종합소득세 과세처분이 중복조사금지의 원칙에 위배되는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. ○○세무서장은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○소재 주식회사 ○○○○에 대한 세무조사를 실시한 바, 동 법인의 대표자인 청구인에게 각 사업연도별로 2001년 163,710천원, 2002년 77,694천원, 2003년 12,332천원을 각 상여처분하고 소득금액변동통지하였으며 이 인정상여처분자료를 처분청에 통보하였다.
• 나. 처분청은 위 과세자료에 따라 청구인의 신고소득금액에 위 인정상여금액을 합산하여 2006.9.10. 청구인에게 종합소득세 2001년 귀속분 116,256,746원, 2002년 귀속분 45,171,510원, 2003년 귀속분 5,010,007원을 결정 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.12.8. 이의신청을 거쳐 2007.3.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인의 주장 과거 ○○전자상가에서 이루어지는 거래의 대부분이 현금거래였던바, 과거거래에 대한 소명이 부족하다하여 자료상으로 판단해 세액추징 및 직권폐업조치를 받았던 2004년의 조사만으로도 부담스러운데, 2006년에 행한 가공매입세금계산서 수취자 조사시 2004년 조사시 조사대상 귀속연도에 대한 거래내역을 다시 조사받게 되어 추가적인 세부담이 발생한 것은 국세기본법 제81조 의 3의 “세무조사권남용금지”규정을 위반한 행위이므로 2006년 법인세 경정을 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법 제81조 3 및 동법 시행령 제63조의 2에 따르면 경제 질서교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대한 일제조사시에는 “세무조사권 남용금지”의 예외를 규정하고 있고, 조사사무처리규정에는 과세자료처리나 조세탈루혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우에는 중복조사의 예외를 규정하고 있다. 2004년 1월에 실시한 법인세통합조사(이하 “제1차 조사”라 한다)는 당초 조사대상기간이 2001사업연도이었으나 조사 착수일 이전에 발생된 과세자료처리를 위해 2002사업연도를 포함하여 조사가 이루어졌으며, 2006년 1월에 실시한 가공매입세금계산서 수취자 조사(이하 “2차 조사” 라 한다)는 조사대상 기간이 2001년 제2기~2003년 제1기(2001.7.1.~2003.6.30.)로 조사대상기간이 일부 중복되기는 하였으나, 제2차 조사는 그 선정사유가 “자료상매입”으로 주식회사 ○○○○가 자료상으로부터 수취한 고액의 매입자료를 처리하기 위한 가공세금계산서 수취자 조사였으며 동일한 거래처와 조사대상기간 이전에도 거래한 사실이 있어 조사대상기간을 2001년 제2기~2003년 제1기로 확대한 바, 이는 국세기본법 제81조 의 3 및 동법 시행령 제63조의 2에서 규정하고 있는 “조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우” 및 “각종 과세자료의 처리를 위한 재조사”에 해당한다. 따라서, 2006년 제1기에 행한 가공매입세금계산서 수취자 조사는 2004년 제1기에 행한 법인세통합조사와 과세기간이 중복되나, 이는 국세기본법 제81조 의 3 및 동법 시행령 제63조의 2에서 규정하는 중복조사의 예외에 해당하고, 또한 납세자가 신청한 소명자료제출연장도 이루어졌으며 고충처리위원회의 결정에 따라 청구인에 대한 고발조치도 취하 하는 등 최대한의 납세편의를 제공하였으나 청구인은 기한 내에 추가적인 소명자료를 제출하지 아니한 바 청구인에게 이 건 종합소득세를 고지한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 종합소득세의 과세처분이 중복조사금지원칙에 위배되는지 여부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제81조 의 3 【세무조사권 남용 금지】

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여 서는 아니 된다.

② 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

○ 국세기본법시행령 제63조 의 2 【중복조사의 금지】 법 제81조의 3 제2항에서 “기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기 ‧ 매점매석 ‧ 무자료거래 등 경제 질서교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의 4 및 법 제81조의 7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우

○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】

② 납세지관할세무서장 또는 지방 국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제7조의 규정에 의한 과세표준 확정 신고를 한 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 잇는 때

• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 이 건 종합소득세의 부과처분이 중복조사금지원칙에 위배되므로 이를 취소하여야 한다고 주장하므로 이를 살펴본다.

(1) 처분청의 관련 기록에 의하면, 처분청은 ○○세무서장의 주식회사 ○○○○에 대한 세무조사 자료통보에 따라 동 법인의 대표자인 청구인에게 각 사업연도별로 2001년 163,710천원, 2002년 77,694천원, 2003년 12,332천원의 인정상여금액을 청구인의 신고소득금액에 합산하여 청구인에게 이 건 종합소득세를 결정고지 하였다.

(2) ○○세무서장이 주식회사 ○○○○에 대한 세무조사 내역을 보면, 2004.1.5.~2004.1.20. 조사대상기간을 2001사업연도(2001.1.1.~12.31.)로 하여 법인세통합조사를 실시하고 가공매입액 2001사업연도 23백만원 2002사업연도 317백만원에 대하여 법인세 및 부가가치세 등 216백만원을 결정고지하였다.

(3) 또한, ○○지방국세청이 2005.7.4.~2005.7.19. ○○세무서에 대한 감사를 실시한 바, 주식회사 ○○○○의 2002년 제2기 4건 782백만 원, 2003년 제1기 1건 316백만원의 자료상 자료의 처리 부적정을 이유로 재조사 처분지시가 있었고, 이에 ○○세무서장은 2006.1.2.~2006.2.10. 2002년 제2기~2003년 제1기를 조사대상기간으로 하여 가공세금계산서 수취자 조사를 실시하였는데, 이 조사대상기간 외에 2001년 제2기 및 2002년 제1기에도 관련 업체간 실물거래 없이 세금계산서 수수한 혐의가 있고 거래처 확인조사에 장기간이 소요되며 당해 법인이 장부 및 증빙을 미제출하고 있다는 사유로 조사대상기간을 2001년 제2기~2003년 제1기로 확대하고 조사기간도 2006.2.28.까지로 연장하였다. 그 결과, 주식회사 ○○○○는 실물거래 없이 143매, 5,513백만원 상당의 가공세금계산서를 교부하였고, 110매, 6,056백만원 상당의 가공세금계산서를 수취한 혐의로 사법당국에 고발조치됨과 동시에 청구인에게도 2001년 163,710천원, 2002년 77,694천원, 2003년 12,332천원이 소득금액변동통지처분이 되었다. (4) 국세기본법 제81조 의 3 제1항에서, 세무공무원의 시무조사권 남용금지원칙을 천명하고 있으나, 동조 제2항에서 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 이의 예외를 두고 있으며 국세기본법시행령 제63조 의 2에서는 법 제81조의 3 제2항의 “기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우”를 부동산투기 ‧ 매점매석 ‧ 무자료거래 등 경제질서교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우, 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의 4 및 법 제81조의 7의 규정에 의한 부가처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우를 들고 있다. (5) 소득세법 제80조 제2항 에 의하면, 납세지 관할세무서장 또는 지방 국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제7조의 규정에 의한 과세표준 확정 신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때에는 당해 연도의 과세표준과 세액을 경정하고, 같은 조 제4항에 의하면, 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다고 규정되어 있다.

(6) 살피건대, 국세기본법 제81조 의 3의 세무조사권 남용금지의 조항은 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등의 특별한 경우 외에는 재조사할 수 없도록 한 것인데, 이 건과 같이 자료상 혐의자로부터 수취한 자료에 대하여 실지거래여부를 조사하는 것은 국세기본법 제81조 의 3 제2항 및 같은 법 시행령 제63조의 2의 중복조사금지 예외규정인 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우와 각종 과세자료의 처리를 위한 조사에 해당하므로 이를 중복조사금지원칙에 위배된다고 할 수 없다. 따라서, 이 건 종합소득세의 과세처분이 중복조사금지원칙에 위배된다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.