신축주택 감면시, 5년간 발생 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 차감할 수 있는지

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1999.1.19. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지(건물 111.13㎡ 대 29.75㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 분양․취득하여 이를 보유하여 오다가 취득일로부터 5년이 경과한 2006.11.21. 김○○에게 양도하였다. 이후 청구인은 2007.1.29. 쟁점주택 양도에 대해 조세특례제한법 제99조제1항 에 의해 양도소득세가 감면되는 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 쟁점주택 양도소득금액에서 직접 차감하여 과세표준을 산정하고, 그에 따라 계산한 4,040,429원을 납부세액으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조제1항 의 규정에 따른 양도소득세 감면대상인 신축주택에 해당하나, 소득세법 제90조 의 규정에 따라 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액이 과세표준에서 차지하는 비율에 상당하는 양도소득세를 면제하는 것이라 하여 2007.3.15. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 4,025,330원을 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.6.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제99조제1항 에서 일정기간 내에 취득한 신축주택을 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는, 당해 신축주택 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있음에도 처분청이 소득세법 제90조 의 규정을 들어 청구인에게 부여된 과세특례를 임의로 배제한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제90조 의 규정에 따라 조세특례제한법에 의한 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액이 전체 과세표준에서 차지하는 비율에 상당하는 세액을 면제하는 것으 로 한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도한 신축주택에 대한 양도소득세 감면시, 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 차감하는 것인지(청구인), 아니면 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액에 상당하는 세액을 면제하는 것인지(처분청) 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(괄호 생략)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. <단서 생략>

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 󰡒신축주택취득기간󰡓이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제99조 제1항 본문에서󰡒당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액󰡓이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

④ 법 제99조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 확정 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무 서장에게 제출하여야 한다.

1. 법 제99조 제1항 제1호의 주택

• 가. 사용승인일 또는 사용검사일(임시사용승인일을 포함한다)을 입증할 수 있는 증빙서류
• 나. 건축물관리대장 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등 】①법 제43조 제1항에서 󰡒당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액󰡓이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 󰡒양도소득금액󰡓이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. ┌ 취득일부터 5년이 ┐－┌ 취득당시의 ┐ └ 되는 날의 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘ 양도소득금액 × ───────────────────── ┌ 양도당시의 ┐ － ┌ 취득당시의 ┐ └ 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘ (3) 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.
• 다. 사실관계 및 판단 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도한 신축주택에 대한 양도소득세 감면시, 청구인은 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 직접 차감하여야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 소득세법 제90조 의 규정에 따라 그에 상당하는 세액을 면제하여야 한다는 의견이므로 이에 대하여 본다.

(1) 청구인이 쟁점주택을 취득일로부터 5년이 경과한 후 2006.11.21 400,000,000원에 양도하고, 쟁점주택의 양도에 따른 전체 양도소득금액 157,226,792원중 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 조세특례 제한법 시행령 제99조 제1항 및 제40조 제1항에 따라 124,785,874원으로 계산한 후, 전체 양도소득금액에서 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액 124,785,874원과 양도소득기본공제 2,500천원을 차감하여 과 세표준을 29,940,918원으로 산정한 다음, 여기에 세율 18%를 적용하여 예정신고납부세액 공제전 납부세액을 4,489,365원으로 신고하였으며, 처분청은 감면소득금액에 상당하는 양도소득세를 면제하는 것이라 하여 전체 양도소득금액 157,226,792원에서 양도소득기본공제를 차감한 154,726,792원을 과세표준으로 하고, 여기에 세율 36%를 적용하여 산출세액을 44,001,645원으로 계산한 다음, 당해 산출세액에 전체 양도 소득금액에서 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액 124,785,874원이 차지하는 비율을 곱하여 산정한 35,486,960원을 면제세액으로 하여 이를 산출세액에서 차감한 8,514,685원을 예정신고납부세액 공제전 납부세 액으로 하여 이 건 양도소득세를 부과한 것으로 심리자료에 나타난다.

(2) 살피건대, 소득세법 제90조 에서는 감면소득금액이 있는 때에는 양도소득과세표준에 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있고, 조세특례제한법 제99조 제1항 및 제4항에서는 신축주택의 취득자가 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하면서 5년간 발생한 양도소득금액은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제99조 제3항에는 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 하며, 같은 법 시행령 제99조 제4항에는 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 관련서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있는 바, 청구인은 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 직접 차감하여야 한다고 주장하나, 청구인의 주장을 받아들인다면 조세특례제한법 제99조 제1항 전단부는 세액감면방식으로, 후단부는 소득에서 차감하는 방식으로 양도소득세를 감면하게 되어 동일한 유형의 감면에 대하여 서로 감면방식이 달라지게 되는 점, 소득세법 제90조 에서 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 이외의 법률에서 규정하고 있는 감면소득이 있는 때에는 이 조항을 적용하여 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있는 점, 조세특례제한법 제99조 제3항 및 같은 법 시행령 제99조 제4항에서 양도소득세 감면을 적용받고자 하는 자에게 감면신청을 하도록 하면서 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 제출하도록 규정한 점 등에 비추어 볼 때, 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(국심 2007서1672, 2007.8.28. 같은 뜻임)

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.