청구법인의 대표이사는 법원에서 형을 감경받기 위하여 쟁점금액을 청구법인에게 반환한 것으로 보이는 점, 법인의 대표자에 대한 검찰의 수사가 반드시 당해 법인에 대한 세무조사로 이어지는 것은 아닌 점 등을 종합적으로 고려할 때, 쟁점금액은 사내유보처분이 타당함
청구법인의 대표이사는 법원에서 형을 감경받기 위하여 쟁점금액을 청구법인에게 반환한 것으로 보이는 점, 법인의 대표자에 대한 검찰의 수사가 반드시 당해 법인에 대한 세무조사로 이어지는 것은 아닌 점 등을 종합적으로 고려할 때, 쟁점금액은 사내유보처분이 타당함
○○세무서장이 2007.4.2. 청구법인의 소득금액을 재계산하면서 6,466,724,570원(2002년 3,203,508,124원, 2003년 2,339,658,040원, 2007년 405,014,224원, 2005년 518,544,182원)을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 한 소득금액변동통지는
1. 청구법인이 2006.3.9.부터 2006.4.21.까지의 기간 중 대표이사 박○○로부터 회수한 금액 5,945,685,617원에 대한 소득처분을 사내유보로 하여 소득금액변동통지 대상금액을 경정하고
2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.
(1) 이 건 비자금은 건설회사의 관행에 따라 조성되어 결국 회사의 운영자금으로 사용된 것이므로, 비자금의 조성등과 관련하여 청구법인이 실제로 지급하였으나 장부상 계상누락한 부외경비 134,098천원(이하 “쟁점부외경비”라 한다)은 청구법인의 손금으로 인정되어야 한다.
(2) 청구법인은 검찰의 수사기간 중에 법인의 자금을 횡령하였던 대표이사로부터 쟁점금액을 회수하고, 법인소득금액 계산상 익금에 산입하여 관련 법인세를 납부한 것으로, 청구법인의 대표이사는 쟁점금액과 관련된 사건에 대한 법원의 판결시 형을 경감받을 목적으로 쟁점금액을 청구법인에 반환한 것이고, 실제로 쟁점금액의 반환사실이 법원에서 양형에 참작되었으며, 처분청의 세무조사는 검찰의 수사가 종료된 때로부터 약 7개월 후에 착수되었는 바, 청구법인이 검찰의 수사가 진행 중인 경황없는 상황에서 처분청의 경정이 있을 것을 미리 예상하여 쟁점금액을 회수하였다고 보기 어려우므로 쟁점금액에 대한 소득처분은 대표자 상여가 아니라 사내유보롤 하여야 한다.
(1) 이 건 비자금은 상당부분이 박○○등에 의하여 횡령되었고, 청구법인이 손금산입을 주장하는 쟁점부외경비는 구체적인 사용처와 지출증빙의 제시가 없어 ㅊ어구법인의 업무와 관련되어 지급되었는지 여부를 확인하기 어려우므로 손금으로 인정하기 어렵다.
(2) 청구법인은 2005사업연도 결산시점인 2006년 6월에야 비자금을 각사업연도 대표자 미수금으로 계상한 후, 회수된 쟁점금액을 미수금의 회수로 장부에 반영하였으나 해당 사업연도에 대한 수정신고서는 별도로 제출하지 않았고, 검찰의 수사과정에서 비자금 조성혐의가 확인되자 처분청의 경정이 있을 것을 미리 예상하여 대표자로부터 쟁점금액을 회수한 것으로 보이며, ‘법인의 대표이사등이 법인자금을 유용하는 행위가 회수를 전제로 이루어진 것이 아니어서 사외유출이 일어난 그 시점에 납세의무가 성립된 조세는 사후에 그 소득금액을 법인에 환원하였다 하더라도 이미 성립된 납세의무에 영향을 줄 수 없다’는 대법원 판례의 취지 등을 감안할 때, 쟁점금액에 대한 소득처분을 대표자에 대한 상여가 아니라 사내유보로 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
① 쟁점부외경비를 청구법인의 손금으로 인정할 수 있는지
② 처분청의 세무조사가 개시되기 전에 횡령액을 회수한 쟁점금액에 대하여 그 소득처분을 사내유보로 하여야 한다는 청구주장의 당부
○ 법인세법(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제19조【손금의 범위】
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.
○ 법인세법시행령(2005.2.19 대통령령 18706호로 개정된 것) 제106조 【소득처분】
① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리 외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것, 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다. 가.~라. (생략)
④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.＜신설 2005.2.19＞ 부칙 제7조 【소득처분에 관한 적용례】 제106조 제4항의 개정규정은 이 영 시행후 수정신고하는 분부터 적용한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) ○○지방검찰청은 2006.1.16.부터 청구법인등 4개 계열회사로 구성된 ○○그룹의 제3자 뇌물공여 등의 혐의에 대하여 수사에 착수하여 박○○와 박○○를 구속 수사하면서, 2006.2.13. 및 2006.4.13.에 ○○지방법원에 박○○등에 대한 공소를 제기하였음이 ○○지방검찰청의 공소장(2006형제 ○○○○호 및 2006형제○○○○○)에 의하여 확인된다.
(2) 청구법인은 2006.3.9.부터 2006.4.21.까지 7회에 걸쳐 대표이사 박○○로부터 쟁점횡령액 중 쟁점금액 5.945,685,617원을 회수(2006.3.9. 795,985,617원, 2006.3.10. 16억원, 2006.3.13. 6억원, 2006.3.15. 2억원, 2006.3.21. 1.5억원, 2006.3.29. 10억원, 2006.4.21. 16억원을 회수)한 다음, 2006.6.30.자로 2005사업연도 법인세 과세표준 신고를 하면서 검찰의 수사결과에 따라 밝혀진 2002~2004사업연도 비자금(7,293백만원) 조성과 관련하여 주주 및 임원의 횡령금액을 과다계상된 공사원가에서 차감(비용감소)하여 미수금(자산증가)으로 계상하고, 과다계상된 공사수익금액을 공사수익에서 차감(수익감소)하는 한편, 횡령금액 중 회사의 업무와 관련된 금액 2,577백만원은 회사의 경비로 수정회계처리하는 등의 방법으로 2002~2004사업연도 재무제표를 재작성 하였으나, 해당 사업연도별 수정신고서는 별도로 제출하지 아니하고, 위 회계오류의 수정에 따른 누적호과(2002~2004사업연도 영업이익․경상이익․당기순이익의 변동내역과 미수금 및 미지급금등 채권․채무의 변동내역 등)와 2005사업연도에 조성한 비자금과 관련된 공사원가의 수정내역 등을 2005사업연도에 조성한 비자금과 관련된 공사원가의 수정내역 등을 2005사업연도 재무제표에 모두 반영하여 2005사업연도 정기분 법인세 과세표준신고서를 작성하였는 바, 그 구체적인 내역은 다음과 같다. 즉, 청구법인은 위 2002~2004사업연도에 발생한 오류가 재무제표의 신뢰성을 심각하게 손상할 수 있는 중대한 오류에 해당된다고 보아 2001.3.20 제정된 기업회계기준서 제1호(회계변경과 오류수정)23조 단서의 규정에 따라 2002~2004사업연도 당기순이익의 수정내역을 이후 사업연도의 손익계산서상 ‘전기오류수정손익’으로 계상하지 아니하고, 이익잉여금처분계산서상 ‘전기이월이익잉여금’에 계상하여 2005사업연도 이전의 오류가 2005사업연도 손익에 직접 영향을 미치지 않게 하는 방법으로 관련 재무제표를 재작성하고, 이로 인하여 발생한 2002~2004사업연도 법인세와 주민세 등은 별도로 계산하여 2005사업연도 재무제표상 미지급법인세로 계상함과 동시에 환급받아야 할 법인세와 주민세 및 대표자로부터 회수하여야 할 횡령액 등은 미수금으로 계상하는 등의 방법으로 2002~2004사업연도에 발생한 손익의 변동내역과 납부하여야 할 법인세의 변동내역 등을 2005사업연도 재무제표에 모두 반영하여 신고하였으며, 대표자로부터 회수한 쟁점금액은 회수한 사업연도의 장부에 대표자 미수금의 회수로 기장하였음이 청구법인의 2005사업연도 법인세 과세표준신고서와 이에 첨부된 부속서류 및 재무제표에 대한 감사보고서 등에 의하여 확인된다.
(3) 위 공소제기 사건과 관련하여 검사는 2006.6.28.자 공판에서 박○○를 징역 6년에, 박○○를 징역 4년에, 강○○을 징역 3년 및 집행유예 4년에 각각 처함이 상당하다고 구형하였으나(○○지방법원의 공판조서 2006고합○○, 2006.6.28. 참조), ○○지방법원 제13형사부는 2006.7.22. 박○○에게 징역 3년의 실형을, 박○○에게 징역 3년에 집행유예 4년을, 강○○에게 징역 1년 6월에 집행유예 3년을 각각 선고하였고(○○지방법원의 판결문 2006고합○○, 20067.22. 참조), 위 1심 판결에 대하여 박○○와 강○○은 항소를 포기하였으나, 박○○는 2006.7.18. ○○고등법원에 항소하였으며, ○○고등법원은 2006.11.10. 박○○의 형을 징역 3년의 실형에서 징역 2년 6개월의 실형으로 감경하였고(○○고등법원의 판결문 2006노○○○○, 2006.11.10. 참조), 법무부장관의 감형장에 의하면, 박○○의 형량은 2007.2.12. 대통령의 명령으로 나머지 형의 1/2이 감형되었음이 확인되는 바,
○○지방법원의 판결문에 의하면, 박○○등에 대한 양형의 이유가 ‘박○○등이 177여 억원의 비자금을 조성하여 자신의 변소에 의하더라도 50억원 이상은 개인대출금의 변제, 부동산 구입 등 개인적인 용도에 사용하였는 바, 법행이 적발된 이후 약 69억원을 회사에 반환하였다 하더라도 그 불법성과 죄질이 결코 가볍다고는 할 수 없으나, 수사단계부터 범행을 자백하고 자신의 잘못을 깊이 뉘우치고 있는 점, 박○○의 경우에는 70세에 달하는 고령인 점 등을 고려하여 형을 정하였다’는 취지로 기재되어 있고, ○○고등법원의 판결문에 의하면, 박○○에 대한 형량의 감경 사유가 ‘박○○의 이 사건 업무상 횡령행위가 3년여의 장기간에 걸쳐 이루어졌고, 그 총액이 177억원 이상의 거액인 점, 비자금 조성을 통한 기업자금의 횡령은 기업의 투명성을 저해하며, 주주․채권자․거래당사자 등에게 예측하지 못한 손해를 입힐 뿐만 아니라 결국에는 기업에 대한 신뢰, 시장에 대한 신뢰를 떨어뜨림으로서 시장경제질서를 손상하는 결과를 낳게 된다는 점에서 그 죄가 결코 가볍다고 할 수 없으나, 이 사건 피해자들인 ○○그룹의 관계회사는 모두 피고인 또는 그 가족이 지분을 소유하고 있는 점, 이사건 횡령금액 중 100억원 이상이 결과적으로 피해자들을 위하여 사용된 것으로 보이는 점, 피고인은 피해자들에게 위 횡령금액 중 자신이 개인용도로 사용한 금액보다 훨씬 많은 100억원 상당 이상을 현금 또는 부동산 등으로 반환하는 것으로 보이는 점, 위 피고인이 고령이고 건강상태가 좋지 않는 점 그 밖에 피고인의 성행, 가정환경, 이 사건 범행의 동기, 수단, 결과 및 범죄후의 정황 등이 사건 변론에 나타난 제반 정상을 참작하여 피고인에게 징역 3년의 실형을 선고한 원심의 형량은 너무 무거워 부당하므로 박○○의 형량을 징역 2년 6개월의 실형으로 감경한다’는 취지로 기재되어 있다.
(4) 조사관서는 2006.11.6.부터 2006.12.15.까지 청구법인등에 대한 세무조사를 실시하고, 청구법인이 2002~2004사업연도에 가공원가 계상 등을 통하여 조성한 비자금 중 자산구입비용 등으로 사용된 것으로 확인된 금액 등을 제외한 나머지 쟁점횡령액은 대표자의 개인적인 유용 등으로 사외에 유출되었다고 보아 대표자에 대한 상여로 소득처분하였고, 2005사업연도 가공매입액 및 유용액에 대하여는 청구법인이 2005사업연도 정기분 법인세 신고시 결산서에 반영하였으므로 별도의 세무조정은 하지 아니하였으나, 가공매입과 관련하여 장부상계상한 대표자 미수금 잔액은 대표자 가지급금으로 보아 인정이자를 익금산입하고, 관련 차입금이자를 손금불산입하였다.
(5) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 장부상 계상누락하였으나 청구법인의 손금으로 인정되어야 한다고 주장하는 쟁점부외경비의 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인이 손금산입을 주장하는 쟁점부외경비의 내역 (단위: 천원) 구분 지급일자 지급내역 지급액 제출증빙 1 02.12.02
○○동 M/H부지 임차료 15,000 지출결의서 2 03.01.21
○○아파트 하자보수비 (입주자 대표 김○○) 10,000 지출결의서, 영수증 3 03.12.31
○○ 등반대회 시상금 4,900 없음 4 04.06.28 김○○ 법무사 지급수수료 43,720 없음 5 04.07.26
○○동 빌라 하자 보증합의금 (○○보증보험) 7,400 합의서, 지출결의서, 무통장입금증, 지급동의서 6 04.08.04 8,239 없음 7 05.02.15 김○○ 법무사 지급수수료 4,600 지출결의서, 무통장입금증 8 05.07.11 김○○ 소장 급여(추가 지급) 2,239 지출결의서 9 05.07.15 김○○ 소장 급여(퇴직위로금) 25,000 없음 10 05.10.11 최○○ 퇴직위로금 5,000 지출결의서, 무통장입금증 11 05.10.28.
○○현장 하자 처리금 8,000 합 계 134,098 (나) 먼저, 쟁점부외경비의 지급사실이 확인되는지 여부를 경비별로 살펴본다.
1. 청구법인은 위 1금액을 ○○시 ○○동 소재 모델하우스를 짓기 위하여 부지 임차료로 지급하였고, 3금액을 2004년에 직원등반대회를 하면서 시상금으로 지급하였으며, 4금액과 7금액을 김○○ 법무사에게 수수료로 지급하였고, 10금액을 최○○에게 퇴직금으로 지급하였다고 주장하나, 지출결의서 이외에 실제 지급여부를 확인할 구체적인 증빙을 제시하지 아니한 채, 거래상대방에게 확인하면 지급사실이 곧바로 확인될 것이라는 주장을 하고 있는 것으로, 청구법인이 제출한 자료만으로는 동 금액이 실제로 지급되었는지 여부를 확인하기 어려울 뿐만 아니라, 청구법인의 업무와 직접 관련된 지급액인지 여부도 확인하기 어렵다.
2. 청구법인은 위 2금액을 청구법인이 경기도 화성시 ○○읍 ○○리에 신축한 ○○아파트의 하자종결비로 입주사 대표 김○○에게 지급하였다고 주장하면서, 지출결의서와 김광덕의 영수증을 제시하고 있는 바, 청구법인이 제출한 자료만으로는 동 금액이 실제로 지급되었는지 여부와 청구법인의 업무와 직접 관련된 지급액인지 여부를 확인하기 어렵다.
3. 청구법인은 위 5금액과 6금액을 청구법인이 ○○시 ○○구 ○○동 40-37번지에 신축한 ○○스카이빌의 하자보수보증금으로 입주자 대표 전○○에게 지급하기 위하여 ○○보증보험증권 ○○동지점으로 무통장 입금하였다고 주장하면서 합의서와 무통장입금증 및 청구법인이 ○○보증보험증권 ○○동지점에 제출하였다는 하자보증금 지급동의서 등을 제시하고 있는 바, 청구법인이 위 5금액과 6금액을 ○○보증보험증권 ○○동지점으로 입금하였고, 동 금액이 입주자 대표에게 지급된 것으로 보이나, 청구법인이 제시한 자료만으로는 청구법인이 위 ○○스카이빌을 실제로 신축하였는지 여부와 동 금액이 청구법인의 업무와 직접 관련된 지급액인지 여부 및 동 금액이 청구법인이 기 신고한 손금에 포함된 금액인지 여부는 확인하기 어렵다.
4. 청구법인은 위 8금액과 9금액이 ○○시 ○○동에 신축한 오피스텔의 현장소장 김○○에 대한 급여와 퇴직위로금으로 지급되었다고 주장하면서 지출결의서와 무통장입금증을 제시하고 있는 바, 청구법인이 2005.7.11. 김○○에게 8금액을 무통장입금한 것으로 확인되나, 9금액과 관련하여서는 2005.7.15.자 지출결의서에 ‘서초동 오피스텔 김소장 합의금’이라고 기재되어 있을 분, 실제 지급사실을 확인할 구체적인 증빙의 제시가 없어 청구법인이 제시한 자료만으로는 동 금액들이 청구법인의 업무와 직접 관련된 지급액인지 여부와 청구법인이 기 신고한 손금에 포함된 금액인지 여부는 확인하기 어렵다.
5. 청구법인은 위 11금액을 청구법인이 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동에 신축한 ○○마을 ○○아파트의 입주자 대표 장○○에게 하자보수 종결 합의금으로 지급하였다고 주장하면서 하자보수 종결 합의서와 무통장입금증을 제시하고 있는 바, 청구법인이 장○○에게 위 11금액을 지급한 것으로 보이나, 동 금액이 청구법인의 업무와 직접 관련된 지급액인지 여부와 동 금액이 청구법인이 기 신고한 손금에 포함된 금액인지 여부는 확인하기 어렵다. (다) 위의 내용을 종합해 보면, 위 (나)목 1)~2)호의 금액들은 모두 지급사실조차 확인되지 아니하고, 3)~5)호의 금액들 중 일부 금액은 실제 지급된 것으로 보이나, 청구법인의 업무와 직접 관련된 지급액인지 여부를 확인하기 어려우며, 또한 기 신고한 손금에 이미 포함된 금액인지 여부를 확인하기 어렵다. 따라서, 쟁점부외경비를 청구법인의 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(6) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 처분청은 청구법인이 2002~2004사업연도분에 대하여 해당 사업연도별 수정신고서를 별도로 제출한 사실이 없어 청구법인이 법인세법시행령 제106조 제4항 본문의 요건을 갖추어 신고하였다고 볼 수 있는지 의문이라는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다.
1. 2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정된 법인세법시행령 제106조 제4항 본문의 규정에 의하면, ‘내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다’고 규정되어 있고, 국세기본법 제45조 제1항 에서는 ‘과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다’고 규정되어 있는 바, 위 규정은 당초 2000.12.29.자 법인세법시행령 개정(대통령령 17033호)시 신설하였다가, 2003.12.30.자 법인세법시행령 개정(대통령령 제18174호)시 삭제하였던 것을 2005.2.19.자 법인세법시행령 개정(대통령령 제18706호)시 다시 신설한 것으로, 위 규정을 다시 신설한 취지는 매출누락․가공경비의 계상 등의 방법으로 부당하게 사외유출된 금액에 대하여는 대표자에 대한 상여등 소득처분의 기본원칙에 따라 귀속자에게 소득처분하여 법인세는 물론 소득세도 징수하는 것이 원칙이나, 당해 법인이 수정신고기한내에 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 익금산입하여 신고하는 경우에는 그 소득처분을 유보로 하여 과도한 세부담의 불이익이 없도록 하고, 당해 법인에게 자발적인 자기시정의 기회를 부여하는데 있다고 할 것이다(재정경제부 예규 법인-375, 2005.10.31. 참조).
2. 이 건의 경우, 청구법인은 2002~2004사업연도 법인세 과세표준의 수정신고와 관련하여 쟁점금액의 회수사실 이외에도 수정할 사항이 상당부분 있으므로 2002~2004사업연도 재무제표를 다시 작성하고 이에 따른 회계오류수정 내역을 2005사업연도 재무제표에 모두 반영하여 2002~2004사업연도 오류수정분에 대한 법인세를 2005사업연도 정기분 법인세 과세표준신고서에 첨부된 재무제표에 모두 기재하여 신고를 하였다는 것으로, 위 (2)항에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 2002~2004사업연도에 사외유출된 쟁점금액을 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 이내에 회수하고, 동 금액을 해당 사업연도의 익금에 산입하여 신고하면서 신고의 형식상 수정신고서는 해당 사업연도별로 별도로 제출하지 아니하였으나, 기업회계기준서 제1호 제23호 단서에서 정하는 바에 따라 쟁점금액을 포함하여 2002~2004사업연도의 오류정정분에 대한 손익의 변동분과 이에 따른 법인세 등의 변동분을 자산․부채화하여 2005사업연도 정기분 재무제표에 반영하고, 이를 기초로 2005사업연도 법인세 과세표준신고를 한 것으로 확인되는 바, 회수된 횡령액인 쟁점금액을 포함하여 유출된 횡령액 전액이 당초 유출된 2002~2004사업연도의 수익금액에 포함되어 신고된 사실은 분명하고, 신고의 내용상 쟁점금액에 대한 법인세를 납부하겠다는 의사표시가 포함되어 있느등 조세의 일실은 없었다고 보이며, 이에 대하여 처분청이 귀속 사업연도별로 소득금액을 재계산하여 법인세를 과세하였으므로 청구법인이 쟁점금액을 해당 사업연도의 익금에 산입하여 신고하지 아니하였다고 보기는 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 처분청은 청구법인이 검찰의 수사결과에 따라 쟁점금액을 회수하고 익금산입한 것이 법인세법시행령 제106조 제4항 단서의 소정의 ‘경정이 있을 것을 미리 알고’한 경우에 해당된다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다.
1. 2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정된 법인세법시행령 제106조 제4항 단서의 규정에 의하면, ‘다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있는 바, 위 규정은 같은항 본문의 규정에 의하여 당해 법인이 수정신고기한내에 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 익금산입하여 신고하는 경우에는 그 소득처분을 유보로 하여 과도한 세무담의 불이익이 없도록 하는 대신, 처분청으로부터 세무조사 통지를 받거나 과세자료에 대한 소명안내문을 받는 등 처분청의 경정이 있을 것이 충분히 예상되는 상황에서 당해 법인이 상여처분을 면할 목적으로 사외유출된 금액을 회수하고, 익금산입하여 신고하는 경우에는 그 소득처분을 상여로 하여 소득세를 추가로 과세하겠다는 취지로 보인다.
2. 이 건의 경우, 처분청은 청구법인에 대한 검찰의 수사가 사실상 종결된 때(2006.4.13.)로부터 약 7개월 이후이자, 이 건에 대한 ○○지방법원의 1심 판결이 있은 날(2006.7.22.)로부터 약 3개월 이후인 2006.11.6.에야 청구법인에 대한 세무조사에 착수하였고, 청구법인이 쟁점금액을 익금에 산입하여 신고하기 전까지는 청구법인에 대하여 세무조사통지나 과세자료에 대한 소명안내문 발송 등 어떠한 조치도 취한 사실이 없으며, ○○지방검찰청장이 2006.4.13. 이 건에 대한 공소를 제기하면서 국세청장에게 청구법인의 조세포탈 혐의하실을 통보한 것을 확인되나 청구법인이 이러한 사실을 미리 알았다고 볼 객관적인 증거가 없는 점, 청구법인의 대표이사는 법원에서 형을 감경받기 위하여 쟁점금액을 청구법인에게 반환한 것으로 보이는 점, 법인의 대표자에 대한 검찰의 수사가 반드시 당해 법인에 대한 세무조사로 이어지는 것은 아닌 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인이 ‘처분청의 경정이 있을 것을 미리알고’ 사외유출된 금액을 회수하여 익금산입한 것으로 보기는 어려운 것으로 보인다. (다) 또한, 처분청은 법인의 대표이사등이 법인자금을 유용하는 행위가 회수를 전제로 이루어진 것이 아니어서 사외유출이 일어난 그 시점에 납세의무가 성립된 조세는 사후에 그 소득금액을 법인에 환원시켰다 하더라도 이미 성립된 납세의무에 영향을 줄 수 없다는 대법원 판례(대법원 99두3324, 2001.9.14. 참조)의 취지등을 감안할 때, 쟁점금액에 대한 소득처분을 대표자에 대한 상여가 아니라 사내유보로 하기 어렵다는 의견이나, 위 판례는 2000.12.29.자로 위 법인세법시행령 제106조 제4항 소정의 소득처분에 대한 특례규정이 신설되기 이전의 사안에 대한 판례로 이 건과는 직접 관련이 없는 판례로 보인다. 따라서, 쟁점금액에 대한 소득처분은 사내유보로 하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.