가공거래로 과세한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 서울특별시 OOO OOO OOOOOOOO에서 의료용기구 도소매업을 영위하는 법인으로 1999.7.30.～1999.12.31. 의료용기구 제조업을 영위하는 주식회사 OOOO(OOO O OOO, OO OOOOOOOOO OO)으로부터 세금계산서 6매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 공급가액 합계 94,785,000원(이하 “쟁점매입액”이라 한다)을 수취하고 매입세액 공제 및 손금산입하여 부가가치세 및 법인세 과세표준을 신고하였다. 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서로 보고 매입세액불공제 및 손금불산입하여 2007.2.28. 청구법인에게1999년 2기분부가가치세 24,037,470원, 1999사업연도 법인세 63,388,890원을 경정고지하고, 쟁점세금계산서의 공급대가 상당액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 2000년 귀속분 104,263,500원을 소득금액변동통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.2.28. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 1999사업연도 장부는 보관의무인 5년 이전의 것으로 오랜 시간이 흐름에 따라 자연히 소실되었는 바, 처분청에서 2005년 세무조사 당시 1999사업연도 해당분도 같이 통보하여 소명하게 하였다면 함께 소명할 수 있었을 것이나, 7년이나 지난 시점에서 이를 소명하기는 어려우며, 물론 자료상 파생자료로 실제 거래한 사실을 청구법인이 입증하여야 하지만, 1년여간의 거래에 관련된 자료만 하더라도 세금계산서, 거래명세서, 대금수수내역, 장부 등 10여 박스나 되며, 많은 장부의 소실로 입증하기가 어렵다. 청구법인이 의료용품 납품시 의료소모품을 함께 공급하는 것은 거래를 위해 필연적으로 발생되는 부수적인 것이며, 의료소모품이 필수적으로 납품되어야 하는 이유는 인공관절을 종합병원 등에서 시술시, 종합병원 측은 수술용 거즈는 물론 각종 소모품을 추가로 납품해 줄 것을 요구하기 때문이다. 또한 국내 의료소모품업자들은 관행적으로 현금거래를 요구하기 때문에 청구법인은 이를 받아들이지 않을 수가 없었고 결제방식은 현금으로 하였으나, 금융기관에서 결제대금을 인출하여 현금으로 지급한 것이기 때문에 단지 계좌간 이체만 되어 있지 않을 뿐, 실제로 지급하였다. 따라서 처분청이 자료상 혐의가 있는 청구외법인과 거래하였다는 사실만으로 쟁점거래를 가공매입으로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 이 건 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구외법인은 의료용기구 도소매업을 영위하는 법인으로OO세무서에서 2005.9.26.~2005.10.31. 기간동안 1999년 2기~2000년 1기에 대한 자료상혐의자 조사결과 공소시효가 경과하여 범칙처리는 하지 못하였으나 정상거래로 인정하지 아니하고 위장가공혐의로 과세자료를 파생하였으며, 처분청에서2005.2.15.~2005.4.30. 청구법인에 대하여 실시한 세무조사 결과 가공매입혐의 거래(1,966,534천원)로 확인된 부분에 대한 조사내용을 보면 청구법인은 쟁점매입금액외에도 가공매입을 많이 한 사실이 확인되었고 청구법인은 이를 시인하고 정상적으로 세금을 납부하였으며, 당초 세무조사시 쟁점매입액에 대한 조사가 없었던 이유는 당초 조사대상연도는 2002년도이고, 과세자료가 세무조사 이후 파생되었기 때문이며, 1999년~2003년도 거래 자료에 대한 조사는 가공매입혐의자료에 대한 조사과정에서 소명을 요구한 것이지 모든 거래에 대해 조사를 실시한 것이 아니므로 처분청이 쟁점매입액을 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 이 건 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공세금계산서로 보아 과세하였으나, 통장의 현금인출 내역 등을 근거로 실제 거래사실이 있는 적법한 세금계산서로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제21조【경 정】

① 사업장 관할세무서장 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

(2) 부가가치세법 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 납부세액 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 매출세액 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 환급세액 이라 한다)으로 한다.

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.(1994. 12. 22. 개정)

(3) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 이하생략

(4) 법인세법 제67조【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 배당 기타 사외유출 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.(1998. 12. 28. 개정)

(5) 법인세법시행령 제106조【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 이하생략
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점세금계산서를 교부한 청구외법인이 자료상으로 처벌받은 자이고 청구법인이 청구외법인에게 거래대금을 지급한 객관적인 증거가 없다는 사실을 들어 실제거래 없이 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세 등을 과세하였으며, 이에 대해 청구법인은 청구외법인으로부터 의료소모품을 공급받고 쟁점세금계산서를 수취한 것인 바, 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 이 건 과세한 처분은 부당하다고 주장하며 계정별원장 및 예금계좌 사본 등을 제출하므로 이에 대해 본다. (가) 처분청이 제출한 조사복명서에 의하면, 청구법인은 처분청으로부터 과세자료해명안내를 받았음에도 해명자료를 미제출하였고, 처분청은 쟁점세금계산서를 교부한 청구외법인에 대하여도 과세자료 해명을 요구하였으나 해명자료를 미제출하였으며, 청구외법인은 2005년 세무조사시 쟁점세금계산서외에 990,632천원의 가공매입액이 적출되었고 1999년 2기~2003년 2기 매입액 중 2,090백만원 상당의 자료상 매입자료를 거래하였으며, 청구법인이 청구외법인과 실제 거래한 사실을 인정할 수 있는 객관적인 증빙이 없다고 보아 이 건 과세한 사실이 확인된다. (나) 청구법인은 쟁점세금계산서가 실제 거래사실이 있는 사실상의 세금계산서임을 주장하면서 계정별원장, 매입매출장 사본과 청구법인의 OOOO은행 예금계좌사본(OOOOOOOOOOOOOOOOO)을 제출하고 있는 바, 아래와 같이 쟁점거래①에 대하여는 통장사본을 제출하지 못하고 있고, 쟁점거래②에 대하여 보면,청구법인은 위 계좌에서 2000.1.7. 현금60,325,930원을 인출하여 OOOOOO 8,064,571원, OOOOO 1,628,000원, OOOOOO 2,816,200원, OOOOO2,530,000원, OOOO 19,795,759원 및 청구외법인에게 25,491,400원을 지급하였다고 주장하나, 위 계좌에서 인출된 금액과 동일한 금액이 같은 날 같은 계좌에 입금된 점으로 보아 실제 거래가 아닌 자료상 거래로 보인다. OOOOOOOO(OOO)OOOOOO (OO O O) (다) 또한 청구법인은 쟁점거래③,④에 대하여도 위와 같은 증빙을 제출하고 있으므로 이에 대해 살펴본다. 쟁점거래③의 경우 청구법인은 위 계좌에서 2000.1.10. 현금 67,138,900원을 인출하여 OOOOOO 8,964,300원, OOOOO 1,666,500원, OOOOOO 3,858,600원, OOOOO 1,870,000원, OOOO 14,278,000원, OOOOO 15,310,000원 및 청구외법인에게 21,191,500원을 지급하였다고 주장하나, 위 계좌에서 인출된 금액과 입금된 금액을 비교해 보면 2000.1.8.～1.19. 현금 70,552,020원이 입금되어 2000.1.10.～1.11. 현금 70,388,900원이 인출됨으로써 거의 비슷한 금액이 입·출금된 점으로 보아 위 “(나)”에서 살펴본 바와 같이 정상적인 거래로 보이지 아니하고 쟁점거래④의 경우도 청구법인이2000.1.29. 이후 거래된 내역에 대하여는 예금계좌 사본을 제출하지 못하고 있는 점 등으로 보아 청구법인의 주장은 신빙성이 없는 것으로 보인다.

(2) 한편,처분청에서2005.2.15.~2005.4.30. 청구법인에 대하여 실시한 당초 세무조사의 대상연도는 2002사업연도이고, 이 건의 경우는 1999사업연도이며, 처분청은 당초 세무조사일 이후 파생된 과세자료에 의하여 이 건 과세한 것이므로 중복조사임을 주장하는 청구법인의 주장은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

(3) 위 사실관계 등을 종합해 보면, 청구법인은 쟁점거래에 대한 증빙으로 계정별원장, 매입매출장 사본 및 통장사본을 제출하고 있으나, 대부분의 현금 출금액과 유사한 금액이 그 출금일 전·후에 입금된 사실이 확인되며, 청구법인은 쟁점거래①에 대하여는 통장거래 내역을 전혀 제출하지 못하고 있는 점 등으로 보아 처분청이 쟁점세금계산서를 실제 거래사실이 없는 가공세금계산서로 보고 이 건 부가가치세 등을 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다