법인의 본점 소재지 인근에 소재한 사업장은 본점 사업장으로 보고, 총괄납부 승인기간 동안 거래된 공급가액은 내부거래로 보아 매출액에서 차감하고, 지점에 대한 인테리어는 그 귀속자가 누구냐에 따라 매출세액에서 차감함
법인의 본점 소재지 인근에 소재한 사업장은 본점 사업장으로 보고, 총괄납부 승인기간 동안 거래된 공급가액은 내부거래로 보아 매출액에서 차감하고, 지점에 대한 인테리어는 그 귀속자가 누구냐에 따라 매출세액에서 차감함
OO세무서장이 2006.12.18, 2006.12.19, 2006.12.20. 청구법인에게 별지와 같이 한 법인세, 부가가치세 및 사업소득세의 부과처분은,
1. 청구법인이 청구법인의 OO점에 매출한 것으로 본 공급가액 564,709천원(2003년 제1기 95,205천원, 2003년 제2기 87,881천원, 2004년 제1기 63,719천원, 2004년 제2기 91,693천원, 2005년 제1기 97,271천원, 2005년 제2기 128,940천원)은 OO점을 본점과 동일한 사업장으로 보아 이를 과세매출에서 제외하여 각 기별 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하고,
2. 청구법인이 청구법인의 OO점에 매출한 공급가액 227,497천원(2003년 제1기 21,578천원, 2003년 제2기 50,322천원, 2004년 제1기 40,216천원, 2004년 제2기 47,249천원, 2005년 제1기 22,388천원, 2005년 제2기 45,744천원) 중 총괄납부승인기간(2003.7.1.~2005.5.31.)에 거래된 공급가액 160,175천원은 이를 내부거래액으로 보아 매출액에서 차감하여 각 기별 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하며,
3. 청구법인의 OO점에 대한 2003사업연도 귀속 인테리어공사비용 327,585천원에 대하여는 청구법인이 실제 부담하고 공사를 시행하였는지의 여부를 재조사하여 확인될 경우, 위 공사비용을 사업용 지출비용으로 보아 대표자 상여처분금액에서 이를 차감하고, 또한 자본적지출로 보아 각 사업연도에 해당하는 감가상각비 상당액을 손금산입하여 법인세의 과세표준과 세액을 경정하고,
4. 이 건 심판결정의 일부 경정에 따라 각 사업연도의 소득금액이 발생할 경우, 조세특례제한법 제7조 및 제128조 제3항에 의한 중소기업특별세액감면 및 배제규정의 적용여부를 재조사하여 각 사업연도의 법인세과세표준과 세액을 경정하되 제조업 부분에 한한다.
5. 나머지 심판청구는 이를 기각합니다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 본사와 OO매장간의 반출을 직매장 매출로 본 564,709천원은 소위 OO점이 본사로부터 직선거리 100미터 이내에 있는 동일 번지내 호수만 다른 본점과 동일한 사업장인데도 OO점을 별도의 사업장으로 보아 그 거래액에 대하여 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다.
(2) 본점과 OO점 및 OO점과의 내부거래 누락액으로 본 1,321,410천원에 대하여 부가가치세를 과세하였으나, OO점 및 OO점은 총괄납부승인을 받은 사업장으로서 세금계산서를 수수하지 않았다하여 그 매출분에 대하여 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다.
(3) 청구법인이 백화점식 매장(OO점, OO점, OO점)에 입점하여 의류를 판매하고 그 판매액의 일정액을 그 백화점에게 수수료를 지급하고 있는바, 청구법인은 매출액을 산정함에 있어 동 수수료를 차감한 순액을 과세표준으로 신고하였으나, 처분청은 수수료 1,158,177천원을 포함한 총액을 매출액으로 보아 동 수수료(차이금액)에 대하여 부가가치세를 과세하였다. 그러나 이 경우 순액으로 매출액을 인식하는 것은 업계의 관행이고 거래의 실질을 감안할 때 아무런 문제가 없으므로 이에 대한 부가가치세는 취소하여야 한다.
(4) 법인세신고시 재고자산가액(기말재고)을 실제보다 960,806천원을 과대계상 하였으므로 이 과대계상 분을 각 사업년도 소득금액에서 차감하여야 한다.
(5) 본점 및 OO점의 인테리어공사 관련 대금 544,874천원는 사업용 자산에 대한 지출이므로 동 금액을 비용으로 인정하고 상여처분금액에서 차감하여야 한다.
(6) 청구법인은 수도권에 위치하고 제조업을 영위하는 상시 종업원수 100인 이하의 소기업에 해당하므로 조세특례제한법 제7조 에 따라 중소기업특별세액감면이 적용되어야 한다.
(1) OO점은 다수의 종사 직원들이 상시 주재하면서 본점과는 독립적으로 의류 등의 판매기능을 수행하고 있는 바, 이를 본점과 별개의 사업장으로 보아 동 지점의 거래액에 대하여 부가가치세를 경정한 처분은 정당하다.
(2) 본점과 OO점 및 OO점과의 내부거래 누락액으로 본 1,321,410천원에 대하여, 본점이 지점에 세금계산서를 발행한 사실이 없고, 지점은 세금계산서를 교부받은 사실이 없으므로 그 매출분에 대하여 부가가치세를 과세한 것이다. 청구법인은 OO점 및 OO점이 총괄납부승인을 받았으므로 세금계산서 발행을 생략할 수 있다고 주장하나, OO점은 청구법인이 OO세무서장으로부터 적용일자가 2003.7.1.로 된 총괄납부 승인을 2003.3.17. 득한 후 총괄납부승인의 효력이 발생하기도 전인 2003.3.25. 폐기하였으므로 청구법인의 본점에서 OO점에 반출한 의류 등 내부 거래액에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다. 다만, OO점의 경우, 청구법인이 OO세무서장으로부터 적용일자가 2003.7.1.로 된 총괄납부 승인을 2003.3.17.자로 득한 사실이 확인되고, 2005.4.1. 2005.3.31자로 폐업하였으므로 청구법인의 본점이 OO점에 공급한 의류 등 내부거래액 227,498천원 중 총괄납부승인 적용일전인 2003년 1월~2003년 6월기간의 내부거래액 21,578천원과 폐업일이 속한 과세기간 종료일 이후(2005.7.1.이후)의 내부거래액 45,745천원 등 합계 67,323천원은 부가가치세를 과세함이 타당하나, 나머지 기간의 내부거래액(2003년 제2 기~2005년 제1기) 160,175천원에 대하여는 부가가치세를 과세하지 않는 것이 타당하다.
(3) 청구법인이 백화점식 매장에 입점하여 의류 등을 판매한 소위 임차매장의 경우, 청구법인이 판매한 거래금액이 청구법인의 매출임에도 부가가치세 신고시 동 매장판매금액에서 매장 임대업체에게 지급하는 판매수수료를 차감한 금액에 대하여 세금계산서를 발행하고, 동 세금계산서 발행금액을 매출로 신고함으로써, 수수료 상당액의 매출을 과소신고 하였으므로 그 판매수수료 상당액의 매출액을 총매출에 가산하여 이 건 부가가치세를 과세한 것은 정당하다.
(4) 청구법인은 기말재고 960,806천원을 과대신고 하였다고 주장하나, 당초 조사 당시 재고차이를 발견하지 못하여 법인의 신고내용대로 재고자산가액을 결정하였으며, 조사당시의 손금추인요구에서도 재고자산이 과다 계상되었다는 주장이 없었던 점으로 보아 청구주장은 신빙성이 없다.
(5) 청구법인은 본점 및 OO점의 인테리어공사 관련 대금 544,874천원은 사업용자산에 대한 지출이라고 주장하나, 동 지출금액은 개인소유의 임대부동산인 OO점 분 327,585천원 등의 공사비를 소득처분시 상여처분금액에서 차감하지 아니한 것은 정당하다.
(6) 청구법인은 제조업과 소매업 등을 겸영하는 업체로, 제조업 부문은 상시 사용 종업원수가 100명 미만으로 조세특례제한법상의 감면대상인소기업 요건을 충족하나, 소매업 부분 등의 경우 상시 종업원수가 10명을 초과하여 감면대상인 중소기업에 해당되지 아니한다. 또한, 청구법인은 2003년~2004년 귀속 법인세 신고시에는 제조업 소득과 기타 사업의 소득으로 구분계산하지 않고 2005년 귀속분 만 구분 계산하여 신고하였으므로 2003년~2004년 귀속분 소득을 구분계산 한 바, 감면대상 업종인 제조업의 소득금액에 결손이 발생하여 사실상 감면할 세액이 없다.
① 본점 인근에 위치한 OO점을 본점과 동일한 사업장으로 볼 것인지, 아니면 본점과 독립된 사업장으로 보아 본점에서 OO점에 매출한 564,709천원을 과세매출로 볼 것인지 여부
② 본점에서 OO점과 OO점에게 매출누락으로 본 1,321,410천원을, 총괄납부승인을 받았으므로 매출이 아닌 반출로 보아야 한다는 청구주장의 당부
③ 청구법인이 백화점식 매장(OO점, OO점, OO점)에 입점하여 의류를 판매함에 있어 그 부가가치세 과세표준을 청구법인이 백화점에 지급한 수수료를 포함한 총액으로 보아야 하는지 아니면 수수료를 차감한 순액으로 보아야 하는지 여부
④ 960,806천원 상당의 재고자산가액이 실제보다 과대계상하였다는 청구주장의 당부
⑤ 임대매장인 본점 및 OO점의 인테리어공사 대금 544,874천원을 사업용 지출비용으로 보아 청구법인의 손금으로 추인할 수 있는지와 상여처분금액에서 차감할 수 있는지 여부
⑥ 중소기업특별세액 감면 적용 여부
① 납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.
② 납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (2) 부가가치세법 제4조 【신고 ․ 납세지】
① 부가가치세는 사업장마다 신고 ․ 납부하여야 한다. 제6조 【재화의 공급】
② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용 ․ 소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것을 재화의 공급으로 본다. 제21조【결정 및 경정】
① 사업장 관할세무서장 ․ 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.
2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때
4. 제1호부터 제3호까지 외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때 (3) 부가가치세법시행령 제4조 【사업장의 범위】
① 법 제4조 제1항에서 규정하는 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. (단서 생략) 제15조 【자가공급의 범위】
② 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다.
③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 제5조 제4항 또는 제6조의 3 제3항의 규정에 의하여 총괄납부승인 또는 사업자단위 신고 ․ 납부를 하는 과세기간에 반출하는 것은 이를 재화의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부하여 법 제18조 또는 제19조의 규정에 의하여 관할세무서장에게 신고한 경우에는 그러하지 아니하다. (4) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】
① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.
가.대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다) 이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업 등“이라 한다)을 영위하는 사업장: 100분의 10
② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. (1998.12.28. 개정) 제128조 【추계과세시 등의 감면배제】
③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정을 하는 경우와 국세기본법 제81조 의 6의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제30조의 2, 제31조 제4항 ․ 제5항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조 8, 제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. (5) 조세특례제한법시행령 제6조 【중소기업에 대한 특별세액감면】⑤ 법 제7조 제1 항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 소기업”이라 함은 중소기업 중 제2조 제1 항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수가 다음 각호의 요건을 충족하는 기업을 말한다.
1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것
2. 광업 ․ 건설업 ․ 물류산업 또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것
3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것 제122조【과소신고소득금액의 범위】법 제128조 제3항에서 “대통령령이 정하는 과소신고금액“이라 함은 법인의 경우에는 법인세법시행령 제118조 의 규정에 의한 부당과소신고금액을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다.
(1) 처분청의 관련 자료에 의하면, 청구법인은 서울특별시 OO구 OO동 60-23번지에서 1999.5.15.부터 남성의류제조 ․ 도소매업을 영위해온 법인이다. 또한, 청구법인의 사업장은 ＜표1＞과 같이 본점, OO점, OO점, OO점, OO점의 5개 사업장 등을 운영하고 있다. ＜표1＞ 청구법인의 사업장 등 현황 구분 본점 만승점 일산점 김포점 수지점 소재지 서울 OO구 OO동 60-23 서울 OO구 OO동 60-6 경기 OO시 OO구 OO동 469 경기 OO시 OO동 5-1 경기 OO시 OO구 죽전동 887 사업자 등록번호 119-81-OO660 119-85-OO644 128-85-OO695 137-85-OO846 135-85-OO930 사업자 등록일 1999.5.11. 2006.11.20. (직권등록) 2003.1.1. 2006.11.20. (직권등록) 2003.1.1. 폐업일 2005.3.31. (신고폐업) 2003.3.25. (신고폐업)
(2) OO지방국세청장이 매출누락 및 본 ․ 지점간의 거래누락분 등을 조사한 법인세, 부가가치세 과세표준의 경정내역은 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 각 사업연도별 법인세 및 부가가치세 과세표준경정내역 (단위: 천원) 사업연도 합계 법인세익금산입 (매출누락) 본지점 거래분 누락 수익인식기준차 이 매출누락 2003 4,056,138 2,977,843 770,951 307,345 2004 3,721,747 2,799,183 534,546 388,018 2005 2,932,807 1,829,733 640,259 462,814 합계 10,710,692 7,606,759 1,945,756 1,158,177 라.판 단
(1) 쟁점①에 대하여 본다 (가) 청구법인의 OO점은 본점소재지와 행정구역상 동일 번지 내 호수만 다른 매장으로서 본점과 100미터 이내의 지근거리에 위치하고, 관할세무서도 동일하므로 본점에서 소위 OO점으로 물류의 이동이 있었다고 하더라도 처분청이 거래로 본 공급가액 564,709천원(2003년 제1기분 95,205천원, 2003년 제2기분 87,881천원, 2004년 제1기분 63,719천원, 2004년 제2기분 91,693천원, 2005년 제1기분 97,271천원, 2005년 제2기분 128,940천원임)은 부가가치세 과세대상거래로 볼 수는 없다고 주장한다. (나) 심리자료에 의하면, 청구법인의 본점소재지는 OO특별시 OO구 OO동 60-23번지이고, OO점 소재지는 OO특별시 OO구 OO동 60-6번지이며, 이 OO점은 처분청이 이 건 세무조사 과정에서 직권등록 한 사업장이다. 또한 처분청이 조사한 바에 의하면, OO점은 본점과는 300m 정도 떨어져 있고, 별도의 임차계약을 체결하여 점장을 포함한 다수의 종사직원들이 상시 주재하면서 의류 등을 판매하고 있다. (다) 위의 사실을 감안하여 보면, OO점은 그 소재지가 본점과 같은 번지로서 호수만 다르고 근거리에 위치하였으며 관할 세무서가 동일하고, 또한 임차매장을 운영하려면 건물주와 임대차계약을 체결하는 것은 필연적인 점 등을 고려해 보면, OO점에 대하여는 본점이 의류판매 등의 관리를 사실상 총괄하는 등 본점과는 하나의 사업장이라는 청구법인의 주장에 수긍이 가고, 그렇다면 처분청이 본점에서 OO매장에 판매목적으로 반출한 것으로 인정하여 매출거래로 본 564,709천원은 동일사업장 내의 재화이동으로 보는 것이 상당하다. 따라서 위 매출액으로 본 564,709천원에 대한 부가가치세는 각 기별로 매출액에서 이를 차감하여 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하는 것이 합리적이라고 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 본점과 OO점 및 OO점은 2003.7.1. 총괄납부승인을 받았으므로 본 ․ 지점간 거래액 1,029,745천원에 대해 세금계산서 발행을 생략할 수 있으므로 동 반출분에 대하여 과세한 부가가치세는 취소하여야 한다고 주장한다. (나) 처분청은, 청구법인이 OO점과 OO점에 공급한 의류 등 내부거래액 중 2003년 제1기 ~ 2005년 제2기 중 OO점에 공급한 1,080,480천원의 경우, 청구법인이 OO세무서장으로부터 적용일자가 2003.7.1.로 된 총괄납부 승인을 2003.3.17. 득한 후 총괄납부승인의 효력이 발생하기도 전인 2003.3.25.자로 폐업(청구법인은 2003.4.3 OOO세무서장에게 OO점의 폐업신고서를 제출함)한 것으로 확인되는 바, 청구법인(본점)이 OO점에 반출한 의류 등은 부가가치세법 시행령 제15조 제3항 에서 재화의 공급으로 보지 아니하는 거래인 총괄납부승은을 얻은 사업자가 총괄납부를 하는 과세기간에 반출하는 것에 해당되지 아니하는 것이므로 청구법인(본점)이 OO점에 반출한 의류 등 내부 거래액에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다. 다만, 2003년 제1기 ~ 2005년 2기 중 OO점에 공급한 227,498천원의 경우, 청구법인이 OO세무서장으로부터 적용일자가 2003.7.1.로 된 총괄납부승인을 2003.3.17.자로 득한 사실이 확인되고, 2005.4.1. OO세무서장에게 제출한 폐업신고서에 의하면, OO점은 2005.3.31. 폐업한 사실이 확인되므로, 청구법인(본점)이 OO점에 공급한 의류 등 내부거래액 227,498천원 중 총괄납부승인 적용일 전인 2003년 1월부터 2003년 6월분의 내부거래액 21,578천원과 폐업일이 속한 과세기간 종료일 이후(2005.7.1.이후)의 내부거래액 45,745천원등 합계 67,323천원은 부가가치세법시행령 제15조 제3항 에서 재화의 공급으로 보지 아니하는 거래인 총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부를 하는 과세기간에 반출하는 것으로 볼 수 없어, 부가가치세를 과세함이 타당하나, 나머지 기간의 내부거래액(2003년 제2기 ~ 2005년 제1기분) 160,175천원은 위의 요건에 해당되지 아니하므로 부가가치세를 과세하지 아니하는 것이 타당하다는 의견이다. (다) 부가가치세법시행령 제15조 제3항 은, 총괄납부승인 받은 본 ․ 지점간의 반출은 재화의 공급으로 보지 아니하도록 규정하고 있다. (라) 살피건대, 청구법인은 OO점과 OO점에 대하여 처분청이 직권 폐업하였다고 주장함에 따라, 우리 심판원에서 OO지방국세청장에게 청구법인이 주장하는 사실관계에 대하여 공문으로 조회한 결과, 청구법인의 OO점은 2005.3.31. 사업부진으로 2005.4.1. OO세무서장에게 폐업신고서 제출 및 사업자등록증을 반납하였는 바, 적용일자가 2003.7.1.로 된 총괄납부승인을 2003.3.17. 득하였다가 2005.3.31.신고폐업하였고, 이는 OO지방국세청장도 인락하고 있으므로 본점이 OO점에 공급한 의류 등 내부거래액 227,498천원 중 총괄납부 승인일부터 폐업일전까지 거래분 160,175천원은 부가가치세법시행령 제15조 제3항 에서 총괄납부승인 받은 본 ․ 지점간의 반출은 재화의 공급으로 보지 아니하도록 규정하고 있으므로 위 거래분은 각 기별 매출액 등에서 이를 차감하여 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다. 그러나 OO점의 경우, 2003.3.25. 사업부진으로 인해 폐업(2003.4.3. OOO세무서장에게 폐업신고서 제출 및 사업자등록증 반납)한 것으로 확인되는 바, 청구법인은 적용일자를 2003.7.1.로 된 총괄납부승인을 2003.3.17. 득한 후 총괄납부승인의 효력발생일 전인 2003.3.25.폐업하였으므로 총괄납부승인을 받은 본점과 지점간의 거래로 보기 어려워 이에 대한 청구주장은 수긍할 수 없다.
(3) 쟁점③에 대하여 본다 (가) 청구법인은, 수수료매장 매출인식방법의 차이에 따른 매출, 매입 동시누락과 관련하여 처분청이 경정한 1,158,177천원은 업계의 관행과 거래의 실질을 감안할 때 청구법인이 적용한 수익인식기준에 문제가 없다고 주장한다. 즉, 청구법인의 의류판매체계는 백화점식 법인이 청구법인으로부터 의류를 도매로 매입한 후 판매하며 재고자산도 위 법인이 관리한다고 주장한다. (나) 이에 대해 처분청은, 청구법인이 타 업체의 매장에 입점하여 의류 등을 판매한 소위 임차매장의 경우, 임차매장에 입점하여 청구법인이 판매한 거래금액이 청구법인의 매출임에도 부가가치세 과세표준 등 신고시에는 동 매장 판매금액에서 매장 임대업체인 백화점식 법인에게 지급하는 판매수수료를 차감한 금액에 대하여 세금계산서를 발행하고, 동 세금계산서 발행금액을 매출로 신고ㅎㅁ으로써, 수수료 상당액의 매출을 과소신고 하였는데, 임차매장 거래분의 경우에는 매장 임대업체가 차감한 판매수수료 상당액의 매출액을 총매출에 가산하는 방법으로 청구법인의 매출액과 매입액을 계산하여 부가가치세 과세표준과 납부세액을 경정하였을 뿐 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제한 사실이 없다는 의견이다. 또한, 청구법인의 판매일보상 일일판매실적이 기록되어 있고, 판매관리도 청구법인에서 하는 점에 비추어 백화점으로부터 판매장소를 빌려서 청구법인의 책임하에 의류 판매는 물론 재고자산 관리를 하고 있는 것으로서, 백화점식 법인에게는 의류매출액의 일정액을 수수료로 지급하므로 청구법인이 주장하는 특정매입계약서는 수수료 지급계약서로 보는 것이 타당하다는 의견이다. (다) 청구법인이 주식회사 OOO와 체결한 거래약정서에 의하면, 청구법인은 주식회사 OOO에게 매출액의 15%를 수수료로 지급하고 (제3조) 상품은 청구법인이 보관하고 관리하는 것으로 약정(제4조) 되어 있으며, 주식회사 OO과의 특정매입거래서에 의하면, 수수료는 판매대금의 22%(제2조)이고, 상품은 청구법인이 지정된 장소에서 판매하며, 판매한 제품에 대해 소비자 claim이 들어올 경우, 그 처리비용은 전부 청구법인이 부담하고 제품의 관리도 청구법인의 책임으로 한다고 약정되어 있다(제4조). 또한, 주식회사 OO은 청구법인이 판매대금을 정당한 사유없이 즉시 주식회사 OO에게 입금하지 않을 경우, 본 계약을 해지할 수 있다고 약정되어 있다(제11조). (라) 살피건대, 청구법인의 판매일보상 제품 또는 상품에 대하여 일일판매실적이 기록되어 있고, 판매 ․ 관리도 청구법인의 책임하에 이루어지는 사실 등을 종합하여 보면, 청구법인이 제품 또는 상품을 백화점식 법인에게 도매 하였다기 보다는 청구법인이 매장을 임차하여 소매를 하고, 그 매출액의 일정 비율 분을 그 임대법인에게 수수료 성격으로 지급한 것으로서 청구법인이 백화점식 법인과 체결한 거래약정서 또는 특정매입계약서 등은 매장을 임대하고 그 매출액의 일정비율을 수수료로 지급하는 취지의 약정서로 보는 것이 타당하다. 그렇다면 청구법인이 백화점식 법인에게 매출액(판매액)의 일정비율분을 수수료로 지급하고 있는 상황에서 동 수수료를 차감한 순액을 부가가치세 과세표준으로 신고하였고, 그 수수료분에 대하여는 계산서를 받지 아니한데 대하여, 처분청이 수수료 상당액의 매출을 과소신고 한 것으로 보아 그 판매수수료 상당액의 매출액을 총매출액에 가산하여 이 건 부가가치세 등을 과세한 것은 잘못이 없다고 판단된다.
(4) 쟁점④에 대하여 본다. (가) 청구법인은 처분청이 매출누락으로 과세한 7,606,758천원에 대응하여 비용화될 장부상 재고자산가액 960,806천원(2003사업연도 1,117,699천원, 2004사업연도 171,027천원, 2005사업연도 ∆327,920천원)이 과대계상 되었으므로 이를 손금추인하여 각 사업연도 소득금액 계산시 손금산입하여야 한다고 주장한다. (나) 이에 대해 처분청은, 청구법인은 본점 및 지점매장을 직영매장, 임대매장, 임차매장 등으로 운영하면서 의류 등을 일부는 위탁제조하여 판매하고, 대부분은 매입하여 판매하는 업체로서 세무조사시 각사업연도말의 재고자산의 신고금액과 실제 재고금액간의 차이를 발견하지 못하여 법인의 신고내용대로 재고자산가액을 시인 결정하였으며, 또한, 청구법인이 신고당시에 계상하지 못한 각종 경비에 대하여 조사당시의 손금추인요구에서도 재고자산이 과대계상 되었다는 주장이 없었던 점으로 보아, 추가 제시하는 증빙내용에 신빙성이 없고 재고자산을 과대계상 했다는 청구주장 역시 신빙성이 없다는 의견이다. (다) 청구법인은 각사업연도 재고자산명세서, 품목별 원가계산서와 2006사업연도 결산시 재고자산을 잉여금처분사항으로 처리하여 장부를 수정하고, 손익계산서상 960,805천원(상품매출원가 471,906천원, 제품매출원가 488,899천원)을 타계정으로 대체하였으며, 결손금처리계산서에는 전기오류수정손실 2,617,834천원(이 중 960,805천원이 포함되어 있다고 주장함)을 계상하였다는 자료만을 제시하였다. (라) 이와 같이, 청구법인은 기말재고 960,806천원이 과대계상 되어 동 금액이 매출원가에서 차감하였다고 주장하나, 청구법인은 법인세신고시 위 금액을 신고하지 아니하였고, 재고자산가액은 각 사업연도 마다 항상 승계되어 각 사업연도의 소득금액 계산시 매출원가에 영향을 미치는 것인데도, 청구법인은 과대계상되었다는 재고자산가액이 언제부터 어떤 이유로 그 차이가 발생하였다는 객관적이고 구체적인 증빙자료를 제시하지 못하고, 막연히 법인세신고시 재고자산가액을 과대하게 신고하였다고만 주장하는 것은 납득하기 어렵다.
(5) 쟁점⑤에 대하여 본다. (가) 청구법인은 영업매장 관련 공사대금 544,874천원(본점분 217,288천원, OO점분 327,585천원)은 청구법인의 비용으로 계상하지 아니하였는 바, 위 공사비는 사업상 비용에 해당하므로 비용으로 추인하고, 매출누락금액에 대응하는 인정상여금액에서 제외되어야 한다고 주장한다. (나) 이에 대해 처분청은, 청구법인이 법인의 영업과 관련하여 지출하였다고 주장한 공사대금 내역은 대표이사 OOO의 소유인 OO매장분이 2003년 귀속 327,585천원, 본점분이 217,288천원으로서 OO매장은 OOO이 2002.5.21.부터 의류매장으로 임대하여 온 개인소유 부동산인 바, 임대용 개인소유 부동산인 OO매장의 공사비를 청구법인의 사업과 관련한 손금으로 인정하지 아니하고, 법인의 소득처분시 사영금액에서 차감하지 아니한 이 건 처분은 정당하다는 의견이다. (다) 한편, 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 처분청은 위의 본점분에 대한 공사비용 217,288천원에 대하여는 이 건 심판청구에 대한 심리 중인 2008.9.5. 사업용 공사비용으로 인정하여 상여처분대상에서 차감하여 근로소득세를 경정고지 하였고 청구법인도 본점분의 위 공사비용에 대하여는 2008.10.16. 심판청구를 취하함으로써 이에 대한 심판청구는 처분성이 부존재하여 심리실익이 없게 되었다. (라) 청구법인은, 청구법인의 OO점 부동산의 소유자는 청구법인의 대표이사인 OOO이나 청구법인의 임차매장으로서 청구법인이 위 공사금액을 법인이 부담한 사업용 비용으로 지출되었다고 주장하며 제시한 자료를 보면, ‘OO현장일일내역’에 7.11. 전기공사 2,150,000원, 7.12. 철거공사 2,520,000원, 7.13. 철거및형틀공사 2,605천원, 7.14. 철거 및 콘크리트타설공사 1,276,000원, 7.15. 전기공사 2,304,000원 등으로 나타나는 지출내역이 수십페이지가 되고, 공급자가 OO건축 대표 OOO이 발급한 영수증에는 2003.6.27.수중펌프 및 자재비 등 295,000원, 2003.6.28. 수도공사비 315,000원, 2003.8.29.온수보일러공사비 등 965,000원, 2003.9.2. 수중펌프공사비 등 540,000원, 2003.9.6. 지출물탱크 볼링교체공사비 등 1,335,000원, 2003.9.30.철거공구임대비 1,200,000원 등으로 나타나고, 일부 영수증 하단에는 “입금계좌번호변경(외환은행 OOO) 126-19-29739-1”로 기재되어 있다. (마) 이와 같이, 청구법인의 OO점은 비록 임차매장이긴 하나, 청구법인이 OO매장의 인테리어 등의 공사 관련 공사비지출내역과 거래상대방인 OO거축의 영수증을 제시하고 있어 당해 공사를 시행한 것은 사실로 보이고 청구법인이 제시한 증빙자료들로 일자별로 구체적이고 세부적인 내역이 나타나는 점에 비추어 이는 일응 청구법인의 OO점 관련 공사비의 대금지급 관련 증빙으로 보인다. 그렇지만 위 대금지급과 관련된 사실들이 청구법인의 장부에 계상된 사실이 없고 위 자료 이외에 대금지급과 관련하여 도급계약서나 금융거래자료 등의 객관적인 자료는 부족한 실정이므로, 청구법인이 주장하는 김포점의 인테리어 등의 공사를 실제 시행하였는지와 시행하였다면 청구법인이 실제 부담하였는지의 여부를 재조사하여, 위의 사실이 확인될 경우 동 공사금액은 청구법인의 사업용 지출로 보아 대표자 상여처분금액에서 이를 차감함과 동시에 자본적 지출로 보아 당해 각사업연도에 해당하는 감가상각비용을 손금산입하여 법인세의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
(6) 쟁점⑥에 대하여 본다. (가) 청구법인은 수도권에 위치하고 제조업을 영위하며 상시종업원수가 42명에 불과한 소기업으로서 조세특례제한법에서 정하고 있는 중소기업특별세액감면의 대상법인에 해당하고 수입금액의 업종별 구분은<표3>과 같으며 이 경우 주된 사업은 제조업이므로 중소기업특별세액감면규정이 적용되어야 한다고 주장한다. <표3> 청구법인이 주장하는 업종별 수입금액 (단위: 원) 구분 2003사업연도 2004사업연도 2005사업연도 합 계 제품매출 5,266,869,388 4,795,860,506 4,207,404,345 14,270,134,239 상품매출 1,474,568,866 2,174,091,963 2,717,101,195 6,365,762,024 용역매출* 2,628,850,797 2,406,200,419 1,763,934,481 6,798,985,697 총매출액 9,370,289,051 9,376,152,888 8,688,440,021 27,434,881,960 제조업 비율 56% 51% 48% 52% 소매업 비율 16% 23% 31% 23% 서비스업 비율 28% 26% 21% 25% 또한, 처분청은 청구법인의 경우 감면대상 업종에 대한 소득금액에 결손이 발생하여 사실상 감면할 세액이 없다고 아였으나, 당해 세무조사로 인해 각사업연도 소득금액이 경정되어 납부할 세액이 발생하였으므로 청구의 실익이 없다고 한 처분청의 판단은 잘못된 것이며, 경정으로 인한 납부할 세액에서 세액감면을 적용하여 재계산하여야 한다고 주장한다. (나) 이에 대해 처분청은, 청구법인은 조세특례제한법 제7조 제1항 에 의한 감면대상 업종을 영위하고는 있으나, 감면대상 업종에 대한 소득금액에 결손 발생으로 사실상 감면할 세액이 없다는 주장이다. 즉, 청구법인은 제조업과 소매업 등을 겸영하는 업체로, 상시 종업원 수가 2003년 50.25명, 2004년 47.08명, 2005년 39.08명에 매출은 제품매출, 상품매출, 수수료매출로 구성되어 있으며, 제조업 부문은, 상시 사용 종업원수가 100명 미만으로 조세특례제한법상의 감면대상인 소기업 요건을 충족하나, 소매업 부분 등의 경우, 상시 종업원수가 10명을 초과하여 감면대상인 중소기업에 해당되지 아니하며, 청구법인은 2003년 ~ 2004년귀속 법인세 신고시에는 제조업 소득과 기타 사업의 소득으로 구분계산하지 않고 2005년 귀속분만 구분계산 신고하였으므로 2003년 ~ 2004년 귀속분 소득을 구분계산하기 휘하여, 공통익금은 영업외 수익에 매출총액 중 제품매출액이 차지하는 비율을 곱하여 계산하고 공통손금은 판관비 및 영업외비용에 매출원가 총액에서 제품 배출원가가 차지하는 비율을 곱하여 계산하는 방법으로 제조업의 소득과 기타사업의 소득을 구분하여 계산한 바, 감면대상 업종인 제조업의 소득은 2003년의 경우 ∆238,710천원, 2004년의 경우 ∆139,594천원, 2005년의 경우 ∆300,084천원이 산출되는 등 감면대상업종에 대한 소득금액(과세표준)에 결손 발생으로 감면할 세액이 없어 심판청구의 실익이 없다는 의견이다. (다) 조세특례제한법 제128조 제3항 은 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정을 하는 경우와 국세기본법 제81조 의 6의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조 등의 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있고, 조세특례제한법시행령 제122조 는 법 제128조 제3항의 “대통령령이 정하는 과소신고금액”이라 함은 법인의 경우에는 법인세법시행령 제118조 의 규정에 의한 부당과소신고금액을, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액으로 규정하고 있다. (라) 살피건대, 청구법인은 이 건과 관련하여 제조업 관련 매출이나 손금이 추인될 경우, 해당 제조업부분의 산출세액이 발생되어 청구실익이 있다고 주장하고 비록, 청구법인은 2003~2004사업연도는 제조업 사업소득과 기타사업소득을 구분경리하지 아니하였으나, 처분청이 청구법인의 제조업부분에 대해서는 조세특례제한법 제7조 제1항 에 의한 중소기업특별세액감면대상으로 인락하였으므로, 이 건 심판청구 결정에 따라 과세표준과 세액의 경정으로 인하여 각 사업연도의 납부할 세액이 발생하는 경우에는 이 건이 조세특례제한법 제128조 제3항 및 같은 법 시행령 제122조의 과소신고금액의 법위에 해당되는지 여부를 재조사하여 이에 해당되지 아니한다면, 제조업부분에 한하여 각사업연도의 과세표준과 세액을 재조사하여 조세특례제한법 제7조 제1항 의 중소기업특별세액 감면규정을 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정결정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.