피합병법인의 청산소득계산시 쟁점포합주식의 취득가액을 액면가액으로 산정할 것인지 아니면 시가로 산정할 것인지 여부

○○세무서장이 2007.2.15. 청구법인에게 한 피합병법인 (주)○가 엔터테인먼트의 2005년 청산소득에 대한 법인세 7,328,803,100원의 부과처분과 피합병법인 (주)○성엔터테인먼트의 2005년 청산소득에 대한 법인세 5,686,785,070원의 부과처분은 합병대가에 가산하는 (주)○가 엔터테인먼트 주식 724,123주와 (주)○성엔터테인먼트 주식 591,425주의 취득가액을 1주당 5,700원(청구법인 상장주식의 2005.5.4.자 시가 종가 1주당 1,900원에 3:1 감자를 감안한 가액)을 적용하여 청산소득에 대한 법인세과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

청구법인(2006.11.7. 주식회사 팬○에서 청구법인으로 상호변경)은 음반제작을 사업목적으로 1990.6.5. 설립되어 코스닥시장에 등록된 법인으로, 2005. 4.18.비상장법인인 (주)○가엔터테인먼트(이하‘○가’라한다) 최대주주 이○형과 (주)○성엔터테인먼트(이하 ‘○성’이라 한다) 최대주주 이장○과 (주)○○그린테크가 소유하고 있는 청구법인의 주식 각각 3,192,000주(지분 21%)와 2,128,000주(지분14%)를 장외 인수하였다. 그 후 2005.5.4. 청구법인과 ○가 및 ○성은 상법 제360조 의 2에 의거 포괄적 주식교환 계약을 체결하고 2005.8.4. ○가 주식 10,000주와 ○성 주식 100,000주에 대해 청구법인 주식 각각 724,123주와 591,425주 합계 1,315,548주(이하 “쟁점포합주식”이라 한다)를 교부하는 포괄적 교환을 통하여 ○가 및 ○성이 청구법인의 완전자회사가 된 후 2005.10.19. 청구법인이 ○가 및 ○성을 흡수 합병하였다. 청구법인은 피합병법인인 ○가와 ○성에 대한 청산소득금액 계산시 합병대가에 가산하는 쟁점포합주식의 취득가액을 코스닥 등록된 청구법인 주식의 액면가액(1주당 500원)을 적용하여 각각 362,060,500원과 295,713,500원으로 하고 자기자본 총액 각각 620,329,456원과 1,317843,766원을 차감하여 청산소득에 대한 과세표준을 각각 △ 258,268,956원과 △1,022,130,266원으로 하여 2006.1.17. 청산소득에 대한 법인세를 신고하였다.

○○지방국세청장은 ○가 및 ○성을 조사하여 ○가와 ○성에 대한 청산소득금액 계산시 합병대가에 가산하는 쟁점포합주식의 취득가액을 주식 교환 당시(2005. 8.4.) 청구법인 주식의 시가(1주당 25,290원)를 적용하여 각각 18,313,070,670원과 14,957,138,250원으로 하고, 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세상당액 각각 6,692,832,874원과 5,155,318,597원을 가산하여 합병대가를 각각 25,005,903,544원과 20,112,456,847원으로 확정한 후 자기자본총액 각각 620,329,456원과 1,317,843,766원을 차감하여 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 과세표준을 ○가 24,385,574,088원, ○성 18,794,613,080원으로 산정하여 처분청에 통보하였으며, 처분청은 위 통보에 따라 2007. 2.15. ○가에 대한 청산소득에 대한 법인세 7,328,803,100원과 ○성에 대한 청산소득에 대한 법인세 5,686,785,070원을 각각 경정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007. 3. 30.심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 합병 전 ○가 및 ○성의 주주가 보유 주식 전부를 청구법인에 양도하고 그 대가로 청구법인이 새로 발행한 주식을 취득하는 상법 제360조 의 2에 의한 주식의 포괄적 교환을 한 다음 청구법인과 ○가 및 ○성 간에 합병시점에 합병신주가 발행되지 않는 이른바 무증자 합병은 합병시점에 피합병법인의 주주가 합병대가로 합병법인 주식을 교부받는 것과 사실상 경제적 실질에 있어서 차이가 없으므로 청구법인이 합병 전에 취득한 ○가 및 ○성의 주식 취득가액은 청구법인 상장주식의 액면가액으로 평가하여야 하며, 청구법인은 2005. 10. 19. 합병등기일 현재 청구법인, ○가, ○성은 1년 이상 계속사업을 영위하는 내국법인이었고, 청구법인은 2005.8.4. 포괄적 주식교환을 통하여 ○가 및 ○성을 2005. 10.17. 흡수합병하면서 합병대가로 ○가의 주주에게 청구법인의 주식 724,123주를, ○성의 주주에게는 청구법인의 주식 591,425주를 교부하여 청구법인은 본건 합병대가를 모두 100% 주식으로 ○가 ․ ○성의 각 주주에게 지급하였고, 합병교부 주식인 청구법인의 주식 시가가 액면가액을 초과하여 법인세법 제44조 의 요건을 충족하므로 합병대가에 가산하는 이 건 포합주식의 취득가액은 청구법인 상장주식의 액면가액에 의하여 평가하여야 한다.

(2) 설령, 쟁점포합주식의 취득가액을 시가로 평가하는 경우에도, 청구법인과 ○가 및 ○성이 포괄적 주식교환을 위하여 주식교환가액을 증권거래법에 의하여 의부평가기관인 신한회계법인이 청구법인의 경우 코스닥 등록법인으로 기준주가에 의하여 1주당 교환가액을 4,573.92원으로 하여 6,017백만원으로 산정하고, ○가와 ○성은 비상장법인으로 자산가치와 수익가치를 가중 평균한 본질가치로 평가하여 ○가의 1주당 교환가액을 331,208원으로 하여 3,312백만원으로, ○성의 1주당 교환가액을 27,051원으로 하여 2,705백만원으로 산정하여 주식교환비율을 ○가 및 ○성 주식 1주당 청구법인 상장주식 각각 72.41219주와 5.91427주를 교부하기로 하는 주식의 포괄적 교환계약을 체결하고, 이사회와 주주총회의 승인을 받아 금융위원회에 신고서를 제출하였으므로 쟁점포합주식의 취득가액은 증권거래법상 의부 평가기관이 평가한 공정가액, 즉 ○가의 경우 3,312백만원으로 ○성의 경우 2,705백만원으로 하여야 한다.

(3) 또한, 특수관계자에게 양도하는 주식의 거래가액이 당해 주식의 매매계약일 현재 확정된 경우 당해 거래가 법인세법시행령 제88조 제1항 제1호 및 제3호의규정에 의한 부당행위의 유형에 해당하는지 여부는 매매계약일 현재를 기준으로 판단하는 것이므로(대법원 1997누15821, 1999.1.29 같은 뜻), 쟁점포합주식의 취득가액은 주식교환계약일(2005.5.4)의 청구법인 상장주식의 시가를 취득가액으로 하여야 하며, 상법상 포괄적 주식 교환 시 실지거래가액과 거래시기에 대하여는 주식 교환일에 주식가치를 적용하지 아니하고 주식 교환 계약일의 시가로 하여야 한다는 국세청 심사결정(심사양도 2006-118,2007.2.6)과 양도가액은 매매계약 체결 시에 결정되며 실지 거래가액은 거래대금을 의미하는 것이므로 계약일 현재의 교환으로 받은 상장주식의 시가 상당액이 양도가액이 되는 것이라는 선결정례(국심2006서4527,2007.6.8)에 비추어 보아도 쟁점포합주식이 취득가액은 교환계약일(2005.5.4)의 청구법인 주식의 시가(1주당 5,700원)로 하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 포합주식의 취득가액을 액면가액으로 평가하는 경우를 법인세법시행령 제122조 제1항 제2호 에서 I) 포합주식 등의 취득 당시 합병법인과 피합병법인간 특수 관계가 없을 것, ii) 피합병법인의 주주가 포합주식 등을 합병법인에게 양도한 후 7일 이내에 포합주식등의 양도금액의 95% 이상에 상당하는 합병신주를 취득할 것, iii) 합병 시 과세이연요건91년 이상 계속사업 법인간 합병이고 합병대가 중 주식가액이 95% 이상일 것)으로 규정하고 있는 바, ○가의 최대 주주 이○형과 ○성의 최대주주 이○혁은 2005.4.18. 청구법인의 주식 1,513,008주(21%), 1,008,672주(14%) 5,320,000주를 취득하여 청구법인의 최대주주가 되어 ○가 ․ ○성과 청구법인간에는 특수관계자에 해당되어 위 특례규정의 요건을 충족하지 못하고 있으므로 청구법인이 합병전 2005.8.4. 포괄적 주식교환으로 취득한 ○가 및 ○성의 주식(포합주식)의 취득가액을 청구법인 주식의 시가(@25,290)로 평가하여 청산소득에 대한 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

(2) 현행 법인세법상 주식 등 자산의 양도 ․ 취득시기에 대하여 별도로 규정하고 있지는 아니하나 세법상 손익의 귀속사업연도 판정에 의하여 판단하여야 하는 바, 손익의 귀속시기에 관하여 법인세법 제40조 는 권리의무 확정주의를 채택하고 있고, 주식은 상품 외의 자산에 해당되고 동법시행령 제68조 제1항 제3호에서 상품 등외의 자산의 경우 그 대금을 청산한 날 ․ 소유권 등의 이전등기일(등록일) 또는 자산을 인도한 날 중 빠른 날을 손익의 귀속시기로 규정하고 있고 교환에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 법인세법시행령 제72조 제1항 제5호 의 규정에 의하여 취득당시의 시가에 의하여야 하며, 청구법인의 이 건 관련 질의에 대한 재정경제부에서 회신(재법인-102, 2006.1.27)에서도 ‘ 상법 제360조 의 2의 규정에 의하여 합병대가에 가산하는 완전자회사의 주식(포합주식)의 취득가액은 주식의 포괄적 교환 당시 교부된 완전모회사 주식의 시가로 평가’한다고 회신하고 있고, 증권감독원에서도 주식교환의 회계처리에 관한 질의에 대하여 “코스닥 상장법인이 비상장법인이 대주주로부터 비상장법인의 발행주식 100%를 인수하는 대가로 비상장법인의 주식 1주당 코스닥 상장법인이의 주식 5주를 발행하기로 하는 주식교환계약을 체결하는 경우 비상장법인의 주식 취득원가는 주식교부일 현재 코스닥 상장법인 주식의 종가에 발행 주식수를 곱한 금액을 취득원가로 계상함(금감원2005-110, 2005.12.31)”이라고 회신하고 있으므로 쟁점포합주식의 취득가액은 주식교환일인 2005. 8.4. 청구법인 주식의 한국증권거래소 종가(@25,290원, 감자를 감안한 가액)에 의하여 계산한 금액을 합병대가에 가산하여 이 건 청산소득에 대한 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 피합병법인 ○가와 ○성에 대한 청산소득금액을 산정함에 있어 합병대가에 가산하는 쟁점포함주식의 취득가액을 합병법인 주식의 액면가액으로 산정할 것인지 아니면 시가로 산정할 것인지 여부

(2) 시가로 산정하는 경우, 주식교환 계약일(2005.5.4)의 상장법인인 합병법인 주식의 시가를 적용할 것인지 아니면 주식교환일(2005.8.4)의 시가를 적용할 것인지 여부

• 나. 관련 법령

○ 법인세법 제16조 【배당금 또는 분배금의 의제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

5. 합병으로 인하여 소멸하는 법인(이하 “피합병법인”이라 한다)의 주주등이 합병으로 인하여 설립되거나 합병후 존속하는 법인(이하 “합병법인”이라 한다)으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 주식등의 가액과 금전 기타 재산가액의 합계액(이하 “합병대가”라 한다)이 그 피합병법인의 주식등을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액

○ 법인세법 제80조 【합병에 의한 청산소득금액의 계산】

① 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 “합병에 의한 청산소득”이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서 합병법인이 합병등기일전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함하며, 이하 이 조에서 “포합주식등”이라 한다)이 있는 경우로서 그 포합주식등에 대하여 합병법인의 주식등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총합계액은 당해 포합주식등의 취득가액을 가산한 금액으로 한다. 이 경우 주식 등을 교부한 경우에는 당해 포합주식등의 취득가액에서 교부한 주식등의 가액을 공제한 금액을 가산한 금액으로 한다.

③ 제79조 제3항 ․ 제4항 및 제6항의 규정은 합병에 의한 청산소득금액의 계산에 관하여 이를 준용한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 합병대가의 총합계액의 계산등 합병에 의한 청산소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제87조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제84조 및 제85조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 경우에는 당해 법인의 청산소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제84조 및 제85조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 그 신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 당해 법인의 청산소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 청산소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 결정 또는 경정의 경우에는 제66조 제3항의 규정을 준용한다.

○ 법인세법시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】

① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다) ․ 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

○ 법인세법시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세 ․ 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조 ․ 생산 ․건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산: 원재료비 ․ 노무비 ․ 운임 ․ 하역비 ․ 보험료 ․ 수수료 ․ 공과금(취득세와 등록세를 포함한다) ․ 설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 현물출자․합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산: 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관의 재정경제부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다.

4. 현물출자 ․ 합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등: 취득당시의 시가. 다만, 합병 또는 분할(물적 분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 동항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다.

5. 제1호 내지 제4호의의 방법으로 취득한 자산: 취득당시의 시가

○ 법인세법시행령 제122조 【합병에 의한 청산소득금액의 계산】

① 법 제80조 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액은 다음 각호의 금액을 합한 금액으로 한다. (1998.12.31. 개정)

1. 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액

2. 법 제80조 제2항의 규정에 의하여 가산하는 금액. 다만, 다음 각목의 요건을 충족하는 경우에는 나목의 규정에 의하여 피합병법인의 주주가 취득한 합병법인 주식가액(주식의 취득가액이 액면가액보다 큰 경우에는 액면가액을 기준으로 계산한 가액을 말한다)에 포합주식 양도금액 중 합병법인 주식 취득에 사용되지 아니한 금액을 더한 금액으로 한다. (2001. 12. 31.개정)

• 가. 합병법인이 법 제80조 제2항의 규정에 의한 포합주식 등(이하 이조에서 “포합주식 등”이라 한다)을 피합병법인의 주주 등으로부터 취득할 당시 합병법인과 피합병법인이 특수관계자가 아닐 것(2001.12.31. 개정)
• 나. 피합병법인의 주주가 포합주식 등을 합병법인에게 양도한 후 7일 이내에 포합주식 등의 양도금액의 100분의 95 이상에 상당하는 합병법인주식(합병법인이 새로이 발행한 주식을 말한다)을 취득할 것
• 다. 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의요건(2001.12.31.개정)

3. 합병법인이 납부하는 다음 각목의 1에 해당하는 금액의 합계액

• 가. 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 및 그 법인세 (감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세 (1999.12.31. 개정)
• 나. 「지방세법⌟에 의하여 가목의 법인세에 부과되는 주민세

② 법 제80조 제2항 후단의 규정을 적용함에 있어서 교부한 주식 등의 가액은 제14조 제1항 각호의 규정에 의하여 계산한 가액으로 한다.

○ 상법 제360조 의 2【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】

① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 “완전모회사”라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 “완전자회사”라 한다.(2001.7.24. 신설)

② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 “주식교환”이라 한다)에 의하여 완전 자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

○ 상법 제360조 의 3【주식교환게약서의 작성과 주주총회의 승인】

① 주식교환을 하고자 하는 회사는 주식교환계약서를 작성하여 주주총회의 승인을 얻어야 한다.

② 제1항의 승인결의는 제434조의 규정에 의하여야 한다.

1. 완전모회사가 되는 회사가 주식교환으로 인하여 정관을 변경하는 경우에는 그 규정

2. 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 총수․종류와 종류별 주식의수 및 완전자회사가 되는 회사의 주주에 대한 신주의 배정에 관한 사항

3. 완전모회사가 되는 회사의 증가할 자본의 액과 자본준비금에 관한 사항

4. 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 지급할 금액을 정하 때에는 그 규정

5. 각 회사가 제1항의 결의를 할 주주총회의기일

7. 각 회사가 주식교환을 할 날까지 이익을 배다하거나 제462조의 3의 규정에 의하여 금전으로 이익배당을 할 때에는 그 한도액

8. 제360조의 6의 규정에 의하여 회사가 자기의 주식을 이전하는 경우에는 이전할 주식의 총수 ․ 종류 및 종류별 주식의 수

9. 완전모회사가 되는 회사에 취임할 이사와 감사 또는 감사위원회의 위원을 정한 때에는 그 성명 및 주민등록번호

④ 회사는 제363조의 규정에 의한 통지와 공고에 다음 각호의 사항을 기재하여야 한다.

2. 제360조의 5 제1항의 규정에 의한 주식매수청구권의 내용 및 행사방법

3. 일방회사의 정관에 주식의 양도에 관하여 이사회의 승인을 요한다는 뜻의 규정이 있고 다른 회사의 정관에 그 규정이 없는 경우 그 뜻

○ 상법 제360조 의 4【주식교환게약서 등의 공시】

① 이사는 제360조의 3 제1항의 주주총회의 회일의 2주전부터 주식교환의 날 이후 6월이 경과하는 날까지 다음 각호의 서류를 본점에 비치하여야 한다.

2. 완전자회사가 되는 회사의 주주에 대한 주식의 배정에 관하여 그 이유를 기재한 서면

3. 제360조의 3 제1항의 주주총회의 회일(괄호생략)전 6월 이내의 날에 작성한 주식교환을 하는 각 회사의 최종 대차대조표 및 손익계산서

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 ○가 및 ○성을 흡수합병한 과정 등 사실관계에 대하여 본다. (가) 청구법인은 연예인 매니지먼트와 음반 ․ 드라마 ․ 예능프로 ․ 영화 등의 제작 및 유통 등의 사업을 영위하는 코스닥시장 상장기업으로, 비상장법인 ○가의 최대주주 이○형과 비상장법인 ○성의 최대주주 이○혁은 (주)○○그린테크가 소유한 청구법인의 주식 5,320,000주를 2005.4.18. 아래와 같이 장외 인수하였다. (나) 그 후 2005. 5.4. 청구법인과 ○가 및 ○성은 상법 제360조 의 2의 규정에 의거 포괄적 주식교환 계약을 체결하고(2005. 8. 1.)청구법인은 3:1 감자를 실시), 2005. 8. 4. ○가 및 ○성은 아래와 같이 포괄적 주식교환을 통하여 청구법인의 완전자회사가 된 후 2005. 10.19. 청구법인에게 흡수 합병하였다.

(3) 한편, 청구법인과 ○가 및 ○성간에 체결된 주식교환계약서 내용을 보면, 제1조(포괄적 주식교환의 방법)에서 청구법인과 ○가 및 ○성은 주식교환일에 주식교환을 하고, 포괄적 주식교환을 통하여 청구법인은 ○가와 ○성의 완전모회사가 되고 ○가와 ○성은 청구법인의 완전자회사가 되며, 주식교환계약서는 주주총회의 승인을 받는 조건으로 2005.8.4. 주식을 교환하기로 되어 있으며, 제5조(주식교환 신주의 발행 및 주식교환비율)에서 주시교환비율은 증권거래법 등 관계법령에 따라 청구법인과 ○가의 주식교환비율은 ○가가 발행한 액면가 5,000원의 보통주 1주당 청구법인의 액면가 500원의 기명식 보통주 72.41219주를 교부하기로 하고, 청구법인과 ○성의 주식교환비율은 ○성이 발행한 액면가 5,000원의 보통주 1주당 청구법인의 액면가 500원의 기명식 보통주 5.91427주를 교부하기로 하며, 이에 따라 청구법인은 주식교환일 현재 ○가와 ○성의 주주명부에 기재된 주주에 대하여 아래와 같이 청구법인의 기명식 보통주식 1,315,548주(주식교환 신주)를 신규로 발행하여 ○가와 ○성의 주주들에게 각각 그 보유비율에 따라 교부하기로 2005.5.4. 쌍방 간에 계약이 체결되어 있다. (라) 또한, 신한 회계법인은 2005.5.2. 증권거래법시행령 제84조 의 7 및 동법시행규칙 제36조의 12에 의하여 청구법인의 경우 코스닥상장법인으로 교환가액을 ‘기준주가’에 의하여 1주당 4,573.92원으로 산정하여 교환주식평가금액을 6,017백만원으로 하고, ○가와 ○성은 비상장법인으로 교환가액을 ‘본질가치 및 상대가치의 산출평균’에 의한 방법으로 ○가의 주식 1주당 31,208원으로 하여 교환주식평가금액을 3,312백만원으로, ○성의 주식 1주당 27,051원으로 하여 교환주식평가금액을 2,705백만원으로 아래와 같이 평가하였으며, 청구법인과 ○가 및 ○성은 위 평가액을 바탕으로 포괄적 주식교환계약을 체결한 후 주식교환계약서를 2005.6.30. 주주총회의 승인을 받아 공시하고 금융위원회에 신고한 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 ○가 및 ○성의 청산소득에 대하여 합병대가에 가산할 쟁점포합주식의 취득가액을 산정함에 있어, 청구법인 주식의 교환당시 시가를 적용하여야 한다는 재정경제부의 유권해석(재법인-102, 2006.1.27.)을 받고도 청구법인 주식의 액면가액(1주당 500원)으로 하여 신고한데 대해, 처분청은 ○○지방국세청의 세무조사 결과통지에 따라 합병대가에 가산하는 쟁점포합주식의 취득가액을 주식교환일(2005.8.4)의 코스닥시장에 등록된 청구법인 주식의 시가 1주당 25,290원(2005.8.4에는 매매거래가 정지되어 있으므로 매매거래가 정지되기 직전인 2005.7.28. 종가 1주당 8,430원을 적용, 3:1감자를 감안한 가액)을 적용하여 아래와 같이 이건 청산소득에 대한 법인세를 경정결정하였음이 처분청이 제출한 심리자료에 나타난다. (바) 청구법인 주식의 주식교환 계약일 및 주식교환일 전 ․ 후의 일별시세를 보면, 주식교환계약일인 2005.5.4. 종가는 1주당 1,900원이고, 그 후 2005.7.29.부터 주식교환일(2005.8.4)을 포함하여 2005.8.24.까지는 매매거래가 정지되었으며, 매매거래가 정지되기 직전인 2005.7.28.의 종가는 1주당 8,430원임이 확인된다.

(2) 쟁점포합주식의 취득가액을 액면가액으로 할 것인지에 대하여 본다. (가) 포합주식의 취득가액을 액면가액으로 하는 특례규정인 법인세법시행령 제122조 제1항 제2호 단서에서 포합주식 등을 피합병법인의 주주 등으로부터 취득할 당시 합병법인과 피합병법인이 특수관계자가 아니어야 하고, 피합병법인의 주주가 포합주식 등을 합병법인에게 양도한 후 7일 이내에 포합주식 등의 양도금액의 100분의 95 이상에 상당하는 합병법인주식(합병법인이 새로이 발행하는 주식을 말한다)을 취득하여야 하며, 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건(1년 이상 사업을 영위하는 법인간의 합병이고 합병대가 중 주식가액이 95% 이상 일 것)을 모두 충족하는 경우에 포합주식의 취득가액을 합병신주의 액면가액으로 하도록 규정하고 있다. (나) 이 건의 경우 2005.4.18. ○가의 대주주인 이○형과 ○성의 대주주인 이○혁이 청구법인의 주식을 각각 3,192,000주(21%)와 2,218,000주(14%)를 취득하여 ○가와 ○성은 청구법인과 특수관계자가 된 상태에서 포괄적 주식교환으로 청구법인이 ○가와 ○성의 주식으로 취득한 후 2005.10.19. ○가 및 ○성을 흡수합병한 것으로 이는 법인세법시행령 제122조 제1항 제2호 단서의 요건 중 ‘포합주식 등을 피합병법인의 주주 등으로부터 취득할 당시 합병법인과 피합병법인이 특수관계자가 아닐 것’의 요건을 충족하지 못하므로 포합주식의 취득가액을 액면가액으로 하는 특례규정을 적용할 수 없다. 따라서 쟁점포합주식의 취득가액을 액면가액으로 하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유 없다고 판단된다.

(3) 시가로 산정하는 경우, 주식교환 계약일(2005.5.4)의 상장법인인 합병법인 주식의 시가를 적용할 것인지 아니면 주식교환일(2005.8.4)의 시가를 적용할 것인지 여부에 대하여 본다. (가) 청구법인 상장주식의 주식교환계약일인 2005.5.4. 종가는 1주당 1,900원이고, 2005.7.29.부터 주식교환일(2005.8.4)을 포함하여 2005.8.24.까지는 매매거래가 정지되었으며, 매매거래가 정지되기 직전인 2005.7.28.의 종가는 1주당 8,430원이고, 매매거래 정지 후 2005.8.25. 종가는 28,050원임이 일일시세표에 의거 확인된다. (나) 처분청은 청구법인 상장주식의 시가를 적용함에 있어 2005.7.29.부터 2005.8.24.까지 매매거래가 정지되어 있으므로 매매거래가 정지되기 직전에 거래된 2005.7.28.자의 시가 종가 1주당 8,430원에 3:1 감자를 감안하여 1주당 25,290원을 적용하여 쟁점포합주식의 취득가액을 산정하였음이 처분청의 심리자료에 나타난다. (다) 청구법인과 ○가 및 ○성은 포괄적 주식교환 계약을 위하여 외부평가기관이 증권거래법령에 의하여 평가하여 ○가 주식 1주당 청구법인 주식 72.41219주를 교부하고 ○성 주식 1주당 청구법인 주식 5.91427주를 교부하기로 주식교환비율을 산정하여 포괄적 주식교환계약을 체결하고 동 주식교환계약서 내용대로 실제 포괄적 주식교환을 이행한 사실이 확인된다. 따라서 교환계약시 당사자의 의도는 체결일은 기준으로 주식교환비율을 정하여 교환하자는 합의가 이루어진 것으로 보인다. (라) 상법 제360조 의 3 제3항에서 주식교환계약서에 기재하여야 할 사항에는 주식교환가액에 대하여는 규정하고 있지 아니하고 있으며, 민법 제563조 에서 매매는 당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로서 그 효력이 생긴다고 규정하고 있다. (마) 한편, 청구법인은 대법원 판례(97누15821,1999.1.29)등을 제시하면서 주식교환계약일의 시가를 적용하여야 한다고 주장하나, 위 판례는 특수관계자간 거래에 있어 부당행위계산부인 대상에 해당되는지 여부 판단시 적용되는 것으로 이 건에 적용될 수 없다 할 것이며, ○가와 ○성의 주식은 비상장 주식으로 시가가 없으나 청구법인은 코스닥 등록된 법인으로 시가가 존재하므로 주식교환비율산정을 위하여 외부평가기관이 평가한 가액이나 상속세 및 증여세법상 평가한 가액을 시가로 볼 수 없다 할 것이다. (바) 위의 사실관계와 관련법령을 종합해 볼 때, 청구법인이 취득한 쟁점포합주식은 비록 주식교환계약서에 주식교환가액이 구체적으로 명시되어 있지는 아니하나 제3의 외부평가기관이 증권거래법에 따라 평가한 가액으로 교환비율을 정하여 주식교환계약을 체결하고 이를 금융감독기관에서 승인한 점, 거래당사자들은 나중에 주가가 급등한 경우에도 교환계약 내용을 변경한 바 없이 당초의 주식교환계약서 내용대로 교환이 이행된 점, 주식교환일의 시가를 취득가액으로 하는 경우 교환계약일 이후에 교환비율이 변하지 않았음에도 불구하고 시가의 변동차이에 따라서 취득가액이 달라지는 논리적 모순이 있어 불합리한 점 등을 종합적으로 고려해 볼 때, 거래당사자 간에 그 거래가액에 대한 합의가 이루어진 주식교환 계약일(2005.5.4)에 거래가액이 확정된 것으로 봄이 합리적이라 할 것이다. 따라서 합병대가에 가산하는 쟁점포합주식의 취득가액은 주식 교환 계약일(2005.5.4)의 코스닥 등록된 청구법인 주식의 시가 종가 1주당 1,900원에 3:1 감자를 감안한 1주당 5,700원을 적용함이 타당하므로 처분청의 이 건 과세처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 조세심판관 합동회의 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 ․ 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.