청구법인이 처분청의 요청에 따라 세법상 협력의무인 지급조서 제출의무를 적극적으로 이행하려 한 정황이 나타나고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 이 건의 경우에는 청구법인이 지급조서를 그 기한 내에 제출하지는 아니하였으나 그 의무불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 것으로 봄이 상당하므로 지급조서미제출가산세를 부과한 처분은 부당함
청구법인이 처분청의 요청에 따라 세법상 협력의무인 지급조서 제출의무를 적극적으로 이행하려 한 정황이 나타나고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 이 건의 경우에는 청구법인이 지급조서를 그 기한 내에 제출하지는 아니하였으나 그 의무불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 것으로 봄이 상당하므로 지급조서미제출가산세를 부과한 처분은 부당함
○○세무서장이 2007.2.6. 청구법인에게 한 2005.1.1. ～ 2005.12.31.사업연도 법인세(지급조서미제출가산세) 1,023,566,010원의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 국세청 홈페이지 홈택스서비스를 통한 지급조서 제출의 경우 어느 단계에서 제출이 완료된 것으로 볼 것인지 명확한 세부 규정이 없을 뿐만 아니라, 홈택스서비스를 통하여 지급조서를 제출하는 과정에서 제출완료시점에 대한 명확한 안내도 없었고, 청구법인이 제출기한인 2006.2.28.에 홈택스서비스에 10회 이상 접속하여 안내 화면에 따라 지급조서를 제출하기 위한 모든 노력을 다하였으므로, 청구법인이 쟁점지급조서를 제출한 것으로 보아야 한다.
(2) 설령, 쟁점지급조서가 제출되지 아니한 것으로 볼 경우에도 처분청의 요구에 따라 국세행정 업무에 충실히 협조하는 과정에서 부득이 하게 지급조서를 미제출하게 되었고, 다음과 같이 정당한 사유가 있으므로 이 건 가산세부과는 취소되어야 한다. (가) 청구법인은 2004사업연도 이전에는 지급조서를 수동으로 또는 전산처리된 디스켓으로 제출하여 왔으나, 2005사업연도의 경우 처분청이 2006년 1월경 과세당국의 행정편의를 높이고자 향후 지급조서 제출시 반드시 국세청 홈택스서비스(국세정보통신망)를 이용하여 제출할 것을 청구법인에게 공문으로 요청하기에, 간편한 디스켓으로 제출하여도 전혀 법적 흠결이 없음에도 불구하고 국세행정에 최대한 협조하고자, 과세당국이 2006년부터 최초로 홈택스서비스를 통하여 지급조서를 접수하면서 발생할 수 있는 여러 위험부담과 전자적 제출에 소요되는 금전적 추가부담을 청구법인이 감수하면서 홈택스서비스를 이용하여 쟁점지급조서를 제출하게 되었다. (나) 청구법인은 분량이 많지 아니한 퇴직소득, 기타소득은 임시직 직원을 충원하여 직접 홈택스서비스의 화면에 입력하는 방법으로 지급조서를 제출하였으나, 2005년 중 소속직원에게 지급한 갑종근로소득은 그 분량이 많아 이를 일일이 직접 입력할 수 없어 홈택스서비스 중 전산매체붙여넣기를 사용하여 관련 지급조서를 제출하기로 하고 지급조서 제출에 필요한 작업을 마친 다음, 기 퇴직한 직원까지 동원하여 홈택스서비스 안내화면에 따라 지급조서를 제출하고 있었는데, 청구법인의 급여프로그램에서 산출된 관련파일을 불러와서 국세청의 오류검증프로그램에 의한 오류검사를 마치자 팝업창에 “자료처리가 완료되었습니다. 저장하시겠습니까.”라는 문구와 함께 Yes 또는 No를 선택하는 아이콘이 나타났고, 이에 Yes를 클릭하자 “파일을 입력 또는 선택하여 주세요.”라는 안내화면이 다시 등장하기에 그 안의 “종료”아이콘을 클릭하였는데 갑자기 초기화면으로 이동하였으며, 이에 지급조서가 정상적으로 저장되었는지를 재차 확인할 목적으로 왼쪽선택항목에서 현황조회를 선택․확인한 결과 청구법인이 제출하려 한 항목이 모두 화면에서 귀속월별로 정리되어 나타났으며, 따라서 국세청 전산시스템에 지급조서가 성공적으로 저장된 것으로 생각하였는데 잠시 후에 “신고서에 대한 오류 점검중입니다.”라는 안내문구가 잠깐 나타난 뒤 이어서 “해당사업자 지급조서가 정상적으로 백업되었습니다. 파일 이름은 1208159027.301.Tue.입니다.”라는 안내화면이 나타났으며, 이에 청구법인은 지급조서를 제대로 제출한 것으로 믿을 수밖에 없었다. (다) 청구법인이 제출기한 당일(2006.2.28) 총 10회에 걸쳐 홈택스서비스에 접속하여 지급조서 제출 협력의무를 다하기 위하여 노력하 였다는 점은 국세청 전산실이 확인한 접속내역에 의하여서도 확인된다. (라) 납세자가 지급조서를 홈택스서비스를 통하여 제출하는 경우 구체적으로 어느 단계에서 지급조서의 제출이 완료되는지 및 통상의 지식과 경험을 갖춘 납세자가 수많은 지급조서자료를 쉽게 완료할 수 있는 정도의 충분한 설명이 국세청 홈택스서비스 화면이나 국세청이 발간한 지급조서 전자제출 사용자 설명서에 제시되지 아니하였고, 청구법인이 이 건과 관련하여 과세전적부심사를 청구한 이후 국세청이 지급조서 제출과 관련하여 홈택스서비스 안내문을 보다 상세히 하는 한편 유의사항을 추가하였으며, 또한 “해당사업자 지급조서가 정상적으로 백업되었습니다.”라는 안내문구를 “해당사업자 지급조서가 입력한 PC에 임시적으로 저장되었습니다.”라고 변경한 것만 보더라도 과세당국도 홈택스서비스의 진행과정 및 안내문구의 문제점을 인정하고 있음을 알 수 있다. (마) 지급조서를 디스켓으로 제출하는 경우 제출된 지급조서에 오류가 있으면 그에 해당하는 금액에 한하여 가산세가 부과되는 데 반하여, 홈택스서비스를 통한 전자적 제출의 경우에는 한 건의 오류가 있는 경우에도 지급조서 제출자체가 불가능하게 되어 결국 전체 지급금액에 대한 막대한 가산세를 부담하게 된다는 점에서 형평성이 어긋나게 되고, 국세행정에 적극적으로 협력한 청구법인의 오류에 대하여서 더 큰 가산세를 부과하는 부당한 결과를 초래하며, 디스켓으로 제출하는 경우 오류가 있을 시에 추가적으로 보정 기간을 주는 것이 일반적이나, 이 건의 경우에는 청구법인이 아무런 보정기회도 부여받지 못하였으므로 부당하다.
(1) 청구법인이 제출기한인 2006.2.28.까지 지급조서를 국세정보통신망에 전송한 사실이 없고, 당시 국세청 홈택스 전산시스템이 정상적으로 가동되었으므로 쟁점지급조서가 제출된 것으로 보아야 한다는 청구법인은 주장은 이유없다. (2) 청구법인이 지급조서를 제출한 것으로 판단한 백업파일(1208159027: 청구법인 등록번호, 301: 근로소득, Tue:화요일)은 임시저장 파일로서 쟁점지급조서 담당자의 개인 컴퓨터에 내장된 메모리에 다음 파일이 생성될 때까지 일시적으로 보관․저장하는 기능을 담당하는 것일 뿐, 화요일에 생성된 백업파일은 다음 화요일에 다른 작업이 있으면 자동 삭제되는 임시저장 파일에 불과하고, 홈택스서비스를 통하여 지급조서를 전송하는 방법에 대하여서는 홈택스홈페이지 “지급조서자료제출”을 누르면 “지급조서를 전송하면 전자제출 접수증이 발급되어 제출내용을 확인할 수 있고, 제출현황조회에서도 전송된 자료를 확인할 수 있습니다.”라고 공지하고 있고, 지급조서 전자제출에 필요한 사용자 설명서를 홈택스서비스 화면에서 내려 받아 이용하게 하고 있으며, 당해 사용자 설명서 30쪽, 31쪽, 38쪽 등에서 지급조서의 입력, 전송, 접수결과 확인 등을 구체적으로 안내하고 있으며, 또한 당해 사용자 설명서 140쪽의 전자제출관련 유의사항 및 자주 묻는 질문에서는 전송하는 방법, 백업파일에 관하여 언급하고 있으며, 당시에 홈택스서비스 전산시스템이 정상적으로 가동되었으므로 당초 처분은 정당하다.
① 청구법인이 지급조서를 기한 내에 제출한 것으로 볼 수 있는지 여부
② 청구법인이 지급조서를 기한 내에 제출하지 못한 데에 정당한 사유가 있으므로 가산세부과가 부당하다는 주장의 당부
○ 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제120조 【지급조서의 제출의무】
① 제73조 제1항의 규정에 의한 원천징수의무자는 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 지급조서를 제출하여야 한다.
② 소득세법 제164조 의 규정은 제1항의 규정에 의한 지급조서의 제출에 관하여 이를 준용한다.
○ 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제76조 【가산세】
⑦ 납세지 관할세무서장은 제120조ㆍ제120조의2 또는 소득세법 제164조 ㆍ제164조의2의 규정에 의하여 지급조서를 제출하여야 할 내국법인이 동법 동조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 기한내에 이를 제출하지 아니하였거나 동조의 규정에 의하여 제출된 지급조서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제출기한 경과 후 1월 이내에 제출하는 경우에는 100분의 2를 100분의 1로 하고, 산출세액이 없는 때에도 가산세는 징수한다.
○ 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제164조 【지급조서의 제출】
① 제1조의 규정에 의하여 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나의 소득에 해당하는 소득금액 또는 수입금액을 국내에서 지급하는 자(괄호 생략)는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지급조서를 그 지급일(괄호 생략)이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일(괄호 생략)까지 원천징수 관할세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다.(단서 생략)
③ 제1항의 규정에 의하여 지급조서를 제출하여야 하는 자는 지급조서의 기재사항을 국세기본법 제2조 제18호 의 규정에 의한 정보통신망에 의하여 제출하거나 전산처리된 테이프 또는 디스켓 등으로 제출하여야 한다.(후단 생략)
○ 국세기본법 제85조의4 【서류접수증 교부】
① 납세자 또는 세법에 의하여 과세자료를 제출할 의무가 있는 자(이하 “납세자 등”이라 한다)로부터 과세표준신고서, 과세표준수정신고서, 경정청구서 또는 과세표준신고ㆍ과세표준수정신고ㆍ경정청구와 관련된 서류 및 기타 대통령령이 정하는 서류를 제출받는 경우에는 세무공무원은 납세자 등에게 접수증을 교부하여야 한다. 다만, 우편신고 등 대통령령으로 정하는 경우에는 접수증을 교부하지 아니할 수 있다.
② 납세자 등으로부터 제1항의 신고서 등을 국세정보통신망에 의하여 제출받은 경우에는 당해 접수사실을 전자적 형태로 통보할 수 있다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점①에 대하여 본다. 청구법인은 국세청 홈페이지 홈택스서비스를 통한 지급조서 제출의 경우 어느 단계를 제출로 볼 것인지 명확한 세부 규정이 없을 뿐만 아니라, 홈택스서비스를 통하여 지급조서를 제출하는 과정에서 제출완료시점에 대한 명확한 안내도 없었고, 청구법인이 제출기한인 2006.2.28.에 홈택스서비스에 10회 이상 접속하여 안내 화면에 따라 지급조서를 제출하기 위한 모든 노력을 다하였으므로 지급조서를 제출한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인이 제출기한인 2006.2.28.까지 지급조서를 국세정보통신망에 전송한 사실이 확인되지 아니하고, 당시 국세청 홈택스 전산시스템이 정상적으로 가동된 것으로 나타나므로 쟁점지급조서를 제출한 것으로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다. 청구법인은 지급조서를 기한 내에 제출하지 못한 데에 정당한 사유가 있으므로 가산세부과가 부당하다고 주장하면서 지급조서 전자제출관련 처분청의 안내문, 지급조서를 제출하면서 저장한 홈택스서비스 화면 및 임시 생성된 파일, 국세청에서 확인한 청구법인의 홈택스서비스 접속내역, 이 건 관련하여 변경된 홈택스서비스 안내문구 등을 제출하였다. (가) 이 건 과세자료에 의하면, 2006년 6월경 청구법인의 직원이 은행대출 및 미국비자 발급에 필요한 근로소득금액증명원을 처분청으로부터 발급받는 과정에서 청구법인이 쟁점지급조서를 기한 내에 제출하지 아니한 사실이 확인되었고, 이에 처분청은 법인세법 제76조 제7항 의 규정에 따라 청구법인에게 지급조서미제출가산세로 이 건 법인세를 부과한 것으로 나타난다. (나) 법인세법 제120조 에서는 소득금액을 지급하는 법인으로 하여금 소득세법 제164조 의 규정을 준용하여 지급조서를 제출하도록 규정하고 있고, 소득세법 제164조 는 지급조서의 기재사항을 국세기본법 제2조 제18호 의 규정에 의한 정보통신망에 의하여 제출할 수 있도록 2003.12.30. 개정(법률 제7006호)되었으나, 청구법인은 2004년 귀속 지급분에 대한 지급조서 4건 중 1건만 국세청 홈택스서비스(국세정보통신망)를 이용하고, 나머지 3건은 디스켓으로 제출하였다. (다) 청구법인은 당초 2005년 귀속분에 대한 지급조서도 디스켓으로 제출하려 하였으나, 2006년 1월경 처분청으로부터 “근로소득 등의 지급조서를 꼭 국세청 홈택스를 이용하여 전자제출하여 주실 것을 부탁드립니다.”라고 기재된 “2005년 귀속 지급조서 전자제출 및 일용근로소득자료 제출 안내문”을 받고, 여러 위험부담과 금전적 추가부담에 불구하고 국세행정에 협조하기 위하여 2005년 귀속분 지급조서를 처음으로 국세청 홈택스서비스 인터넷홈페이지를 통하여 제출하게 되었다고 주장하는 바, 처분청이 지급조서 전자제출과 관련하여 안내문을 보낸 사실은 청구법인이 제출한 처분청 담당자의 확인서에 의하여 확인된다. (라) 청구법인은 2005.1.14. 주식회사 어○텔레콤을 흡수합병하여 지급조서 제출대상 인원이 종전 217명에서 966명으로 크게 증가하였고, 이에 따라 연말정산, 지급조서제출 관련 업무량이 늘어났을 뿐만 아니라, 청구법인은 종전에 HRIS라는 자체적인 급여프로그램을 사용해 왔으나, 해외모법인의 방침에 따라 2005년 8월경부터 합병으로 인해 이원화되었던 급여프로그램을 하나로 통합하고, 글로벌 통합프로그램을 구축하기 위하여 호주법인이 개발한 급여프로그램인 ADP급여시스템을 도입하게 되었는데, 새로 도입한 ADP급여시스템은 국내 원천징수 및 연말정산 등에 관한 세부사항을 충분히 반영하지 아니하는 등 국내실정과 맞지 아니하여 청구법인이 당해 프로그램을 실제 운용하면서 발견되는 문제점을 일일이 호주법인에게 수정을 요청하여 해결하여 온 것으로 청구법인이 제출한 관련 증거서류에 나타난다. (마) 청구법인은 위에서 살펴 본 바와 같이 연말정산, 지급조서제출 관련 업무량이 증가하자 지급조서 제출 등을 위하여 청구외 도
○○ 을 계약직으로 2006.1.23.부터 2006.2.28.까지 임시 채용하여 2006.2.8. ～ 2006.2.28. 기간 동안 비교적 제출분량이 많지 아니한 거주자 사업소득, 비거주자 기타소득 및 사업소득, 이자 및 배당소득, 기부금 지급내역, 퇴직자의 갑종근로소득, 퇴직소득 등을 국세청 홈택스서비스에 접속하여 일일이 직접 입력하는 방식으로 지급조서 제출을 완료하였으나, 청구법인은 제출하여야 할 지급조서의 대부분을 차지하는 총 994명에게 지급한 갑종근로소득은 이를 홈택스서비스에서 직접 입력하기가 현실적으로 불가능하여 청구법인의 급여프로그램에서 생성되는 파일을 이용하여 지급내역을 전산매체로 변환한 다음 이를 입력화면에 붙여 넣는 방식으로 제출하려한 것으로 나타난다. (바) 청구법인은 갑종근로소득과 관련한 쟁점지급조서를 제출하면서 새로 도입한 ADP급여시스템은 국내 원천징수 및 연말정산 등에 관한 세부사항을 충분히 반영하지 않는 등 국내실정과 맞지 아니하여 어려움을 겪었고, 문제점이나 장애가 발생하는 경우에도 당해 급여시스템의 프로그램을 자체적으로 수정할 수 없어 매번 호주법인에게 수정을 요청하여 해결해 온 사실이 청구법인 직원 이혜원이 2006.2.13. ～ 2006.2.28. 기간 동안 프로그램 수정을 위하여 호주법인 담당자에게 보낸 총39회의 이메일 교신내역에 의하여 확인된다. (사) 2007.12.28. 조세심판관 회의 및 2008.7.25. 조세심판관합동회의시 담당직원인 이○○의 진술, 청구법인이 제출한 관련 파일 등에 의하면, 청구법인 직원 이○○은 담당업무가 급여담당이나, 쟁점지급조서가 직원 994명에게 지급한 갑종근로소득자료로서 그 분량이 많아 이를 제출하기 위하여는 새로 도입한 ADP급여시스템에서 지급조서 전송에 필요한 전산파일이 우선 생성되어야 하고, 청구법인에서 종전에 지급조서 관련업무를 담당한 직원이 퇴사(2004년 귀속분 지급조서를 제출한 방○○는 2005.8.7.에 퇴사하였고, 이후 관련업무를 담당한 직원인 정○○도 2005.12.31.에 퇴사함)하였기 때문에 회계나 세무에 관한 지식이 부족한 이○○이 담당업무가 급여담당임에도 쟁점지급조서를 제출하는 업무를 처음으로 맡게 되었으며, 직원 이○○은 지급조서 제출기한인 2006.2.28.에만 총 8회의 호주법인 담당자와의 이메일 교신을 거쳐 당일 오후 2시 30분경 새로 도입한 ADP급여시스템으로부터 지급조서 제출에 필요한 전자파일을 생성하였고, 이를 전산매체파일로 변환하기 위하여 오류를 검증하였는데 호주법인에서 개발된 ADP급여시스템이 국내실정과 맞지 아니하여 변환된 전산매체 파일에서 주민등록번호, 부양가족 코드 등 총 140건의 오류가 발생하여 개인별 소득공제신청서 및 그 첨부서류와 대조하여 2006.2.28. 오후 10시경 수정을 완료하였으며, 이후 홈택스서비스에 접속하여 전산매체로 변환된 파일을 불러와서 제출을 시도하였으나 홈택스서비스 제출과정상의 오류검사에서 다시 한 건의 오류가 남아 있는 것으로 나타나고 그 원인을 알 수 없어, 퇴사한 전임자 정○○에게 쟁점지급조서 제출에 필요한 전산파일을 이메일로 전송하고 지급조서를 제출할 수 있도록 부탁하였으며, 정○○는 자신이 당해 파일의 오류를 수정하고 홈택스서비스에 접속하여 지급조서 제출을 완료하였다면서 당일 오후 11시 51분경 이○○에게 지급조서 제출시 저장한 파일(1208159027.301.Tue)을 이메일로 보내 왔으며, 이에 이○○은 지급조서가 제대로 제출된 것으로 믿었고, 2006년 6월경 청구법인 직원이 근로소득금액증명원을 발급받기 위해 처분청을 방문하기 전까지 청구법인과 처분청 모두 쟁점지급조서가 미제출된 사실을 몰랐던 것으로 나타난다. (아) 정○○가 이○○에게 2006.2.28. 오후 11시 51분경 보낸 지급조서 제출시 저장한 파일(1208159027.301.Tue.)과 2008.7.25. 조세심판관합동회의시 이○○의 진술 의하면, 정○○는 이○○으로부터 받은 전산매체 변환파일을 홈택스서비스 화면에 불러와서 오류검증프로그램에 의한 오류검사를 마쳤고, 이후 팝업창에 “자료처리가 완료되었습니다. 저장하시겠습니까.”라는 문구와 함께 Yes 또는 No를 선택하는 아이콘이 나타나자 Yes를 클릭하였으며, “파일을 입력 또는 선택하여 주세요.”라는 안내화면이 다시 등장하여 그 안의 “종료”아이콘을 클릭하였는데 갑자기 초기화면으로 이동하였으며, 이에 지급조서가 정상적으로 저장되었는지를 재차 확인하기 위해 왼쪽선택항목에서 “현황조회”를 선택․확인하자 청구법인이 제출하려 한 항목이 모두 화면에서 귀속월별로 정리되어 나타났으며, 잠시 후에 “신고서에 대한 오류 점검중입니다.”라는 안내문구가 잠깐 나타난 뒤 이어서 “해당사업자 지급조서가 정상적으로 백업되었습니다. 파일 이름은 1208159027.301.Tue.입니다.”라는 안내화면이 제시되었으며, 이에 청구외 정○○는 지급조서를 제대로 제출한 것으로 믿은 것으로 나타난다. (자) 국세청 전산실 소속 사무관 전○○가 2008.7.25. 조세심판관합동회의시 출석하여 홈택스서비스 중 지급조서 제출과정을 시연하였는바, 이에 의하면 청구법인이 지급조서를 제출한 것으로 오인한 “해당사업자 지급조서가 정상적으로 백업되었습니다.”라는 안내문구는 지급조서 제출 도중에 다음 단계로 나아가지 아니하고 종료버튼을 누르는 경우, 지급조서 제출화면이 담긴 창을 강제로 종료하는 경우, 지급조서 제출과정에서 갑자기 접속을 중단하는 경우에 매번 제시되는 것으로서, 접속 중인 사용자가 입력한 자료를 잃어버리지 않도록 하기 위하여 제공되는 안내문구인 것으로 나타나고, 시연한 내용에 의하면, 홈택스서비스를 통하여 지급조서를 제출하는 경우에 지급조서의 종류와는 관계없이 모두 동일한 절차에 의하여 제출되며, 오류검증후 화면 하단의 “지급조서보내기”라는 버튼을 누르면 제출하려는 지급조서를 전송한다는 안내에 이어 “지급조서 전송, 전송매체화일을 전송중입니다.”하는 안내문구가 표시되고, 전송이 완료되면 자동적으로 지급조서 전자제출 접수결과를 보여주는 화면이 사용자에게 제시되며, 이 화면에서 접수사실 및 접수내용 등을 보여주고 접수증을 출력할 수 있도록 하고 있음을 알 수 있다. 처분청은 조세심판관합동회의에서 위와 같은 시연내용에 근거하여 2006년 2월에 총 76회에 걸쳐 홈택스서비스에 접속한 청구법인이 매번 동일한 안내문구를 보았을 것인데도, 청구법인이 전송이라는 표시가 없는 안내문구를 오인하였다고 주장하는 것은 상식에도 어긋나고, 과거에 청구법인이 지급조서를 정상적으로 제출한 사실을 들어 그 제출방법 등을 숙지하고 있었음에도 접수증을 확인하지 아니하는 등 지급조서 제출의무를 소홀히 하였다는 취지의 의견을 제시하였으며, 이에 대하여 청구법인은 지급조서 제출기한 당일에 제출하지 아니한 지급조서가 많아서 계약직으로 채용한 도○○이 분량이 많지 않은 3개의 지급조서를 직접입력방식에 의하여 제출하고, 급여시스템에서 지급조서의 제출에 필요한 전산파일이 생성되어야 하는 쟁점지급조서는 급여담당자인 이○○이 이를 제출하기로 서로 업무를 분담하였고, 이에 따라 지급조서 및 홈택스서비스를 처음으로 접하게 된 이○○이 안내문구를 오인하게 된 것이라고 주장하였다. (차) 청구법인은 지급조서 제출기한인 2006.2.28.에 다음 <표>와 같이 총 17회에 걸쳐 국세청 홈택스서비스에 접속하였고, 당일 오전 9시 12분부터 오후 8시 38분까지의 7번의 접속은 쟁점지급조서가 아닌 정상 제출된 다른 3개의 지급조서(퇴직자의 근로소득, 퇴직소득 등)의 제출과 관련된 것이며, 그 이후에 접속한 당일 오후 9시 49분부터 11시 53분까지의 10번의 접속은 모두 쟁점지급조서 제출과 관련이 있는 것으로 국세청 전산실에서 확인하였다. <표> 청구법인의 2006.2.28. 홈택스서비스 접속내역 정상 제출한 지급조서 제출 관련 접속시간 쟁점지급조서 제출 관련 접속시간 (총 7회 접속) 09:12:05 10:05:37 11:23:03 15:03:24 16:53:06 18:46:39 20:38:56 (총 10회 접속) 21:49:46 23:08:05 23:11:48 23:13:54 23:14:40 23:16:20 23:17:02 23:19:19 23:20:18 23:53:26 (카) 청구법인의 이 건 관련 과세전적부심사청구가 제기된 이후에, 국세청에서는 지급조서 제출과 관련한 홈택스서비스 안내문을 보다 상세히 하고 “지급조서 입력후에는 [오류검증]을 하고 [지급조서보내 기]를 눌러 홈택스에 전송(제출)합니다.”하는 유의사항을 추가하였으며, “해당사업자 지급조서가 정상적으로 백업되었습니다.”라는 안내문구를 “해당사업자 지급조서가 입력한 PC에 임시적으로 저장되었습니다.”라고 변경하였으며, 홈택스서비스 중 부가가치세 전자신고의 경우에는 그 유의사항에 “신고서 작성을 완료한 후 [신고서 보내기]를 하여 아래의 접수증이 화면에 표시되어야만 전자신고가 정상적으로 완료된 것이니 반드시 [신고서 보내기] 버튼을 클릭하시기 바랍니다.”라는 유의사항을 제시하고 있는 것으로 나타난다. (타) 국세청이 2005년 11월 발간한 2005년 귀속 지급조서 전자제출 사용자 설명서는 비록 직접 입력방식 위주로 되어 있기는 하지만 지급조서 제출의 모든 과정을 설명하고, 지급조서 제출완료시 접수증을 출력할 수 있음을 보여주고 있는 등 홈택스서비스를 통한 지급조서 제출과 관련한 비교적 상세한 내용을 담고 있는 것으로 나타난다. (파) 국세기본법 제49조 제1항 이 2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되면서 2007.1.1.부터는 고의적으로 의무를 위반한 경우를 제외하고는 지급조서 미제출시 그에 대한 가산세에 대하여 1억원의 한도를 두었는 바, 이는 세법상 협력의무인 지급조서 제출의무 위반시 그 위반 정도에 비하여 가산세가 과중하지 아니하도록 하기 위한 취지로 보인다. (하) 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 세법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재이고 그와 같은 제재는 납세자에게 그 의무를 행하지 못한 데에 이를 정당화할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 납세자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것인 바(국심 2002서937, 2002.8.30., 대법원 95누17274, 1996.10.11. 외 다수 같은 뜻임), 이 건의 경우, 국세청이 상세한 사용자설명서를 제공하면서 홈택스서비스를 정상적으로 운용하였음에도 쟁점지급조서가 제출되지 아니 하였고, 청구법인이 쟁점지급조서가 제대로 제출되었는지 여부를 확인 하지 아니하는 등 그 의무이행에 있어 소홀한 측면이 없지는 아니하나, 청구법인은 2005년에 다른 회사를 흡수합병하면서 임직원이 종전 217명에서 966명으로 크게 증가하였을 뿐만 아니라, 해외모법인의 방침에 따라 국내실정과 맞지 않는 호주법인이 개발한 ADP급여시스템을 새로 도입하여 연말정산 및 지급조서 제출업무 등에 어려움을 겪고 있었고, 홈택스서비스를 사용하여 본 경험이 있는 업무담당자 방○○와 정○○가 퇴사하여 새로운 직원에게 지급조서 관련 업무를 배정한 실정이었으므로, 2005년 귀속분 지급조서를 꼭 홈택스서비스를 통하여 제출해 달라는 처분청의 요청을 청구법인이 2006년 1월경 통지 받고 이에 따라 제출기한인 2006.2.28.까지 지급조서를 홈택스서비스를 통하여 제출하기가 상당히 어려웠을 것으로 보이는 측면이 있으며, 2003.12.30. 소득세법 제164조 가 개정되어 원천징수의무자의 편의를 위하여 2004년 귀속분에 대한 지급조서를 디스켓 또는 국세청에서 운용하는 국세정보통신망(홈택스서비스)을 통하여 선택적으로 제출하도록 변경되었음에도, 청구법인은 지급조서 제출과 관련한 홈택스서비스의 초기 운용과정에서 발생할 수 있는 여러 위험부담과 금전적인 추가 부담을 이유로 2004년 귀속분 지급조서의 대부분을 디스켓으로 제출하였다가, 2005년 귀속분 지급조서는 처분청의 요청에 따라 전부 홈택스서비스를 통하여 제출하게 되었는데, 홈택스서비스를 통한 지급조서 제출과정에서 지급조서가 국세청의 서버에 전송되지 아니하였음에도 오류검사를 마친 다음에는 청구법인이 제출하려 한 지급조서 기재내용이 일목요연하게 정리되어 나타나는 상황에서 “종료버튼”을 누르자 “해당사업자 지급조서가 정상적으로 백업되었습니다. 파일 이름은 1208159027.301.Tue.입니다.”라는 안내문구가 제시되었는데, 청구법인의 직원 이○○은 급여담당이었으나 쟁점지급조서를 제출하기 위하여 새로 도입한 급여시스템에서 관련 파일이 생성되어야 하고, 기존의 업무담당자가 모두 퇴사하여 부득이 세무업무나 관련 전산지식이 부족한 이○○이 쟁점지급조서를 그 제출기한 당일에 제출하면서 안내문구를 지급조서를 정상적으로 제출한 것으로 오인한 것으로 나타나는 바, 이 사건의 경우 지급조서 제출담당 직원에게 안내문구를 오인할 만한 사정이 있었던 것으로 인정할 수 있는 측면이 있고, 안내문구의 오인가능성이 지적되자 국세청에서 지급조서 제출과 관련한 홈택스서비스 안내문을 보다 상세히 하고 유의사항을 추가하는 한편, “해당사업자 지급조서가 정상적으로 백업되었습니다.”라는 안내문구를 “해당사업자 지급조서가 입력한 PC에 임시적으로 저장되었습니다.”라고 변경한 사실이 확인되고, 홈택스서비스를 통한 지급조서 제출과정에서 이를 제출하려는 사용자가 중도에 그만 두거나, 이용방법의 미숙지로 인하여 다음 단계로 정상적으로 진행하지 아니하는 경우에는 지급조서가 아직 제출되지 아니하였다는 사실 및 제출을 완료하기 위하여 어떤 조치가 필요한지 등이 컴퓨터 화면상에는 제시되지 아니하는 등, 청구법인이 제출하려한 쟁점지급조서가 궁극적으로 국세청의 서버에 전송되지 아니하게 된 데에는 관련 홈택스서비스의 초기 운용상의 일부 미비점이 그 원인으로 작용한 측면이 있는 것으로 보이는 면이 있으며, 청구법인이 직원을 임시로 충원하여 갑종근로소득 외의 나머지 소득에 대한 지급조서를 홈택스서비스의 직접 입력방식에 의하여 모두 제출하고, 이미 퇴직한 전임자의 도움을 받아 쟁점지급조서를 제출하기 위하여 모두 10회에 걸쳐 홈택스서비스에 접속한 사실이 확인되는 등, 처분청의 요청에 따라 세법상 협력의무인 지급조서 제출의무를 적극적으로 이행하려 한 정황이 나타나고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 이 건의 경우에는 청구법인이 쟁점지급조서를 그 기한 내에 제출하지는 아니하였으나 그 의무 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 것으로 봄이 상당하므로 처분청이 청구법인에게 이 건 지급조서미제출가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.