매출누락 익금산입 및 매입과다 손금산입 적정 여부

심판청구를 기각합니다

• 가. 청구법인은 1983.6.28. 개업하여 ‘화장품 제조업’을 영위하고 있는 법인으로 ○○시스템과 ○○시스템이라는 내부 회계처리시스템에 의하여 부가가치세 및 법인세 신고자료를 작성하여 2005년 2기분 부가가치세 및 2005사업연도 법인세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 세금계산서 불부합자료에 의하여 청구법인이 2005년 2기분 부가가치세 신고시 주식회사 ○○에 대한 매출액 5,679,359원(공급대가 기준이며, 이하 “쟁점매출액”이라 한다)에 대하여 매출신고를 누락하였고, ○○세관 등 3개 매입처로부터의 매입액 201,233,105원(공급대가 기준이며, 이하 “쟁점매입액”이라 한다)에 대하여 이중으로 매입신고를 한 사실 등을 확인하고, 쟁점매출액 및 쟁점매입액과 관련된 부가가치세 과세표준과 매입세액 및 법인소득금액등을 조정하여 2006.12.8. 청구법인에게 2005년 2기분 부가가치세 14,561,310원과 2005사업연도 법인세 73,087,810원(과소신고가산세 11,455,487원, 미납부가산세 4,219,819원 포함)을 경정고지하고, 법인소득금액 계산상 익금산입한 금액 206,912,464원을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지서를 발송하였다.
• 다. 청구법인은 위 법인세 부과처분에 불복하여 2007.3.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 ○○시스템과 ○○시스템이라는 내부 회계처리시스템에 매출액 및 매입액 등을 모두 입력하고, 이를 근거로 법인세와 부가가치세 신고서를 작성하고 있는데, 위 시스템은 부가가치세 신고서 작성을 충분하게 지원하지 아니하여 부가가치세 신고시에는 재무제표 작성을 위한 회계처리 결과 중에서 매 과세기간별로 귀속되는 부가가치세 과세대상 거래를 일정부분 수작업으로 발췌하여 신고서를 작성하고 있으며, 2005년 2기분 부가가치세 신고를 위한 자료 발췌시 담당자의 착오로 쟁점매출액을 누락하고, 쟁점매입액을 이중으로 발췌하여 신고한 사실이 있으나, 법인세 신고시에는 위와 같은 오류가 없었으므로 이 건 법인세 중 쟁점매출액 및 쟁점매입액과 관련된 법인세는 가산세를 포함하여 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 부가가치세 신고시 신고누락한 쟁점매출액과 이중으로 매입신고를 한 쟁점매입액이 법인세 신고시에는 신고누락되거나 이중으로 매입신고된 사실이 없다고 주장하고 있으나, 청구법인이 제시한 자료만으로는 부가가치세 신고시와 법인세 신고시의 매출액과 매입액이 다르게 계상되어 부가가치세 신고시 신고누락된 쟁점매출액과 이중으로 매입신고된 쟁점매입액이 법인세 신고시에는 신고누락되거나 이중으로 매입신고되지 아니하였다고 볼 근거가 없으므로 쟁점매출액과 쟁점매입액이 법인세 신고시에도 신고 누락되거나 이중으로 신고되었다고 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매출액과 쟁점매입액이 법인세 신고시에는 신고누락되거나 이중으로 신고되지 아니하였다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 법인세법(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제66조【결정 및 경정】 ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 제76조【가산세】① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다.

2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액

• 가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 “부당과소신고금액”이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다.
• 나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세(제29조 제4항 ․ 제31조 제4항 및 조세특례제한법에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2005년 2기분 부가가치세 신고시 쟁점매출액에 대하여 매출신고를 누락하였고, 쟁점매입액에 대하여 매입신고를 이중으로 하였는 바, 쟁점매출액과 쟁점매입액의 내역은 아래 ＜표1＞과 같으며, 처분청은 부가가치세 신고시 누락된 쟁점매출액과 이중으로 신고된 쟁점매입액이 법인세 신고시에도 누락되거나 이중으로 신고되었다고 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하였다. ＜표1＞ 쟁점매출액과 쟁점매입액의 내역 (단위: 원) 구분 거래처 공급가액 부가가치세 공급대가 비고 쟁점매출액 (주)

○○○○ 5,163,054 516,305 5,679,359 매출신고 누락 쟁점매입액

○○ 세관 70,918,000 7,031,800 77,349,800 이중매입신고

○○ 세관 7,716,524 771,652 8,488,176 마이너스(-) 신고누락

○○ 화학(주) 115,395,129 115,395,129 이중매입신고 소계 193,429,653 7,803,452 201,233,105

(2) 이에 대하여 청구법인은 쟁점매출액과 쟁점매입액이 법인세 신고시에는 누락되거나 이중으로 신고되지 아니하였다고 주장하면서 청구법인의 내부 회계처리시스템인 ○○시스템과 ○○시스템에 매출액 및 매입액을 입력하는 방식과 이를 근거로 부가가치세 및 법인세 신고서를 작성하는 방식에 대한 설명자료와 동 시스템에서 출력된 전산 출력물 등을 제출하고 있는 바, 동 설명자료에는 다음과 같은 내용이 기재되어 있다. (가) ○○시스템은 청구법인의 ○○사업부에서 사용하는 회계처리시스템으로 경영목적상 필요에 의하여 수익계정의 경우 품목별 관리를 하고 매출채권은 대금회수를 위하여 거래처별로 관리하도록 설계되어 있어 수익항목을 거래처별로 분류하는 것이 불가능하고, 매출액이 아닌 영업외손익이나 매입부대비용에 대하여는 매출액이나 매입액과는 별개로 입력하고 있으며, 세금계산서도 작성일자별로 정렬하지 아니하고 입력일자별로 정렬을 하고 있어 부가가치세 신고시에는 청구법인의 회계담당자가 각 과세기간별 신고대상 거래에 대하여 일정부분 수작업으로 선별작업을 다시 하게 되는데, 자료 발췌시 담당자의 착오로 쟁점매출액에 대한 매출신고를 누락하고, 쟁점매입액중 일부에 대하여 매입신고를 이중으로 하게 된 것이나 법인세 신고시에는 수작업을 거칠 필요가 없기 때문에 위와 같은 오류가 발생할 여지가 없다. (나) 또한, ○○시스템은 청구법인의 ○○사업부에서 사용하는 회계처리시스템으로 매입거래의 경우 모든 거래내용이 우선 외상매입금 모듈(AP Module)에 입력되고, 경리부에서 청구서대사(invoice matching)라는 확인과정을 거쳐 최종적으로 확인된 거래내용이 총계정원장 모듈로 전기되며, ○○사업부의 재무제표는 이러한 총계정원장 모듈에 전기된 자료를 기초로 작성하게 되는데, 부가가치세 신고서는 외상매입금 모듈에 입력된 자료를 기초로 하여 작성하며, 청구법인의 회계처리 담당자가 외상매입금 모듈에 입력된 자료를 기초로 2005년 2기분 부가가치세 신고서를 작성하고, 청구서를 대사하여 총계정원장 모듈에 전기될 자료를 작성하는 과정에서 부가가치세 대급금을 잘못 처리하여 부가가치세 신고시에는 쟁점매입액 중 일부에 대한 매입신고가 이중으로 되었으나, 이후 청구법인의 회계처리 담당자가 이러한 오류를 발견하고 총계정원장 모듈의 회계처리를 수정하였으므로 법인세 신고시에는 쟁점매입액 중 일부가 이중으로 신고되었다고 보기 어렵다.

(3) 살피건대, 부가가치세는 법인세나 소득세의 선행세목으로 일반적으로 법인세의 신고자료는 당해 과세기간내의 각 분기별 부가가치세 신고자료를 근거로 이를 취합하여 작성하는 것이므로 부가가치세 신고시 신고누락한 매출액과 이중으로 신고된 매입액은 특별한 사정이 없는 한 법인세 신고시에도 신고 누락되거나 이중으로 신고되었다고 추정해 볼 수 있는 반면, 청구법인은 각 사업부별로 동일한 회계처리시스템에 입력된 자료를 근거로 부가가치세와 법인세 신고서류를 작성한다고 주장하면서도, 동 회계처리시스템이 법인세 신고서류의 작성은 정확하게 지원하지만 부가가치세 신고서류의 작성은 정확하게 지원하지 아니하여 부가가치세 신고시에만 수작업으로 과세대상 거래를 다시 선별한다거나, 부가가치세 신고서는 외상매입금 모듈에 입력된 기초자료를 근거로 작성하고 법인세 신고서는 총계정원장 모듈에 입력된 수정된 자료를 근거로 작성하는데, 부가가치세 신고 당시 알지 못하였던 오류를 그 후 회계처리 담당자가 발견하여 총계정원장 모듈만 수정하였으므로 부가가치세 신고시 오류가 있었다 하더라도 법인세 신고시에는 오류가 발생할 여지가 없다는 것으로 논리적으로 신빙성이 있다고 보기 어려우며, 정구법인이 제출한 다른 자료에 의하더라도 부가가치세 신고당시 신고누락된 쟁점매출액과 이중으로 신고된 쟁점매입액이 법인세 신고당시에는 신고누락되지 아니하였거나 이중으로 신고되지 아니하였다고 인정하기는 어려운 것으로 판단된다. 또한 청구법인은 청구법인이 법인세를 과소하게 신고한 것이 아니므로 이 건 법인세 과세처분에 포함된 가산세 중 쟁점매출액 및 쟁점매입액과 관련된 가산세 13,051,159원도 취소하여야 한다고 주장하고 있으나, 이 건 법인세 과세처분에 포함된 가산세는 과소신고가산세와 미납부가산세로 청구법인은 쟁점매출액과 쟁점매입액 등에 대하여 법인세의 과세표준을 실제보다 적게 신고하였고, 이로 인하여 법인세를 실제보다 적게 납부하였으며, 청구법인에게가산세를 면제 할 정당한 사유가 있었다고 보기도 어려우므로 쟁점매출액 및 쟁점매입액과 관련된 가산세 13,051,159원을 취소하여야 한다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.