중소기업특별세액감면을 적용받을 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 1999.10.22. 개업하여 ○○○○시 ○○구 ○○동 000-00번지에 본점을 두고, ‘악세사리 제조업’을 영위하고 있는 법인으로 2003~2005사업연도에 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의한 중소기업특별세액 92,565,898원(2003년 47,167,072원, 2004년 12,691,564원, 2005년 32,707,262원으로 이하 “쟁점세액”이라 한다)을 감면받았다.
• 나. 처분청은 감면법인에 대한 사후관리시 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업특별세액은 제조업체가 국내기업인 경우에 한하여 감면이 가능한데도 청구법인이 제조 의뢰한 제조업체가 중국에 있어 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아 감면 배제하고, 가산세를 포함하여 2007.4.9. 청구법인에게 법인세 2003사업연도분 62,626,080원, 2004사업연도분 15,490,050원, 2005사업연도분 36,264,170원을 각각 경정고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.6.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업에 대한 특별세액의 감면과 관련하여 이 건 과세요건 성립당시의 법령에서는 제조시설의 소재지에 관하여 그 법위를 정한 바가 없었고, 다만 2006.4.17. 개정된 같은법 시행규칙 제2조에서 『사업장이 국내에 소재하는 업체에 한한다』고 규정하였으므로 위 시행규칙 개정전에 납세의무가 성립된 법인세에 대하여 납세의무 성립일 이후에 개정된 시행규칙을 적용함은 소급과세금지의 원칙에 위배되므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업에 대한 특별세액의 감면과 관련하여 2002.4.15. 개정된 조세특례제한법기본통칙 4-2...4에서 이미 제조업체를 ‘국내기업인 경우에 한한다’고 규정하여 이 건 과세요건 성립당시의 법령에서 제조시설의 소재지에 관하여 그 범위를 정한 바가 없었다고 보기 어려우므로 이 건 과세처분이 소급과세금지의 원칙에 위배되었다고 보기 어렵다.

• 가. 쟁점 내국법인의 제조시설이 국내에 소재하지 않는 경우에도 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업특별세액을 감면받을 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제4조 【중소기업투자준비금의 손금산입】① 대통령령이 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일이전에 종료하는 과세연도까지 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 이 조에서 “사업용자산등”이라 한다)의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용자산등의 가액에 100분의 20을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.(이하 생략) 제7조 【중소기업에 대한 특별세액 감면】 ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2005년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권정비계획법 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 “수도권”이라 한다)안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

• 가. 제조업 나.~바. (생략)
• 사. 도매업 아.~퍼. (생략)
• 허. 대통령령이 정하는 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업

• 가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 20
• 다. 소기업이 수도권의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 30
• 라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 “중기업”이라 한다)이 수도권외의 지역에서 도매업등을 영위하는 사업장: 100분의 5
• 마. 중기업의 사업장으로서 수도권안에서 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 15

(2) 조세특례제한법시행령(2005.12.30. 대통령령 제19213호로 개정되기 전의 것) 제2조 【중소기업의 범위】①『조세특례제한법』(이하 “법”이라 한다) 제4조 제1항에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제8항의 규정에 의한 물류산업, 『해운법』에 의한 선박관리업, 운수업중 여객운송업, 어업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 『의료법』에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물처리업(『폐기물 관리법』에 의한 폐기물처리업 및 『건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률』에 의한 건설폐기물처리업을 말하되, 『폐기물관리법』 제44조의2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재활용하는 경우를 포함한다. 이하 같다), 『수질환경보전법』에 의한 폐수처리업(이하 “폐수처리업”이라 한다), 『오수 ․ 분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률』에 의한 분뇨등관련영업, 작물재배업, 축산업, 과학 및 기술서비스업, 포장 및 충전업, 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화 배급업에 한하며, 이하 “영화산업”이라 한다), 공연산업, 전문디자인업, 뉴스제공업, 광고업, 『무역거래기반조성에 관한 법률』에 의한 무역전시산업, 『학원의 설립 ․ 운영 및 과외교습에 관한 법률 시행령』에 의한 직업기술분야 학원, 『관광진흥법』에 의한 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업을 제외한다) 및 『노인복지법』에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 『증권거래법』에 의한 주권상장법인 ․ 협회등록법인으로서 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수 ․ 자본금 또는 매출액이 업종별로 『중소기업기본시행령』 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다)이내일 것

2. 삭제 <2000.12.29>

3. 실질적인 독립성이 『중소기업기본시행령』 제3조 제2호의 규정에 적합할 것 제6조 【중소기업에 대한 특별세액감면】 ③ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 소기업”이라 함은 중소기업 중 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수가 다음 각호의 요견을 충족하는 기업을 말한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 광업 ․ 건설업 ․ 물류산업 또는 운수업중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

(3) 조세특례제한법시행규칙)2006.4.17. 재정경제부령 제504호로 개정되기 전의 것) 제2조 【중소기업의 범위】 ① 『조세특례제한법시행령』(이하 “영”이라 한다) 제2조 제1항 각호외의 부분 본문에서 “재경경제부령이 정하는 사업”이라 함은 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 제조업체에 의뢰하여 제조하는 사업으로서 그 사업이 다음 각호의 요건을 충족하는 경우를 말한다.

1. 생산할 제품을 직접 기획(고안 ․ 디자인 및 견본제작 등을 말한다)할 것

2. 당해 제품을 자기명의로 제조할 것

3. 당해 제품을 인수하여 자기책임하에 직접 판매할 것 (3)-1 조세특례제한법시행규칙(2006.4.17. 재정경제부령 제504호로 개정된 것) 제2조 【중소기업의 범위) ① 『조세특례제한법시행령』(이하 “영”이라 한다) 제2조 제1항 각호외의 부분 본문에서 “재정경제부령이 정하는 사업”이라 함은 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 제조업체(사업장이 국내에 소재하는 업체에 한한다)에 의뢰하여 제조하는 사업으로서 그 사업이 다음 각호의 요건을 충족하는 경우를 말한다.

1. 생산할 제품을 직접 기획(고안 ․ 디자인 및 견본제작 등을 말한다)할 것

2. 당해 제품을 자기명의로 제조할 것

3. 당해 제품을 인수하여 자기책임하에 직접 판매할 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1999.10.22. 개업하여 ○○○○시 ○○구 ○○동 000-00번지에 본점을 두고, ‘악세사리 제조업’을 영위하고 있는 중소기업으로 생산할 제품을 직접 기획(고안, 디자인, 견본제작 등)하고, 생산할 제품의 견본품을 독일과 미국, 일본 등지의 바이어에게 보내 주문을 받고 있으며, 주문품 중 일부는 국내에서 원재료를 매입하고 국내에서 가공하여 직수출하고, 일부는 청구법인이 100% 출자한 중국 청도 소재 심세공예품유한공사에 원재료 등을 제공하여 제조 ․ 가공하도록 한 후, 중국에서 청구법인의 명의로 제조 ․ 가공한 제품을 인수하고 청구법인의 책임하에 직접 선적하여 수출대금은 청구법인의 계좌로 입금받는 방식으로 수출을 하여 왔다.

(2) 청구법인의 연도별 상시종업원수 ․ 자본금 및 매출액은 아래 <표1>과 같다 <표1> 청구법인의 연도별 상시종업원수 ․ 자본금 및 매출액 현황 (단위: 명, 억원) 과세기간 상시종업원수 자본금 매출액 비고 2003년 34 15.5 153.0 2004년 45 19.7 166.5 2005년 34 25.5 228.9

(3) 청구법인은 이 건 과세처분일 이전에 과세전 적부심사청구를 한 사실이 있는바, ‘청구법인이 비치 ․ 기장한 장부에 근거하여 청구법인의 소득금액을 국내 및 국외 가공분에서 발생한 소득으로 구분하여 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업에 대한 특별세액 감면규정을 적용한다’라는 과세전 적부심사 결정내용에 따라, 처분청이 청구법인에게 ‘수입금액(매출액)을 국내 가공분과 국외 가공분으로 구분할 수 있는 자료를 제출할 것’을 요청한데 대하여, 청구법인은 ‘국내 ․ 외 매출액의 단순구분은 가능하나, 매출원가와 판매비 및 일반관리비가 구분 기장되어 있지 아니하고, 소득구분 작업에 장시간이 소요되어 소득구분이 어려우므로 과세전 적부심사 결정내용대로 일부인용하지 않는데 동의한다’는 내용의 소견서를 2007.4.3. 처분청에 제출한 사실이 있는 것으로 확인된다.

(4) 이상의 조사내용에 기초하여 처분청은 청부법인의 국내에서 ‘악세사리 제조업’을 영위하였으나, 제품의 대부분을 국외의 제조업체에 위탁하여 생산하였으므로 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업에 대한 특별세액 감면요건을 충족하지 못하였다로 보았다.

(5) 살피건대, 외국회사로부터 주문받은 제품을 자기가 직접 제조하지 아니하고, 원 ․ 부자재를 해외현지법인에 반출하여 완제품을 제조한 후, 현지에서 직접 제3국으로 수출하는 경우, 위탁가공에 따른 원 ․ 부자재를 해외현지법인에 반출하여 완제품을 제조한 후, 현지에서 직접 제3국으로 수출하는 경우, 위탁가공에 따른 원 ․ 부자재를 유상으로 반출한 경우는 물론, 무환반출하였다 하더라도 그 제품을 국내로 다시 반입한다는 특별한 약정이 없는 한, 위탁가공을 위한 선적시점에서 재화의 공급이 이루어진 것으로 보아야 할 것이므로 그 실질은 ‘제조업’이 아닌 ‘도매업(무역업)’에 해당한다고 보아야 할 것이며, 도매업으로서 수도권안의 소기업(상시종업원수 10인 미만)에 해당하는 경우에는 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 사목, 제2호 가목 및 같은법 시행령 제6조 제3항의 규정에 의하여 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 법인세의 100분의 10을 감면받을 수 있는 것이나, 수도권안의 중기업(상시종업원수 10인 이상)에 해당하는 경우에는 세액감면을 적용받을 수 없게 된다(국심 2001중668, 2001.8.24., 재정경제부 예규 조예-805, 2004.12.1., 및 국세청 예규 서면2팀-1024, 2005.7.26. 등 참조).

(6) 이 건의 경우, 청구법인은 국내에서 ‘제조업’을 영위할 목적으로 사업자등록을 하였지만, 주문받은 제품의 대부분을 자기가 직접 제조하지 아니하고, 중국 소재 청구법인의 자회사에 원재료를 제공하여 제조하게 하고, 생산된 제품을 국내로 반입한 사실없이 현지에서 인도받아 제3국에 직접 수출하였다는 것이므로 청구법인은 사실상 ‘도매업’을 영위한 것으로 보아야 할 것이며, 청구법인이 사실상 도매업을 영위하였다고 보는 경우, 청구법인은 2003~2005사업연도 상시 종업원이 34~45명으로 수도권안의 중기업에 해당되므로 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업에 대한 특별세액을 감면받을 수 없다로 할 것이다. 또한, 2002.4.15. 개정된 조세특례제한법기본통칙 4-2...4에서 중소제조업체가 제품을 직접 제조하지 아니하고 다른 제조업체에 의뢰하여 제조하는 경우에는 그 다른 제조업체가 국내에 소재하는 경우에 한하여 중소기업 특별세액을 감면받을 수 있다고 그 범위를 한정하고 있었던 점으로 보아 2006.4.17.에 개정된 조세특례제한법시행규칙 제2조 제1항 은 위 통칙의 해석에 대한 확인적 규정으로 보인다. 따라서, 소급과세금지의 원칙에 위배됨을 이유로 이 건 과세처분을 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.