연말정산시 지급받지 못한 환급세액을 기 납부세액으로 공제하여야 하는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2005년에 주식회사 ○○○○○, 주식회사 ○○전자(이하 󰡒○○전자󰡓라 한다), ○○물산 주식회사에서 근로를 제공하고, 합계 65,907,540원의 급여를 지급받았으며, 2006.5.25. 2005년 귀속 종합소득세 확정신고시 중간예납세액으로 1,121,970원(이하 󰡒쟁점금액󰡓이라 한다)을 기재하여 결정세액에서 기납부세액으로 공제하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점금액을 중간예납한 사실이 없음을 확인하고, 쟁점금액을 기납부세액에서 차감하여 2007.1.8. 청구인에게 2005년 귀속 종합소득세 1,194,330원을 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.1.11. 이의신청을 거쳐 2007.5.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인의 주장 종전 근무지인 ○○전자 퇴직시 기납부한 근로소득세액 2,811,520원에서 결정세액으로 신고한 1,121,970원을 초과한 금액인 1,689,550원을 환급받는 것으로 근로소득세액을 연말정산하였으나, ○○전자로부터 환급세액 1,689,550원을 지급받지 못하여 노동부에 진정서를 제출한 상황이므로 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 ○○전자를 퇴직하면서 환급받는 것으로 정산한 환급세액 1,689,550원은 원천징수의무자인 ○○전자를 통해 이미 환급되었고, 실제 납부사실이 없는 중간예납세액을 종합소득세 확정신고시 공제받았으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 종전 근무지에서 연말정산하면서 발생한 환급세액을 지급받지 못하였으므로 이와 관련된 쟁점금액을 종합소득세 확정신고시 기납부세액으로 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제65조 【중간예납】

① 납세지 관할세무서장은 종합소득이 있는 거주자(대통령령이 정하는 소득만이 있는 자와 당해 과세기간의 개시일 현재 사업자가 아닌 자로서 당해 과세기간중 신규로 사업을 개시한 자를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여 1월 1일부터 6월 30일까지의 기간을 중간예납기간으로 하여 전년도의 종합소득에 대한 소득세로서 납부하였거나 납부하여야 할 세액(이하 "중간예납기준액"이라 한다)의 2분의 1에 상당하는 금액(이하 "중간예납세액"이라 한다)을 납부하여야 할 세액으로 결정하여 11월 30일(괄호생략)까지 징수하여야 한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 중간예납세액을 납부하여야 할 거주자에게 11월 1일부터 11월 15일까지의 기간내에 중간예납세액의 납세고지서를 발부하여야 한다.

○ 소득세법 제127조 【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

○ 소득세법 제128조 【원천징수세액의 납부】

① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 원천징수 관할세무서·한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.〈단서 생략〉

○ 소득세법 제137조 【근로소득세액의 연말정산 】

① 주된 근무지의 원천징수의무자가 당해년도의 다음 년도 1월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급하는 때에는 이를 받는 자의 당해년도의 근로소득금액 또는 퇴직하는 달까지의 당해년도의 근로소득금액에서 그 근로소득자가 제140조의 규정에 의하여 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 제134조제4항 각호의 세액공제를 한 후 당해년도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다.

② 제1항의 경우에 당해년도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세가 당해 종합소득산출세액에서 제134조제4항 각호의 세액공제를 한 금액을 초과하는 때에는 그 초과액은 당해 근로소득자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급하여야 한다.

○ 소득세법 시행령 제201조 【근로소득세액 연말정산시의 환급】

① 근로소득세액에 대한 연말정산을 하는 경우에 원천징수의무자가 이미 원천징수하여 납부한 소득세에 과오납이 있어 근로소득자에게 환급하는 때에는 그 환급액은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다.

○ 소득세법 시행규칙 제93조 【원천징수세액의 환급】

① 영 제201조제1항의 규정을 적용함에 있어서 원천징수의무자가 환급할 소득세가 연말정산하는 달에 원천징수하여 납부할 소득세를 초과하는 경우에는 다음달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. 다만, 당해 원천징수의무자의 환급신청이 있는 경우에는 원천징수 관할세무서장이 그 초과액을 환급한다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구인이 종전 근무지인 ○○전자에서 연말정산하면서 발생한 환급세액을 지급받지 못하였으므로 이와 관련된 쟁점금액을 종합소득세 확정신고시 기납부세액으로 공제하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) 청구인이 2005년에 주식회사 ○○○○○, ○○전자, ○○물산주식회사에서 근로를 제공하고, 이에 따라 급여 65,907,540원을 지급받았으며, 아래 〈표〉와 같이 근로소득세액에 대한 연말정산을 한 사실이 이 건 심리자료에 나타난다. 〈표〉 2005년 근로소득세액 연말정산 내역 (단위: 원) 근무지 근무기간 급여수령액 원천징수납부세액 환급세액 (주)

○○○○○ 1.1.～2.28. 11,332,870 0 1,104,180 (주)

○○전자 3.1.～9.30. 34,300,000 1,129,970 1,689,550

○○물산(주) 10.4～12.31. 20,274,670 1,907,905 1,796,485 합 계 65,907,540 1,907,905

(2) 청구인이 2005.9.30. ○○전자를 퇴직하면서 당해 근무지에서 납부한 근로소득세액 2,811,520원 중 결정세액으로 신고한 1,121,970원을 초과하는 1,689,550원을 환급세액으로 하여 연말정산하고, 2006.12.1. 노동부에 ○○전자로부터 당해 환급세액을 지급받지 못하였음을 이유로 민원을 제기하였으며, 2006.5.25. 중간예납세액으로 쟁점금액 1,121,970원을 기재하여 기납부세액으로 공제하여 2005년 귀속 종합소득세 확정신고를 한 사실이 국세통합전산망에 의한 근로소득자료 조회결과, 온라인 민원신청내역 사본, 관련 종합소득세 확정신고서 등에 나타난다.

(3) 처분청은 청구인이 쟁점금액을 중간예납한 사실이 없음을 확인하고, 쟁점금액을 기납부세액에서 차감하여 이 건 종합소득세를 부과한 사실이 처분청의 결정결의서에 의해 확인된다.

(4) 청구인의 2005년 귀속 종합소득세와 관련하여 관세관청이 중간예납세액을 청구인에게 고지하거나, 청구인이 중간예납세액을 신고․납부한 사실이 없는 것으로 국세통합전산망에 나타난다.

(5) 처분청이 제출한 ○○전자의 2006년 1월~4월 원천징수이행상황 신고서에 의하면, ○○전자는 청구인에게 지급한 환급세액을 포함한 근로소득세액 환급세액을 2006년 2월부터 2006년 5월까지 원천징수하여 납부할 세액에서 조정하여 모두 환급받은 것으로 나타난다.

(6) 살피건대, 청구인이 쟁점금액을 중간예납세액으로 납부한 사실이 확인되지 아니하는 점, 청구인이 ○○전자로부터 지급받지 못한 환급세액을 원천징수의무자인 ○○전자가 환급받은 것으로 나타나는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점금액을 종합소득세 확정신고시 기납부세액으로 공제하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본범 제81조 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.