자료상으로 고발된 매입처로부터 수취한 세금계산서가 가공세금계산서인지 여부

성북세무서장이 2007.1.5 청구법인에게 한 부가가치세 2002년 제1기분 18,569,500원, 2002년 제2기분 22,538,880원, 2003년 제1기분 24,244,750원, 2003년 제2기분 6,582,080원의 부과처분과 법인세 2002사업연도분 73,224,120원, 2003사업연도분 62,541,210원의 부과처분은 이를 각각 취소한다.

• 가. 청구법인은 2001.6.1.부터 ○○○에서 지금 도·소매업을 영위하던 법인으로서 2002사업연도 및 2003사업연도에 자료상으로 고발된 (주)○○○(이하 “쟁점①매입처”이라 한다)와 (주)○○○(이하 “쟁점②매입처”라 하고, 쟁점①매입처와 쟁점②매입처를 합하여 “쟁점매입처”라 한다)으로부터 각각 공급가액 343,940천원 및 40,560천원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고시 매입세액을 공제하고 법인세 신고시 손금에 산입하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점매입처로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 실지거래 없는 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 2007.1.5. 청구법인에게 부가가치세 2002년 제1기분 18,569,500원, 2002년 제2기분 22,538,880원, 2003년 제1기분 24,244,750원 및 2003년 제2기분 6,582,080원을 경정·고지하고, 손금불산입하여 법인세 2002사업연도분 73,224,120원 및 2003사업연도분 62,541,210원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.3.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 2001.6.1. 이○○○이 설립하여 2004.9.8. 황○○○에게 소유지분 및 경영권을 양도한 법인으로서 이○○○이 청구법인의 대표이사로 재직하는 기간 동안은 정상적으로 사업을 영위하였으나 황○○○이 대표이사로 재직하는 기간 동안은 자료상 행위를 하였다 하여 2004.11.15. 처분청이 직권으로 폐업조치를 하였던 바, 처분청이 황○○○이 청구법인의 대표자로 재직하였던 기간 중 자료상과 거래하였다는 이유로 정상적으로 사업을 영위하였던 이○○○이 대표자로 있었던 기간까지 쟁점매입처와 가공거래를 한 것으로 간주하여 쟁점세금계산서를 실지거래 없는 가공세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 부당하고, 청구법인이 쟁점매입처로부터 실제로 지금을 구입한 후 거래대금을 인터넷뱅킹 및 타행이체로 입금한 사실이 금융자료에 의해 확인됨에도 처분청은 청구법인에 대한 직접적인 조사 없이 소명할 기회도 주지 아니하고 쟁점매입처가 자료상이라는 이유로 쟁점세금계산서를 실지거래 없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점매입처의 금융거래내역 조회자료를 보면, 거래처로부터 계좌에 입금받은 금액을 동시에 출금하여 청구법인의 예금계좌에 다시 입금하는 전형적인 자료상 거래형태를 나타내고 있고, 쟁점매입처 등이 자료상으로 고발된 점등에 비추어 볼 때 쟁점세금계산서를 실지거래 없이 교부받은 가공매입세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점매입처로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 실지거래 없는 가공세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2002~2003사업연도 중 쟁점매입처로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 부가가치세 신고시 매입세액을 공제하고, 법인세 신고시 손금에 산입한 사실이 부가가치세 및 법인세 과세표준신고서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 쟁점매입처가 자료상으로 고발되었고 금융거래내역도 입금과 동시에 출금하여 재송금하는 등 전형적인 자료상 거래를 하였다는 이유로 쟁점세금계산서를 실지 거래없이 수취한 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 손금불산입하여, 부가가치세 및 법인세를 경정·고지한 사실이 부가가치세 및 법인세경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은 쟁점매입처로부터 실제로 지금을 구입한 후 거래대금을 인터넷뱅킹 및 타행이체로 입금한 사실이 금융자료에 의하여 확인됨에도 쟁점매입처가 자료상이라는 이유로 쟁점세금계산서를 실지거래 없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (가) 2001.6.1. 설립한 청구법인의 최대주주 및 대표이사는 이○○○으로서 2004.9.8. 황○○○에게 청구법인의 주식을 양도하는 계약을 체결한 사실이 합의서에 의하여 확인되고, 당해 합의서에 주식거래일은 2004.8.31.로 하며, 2004.8.31.이전에 발생한 제세금은 현재의 이사들이 책임지고 납부하고, 주식대금은 현금으로 통장에 입금하기로 한다고 기재되어 있으며, 주식 총양도대금 55,000천원 중 50,000천원이 이○○○의 우리은행 예금계좌○○○에 입금된 사실이 예금통장 사본에 의하여 확인된다. (나) 서울지방국세청장이 청구법인에 대한 3차례의 세무조사결과 이○○○이 청구법인의 대표이사로 재직하고 있던 기간(2001년 5월~2004년 9월) 중 가공거래가 적출된 사실이 없는 반면, 황○○○이 청구법인의 대표이사로 재직하고 있던 기간에는 다수의 가공거래가 적출된 사실이 심리자료에 의하여 나타난다. (다) 처분청이 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 후 전 대표이사인 이○○○과 황○○○을 자료상 행위자로 검찰에 고발하였다가 이○○○에 대하여는 고발을 취하하여 2006.6.14. 인천지방검찰청에서 이○○○에 대하여 공소권 없음으로 처분한 사실이 피의사건처분결과 통지서에 의하여 확인된다. (라) 청구법인이 2001년부터 2004년까지 부가가치세 신고내용이 아래의 <표1>과 같은 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. <표1> 청구법인의 부가가치세 신고내용○○○ (마) 2002년 7월부터 12월까지 청구법인이 지금을 매입한 내역이 아래의 <표2>와 같고, 쟁점①매입처를 제외한 다른 매입처에 대한 매입대금 또한 청구법인의 ○○○은행 예금계좌○○○에서 해당 매입처 예금계좌로 인터넷뱅킹 및 대체지급으로 송금한 사실이 예금거래 실적증명서에 의하여 확인되고, 처분청은 쟁점①매입처를 제외한 다른 매입처로부터 수취한 매입세금계산서에 대하여는 정상거래로 인정한 사실이 처분청의 조사복명서에 의하여 확인된다. <표2> 2002년 제2기 금지금매입내역○○○ (바) 청구법인이 ○○○은행 예금계좌○○○에서 쟁점매입처 예금계좌로 인터넷뱅킹 및 대체지급으로 송금한 내역이 아래의 <표3>과 같은 사실이 예금거래 실적증명서에 의하여 확인된다. <표3> 매입대금 송금내역○○○ (사) 처분청은 과세근거로 쟁점매입처가 자료상으로 고발되었고 금융거래내역도 입금과 동시에 출금하여 청구법인에게 재송금하는 등 전형적인 자료상 거래를 하였다는 의견이나 쟁점매입처가 청구법인이 입금한 금액을 출금하여 청구법인에게 재송금하였다는 입증자료를 제시하지 못하고 있다. (아) 위 사실관계를 종합하면, 서울지방국세청장이 실시한 세무조사결과 이○○○이 청구법인의 대표이사로 재직하는 기간 중 가공거래가 적출된 사실이 없고, 처분청이 이○○○을 자료상 행위자로 검찰에 고발하였다가 취하하여 인천지방검찰청에서 이○○○에 대하여 공소권 없음으로 처분하였으며, 이○○○이 청구법인의 대표이사로 재직하던 2002년 및 2003년에는 매입·매출액이 거의 일정한 수준(연간 약 7.7억원에서 9.8억원)을 유지하면서 납부세액이 있어 정상적인 사업을 영위한 것으로 보이고, 청구법인이 쟁점매입처로부터 금지금을 구입한 후 거래대금을 인터넷뱅킹 및 타행이체로 입금한 사실이 금융자료에 의하여 확인되며, 청구법인이 쟁점매입처로부터 매입한 금액을 가공매입으로 보아 부인하는 경우 부가가치율이 2002년 33.8%, 2003년 30.2%가 되어 동일 업종의 부가가치율(2003년 기준 2.04%)에 비하여 지나치게 높아지게 되는 점을 고려하면, 처분청이 쟁점매입처가 자료상으로 고발되었다고 하여 쟁점세금계산서를 실지거래 없이 수취한 가공세금계산서로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.