연구원이 자신의 연구결과가 타당한지 여부를 점검하는 과정에서 수익활동인 설계과정에 일부 관여하였다 하더라도 해당 연구원에게 지급한 인건비는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 포함됨
연구원이 자신의 연구결과가 타당한지 여부를 점검하는 과정에서 수익활동인 설계과정에 일부 관여하였다 하더라도 해당 연구원에게 지급한 인건비는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 포함됨
○○세무서장이 2006.12.20. 청구법인에게 한 법인세 2003사업연도 1,438,018,530원, 2004사업연도 3,291,148,010원, 2005사업연도 2,108,322,310원의 부과처분은 청구법인이 2003~2005사업연도에 청구법인의 기업부설연구소의 연구원들에게 지급한 인건비 중 <별지2> 기재의 10,427,500,030원(2003년 3,628,963,310원, 2004년 3,256,142,050원, 2005년 3,542,394,670원)을 조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상 인건비로 보아 그 과세표준과 세액을 경정한다.
(1) 쟁점연구소는 과학기술부 고시 제2003-10호 제6조에 부합하게 본관 건물의 지하 1층과 지상 4~5층 전체를 독립된 연구공간으로 하여 전담부서를 설치하고, 연구소장 및 선임연구원을 총책임자로 하여 연구개발활동만을 위한 장소로 활용하고 있으며, 청구법인이 조직도상 4층을 도로팀․도시팀․교통팀으로, 5층을 구조팀․철도팀․지반팀․상하수도팀으로 구분한 것은 각 연구분야를 표시하면서 도로연구팀․도시연구팀 등으로 표시하여야 할 것을 편의상 간편한 표기방법을 사용하여 표기한 것이고, 설계부서인 교통계획부․환경부․조경부 등은 ○○시 ○○구 ○○동 000번지 소재 별관 건물에 별도로 소재하고 있다.
(2) 처분청은 쟁점연구소의 연구원들이 현업부서의 업무를 겸임하고 있다고 보았으나, 쟁점연구소에 설계실무자들을 연구보조자로 배치한 것은 청구법인의 업무 특성상 불가피하며, 일부 상위연구원들이 연구와 관련된 업무협의 및 설계 등에 관여한 것은 사실이나, 대부분의 연구원들은 연구활동 이외의 다른 업무를 겸임한 사실이 없고, 처분청은 쟁점연구소에서 제출한 연구보고서․실용신안권․특허권 등을 대학원 등의 자료를 재편집하거나 외부에서 구입하였다고 보았으나, 이는 합리적인 자료에 근거하지 아니한 것이다.
(3) 청구법인은 2003년 3월경 1998~2002사업연도분에 대한 세무조사를 받고, 2003년부터 쟁점연구소의 운영방식을 대폭 변경하였으며, 2004.1.15자로 쟁점연구소의 연구인력에 대한 대대적인 조직개편을 단행하고, 2004.8.24 한국산업기술진흥협회로부터 쟁점연구소가 위와 같이 연구전담부서로서의 인적․물적 요건을 갖추고 연구원들이 연구활동에 전념하고 있다는 사실을 확인받았다.
(1) 기업부설연구소는 다른 부서와 구분할 수 있도록 벽면 전체를 독립된 공간으로 구분하여 별도의 출입문을 갖추고 있어야 하나, 쟁점연구소는 벽면 전체를 독립된 공간으로 구분하여 사용하는 것이 아니라 칸막이를 설치하여 지하 1층은 감리부와 환경부, 4층은 도로팀․도시팀․교통팀으로, 5층은 구조팀․철도팀․지반팀․상하수도팀으로 구분하여 일반 사업부서와 혼재되어 사용하고 있다.
(2) 기업부설연구소의 연구원들은 연구업무 이외에 다른 업무를 겸하지 아니하여야 하나 쟁점연구소의 연구원들은 해당 부서에 소속되어 매출활동(설계)도 겸하고 있음이 조직도․급여명세서․출장복명서 및 청구법인의 대표자의 확인서 등에 의하여 확인되었고, 쟁점연구소에서 제출한 연구보고서․실용신안권․특허권 등은 대학원 등 자료를 재편집하거나 외부에서 구입한 것으로 확인되어 연구활동에 전념한 결과물이라고 보기 어렵다.
(3) 청구법인의 직원이 2005.1.22 국세청 인터넷 홈페이지에 제보한 내용을 보면, 청구법인은 2005년 1월경 처분청의 세무조사가 예상되자 직원의 자리 재배치 등을 통하여 연구원들이 연구활동에 전념한 것처럼 꾸민 것으로 나타나는 바, 쟁점연구소는 한국산업기술진흥협회의 인정요건을 충족하기 위하여 형식상 존재한 것으로 판단된다.
(1) 조세특례제한법(2005.12.29 법률 제7775호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】
① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구 및 인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.
1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법
2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법
② ․③ (생 략) (2) 조세특례제한법 시행령(2005.12.30 대통령령 제19213호로 개정되기 전의 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위등】
③ 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 재료․제품․기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 연구 및 인력개발비․기술정보비 등의 비용으로서 별표 5의 비용을 말한다. 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】
② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.
③ ․④․⑤ (생 략)
⑥ 법 제10조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서 및 연구및인력개발비명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. [별표 5] 연구및인력개발준비금의 사용기준(제8조 제3항 관련) 구 분 비 용
도입기술의 소화개량비
① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비 (이하 생략) [별표 6] 연구․인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련) 구 분 비 용
① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비
② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)
③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구․시험용 시설(제10조제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 ①에 규정된 기관의 연구․시험용시설의 이용에 필요한 비용 나.~거. (생 략)
① ~⑤ (생 략) 나.~바. (생 략) (3) 조세특례제한법 시행규칙(2005.12.31 재정경제부령 제478호로 개정되기 전의 것) 제6조【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】
① 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문중 "재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서"라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제7조 의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.
② 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목①에서 "전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자"라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】
① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①에서 "재정경제부령이 정하는 자"라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.
(4) 기술개발촉진법(2005.12.30 법률 제7809호로 개정되기 전의 것) 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. “기술개발”이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료․제품․장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다. 제7조【특정연구개발사업의 추진 등】
① 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.
2. 연구인력․시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 "기업연구소"라 한다) (5) 기술개발촉진법 시행령(2006.2.8 대통령령 제19321호로 개정되기 전의 것) 제15조【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】
① 법 제7조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.
1. 중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5인 이상
2. 국외에 있는 기업부설연구소: 5인 이상
3. 과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소: 2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다)
4. 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소: 10인 이상 (6) 기술개발촉진법 시행규칙(2001.7.20 과학기술부령 제27호로 개정된 것) 제7조【기업부설연구소의 신고 등】
② 영 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정을 받고자 하는 자는 별지 제7호서식에 의한 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출하여야 한다.
1. 연구사업개요서 1부
2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부
3. 연구시설명세서 1부 4.․5. (생 략)
③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.
④ 영 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고에 관하여 그 밖의 필요한 사항은 과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다.
(1) 이 건 과세처분의 경위는 아래와 같다. (가) 청구법인은 1998~2002사업연도에 쟁점연구소의 연구원들에게 지급한 인건비 17,956백만원에 대하여 1,370백만원을 연구 및 인력개발비 세액공제액으로 신고하였으나, 처분청은 2003년 3월경 청구법인에 대한 세무조사를 실시하고, 청구법인의 연구원과 일반직원이 동일한 사무실에 혼재하여 근무하고 있으므로 연구전담부서를 설치하지 않은 것으로 보아, 쟁점연구소의 연구원 인건비와 관련된 세액공제 적용을 배제하여 2003.11.10 청구법인에게 1998~2002사업연도 법인세 972백만원을 경정․고지하였다. (나) 청구법인이 이에 불복하여 심판청구를 제기한데 대하여 국세심판원은 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 쟁점연구소를 조세특례제한법시행규칙 제6조 의 규정에 의한 기업의 연구개발 전담부서로 보되, 쟁점연구소의 연구원이 실질적으로 연구를 전담하는지 여부를 재조사하여 연구전담요원의 인건비를 결정하고(일부 재조사), 청구법인에게 유리한 세액공제방법을 적용(일부 인용)하여 그 과세표준과 세액을 경정하도록 하였다(국심 2004서0629, 2004.12.15 참조). (다) 위 심판결정에 따라 처분청은 2005.1.10~2005.2.23 중 청구법인의 1998~2002사업연도분 연구전담요원 인건비의 적정여부에 대하여 재조사를 실시하였는 바, 처분청의 재조사가 개시된 직후인 2005.1.22 청구법인의 직원이 청구법인은 처분청의 조사가 개시되자 2005.1.10~2005.1.14 중 대대적인 자리 재배치를 통하여 각 부서의 연구원으로 임명된 직원이 자리에 앉아서 근무하고 있는 것처럼 꾸몄다는 내용의 투서(인터넷)를 하였고, 처분청은 청구법인이 연구실적 자료로 제출한 실용신안권 55건, 특허권 7건 및 신기술개발 1건을 모두 외부인(고안자)으로부터 구입하거나 대학에서 공동연구한 것으로 쟁점연구소의 연구원들이 연구에 전념한 사실이 확인되지 아니한다고 조사하여 당초 처분을 유지하였다. (라) 청구법인은 서울행정법원에 행정소송을 제기하여 쟁점연구소가 조세특례제한법시행규칙 제6조 에 정한 연구개발 전담부서에 해당하고, 그 소속 연구원들도 연구개발에 전념하거나 관여하였으므로 그 인건비의 전액 또는 관여한 정도에 상응하는 부분은 세액공제를 인정하여야 한다는 취지의 주장을 하였으나, 서울행정법원은 쟁점연구소의 연구원들이 연구에 전념하지 아니하였고, 연구성과물도 대부분 외부 고안자로부터 구입하였거나, 외부 대학교수 등에게 연구용역을 의뢰하고 그 결과로서 취득한 것이라고 본 처분청의 의견을 수용하여 청구주장을 받아들이지 아니하였으며(서울행정법원 2005구합8351, 2006.6.30 참조), 동 판결내용은 청구법인의 항소포기로 확정되었다. (마) 위 행정법원의 판결에 대하여 청구법인이 항소를 포기하자, 처분청은 청구법인이 2003~2005사업연도에도 연구개발과 관련하여 별도의 독립된 연구공간 없이 한국산업기술진흥협회에 신고한 연구원이 타 사업부와 혼재하여 사용하고 있으며, 기술개발 전담연구원은 연구에만 전념하여야 하나 매출활동과 관련한 설계활동을 하는 등 연구원으로 신고된 자들이 실제로는 연구전담이 아닌 매출활동도 하였음을 확인한다는 내용의 확인서를 작성하여 2006.11.8 청구법인의 회장 황○○의 확인을 받은 다음, 청구법인이 2003~2005사업연도에 신고한 쟁점세액공제액에 대한 공제 적용도 배제하여 2006.12.20 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하였다.
(2) 이에 대하여 청구법인은 2003년 3월경 처분청으로부터 1998~2002사업연도분에 대한 세무조사를 받고, 쟁점연구소 운영방식을 대폭 변경하였으며, 2004.1.15 연구소 인력에 대한 대대적인 조직개편을 단행하여 연구인력을 축소한 후, 2004.8.24 한국산업기술진흥협회로부터 쟁점연구소가 연구전담부서로서 인적․물적 요건을 갖추고 연구원들이 연구활동에 전념하고 있다는 사실을 확인받았으므로 쟁점세액공제액을 쟁점연구소의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제액으로 공제하여야 한다고 주장하면서 쟁점연구소의 연구원 배치내역, 한국산업기술진흥협회의 쟁점연구소에 대한 실사자료, 청구법인과 지방자치단체 및 다른 기업들간의 용역계약 내역 및 연구결과보고서, 쟁점연구소의 연구원에 대한 인건비 지급내역 등을 제시하였으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인의 일반직원 및 쟁점연구소의 연구원 현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 일반직원 및 연구원 현황 (단위: 명) 구 분 2003년말 2004년말 2005년말 청구법인 설계부서 321 360 353 감리부서 161 170 178 행정관리부서 76 70 65 소 계 558 600 596 쟁점연구소 연구원 101 64 66 계 659 664 662 즉, 청구법인은 2004.1.15자로 쟁점연구소의 연구인력에 대한 조직개편을 단행하여 연구원 44명을 실무부서로 이동시키거나 이직시키는 등 2004.1.15부터 2005.1.31까지 총 58명을 연구인력에서 제외하여 2003년말 101명이던 연구원을 2005년말 66명으로 감축하였다고 소명하고 있다. (나) 처분청이 이 건 조사당시(2005년 1~2월) 확인한 직원배치표에 의하면, 쟁점연구소가 부회장 산하에 설치되어 있는 것으로 나타나나, 2004.6.25자 직원배치표에는 구체적인 층별 배치내역이 나타나지 아니하고, 2004.11.10자 직원배치표에는 쟁점연구소가 5층에 소재하고 있는 것으로 나타나 있다. (다) 청구법인은 쟁점연구소가 본관 지하 1층과 4~5층에 소재하고 있고, 설계부서인 교통계획부․환경부․조경부 등은 ○○시 ○○구 ○○동 000번지 소재 별관 건물에 별도로 소재하고 있는 바, 이 건 처분청의 조사당시 조사공무원들이 4~5층의 연구원들이 연구보조자들과 혼합되어 있음을 문제삼아 그 이후에 이들을 분리하여 배치하였다며, 그 근거로 2005.1.3 및 2006.12.1자 연구원배치표, 별관 건물 임대차계약서(2003~2005년도)와 본관 및 별관 건물의 사진을 제시하였는 바, 제시된 자료에 의하면 쟁점연구소는 청구법인의 본관 건물 지하 1층과 4~5층에 소재하고 쟁점연구소의 연구부서와 유사한 명칭의 설계부서는 별관 건물에 별도로 존재하는 것으로 확인된다. (라) 2004.8.24자 한국산업기술진흥협회의 쟁점연구소에 대한 현지확인보고서에 의하면, 쟁점연구소는 69명의 연구전담요원(박사 3명, 석사 22면, 학사 44명)을 확보하고, 4~5층 전체(1,270.8㎡)를 독립된 연구공간으로 활용하면서, 도로․구조․철도․상하수도․도시․교통․지반 관련 연구활동을 하고 있다는 취지의 보고 내용이 기재되어 있다. (마) 청구법인은 쟁점연구소의 운영방법이 2002년 이전과 비교하여 2003년 이후에 아래와 같이 달라졌다고 소명하고 있다.
1. 2002년 이전
2. 2003년 이후
○ 국가 및 지방자치단체 등으로부터 용역과제를 받아 토목 구조물(도로, 항만, 공항, 철도, 교량, 상하수도, 댐 등)을 설계하는 용역사업을 수행 감리부서
○ 건설기술관리법에 의한 책임관리, 시공감리, 검측관리 및 건설사업관리 용역사업 등을 수행 행정 관리부서
○ 인사 및 재무관리업무 수행 쟁점연구소
○ 건설기술분야의 연구개발
• 자체 연구개발과제 수행
• 공동연구개발과제 수행
• 정부 R&D연구 수행
• 특허 및 실용신안권 취득 업무 수행 (사) 청구법인은 청구법인의 일반업무와 쟁점연구소의 업무를 아래 <표3>과 같이 비교 설명하고 있다. <표3> 청구법인의 일반업무와 쟁점연구소의 업무 비교 구 분 일반 사업부서 쟁점연구소 업 태 기술용역업 연구개발 업 무 수주받은 토목구조물의 설계용역 및 감리용역 수행 토목분야 연구개발과제 수행 업 무 수행방법
○ 설계용역 수행
• 사업추진을 위한 타당성조사
• 기본설계
• 실시설계
○ 감리용역 수행
○ 자체 연구개발과제 수행
• 현재 진행되고 있는 설계업무와 무관하게 과거 설계에서 문제되었던 점을 연구
• 기존 설계방법에 대한 개선책을 강구하여 사업 수행시 반영
○ 공동연구과제 수행
• 산․학․연 공동연구 등 수행
○ 정부 R&D연구 수행
• 한국산업기술진흥협회의 추천을 받아 국가경쟁력 강화차원에서 추진되고 있는 정부주도의 중장기 연구개발과제에 참여
○ 특허 및 실용신안권 취득
• 자체연구 및 정부R&D연구 등 수행과정에서 축적된 기술에 대하여 지적재산권 취득업무 수행 (아) 청구법인이 제출한 기업부설연구소의 연구성과물(2003~2005년) 관련자료 등에 의하면, 쟁점연구소의 2003~2005사업연도 연구과제별 연구 추진실적은 아래와 같이 정리된다(상세내역은 <별지1> 참조).
1. 쟁점연구소는 2003년부터 2005년까지 총 40건의 자체 연구과제를 수행하였는 바, 과제별 연구참여 연구원은 2~15명 정도이며, 연구결과를 연구소장에게 제출하고, 과제번호를 부여받아 자료로 관리하고 있다.
2. 쟁점연구소는 2003년부터 2005년까지 ○○대학교, □□대학교 공학연구소, 육군사관학교 화랑대연구소, ◎◎대학교 환경해양연구소 등과 총 4건의 공동연구를 수행하고 있다.
3. 쟁점연구소는 2005년에 건설교통부(현 국토해양부)의 공모에 한국도로공사 도로교통기술원과 공동으로 제안한 "도심지 열섬완화를 위한 포장시스템 개발에 관한 연구" 과제가 정부R&D연구과제로 채택되어 정부로부터 연구개발비를 지원받아 연구를 수행하고 있다.
4. 쟁점연구소는 2003년부터 2005년까지 총 15건의 특허과제를 선정하여 특허권 확보를 추진 중인 것으로 확인된다. (자) 청구법인은 처분청이 청구법인의 1999~2002사업연도 실용신안특허권을 모두 외부 고안자나 등록 대행업체로부터 구입한 것이라고 보았으나, 이는 청구법인과 등록대행업체간 등록대행계약의 내용을 오해한데서 비롯된 것이라고 소명하면서, 이러한 오해를 불식시키기 위하여 2003년도부터는 특허권 등록업무 등에 관한 계약서의 내용을 수정하였다면서 2002년 이전과 2003년 이후의 특허권 등록업무에 관한 계약서를 제시하였는 바, 그 주요 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 특허권 등록업무에 관한 계약서의 주요 수정내역 구 분 2002년 이전 2003년 이후 계약서명 발명특허협약서 용역계약서 (용역명: 특허등록 대행) 갑(실용신안특허권자) 청구법인 청구법인 을(발명특허대행자) 특허등록 대행업체 특허등록 대행업체 계약조건 제2조 (협약조건) "갑"은 "을"에게 도로, 교량, 상하수도 시설물에 사용할 수 있는 실용신안특허를 작성하여 실용신안특허발명 출원하는 조건으로 하고, 실용신안특허권자를 "갑"으로 하고, "갑"은 "을"에게 실용신안특허발명출원경비를 지급한다. 제2조 (계약조건) "을"을 "갑"의 기업부설연구소가 제공하는 건설분야 기술연구자료를 토대로 특허 5건 확보를 위해 필요한 제반업무를 대행함에 있어서 상호 협조하에 특허 출원(우선심사청구) 및 등록까지의 제반업무를 포함하는 조건으로 특허등록권자 및 고안자를 "갑" 명의로 하고 "갑"은 "을"에게 특허 충원 및 등록증 확보에 소요되는 경비를 지급한다. 경 비 지급조건 제3조 (발명특허 경비) 실용신안 특허경비는 1건당 2,000,000원으로 하고, "갑"은 특허 제출 후 특허청으로부터 출원번호가 발급되면 출원경비(변리사비용) 542,000원을 지급하고, 실용신안특허증이 발급되는 즉시 1,458,000원을 "을"에게 지급하기로 한다. 제3조 (특허 출원대행에 관한 제반경비) 특허 출원대행에 관한 모든 제반경비는 1건당 5,000,000원(부가가치세 별도)으로 하고, 그 지급방법은 제4조에 준한다. (차) 청구법인이 제출한 기업부설연구소의 연구성과물(2003~2005년)관련자료에 의하면, 청구법인의 2003~2005사업연도 각 연구원별 연구 참여실적은 <별지2>와 같이 정리되며, 청구법인이 실제로 공제받은 연구원별 인건비의 내역은 아래 <표5>와 같이 정리된다. <표5> 청구법인이 실제로 공제받은 인건비의 내역 (단위: 원, 명) 구 분 2003년 2004년 2005년 인원 금 액 인원 금 액 인원 금 액 청구법인이 실제로 공제받은 인건비 101 4,267,175,730 122 4,105,499,058 66 3,864,372,610
① 순수 연구활동 종사연구원 인건비 42 1,832,844,220 49 2,527,551,720 48 2,796,049,110 연구 책임자
② 순수 연구활동기간 1 76,584,000 3 359,694,250 2 211,913,680
③ 연구실적이 없는 기간 1 82,862,000 6 368,896,080 4 377,568,880 소 계 2 159,446,000 9 728,590,330 6 589,482,560 행정업무 겸임자
④ 순수 연구활동기간 4 195,450,970 6 311,622,290 3 151,191,940
⑤ 행정업무 겸임기간 11 434,906,800 11 295,129,960 6 170,786,000 소 계 15 630,357,770 17 606,752,250 9 321,977,940 연구도중 전보자
⑥ 순수 연구활동기간 41 1,636,673,090 0 0 3 156,863,000
⑦ 연구실적이 없는 기간 1 7,854,650 47 242,604,758 0 0 소 계 42 1,644,527,740 47 242,604,758 3 156,863,000 주1) ①은 다른 활동에 종사하지 아니하고 순수 연구활동에 종사한 연구원의 인건비임.
② 는 연구책임자로 종사한 사실이 있는 연구원의 인건비 중 연구책임자로 종사하지 아니하여 연구성과물에 연구실적이 나타나 있는 기간의 인건비임.
③ 은 연구책임자로 종사한 사실이 있는 연구원의 인건비 중 연구책임자로 재직하여 연구성과물에 연구실적이 나타나지 아니하는 기간의 인건비임.
④ 는 연구원으로 등록되었으나, 행정업무를 겸임한 사실이 있는 연구원의 인건비 중 순수 연구 활동에 종사하였다고 주장하는 기간의 인건비임.
⑤ 는 연구원으로 등록되었으나, 행정업무를 겸임한 사실이 있는 연구원의 인건비 중 행정업무를 겸임하였다고 소명하고 있는 기간의 인건비임.
⑥ 은 전보로 인하여 연구 중간에 합류하였거나, 연구도중 다른 부서로 이동한 연구원의 인건비 중 순수 연구활동에 종사하였다고 주장하는 기간의 인건비임.
⑦ 은 전보로 인하여 연구 중간에 합류하였거나, 연구도중 다른 부서로 이동한 사실이 있는 연구원의 인건비 중 전보된 연도의 인건비로 사실상 연구활동에 종사한 것으로 볼 수 없는 기간의 인건비임.
(3) 먼저, 쟁점연구소를 연구전담부서로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 1992.3.1 기술연구소 운영규정을 제정하여 연구소의 조직과 임무, 업무범위, 기술개발비의 집행 등에 대하여 심리일 현재까지 운영하여 오고 있으며, 연구원은 개인별 인사기록부에 의하여 연구소에 근무하고 있는 사실이 확인된다. (나) 청구법인은 1992.3.23 기술개발촉진법 제16조 및 동법 시행령 제27조 제1항의 규정에 의한 과학기술부장관의 권한위임에 따라 한국산업기술진흥협회장으로부터 동법 시행령 제14조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소로 인정(제921032호)받았음이 확인되고, 1996년 이후 연구원의 변경이나 연구소의 면적변경 등에 대하여 신고하여 왔으며, 2004.8.24 한국산업기술진흥협회에서 쟁점연구소에 대한 현지조사결과 쟁점연구소는 기술개발촉진법 시행령 제15조 및 기업부설연구소와 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령(과학기술부고시 제2003-10호, 2003.8.23)에 규정한 기업부설연구소 인정요건을 갖추고 연구개발활동을 수행하고 있으며 연구소의 인적요건인 10명 이상의 연구원과 연구개발활동을 수행하여 나가는데 있어서 필수적인 독립된 연구공간과 연구시설을 보유하고 있다고 청구법인에게 회신(연지04-277, 2004.10.12)한 사실이 확인된다. (다) 최근 각종 업무처리방식이 컴퓨터 등 정보산업 중심으로 급격하게 변함에 따라 연구개발분야의 운영형태도 업종별로 다양화되고 있어 각 연구원별로 컴퓨터 등 제한된 공간만 확보하더라도 연구업무의 수행이 가능한 점을 감안할 때, 연구성과를 실시간 실무에 적용하여야 하는 정보화시대에 업종의 특성을 감안하지 아니하고 일률적으로 연구소로서 별도로 독립된 공간에 격리되어 근무하여야 하는 것을 감면요건으로 적용할 수는 없는 것이라고 할 것인 바(국심 2004서629, 2004.12.15. 참조), 청구법인의 경우 2003년 이후부터는 청구법인의 건물 지하 1층과 지상 4~5층 전체를 독립된 공간으로 하여 쟁점연구소를 설치하고, 연구소장 및 선임연구원을 총책임자로 하여 연구원들의 독립된 연구개발활동만을 위한 공간으로 활용하고 있는 것으로 보이므로 쟁점연구소가 기업부설연구소로서의 인적․물적 요건을 갖추지 아니하였다고 보기는 어려운 것으로 판단된다.
(4) 다음으로, 쟁점연구소에 소속되어 연구프로젝트를 수행한 연구원들의 인건비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구법인의 2003~2005사업연도 연구성과물에 대한 구체적인 확인없이 청구법인이 2003~2005사업연도에도 1998~2002사업연도와 동일한 방법으로 쟁점연구소를 운영하였을 것이라고 추정하여 쟁점연구소의 연구원들이 일반 매출활동도 겸하고 있고, 쟁점연구소에서 제출한 연구보고서․실용신안권․특허권 등을 모두 외부에서 구입하거나 대학원 등의 자료를 재편집한 것이라고 보았는 바, 기술용역업을 영위하는 청구법인의 업무 특성상 연구개발과 매출활동의 구분이 모호한 점은 있으나, 청구법인은 일반 매출활동 부서와는 별개로 연구를 전담시킬 목적으로 쟁점연구소를 설치한 사실이 인정되고, 쟁점연구소에서 일반 매출활동 부서와는 구분되는 연구활동을 수행하고 있으며, 2003~2005사업연도에 쟁점연구소에 자체과제 40건, 공동연구과제 4건, 정부R&D연구과제 1건, 특허관련 연구과제 15건을 부여하여 연구를 추진하고 그 연구성과물을 체계적으로 관리하고 있는 것으로 확인되므로 연구성과물에 연구실적이 기재된 연구원은 매출활동을 하였다는 객관적인 근거가 없는 한 연구활동에 종사한 것으로 보는 것이 타당하다고 판단되고, 쟁점연구소의 연구활동 추진내용과 특허 및 실용신안권 등록업무와 관련된 용역계약서의 수정내용을 감안할 때 청구법인이 확보한 특허권 및 실용신안권도 모두 외부에서 구입하였다고 보기는 어렵다고 판단된다. (나) 또한, 연구의 정의는 기술개발촉진법 제2조 제1호 의 기술개발을 말하는 것으로 동 규정에 의하면 기술개발이라 함은 “신기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료․제품․장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험과정까지를 포함한다”라고 되어 있는 바, 이 건의 경우 연구결과가 타당한지를 점검하는 과정에서 진행되는 설계도 이에 포함된다고 할 것이므로 쟁점연구소의 연구원이 자신의 연구결과가 타당한지 여부를 점검하는 과정에서 설계과정에 일부 관여하였다 하더라도 이를 이유로 동 연구원이 연구활동에 전념하지 아니하였다고 보기는 어려운 것으로 판단된다. (다) 위의 내용을 종합하여 보면, 쟁점연구소는 기업부설연구소로서의 설립요건인 연구원의 자격과 인원에 대한 인적요건과 연구개발활동을 수행하여 나가는데 있어서 필수적인 독립된 연구공간과 연구시설 등 물적요건을 갖추고 있다고 과학기술부장관으로부터 권한을 위탁받은 한국산업기술진흥협회장이 이를 확인하고 있는 사실, 청구법인의 연구원들이 실지로 연구소에 근무하면서 매년 연구실적을 내고 있는 사실 등에 비추어 쟁점연구소에 근무하고 있는 연구원에 대한 인건비는 기본적으로 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상이 된다고 보는 것이 타당하다고 판단된다. 그러나, 쟁점연구소에 근무하는 연구원 중 행정업무에 종사하였거나 연구 도중 타부서 등으로 전보되어 실질적으로 연구실적이 없는 연구원의 인건비(위 <표5>에서 ④,⑤,⑦금액)는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 위 <표5> 및 <별지2> 기재의 ①,②,③,⑥금액 10,427,500,030원은 조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비로 보는 것이 합리적이라고 할 것이다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.