외주가공비와 인건비에 대해 연구・인력개발비세액공제를 배제한 처분의 당부

2007.1.4 ○○세무서장이 청구법인에게 한 법인세 2004사업연도분 1,036,618,160원, 2005사업연도분 340,807,950원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 1998.4.2부터 휴대폰카메라에 장착되는 부품 (비메모리반도체칩, 이하 “쟁점부품”이라 한다)을 제조하는 주식회사로, 쟁점부품의 시제품개발과 관련하 여 지출된 외주가공비 2004사업연도분 1,458,725,812원과 2005사업연도분 489,836,591원의 합계 1,948,562,403원(이하 “쟁점외주가공비”라 한다) 및 인건비 2004사업 연도분 279,691,375원과 2005사업연도분 574,087,173원의 합계 853,778,548원(이하 “쟁점인건비”라 한다)을 조세특례제한법 제10조 의 규정에 의한 연구․인력개발비에 해당하는 것으로 보고, 쟁점외주 가공비 및 쟁점인건비와 관련된 연구․인력개발비세액 2004사업연도분 1,036,618,160원과 2005사업연도분 340,807,950원을 공제하여 각 사업연도분 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다. 처분청은 쟁점외주가공비 및 쟁점인건비는 조세특례제한법 제10조 의 규정에 의한 연구․인력개발비에 해당하지 아니한다 하여, 연구․인력개발비세액공제를 부인하고 2007.1.4 청구법인에게 법인세 2004사업연도분 1,036,618,160원과 2005사업연도분 340,807,950원의 합계 1,377,426,110원을 경정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.4.4 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점외주가공비는 쟁점부품을 개발하는 3단계의 주요 공정과정중 제2단계의 공정과정 중에서 발생된 연구개발 비용임에도 이에 대한 연구․인력개발비세액공제를 배제한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점인건비는 쟁점부품을 개발하는 연구개발전담부서에 근무하는 직원들에 대한 인건비임에도 이에 대한 연구․인력개발비세액공제를 배제한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점외주가공비는 제2단계의 공정과정 중에서 시제품Wafer(웨이퍼)를 개발하기 위한 “금형(Mask)”의 제작과 관련된 비용이므로 이를 연구․인력개발비로 보지 아니하고 연구․인력개발비 세액공제를 배제한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점인건비는 쟁점부품을 개발하는 연구개발전담부서에서 연구 개발업무가 아닌 관리업무에 종사하는 직원들에게 지급된 인건비이므로 이를 연구․인력개발비로 보지 아니하고 연구․인력 개발비세액공제를 배제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 쟁점외주가공비를 조세특례제한법 제10조 의 규정에 의한 연구․인력개발비로 보지 아니하고, 연구․인력개발비세액공제를 배제한 처분의 당부

(2) 쟁점인건비를 조세특례제한법 제10조 의 규정에 의한 연구․인력개발비로 보지 아니하고, 연구․인력개발비세액공제를 배제한 처분의 당부

• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

○ 조세특례제한법시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 [별표6]의 비용을 말한다.

○ 조세특례제한법시행령[별표6]【연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받는 비용】

• 가. 자체기술개발

① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제10조 제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 ①에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용시설의 이용에 필요한 비용

○ 조세특례제한법시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영[별표6]의 1. 기술개발란 가목①에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.

○ 조세특례제한법시행규칙 제6조 【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】

② 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영[별표5]의 1. 기술개발 및 도입 기술의 소화개량비란 가목①에서 “전담부서에서 근무하는 직원 으로서 재정경제부령이 정하는 자”라 함은 과학기술분야의 연구 업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

○ 조세특례제한법기본통칙10-9…1【연구 및 인력개발비 범위】

① 규칙 제6조 제2항의 “연구업무를 직접적으로 지원하는 자”에는 소득세법시행규칙 제16조 제3항 제2호 및 제3호에 해당하는 자를 제외한다.

③ 규칙 제6조 제8항의 규정에 의한 인력개발비에는 경리ㆍ인사ㆍ총무 등 관리부분에 종사하는 종업원에 대한 자체ㆍ위탁교육비 등은 포함되지 아니한다.

○ 소득세법시행규칙 제16조 【외화로 지급받은 급여의 원화환산기준 등】

② 영 제38조 제1항 제8호 나목에서 규정하는 “재정경제부령이 정하는 직접적으로 연구활동을 지원하는 자”라 함은 특정연구기관육성법의 적용을 받는 연구기관 또는 특별법에 의하여 설립된 정부출연연구기관의 종사자 중 다음 각호의 1에 해당하는 자를 제외한 자를 말한다.

1. 영 제38조 제1항 제8호 가목의 규정이 적용되는 자

2. 건물의 방호ㆍ유지ㆍ보수ㆍ청소 등 건물의 일상적 관리에 종사하는 자

3. 식사제공 및 차량의 운전에 종사하는 자

○ 조세특례제한법시행령 제13조 【주식매수선택권에 대한 과세특례】

⑧ 법 제15조 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 종업원 등에는 임원을 포함하되, 다음 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다.

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

법인세법시행령 제87조 제3항 의 규정에 의한 지배주주 및 당해 법인의 총 발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 소득세법시행령 제98조 제1항 또는 법인세법시행령 제87조 제1항 의 규정에 의한 특수관계에 있는 자. 이 경우 법인세법시행령 제87조 제1항 제6호 의 규정을 적용함에 있어서 동호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 보며, 법인세법시행령 제87조 제1항 제7호 에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단 <쟁점(1)에 대하여>

(1) 청구법인이 조세특례제한법 제10조 의 규정에 의한 연구․인력개발비로 본 쟁점외주가공비의 내역은 <표1>과 같다. (표 생략)

(2) 처분청은 쟁점외주가공비는 쟁점부품의 연구개발 과정에서 시제품 제작을 위한 금형(Mask)의 제작과 관련된 비용이므로 이를 연구개발비로 볼 수 없다는 유권해석을 근거로 하여 이 건 과세한 사실이 답변서 등 심리자료에 나타난다.

(3) 처분청이 과세의 근거로 삼고 있는 유권해석의 내용을 살펴본다. (가) ○○부의 유권해석에 따르면, 연구전담부서의 연구개발과정상 시제품 제작에 사용하는 “초도금형 비용”은 연구 인력 개발비세액 공제대상 금액으로 볼 수 없는 것으로 해석하고 있다. (나) 국세청의 유권해석에 따르면, 연구개발전담부서에서 연구개발과정상 견본품의 시범제작에 사용 하는 “간이금형비용”은 연구인력개발비세액 공제대상 금액으로 볼 수 없는 것으로 해석하고 있다.

(4) 청구법인은 처분청이 쟁점부품의 개발과정을 정확하게 이해하지 못하였기 때문에 이 건 부과처분을 하게 된 것이라고 주장하면서 다음과 같이 항변하고 있다. (가) 쟁점부품의 개발과정을 설명하면 다음과 같다.

1. 개발과정은 모두 3단계로 이루어진다.

2. 제1단계는 청구법인이 개발할 칩을 결정하고, 칩에 내장될 회로를 설계하여 제1차 외주업체 ○○○에 “웨이퍼샘플”의 개발을 의뢰한다.

3. 제2단계는 제1차 외주업체 ○○○가 반도체생산 설비를 갖춘 또 다른 외주업체(●●●반도체)에 “웨이퍼샘플”을 개발하기 위한 부품인 “Mask”의 개발을 의뢰하고, 개발된 “Mask”를 이용하여 청구법인이 의뢰한 “웨이퍼샘플”을 개발하여 청구법인에게 인도한다.

4. 제3단계는 최종 공정단계로 청구법인이 제2차 외주업체 ★★★에 제1차 외주업체○○○로부터 인도받은 “웨이퍼 샘플”을 최종 “시제품칩”으로 완성하여 줄 것을 의뢰하고, 제2차 외주업체★★★는 원형의 “웨이퍼샘플”을 미세하게 절단하여 고도의 노하우가 포함된 여러 개의 첨단 가공공정을 거쳐 “개발된 시제품”을 청구법인에게 인도하며, 청구법인은 “개발된 시제품”을 최종적으로 검사하여 “개발이 완성된 시제품”을 인도받게 된다. (나) 위와 같이 쟁점부품은 모두 3단계의 개발공정을 거쳐 개발되는 것으로, 처분청이 조세특례제한법 제10조 의 규정에 의한 연구․인력개발비로 볼 수 없다는 <표1>의 쟁점외주가공비는 위 3)에서 설명한 제2단계 개발공정중에서 “Mask”개발과 관련하여 발생된 비용이며, 이는 쟁점부품을 개발하기 위하여 필수적으로 수반되는 개발 공정중에서 발생한 비용임에도 “Mask”를 단순한 “금형”(완제품 성형사출기)으로 보아 재경부 및 국세청의 유권해석을 근거로 쟁점외주가공비를 연구․인력개발비로 보지 아니하고 연구․인력개발비세액공제를 부인한 것은 쟁점부품의 개발공정을 정확히 이해하지 못하고 행한 부당한 처분이다.

(5) 청구법인이 제시한 증빙을 살펴본다. (가) 제1단계 개발공정중 청구법인(이하 “갑”이라 한다)과 제1차 외주업체인 ○○○(이하 “을”이라 한다)간에 체결된 “주문형 반도체 시제품개발 제작계약서(2004.7.1자, 2005.9.5자 2건, 예시)에는 갑이 휴대폰카메라 Interface용 주문형반도체를 개발함에 있어서 을의 기술 및 ●●●반도체 Design Library를 이용하여 개발하며, 이에 대한 제작을 ●●●반도체에게 위탁하여 을이 공급하는 것을 목적으로 한다는 내용이 나타난다. (나) 제2단계 개발공정중 청구법인이 제1차 외주업체인 ○○○테크놀로지 (예시)로부터 “웨이퍼샘플”을 인도받으면서 작성 교부해 준 승인원에는 Mobile Phone에 적용되는 Wafer Package를 납품한 사실이 기재되어 있다. (다) 제3단계 개발공정중 청구법인이 제2차 외주업체인 ★★★에 “웨이퍼샘플”을 “시제품칩”으로 가공의뢰하면서 체결한 “Master Manufacturing Services Agreement”(2006.10.2, 예시)에는 ★★★이 Processed Silicon Wafers를 납품하기로 한다는 약정 내용이 기재되어 있다. (라) 제3단계 개발공정중 청구법인이 제2차외주업체인 ★★★으로부터 개발된 시제품 칩을 인도받아 최종검사를 실시하면서 작성한 “특성평가보고서”(2006.9.20, 예시)에는 납품된 샘플 3자재 모두 Cold/Room/Hot temperature에 대하여 모든 function이 VDDc, VDDi 1.6V 이상에서 Pass되는 것이 확인되고 VDDc, VDDi 1.7V 이상인 DC Specification을 만족하는 것으로 나타난다는 검수내용이 기재되어 있다.

(6) 한편, 처분청이 위에 소개된 유권해석에 나타나는 “금형”과 이 건의 “Mask”를 동일한 것으로 보아 과세한데 대하여 청구법인은 양자가 <표2>와 같은 차이점이 있다고 주장하고 있는 바, 청구법인은 “Mask”의 취득비용을 자산으로 인식하여 법인장부에 반영하지 아니한 사실을 알 수 있다. (표 생략)

(7) 청구법인은 이 건 심판관 회의 시 파워포인트로 작성한 설명 자료를 통해 쟁점부품의 개발과정에 관하여 의견진술을 하였는 바, 동 진술내용에 의하면, 청구법인의 주장내용과 같이 쟁점 부품의 개발과정이 모두 3단계에 거쳐 이루어지는 것임을 알 수 있고, 쟁점외주가공비는 제2단계 개발 공정 과정 중에서 “Mask”개발과 관련하여 발생되는 것으로 이는 쟁점부품을 개발하기 위하여 필수적으로 수반되는 개발 공정 중에서 발생한 비용임이 인정된다.

(8) 살피건대, 처분청은 유권해석을 근거로 하여 쟁점외주가공비가 시제품 개발과정중에서 발생된 “금형”의 제작과 관련된 비용이라 하여, 이를 조세특례제한법 제10조 의 규정에 의한 연구․ 인력개발비로 보지 아니하고, 연구․인력개발비세액공제를 배제하여 이 건 과세하였으나, 처분청이 과세근거로 하는 유권해석에 등장하는 “금형 (완제품 성형사출기)”은 개발을 의뢰한 업체가 소유권을 가지고 있는 “자산”이므로 이에 대하여는 투자자산에 대한 설비투자세액 공제를 적용하여야지 지출비용에 대한 연구 인력 개발비세액공제를 적용하면 아니 된다는 것이 유권해석의 취지로 이해된다. 이 건의 경우 청구법인이 개발을 의뢰한 반도체칩의 연구개발과정에서 필수적으로 제작되는 “Mask”와 유권해석에 등장하는 “금형(완제품 성형사출기)”은 동일한 것으로 단정하기가 어려운 바, 특히, 쟁점부품의 개발 과정 중에서 필수적으로 수반되는 “Mask”의 제작과 관련된 연구 개발비중 외주가공비는 지출비용과 관련된 것일 뿐만 아니라 “Mask”의 소유권 역시 개발업체인 청구법인이 가지고 있지도 아니하여 그 자산성을 인정할 수는 없다 할 것이다. 그렇다면, 처분청이 과세근거로 하는 유권해석을 이 건에 직접 적용하여 과세하는 것은 무리가 있다 할 것이므로 연구개발 과정에서 필수적으로 발생한 지출비용인 쟁점외주가공비에 대하 여는 연구 인력 개발비세액공제를 적용함이 타당한 것으로 판단된다. <쟁점(2)에 대하여>

(1) 청구법인이 연구․인력개발비로 본 쟁점인건비의 내역은 <표3>과 같이 나타난다.(표 생략)

(2) 처분청은 연구소장 이○○은 주주임원이라 하여, 김○○외 9인은 연구전담부서의 개발인력이 아닌 관리인력이라 하여 쟁점인건비를 연구․인력개발비로 보지 아니하고 이 건 과세한 사실이 답변서 등 심리자료에 나타난다.

(3) 청구법인은 쟁점인건비가 쟁점부품을 개발하기 위한 연구전담부서에 근무하는 직원들에 대한 인건비이므로 연구․인력 개발비로 보아야 한다고 항변하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 연구소장(이사) 이○○에 대한 인건비에 대하여 살펴본다.

1. 이○○의 이력서, 연구전담부서의 조직도, 임직원 연락망 등에 의하면, 이○○은 청구법인 연구소의 연구개발 업무만을 총괄할 뿐 다른 업무는 일체 수행하지 아니하는 것으로 나타난다.

2. 청구법인의 주식이동상황명세서에 의하면, 이○○은 2004~2005사업년도중 청구법인의 발행주식을 각각 6%, 5% 소유한 자로 조세특례제한법시행령 제13조 제8항 의 규정(10%이상 보유시 세액공제 배제)에 해당하지 아니하는 주주임원임을 알 수 있다.

3. 사실이 이러하다면, 이○○은 조세특례제한법시행규칙 제7조 제2항 의 규정에 의한 연구전담부서에 속하는 직원에 해당됨이 명백함에도 “주주임원”이라는 이유로 이○○에 대한 인건비에 대하여 세액공제를 배제한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 연구기획팀 소속 직원 9명의 인건비에 대하여 살펴본다.

1. 청구법인의 연구소 조직도(2003.1.1 ; 2004.10.11 ; 2005.10.14)에 의하면, 연구기획팀은 2004 사업년도 중 청구법인의 매출이 급격히 급증하여 연구 인력을 대폭 충원함에 따라 <표4>와 같이 확대된 연구소 조직임을 알 수 있다. (표 생략)

2. 연구기획팀의 주요 업무 현황표에 의하면, 연구기획팀은 연구인원 증가에 따른 연구소 전반의 업무를 조율하고, 향후 개발할 신제품∙신기술에 대한 기획 및 연구개발 일정 등을 계획하며, 각종 세부연구팀의 연구 활동을 지원하는 것으로, 주요업무 현황은 <표5>와 같다. (표 생략)

3. 또한, 2004~2005 사업년도 분 연구개발전담부서신고서에 의하면, 연구기획팀 소속 직원들은 조세특례제한법시행규칙 제6조 제1항 의 규정에 따라 모두 연구개발 전담부서에서 근무하는 것으로 ○○○장관에게 신고 된 사실이 나타나고, 연구기획팀 업무운영방안 보고서(2005.12.10)에 의하면, 이들은 위에서 언급된 연구기획팀의 업무를 수행함으로서 청구법인의 연구소 내 각 연구팀들이 연구업무를 체계적으로 수행할 수 있도록 직접적인 지원업무를 하고 있는 것으로 나타난다. (표 생략)

4. 이상의 사실들을 종합하여 살피건대, 연구기획팀 직원 들은 조세특례제한법기본통칙 10-9-1의 규정에 의한 “건물의 방호·유지·보수·청소 등 건물의 일상적 관리에 종사하는 자”와 “식사제공 및 차량의 운전에 종사하는 자” 등과 같이 단순한 관리업무만을 수행하는 직원이라기보다는 “기술개발을 기획하고 지원하는 자”들로서 “연구업무를 직접적으로 지원하는 자”로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 연구소기획팀 소속 직원들에 대한 인건비는 조세 특례제한법시행규칙 제7조 제2항 에 규정된 연구전담부서에 근무하는 직원의 인건비에 해당되므로 이에 대하여는 연구ㆍ인력개발비세액 공제를 적용하는 것이 합리적인 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.