가공매입 세금계산서에 대한 매입세액불공제 및 손금불산입 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 서울특별시 ◯◯동 ◯◯에서 소프트웨어자문개발공급업을 영위하는 사업자로서, 2000년 2기에 주식회사 ◯◯시스템(이하 “청구외법인”이라 한다)으로부터 Openstar 500A외 3종의 물품(전산서버의 일종, 이하 “쟁점물품”이라 한다)을 구입하고 공급가액 437,000천원(이하 “쟁점매입액”이라 한다) 상당의 세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받은 것으로 하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하고 2000.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 신고시 쟁점매입액을 손금으로 계상하였다. 처분청은 청구외법인에 대한 부가가치세 조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 확인하고 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 2007.3.9. 청구법인에게 2000년 2기 부가가치세 104,355,600원 및 2000.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 276,602,400원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.5.30. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점물품을 교육부에 납품하기 위하여 주식회사 ◯◯테크놀러지(이하 “관계법인”이라 한다)에 제조를 의뢰하였으나 제조회사인 관계법인이 청구외법인을 통하여 구입하라고 하여 청구외법인으로부터 쟁점물품을 구입하게 되었으며 은행을 이용하여 대금을 결제한 사실이 있는 정상거래이다. 청구법인은 쟁점물품을 구입하여 일부는 주식회사 첨단기공(이하 “첨단기공”이라 한다)에 매출하였고, 나머지는 교육부 납품이 취소되어 관계법인에 매출하였다. 처분청이 부가가치세 과세기산점인 2001.1.26.부터 5년이 경과하도록 아무런 통보도 하지 않다가 청구외법인의 확인서만을 근거로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서라고 하여 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 관계법인으로부터 2000년 2기중에 공급가액 104,500천원의 매입거래가 있으므로 2001년 1기중 첨단기공에 매출한 제품이 청구외법인으로부터 매입한 제품인지 여부가 불확실하며, 관계법인이 청구외법인에 437,300천원에 공급하고 청구외법인이 청구법인에 공급한 쟁점세금계산서 거래분을 관계법인에 389,500천원에 반품하였다는 주장은 타당성이 없다. 따라서 청구외법인이 가공매출임을 시인한 쟁점세금계산서 금액의 거래를 가공매입으로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부

② 쟁점세금계산서 관련 쟁점매입액을 손금불산입한 처분의 당부

• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 법인세법 제19조 【손금의 범위】①손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2000년 2기에 청구외법인으로부터 쟁점물품을 구입하고 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였고, 처분청은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서라고 하여 이 건 부가가치세 및 법인세를 부과한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 교육부에 납품하기 위하여 제조회사인 관계법인으로부터 쟁점물품을 직접 구입하고자 하였으나 관계법인의 요구로 유통업체인 청구외법인으로부터 쟁점물품을 구입하게 되었고, 구입한 쟁점물품 중 일부는 첨단기공에 매출하고 나머지는 교육부 납품이 취소되어 관계법인에 매출하였다는 주장이다.

(3) 먼저 쟁점①에 대하여 대하여 살펴본다. (가) 처분청이 심리자료로 제시한 청구외법인에 대한 부가가치세 조사보고서(2006.7)에 의하면, 청구외법인은 2000년 2기 부가가치세 신고시 쟁점물품을 관계법인으로부터 매입하여 청구법인에 매출한 것으로 신고한 바 있으나, 쟁점물품의 최종사용자를 추적한 바, 청구법인에 매출된 이후 거래가 없고 청구법인은 SI(system integration, 시스템통합)업체이므로 쟁점물품의 최종사용자일 수 없으며, 청구외법인은 위 거래에 대해 실물거래없이 세금계산서를 수취 및 발행하였음을 확인하였다는 내용이 나타난다. (나) 처분청이 심리자료로 제시한 청구외법인(대표이사 인◯◯)의 확인서(2006.7)에 의하면, 청구외법인이 2000년 2기에 관계법인으로부터 수취한 공급가액 437,300천원의 세금계산서 및 청구법인에 교부한 공급가액 437,000천원의 세금계산서(쟁점세금계산서)가 실물거래없이 발행 및 수취된 세금계산서라는 내용이다. (다) 청구인이 심리자료로 제시한 청구외법인의 위장가공혐의 거래소명서(문서번호: WIN-S040913-02, 날짜: 2004.9.13., 수신처: 처분청, 제목: 위장가공혐의거래소명건) 및 확인서(2007.3.23)에 의하면, 쟁점세금계산서 관련 거래가 가공거래라는 사실을 인정한다는 내용이 나타난다. (라) 청구법인은 쟁점물품의 거래대금을 청구외법인 ◯◯은행계좌에 이체하였다고 하면서 이체증빙을 제시하고 있는 바, 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 청구외법인의 업무담당직원은 청구외법인의 ◯◯은행통장 입출금내역은 정상거래로 나타내기 위한 형식적인 증빙이라고 진술하였다는 내용이 나타난다. (마) 청구법인이 제시한 심리자료를 살펴보면 쟁점물품이 청구법인에 입출고된 증빙은 나타나지 아니한다. (바) 살피건대, 청구법인은 제조회사인 관계법인의 요구로 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 교부받았다는 주장을 하고 있고, 청구외법인은 처분청 및 청구법인에 작성해준 확인서에서 일관되게 쟁점세금계산서가 실물거래없이 교부된 것이라고 확인하고 있으며, 달리 청구법인이 청구외법인으로부터 쟁점물품을 실제로 구입하였다는 증빙이 나타나지 아니하므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 대하여 살펴본다. (가) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 쟁점물품과 같은 서버시스템을 판매하는 경우 제조업체에서 중간유통업체인 청구법인에 반입되지 않고 청구법인이 지정하는 최종소비자에게 직접 운송되어 설치된다고 하면서 쟁점물품의 납품 건은 교육부 납품이 취소되었으므로 제조업체인 관계법인에서 청구법인에 입고된 사실이 없다고 주장한 것으로 나타나며, 청구법인은 이 건 심판청구에서도 쟁점물품이 청구법인에 입고되거나 출고된 증빙 또는 관계법인이 첨단기공에 직접 출고한 증빙 등을 제시하지 아니하고 있는 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 당초 교육부에 납품하기로 예정되어 있었으나 교육부 납품이 취소되어 관계법인에 매출하였다고 주장하고 있으나, 교육부 납품 예정 및 취소 관련 주장을 뒷받침하는 증빙은 제시하지 아니하고 있는 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 쟁점물품을 구입하여 일부를 첨단기공에 매출하였다고 하면서 공급가액 40,000천원 상당의 매출세금계산서 3매(이하 “매출세금계산서①”이라 한다)와 첨단기공이 청구법인에 입금한 44,000천원의 금융증빙을 제시하고 있는 바, 매출세금계산서①에는 품목이 서버외로만 표시되어 있어 첨단기공에 매출한 물품이 구체적으로 어떤 품목인지, 쟁점물품 중 일부인지를 확인하기 어렵다. (라) 청구법인은 이 건 심판청구에서 청구외법인과의 거래가 정상거래라는 증빙으로 거래품목이 첨부된 시스템공급계약서(2000.12.6.)를 제시하였는 바, 처분청이 심리자료로 제시하는 시스템공급계약서중 거래품목의 수량과 단가만 일부 수정한 것으로 나타나고 있고, 청구법인이 제시하는 청구외법인의 확인서(2007.3.23.)에 의하면 청구외법인은 위 수정된 계약서를 알지 못하였다가 최근에야 알게되었다는 내용이 나타난다. (마) 청구법인은 쟁점물품 중 첨단기공에 매출한 물품을 제외한 나머지를 관계법인에 매출하였다고 하면서 공급가액 389,500천원 상당의 매출세금계산서 1매(이하 “매출세금계산서②”라 한다)와 관계법인이 청구법인에 입금한 428,450천원의 금융증빙을 제시하고 있는 바, 위에서 살펴본 바와 같이 청구외법인은 청구법인과의 쟁점세금계산서 관련 거래가 가공거래이며 금융거래내역도 위장자료라고 확인하고 있고, 관계법인이 청구법인에 입금한 위 428,450천원은 입금 직후 청구외법인에 송금된 것으로 나타나고 있어 청구외법인의 확인내용을 뒷받침하고 있으며, 입출고 증빙 등 청구법인이 관계법인에 매출세금계산서② 관련 물품을 매출하였다는 증빙이 나타나지 아니하고 있고, 매출세금계산서② 관련 물품과 쟁점물품이 동일한 물품인지 여부도 확인하기 어렵다. (바) 살피건대, 청구법인이 주장하는 교육부 납품 예정 및 취소 사실이 입증되지 아니하고, 청구외법인은 세차례에 걸친 확인서 등에서 일관되게 쟁점세금계산서가 실물거래없이 교부된 것이라고 확인하고 있고 청구외법인의 업무담당직원도 청구외법인의 기업은행 통장 거래내역은 위장금융증빙이라고 진술한 것으로 나타나며, 첨단기공에 매출한 물품이 쟁점물품이라는 증빙도 없고, 관계법인이 출고하지도 않은 물품을 거래대금을 지급하면서 다시 매입하였다는 주장이 입증되지도 않고 상식적으로 받아들이기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점세금계산서 관련 쟁점매입액을 손금으로 산입하여야 한다는 주장은 인정하기 어렵다고 판단된다.

(4) 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기 본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한