비영리법인의 고유목적사업에 사용한 부동산에 해당하는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재한 공익법인으로서, 1996.10.22.○○도 ○○시 ○○면 ○○리 산○○번지 임야 143,443㎡를 취득(매매 9,000㎡, 출연 134,443㎡, 이하 ‘쟁점토지’라 한다)하여 2000.04.19. ~ 2003.11.10. 기간동안 7개 번지로 분할한 후, 지번이 변경되었고, 쟁점토지 중 ○○번지와 ○○번지 대지 10,125㎡ 중 9,941.83㎡(이하 ‘쟁점1토지’라 한다) 위에 유료 노인복지주택을 건설하다가 2002.05.21. 주식회사 ○○건설에 730,000천원에 양도하였다. 처분청은 쟁점1토지가 공익법인에 출연된 후, 3년 이내에 공익목적사업에 이용되지 아니하였다 하여 출연받은 날로부터 3년이 되는 날인 1999.10.23.에 증여받은 것으로 보고, 양도일(2002.05.21.)까지 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 이용되지 아니하다가 양도된 것으로 보아 2006.12.20. 청구법인에게 1999.10.23.증여분 증여세 6,513,880원과 2002년 귀속 법인세 314,438,050원을 각각 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.03.09. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1997.03.25. 당회를 개최하여 쟁점1토지에 퇴역목회자를 위한 실버타운을 건립하기로 결의하고, 실버타운사업을 추진하던 중 입주를 희망하는 퇴역목회자가 여의치 않아 2001.12.16. 당회의 결의에 의해 쟁점1토지를 주식회사 ○○건설에게 양도하였는 바, 청구법인은 쟁점1토지를 증여받은 1996.10.22.부터 양도일까지 5년 7개월 동안 기도원의 기도장소인 ‘○○○○동산’으로 사용하였는 바, 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 1997.03.25.자 당회회의록에는 퇴역목회자를 위한 무료쉼터를 건립하는 것으로 기재되었으나, 건축허가서상(건축허가일 1998.12.04.)에는 유료 노인복지시설을 건축하는 것으로 기재되어 있고, 2002.03.12. ○○일보 등에도 일반노인들을 대상으로 한 유료 실버타운으로 소개된 것으로 나타나는 것 등으로 보아 고유목적 사업을 위해 건축하였다는 청구법인의 주장을 인정하기 어려우며, 현지확인한 결과, 유료 노인복지주택(190세대)이 건립(착공:1999.08.19, 준공:2003.0920.)되기 전에도 예배장소 등 종교시설이 없는 임야상태였던 것으로 조사되었는 바, 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점1토지가 청구법인의 고유목적사업에 이용되었는지 여부.
• 나. 관련법령

○ 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】

② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다.

○ 상속세 및 증여세법시행령 제40조 【공익법인 등에게 부과되는 증여세과세가액의 계산등】 법 제48조 제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 가액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 가액을 말한다.

1. 법 제48조 제2항 제1호 본문에 해당하게 되는 경우에는 3년이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 재산의 가액

○ 상속세 및 증여세법시행령 제41조 【출연재산 명세의 보고 등】

① 법 제48조 제5항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등은 다음 각호에 규정하는 것을 총리령이 정하는 서류에 의하여 당해 공익법인 등에 관한 법률에 의한 결산보고일(결산보고일이 따로 정하여져 있지 아니한 경우에는 법인세법 제26조 의 규정에 의한 법인세 과세표준신고기한으로 한다)까지 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

2. 출연재산(출연재산의 운용소득을 포함한다)의 사용계획 및 진도현황

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

○ 법인세법 제62조 의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001.12.31 신설)

1. 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2001.12.31 신설)

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)(2001.12.31 신설)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다.(2001.12.31 신설)

○ 법인세법시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 청구법인이 쟁점1토지를 출연받아 고유목적사업에 사용하지 아니하다가 양도하였다 하여 이 건을 처분한데 대하여, 청구법인은 쟁점1토지가 양도되기 전까지 5년 7개월 동안 고유목적 사업에 이용되었다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제1호 를 보면, 공익법인이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우 증여세를 과세하되, 그 사용에 장기간을 요하는 등 부득이한 사유가 있는 것으로서 출연받은 재산의 사용에 대한 계획 및 진도에 관한 보고서를 관할세무서장에게 제출하고 그 사실을 보고한 경우에는 제외하는 것으로 규정하고 있고, 법인세법 제3조 제2항 과 동법시행령 제2조 제2항에는 비영리법인의 고정자산 처분으로 인한 수익은 법인세 과세대상으로 하되, 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것은 제외하는 것으로 규정하고 있음을 알 수 있다. (나) 처분청이 2006.06.28. 작성한 쟁점토지에 대한 현지확인 조사서에 의하면, 쟁점1토지상에 유료 노인복지주택이 건축되기 전에는 임야상태이었고, 청구법인으로부터 쟁점1토지를 양수한 주식회사 ○○건설은 쟁점1토지 양수이전인 2002. 01.01.부터 위의 공사를 진행한 것으로 조사되었다. ＊ 쟁점토지 이용현황 지번변경일 (지번분할일) 지번 (구) 지목 면적(㎡) 이전일 (원인) 현소유자 현황 산14-1 임야 127,988

○○교회 ‘03.11.10 (〃) 361-8 (산14-12) 대지 2,595 1999.02.12. (증여)

○○시 노인복지관 (‘01.03.07) 산14-8 임야 1,360

○○교회 ‘03.10.09 (‘01.03.07) 361-5 (산14-9) 도로 446 2003.10.15 (무상귀속)

○○시 도로 ‘03.10.09 (‘01.03.07) 361-6 (산14-7) 대지 9,588 2002.05.21. 9,941.83㎡ (매매) 2003.11.18. 183.17㎡ (주)○○건설 유료노인 복지주택 ‘03.10.09 (‘01.03.07) 361-7 (산14-7) 대지 537 (‘00.04.19) 358-12 종교용지 929

○○교회 교회부속토지 143,443 ＊ 쟁점1토지는 음영부분 중의 일부분임 (다) 청구법인은 쟁점1토지가 고유목적사업에 이용되었다는 증빙으로 청구법인의 당회회의록을 제시하고 있으나, 청구법인이 1998.12.04 ○○시청으로부터 허가받 은 건축허가서 등을 보면, 당초 용도가 유료 노인복지시설 240세대를 신축하는 것이었고, 1999.07.06. 건축주를 사단법인 ○○훈련원으로 변경하였다가 다시 2001.12.30.에는 주식회사 ○○건설로 변경하고 유료 노인복지주택 188세대를 건축하는 것으로 사업계획변경 승인신청을 한 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 쟁점1토지에 유료 노인복지주택을 건축되기 전에는 기도원 기도장소인 ○○동산으로 사용하였다고 주장 하면서도, 이의 사실을 객관적으로 입증할 만한 어떠한 증빙도 제시하지 못하고 있다.

(2) 이상과 같이 살펴본 바를 종합하면, 청구법인은 1996.10.22. 쟁점1토지를 출연받아 임야상태로 유지하다가 유료 노인복지시설을 건축할 목적으로 1998.12.04. 건축허가를 받았고, 2001.12.30. 주식회사 ○○건설이 건축주가 되어 유료 노인복지주택 신축공사를 추진 하면서 2002.05.21. 쟁점1토지를 양수한 것으로 나타나는 바, 건축허가서 ․ 사업계획변경내용 등으로 볼 때, 쟁점1토지가 청구법인의 고유목적사업에 이용되었다고 보기 어렵고, 청구법인은 청구주장을 객관적으로 입증할 만한 아무런 증빙도 제시하지 못하고 있으므로 청구법인의 주장을 인정하기 어렵다. 따라서, 처분청이 청구법인의 주장을 받아들이지 아니하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.