자료상으로부터 수취한 세금계산서의 매입세액불공제 처분 당부

○○○세무서장이 2006.10.2. 청구법인에게 한 2003년 1기 부가가치세 4,118,960원 및 2003사업연도 법인세 5,522,950원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 2000.5.12. 냉난방기기 및 부품 도매업으로 사업자등록을 한 법인으로서, 2003년 1기 부가가치세 과세기간 ○○○(대표자 이○○○, 이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 공급가액 24,971,200원의 세금계산서 2매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 매입세액 공제 및 손금산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다. 처분청은 쟁점세금계산서가 가공혐의자료에 해당한다는 구로세무서장의 과세자료 통보에 따라 청구법인의 소명을 거쳐 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고, 매입액을 손금불산입 및 대표이사에게 상여로 소득처분하여 2006.10.2. 청구법인에게 2003년 1기 부가가치세 4,118,960원 및 2003사업연도 법인세 5,522,950원을 결정고지하고 관련 소득금액변동통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.11.8. 이의신청을 거쳐 2007. 6.8. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점매입처의 대표자가 쟁점세금계산서의 실지거래사실을 확인하고 있고, 정상적으로 매입한 자재를 매출(납품)한 사실이 공사도급계약서와 공사현장별 사용내역 등에서 나타나며, 쟁점매입처와의 2003년 2기 거래분은 실지거래로 인정하면서 쟁점세금계산서만 가공거래로 보아 과세한 처분은 부당하고, 설령 쟁점매입처가 자료상으로 확정되었다 하더라도 실지 매입하여 사용한 자재에 대한 매출원가는 인정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점매입처는 자료상으로 고발되었고 객관적인 금융증빙자료 등에 의하여 쟁점세금계산서의 실지거래사실이 확인되지 아니하며, 2003년 2기분(확정)은 거래대금은 계좌이체를 통하여 결제한 사실이 나타나고 2004년 1기 및 2기분(예정)은 소액거래이므로 정상거래로 인정한 것이나, 쟁점세금계산서의 경우 거래일과 대금결제일이 상당한 차이가 있을 뿐만 아니라 통장출금액과 대금지급액도 차이가 있으므로 쟁점세금계산서를 가공거래에 따른 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하"세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. 같은법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하"필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 같은법 제67조【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망자료 및 이 건 결정결의서 등에 의하면, 청구법인은 2000.5.12.부터 냉․난방기기 도매 및 설치업을 영위하는 법인으로서 냉․난방기설치공사에 필요한 자재구입과 관련하여 2003년 1기～2004년 2기 과세기간 중 신원자동화의 이현경(쟁점매입처)으로부터 아래 표와 같이 세금계산서를 교부받아 각 과세기간에 대한 매입세액 공제 및 손금산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였고,

○○○세무서장은 쟁점매입처에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점매입처를 자료상으로 확정․고발(2006.3.3. ○○○경찰서)하고 청구법인이 수취한 세금계산서 전부를 과세자료로 처분청에 통보함에 따라 처분청은 청구법인에 대한 소명안내를 거쳐 과세전적부심사청구 및 이의신청과정에서 이 건 과세기간을 제외한 다른 과세기간의 세금계산서(공급가액 44,227천원)에 대하여는 현금출금액과 대금결제액이 일치하거나 소액거래 또는 계좌이체를 통한 대금결제사실을 들어 실지거래로 인정하였으나 쟁점세금계산서는 가공거래에 따른 것으로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세하였음이 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점매입처로부터 구입한 자재를 냉․난방기기 설치공사에 사용한 사실이 각 납품처의 설치공사확인서․ 공사도급계약서․설치현장촬영사진 등에 의해 확인되고, 쟁점세금계산서 및 거래명세표 여백에 매입자재를 사용한 현장명을 기재하였으며, 다른 과세기간의 세금계산서 수취분에 대하여는 실지거래로 인정하였음에도 쟁점세금계산서는 대금결제에 관한 금융증빙이 없다 하여 가공거래로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인의 이 건 과세기간에 대한 부가가치세 신고서류 등을 보면 다음 표와 같이 매출액에 비해 매입자재나 부품의 수량이 많은 것으로 나타나고 있어 청구법인의 업종 성격으로 보아 설치공사 등에 사용한 것으로 보여지고, 청구법인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서(2매)의 자재를 설치공사에 사용하였다고 주장한 매출처에 세금계산서를 발행․교부한 것으로 나타나고, 처분청이 실지거래로 인정한 다른 과세기간의 거래명세표와 같이 쟁점세금계산서와 관련한 거래명세표(5매 및 3매)의 여백에 ‘○○○등의 매출처가 기재되어 있는 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 제시한 예금통장 및 입금표 등을 보면 2003.6.30. 청구법인 명의의 예금통장○○○에서 72,500,000원의 출금사실이 있고, 그 중 27,468,170원을 쟁점세금계산서의 자재대금으로 쟁점매입처에 지급한 것으로 회계처리하였음이 거래처원장 및 입․출금전표 등에서 나타나며, 쟁점세금계산서의 거래(4월 및 5월분)와 맞추기 위해 입금표를 2매(20,819,150원 및 6,649,170원) 수취하였다는 주장이다. (다) 처분청은 쟁점매입처의 이 건 과세기간에 대한 매출신고액 중 정상거래가 3.3%에 불과하다는 의견인 바, ○○○세무서장의 쟁점매입처에 대한 자료상 조사복명서를 보면 청구법인이 포함된 매출처의 다수가 현금거래로서 객관적인 증빙자료가 없거나 소명불응에 따라 가공거래로 확정․통보한 사실을 알 수 있어 동 조사자료만으로 쟁점세금계산서를 가공 또는 위장거래에 따른 것으로 판별하기는 어려워 보인다. (라) 한편, 청구법인은 쟁점매입처로부터 각 과세기간 중 수취한 세금계산서가 실지거래에 따른 것임을 확인한 쟁점매입처의 대표자 이○○○의 거래사실확인서(인감증명서 첨부)뿐만 아니라 쟁점세금계산서의 매입자재에 대한 사용과 관련하여 공사현장별 매출 및 매입자재 구성내역과 매출처의 납품설치(공사)에 관한 대표자의 확인서를 제시하고 있다.

(3) 위의 사실관계를 종합하여 살펴보면, 처분청은 청구법인이 쟁점매입처로부터 수취한 세금계산서(공급가액 69,198천원) 중 다른 거래분(공급가액 44,227천원, 총공급가액의 64%)은 소액거래 또는 금융증빙이 있거나 현금출금액과 대금결제액이 동일하다 하여 실지거래로 인정하면서도 쟁점세금계산서와 관련한 금융자료 등의 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있다 하여 이 건 과세하였으나, 청구법인이 냉․난방기기 설치공사 등을 하면서 쟁점매입처로부터 각 과세기간에 구입한 자재를 매출처별 공사에 사용하였다는 주장이 신빙성 있어 보이는 반면에 쟁점세금계산서의 거래대금을 현금 결제하였다 하여 이를 다른 과세기간의 세금계산서 수취분과 달리 볼 것은 아니라 할 것이고, 쟁점매입처의 대표자가 쟁점세금계산서를 포함한 세금계산서 전부에 대해 실지거래사실을 확인하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점세금계산서를 실지거래에 따른 것으로 봄이 타당하다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공거래에 따른 것으로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.