을 청구법인의 매입세액으로 인정하여 줄 것을 요청하는 내용의 경정청구서를 제출하였는 바, 각 과세기간별 수정세금계산서 수취내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 각 과세기간별 수정세금계산서 수취내역 (단위: 원) 과세기간 수정세금계산서 수취금액 경정청구세액 (공통매입세액 안분액가감후) 비고 공급가액 세액 2004년 1기 7,492,931,819 749,293,181 893,242,889 사업자등록일 이전에 수취한 세금계산서에 대하여는 경정청구 하지아니함 2004년 2기 7,766,681,817 776,668,181 229,097,527 2005년 1기 6,234,863,636 623,486,363 183,912,754 2005년 2기 8,308,681,818 830,868,181 245,085,160 2006년 1기 3,035,454,546 303,545,454 89,538,254 합계 32,838,613,636 3,283,861,363 1,640,876,584

(5) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, (가) 청구법인은 청구법인과 ○○○대학교가 사실상 동일한 사업자라고 주장하고 있으나, 청구법인의 정관 및 등기부 기재내용으로 보아 ○○○대학교는 청구법인의 산하기관으로서 민법상 별도의 법인격을 부여받은 것은 아닌 것으로 보이지만 부가가치세법상으로는 청구법인과 별개의 고유번호를 부여받았으므로 청구법인과는 별개의 부가가치세 비과세 사업자로서 독립적으로 계산서나 세금계산서를 수취할 수 있다고 보이고, 청구법인은 부가가치세 면세사업을 영위하다가 2004.3.1. 부가가치세 과세사업자로서 사업자등록을 하고 별도의 등록번호를 부여받았으므로 2004.3.1. 이후에는 사실상 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자의 지위를 확보하였다고 볼 수 있다. 따라서, 이 건 수정세금계산서는 당초 세금계산서를 교부받았던 ○○○대학교가 교부받아야 하나, ○○○대학교가 부가가치세 과세사업자로서 사업자등록을 하지 아니하였으므로 ○○○대학교의 입장에서 보면 쟁점세금계산서상의 매입세액은 등록전 매입세액에 해당된다. (나) 청구법인은 이 건 당초 세금계산서가 단순한 기재착오에 의하여 필요적 기재사항 중 공급받는 자가 사실과 다르게 기재되었으므로 이 건 공급받는 자가 수정된 쟁점세금계산서를 청구법인이 수취할 수 있다고 주장하나, 동일한 거래에 대하여는 하나의 세금계산서를 수수하는 것이 원칙이고, 부가가치세법시행령 제59조 소정의 수정세금계산서는 같은법 제9조에서 정한 거래시기에 교부받은 세금계산서에 한하여 교부할 수 있도록 되어 있어 제9조에서 정한 거래시기에 세금계산서를 교부받은 사실이 없는 사업자는 수정세금계산서도 교부받을 수 없다고 할 것이므로(○○○, 2006.12.12. 참조), 당초 공급시기에 세금계산서를 교부받은 사실이 없는 청구법인은 이 건 용역을 실제로 공급받았는지 여부에 불구하고 수정세금계산서도 교부받을 수 없다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다. 따라서, 공급받는 자가 수정된 쟁점세금계산서상의 매입세액은 청구법인의 매입세액으로 공제하기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.