실물거래 없는 가공거래로 보아 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2007.1.5 청구인에게 한 1999년 2기분 부가가치세 4,713,750원과 2000년 1기분 부가가치세 2,904,100원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1996.11.25. 개업하여 ‘○○○○기업’이라는 상호로 ‘일반상품 도매업’을 영위하고 있는 사업자로 1999년 2기~2000년 1기 과세기간 중 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○○○빌딩 302호에서 ‘판촉물 인쇄 및 제조업’을 영위하는 주식회사 ○○○종합상사(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 공급가액 32,900천원(1999년 2기 20,050천원, 2000년 1기 12,850천원) 상당의 세금계산서 5매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 관련 매입세액을 공제받은 사실이 있다.
• 나. 처분청은 ○○세무서장이 쟁점매입처와 그 대표자를 자료상으로 고발하고 과세자료를 통보함에 따라, 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 보아 매입세액을 불공제하고 2007.1.5. 청구인에게 부가가치세 1999년 2기분 4,713,750원과 2000년 1기분 2,904,100원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.3.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점매입처와의 정상거래에 의하여 쟁점세금계산서를 수취하였고, 매입과 관련된 자료도 보관기간 5년이 경과하여 모두 폐기하였으며, 사기 기타 부정한 행위로써 조세를 포탈한 사실이 없으므로 이 건 1999년 2기 및 2000년 1기분 부가가치세의 부과제척기간은 2005.1.25. 및 2005.7.25.일로 보아야 하는데도 처분청은 쟁점매입처가 자료상으로 확정되었다는 이유로 거래일로부터 7년이 지난 2007년 1월에야 이 건 과세처분을 하였는 바, 이 건 과세처분은 국세기본법 제26조의2 의 규정에 위배된 처분이므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점매입처는 ○○세무서의 세무조사 결과 자료상으로 확정되었고, 납세자가 자료상으로부터 가공의 세금계산서를 수취한 경우에는 국세기본법 제26조의2 소정의 ‘사기 기타 부정한 행위로서 국세를 환급 ․ 공제받는 경우’에 해당되어 10년의 부과제척기간을 적용하도록 되어 있는 반면, 청구인은 이 건 매입대금을 현금으로 지급하였고, 매입과 관련된 자료도 보관기간 5년이 경과하여 모두 폐기하였다는 것으로 실제 매입사실을 확인할 신빙성있는 증빙자료를 제시하지 못하고 있으므로 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 보아 10년의 부과제척기간을 적용한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법(2000.12.29. 법률 제6299호로 개정되기 전의 것) 제26조의2【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에관한법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 부가가치세법(2000.12.29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것)

○ 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 제31조 【기장】

① 사업자는 자기의 납부세액 또는 환급세액과 관계되는 모든 거래사실을 대통령령이 정하는 바에 의하여 장부에 기록하고 사업장에 비치하여야 한다.

③ 사업자는 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기록한 장부와 제16조 및 제32조의 규정에 의하여 교부하거나 교부받은 세금계산서 또는 영수증을 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 확정신고를 한 날로부터 5년간 보존하여야 한다.

○ 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점매입처는 1999.7.10. 개업하여 2001.11.30.까지 아파트의 시설물 및 거울, 엘리베이터 등에 실크인쇄를 통해 광고물을 제작 ․ 설치하는 사업을 영위하다가 사업부진으로 2001.12.13. 자진 폐업한 법인이며, 청구인은 1999년 2기~2000년 1기 중 쟁점매입처로부터 공급가액 32,900천원 상당의 쟁점세금계산서를 수취하여 관련 매입세액을 공제받았다.

(2) 처분청은 ○○세무서장(이하 “조사관서”라 한다)이 2006년 7월경 쟁점매입처에 대하여 세무조사를 실시하고, 쟁점매입처와 그 대표자 홍○○(재직기간 2000.7.7.~2001.4.11.)과 유○○(재직기간(2001.4.11~폐업일) 및 실제 운영자인 영업부장 문○○을 자료상 혐의자로 ○○경찰서에 고발하고, 2006.9.10.경 처분청에 과세자료를 통보함에 따라 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 보았는 바, 조사관서의 쟁점매입처에 대한 조사자료(2006년 7월)에는 다음과 같은 내용이 기재되어 있다. (가) 쟁점매입처의 등기부상 대표자는 개업일부터 1999.9.27.까지 황○○, 1999.9.27부터 2000.7.7.까지 백○○, 2000.7.7.부터 2001.4.11.까지 홍○○, 2001.4.11.부터 폐업시까지 유○○으로 각각 등재되어 있었으나, 이들은 모두 실제 사업을 경영하지 않은 자들이고, 실제 경영자는 영업부장인 문○○임이 유○○과 문○○의 문답서(2004.2.13.자)에 의하여 확인된 업체라고 기재되어 있고, (나) 1999.7.10.부터 2001.11.30.까지의 총매입액을 2,232,967천원중 자료상과의 거래분 및 실물거래없이 허위의 세금계산서를 수취하였음을 시인한 금액이 1,942,452천원으로 총매입금액 대비 87%에 달함에 따라 자료상 혐의자 추적조사 대상자로 선정하였다고 기재되어 있으며, 각 과세기간별 조사적출금액이 아래 <표1>과 같이 기재되어 있다. <표1> 각 과세기간별 조사적출금액 (단위: 천원) 과세기간 세금계산서 신고사항 매 출 매 입 매 출 매 입 세금계산서 발행금액 가공확정 가공혐의 세금계산서 수취금액 가공확정 가공혐의 1999년 2기 431,485 404,676 431,485 (100%) 82,011 (19.%) 349,474 (79.1%) 404,676 (100%) 259,513 (64.1%) 143,803 (35.5%) 2000년 1기 633,893 611,373 648,729 (100%) 137,362 (21.2%) 459,236 (70.8%) 611,373 (100%) 555,528 (90.9%) 55,845 (9.1%) 2000년 2기 637,110 653,362 641,586 (100%) 114,031 (17.8%) 445,558 (69.4%) 653,362 (100%) 558,213 (85.4%) 93,799 (14.3%) 2001년 1기 640,619 620,074 650,466 (100%) 372,217 (57.2%) 261,242 (40.2%) 620,074 (100%) 569,198 (91.7%) 49,138 (7.9%) 2001년 2기 7,320 450 27,500 (100%) 7,320 (26.6%) 0 600 (100%) 0 0 합 계 2,350,427 2,289,935 2,399,766 (100%) 712,941 (29.7%) 1,515,510 (63.1%) 2,290,085 (100%) 1,942,452 (84.8%) 342,585 (17.6%) 즉, 쟁점세금계산서와 직접 관련이 있는 1999년 2기 및 2000년 1기 매출액의 경우, 세금계산서 발행금액 431,485천원 및 648,729천원 중 대표자 유○○의 확인서와 거래상대방에 대한 조사를 통하여 실물거래없이 세금계산서만 발행된 것으로 확인된 금액이 82,011천원(19.0%) 및 137,362천원(21.2%)이고, 그 외 세금계산서 발행분 중 349,474천원(79.1%) 및 459,236천원(70.8%)은 거래사실확인서를 발송한 결과 실지거래를 주장하고 있으나, 현금으로 대금결제를 하였고, 보관기간 5년이 경과하여 장부도 폐기하였다고 소명하므로 실지거래 여부가 불명확하다고 보아 가공거래 혐의자료로 관할세무서에 자료파생하기로 하였다고 기재되어 있다. (다) 이상의 조사내용에 기초하여 조사관서는 쟁점매입처가 2000년 1기 과세기간 중 45건 569,198천원의 가공세금계산서를 수취하여 53건 372,217천원의 가공세금계산서를 발행한 사실이 확인되므로 가공세금계산서 교부금액이 총매출액(640,619천원) 대비 58.1%로서 조사사무처리규정 제202조의 규정에 의하여 자료상에 해당된다고 판정하고, 쟁점매입처와 행위기간 중 재직한 대표이사 홍○○과 유○○ 및 실제적으로 법인을 운영한 문○○을 조세범처벌법 위반혐의로 관할 ○○경찰서장에게 고발하는 한편, 2001년 1기 과세기간을 제외한 나머지 과세기간은 가공세금계산서 발행비율이 자료상 판정기준에 부합하지 아니하므로 가공거래 확정 및 가공거래 혐의자료에 대하여 거래처 관할세무서로 자료 파생하기로 하였으며, 조사관서로부터 2006.9.10. 과세자료를 통보받은 처분청은 청구인이 현금으로 대금결제를 하였고, 보관기간 5년이 경과하여 장부도 폐기하였다고 주장하므로 실지거래 여부를 확인하기 어렵다고 보아 조사관서의 조사자료에 근거하여 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 보고, 2007.1.5.자로 청구인에게 이 건 과세처분을 하였음을 알 수 있다.

(3) 이에 대하여 청구인은 2007.1.5.자 이 건 과세처분이 부과제척기간(2005.1.25. 및 2005.7.25.)을 경과한 위법한 처분에 해당된다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 규정에 의하면, 납세자가 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 ․ 공제받는 경우’에는 10년의 국세부과제척기간을 적용하도록 하고 있는 바, 납세자가 자료상으로부터 가공의 자료를 수취하여 관련 매입세액을 공제받은 경우에는 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 ․ 공제받는 경우’에 해당되어 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다 하겠다(국심 2005중2431, 2006.11.7.외 다수 같은 뜻임). 또한, 과세관청의 조사 등에 의하여 세금계산서를 발행한 사업자가 자료상 행위를 한 사실이 확인된 경우, 그 사업자로부터 수취한 세금계산서가 가공자료가 아니라는 사실은 그 사업자로부터 세금계산서를 수취하여 관련매입세액 등을 공제받은 사업자가 입증하는 것이 원칙이라 하겠으나, 부가가치세법 제31조 제3항 에서 사업자는 자신이 비치 ․ 기장한 장부와 증빙자료를 확정신고기간 종료일로부터 5년간 보관하도록 하고 있는 점을 감안할 때, 장부와 증빙자료의 보관기간이 경과하여 과세자료 등이 통보된 경우에는 당해 사업자에게 장부와 증빙자료의 보관기간이 경과하지 아니한 경우와 동일한 정도의 입증책임을 부담시키는 것은 무리라고 판단되므로 이러한 경우에는 과세관청이 세금계산서를 발행한 사업자로부터 가공거래를 시인하는 내용의 확인을 받는등 당해 세금계산서가 실물거래없이 발행되었음을 확신하기에 충분한 정도의 입증을 하여야 할 것이다(국심 2006 중4069, 2007.4.27. 참조). (나) 이 건의 경우, 쟁점세금계산서를 발행한 쟁점매입처가 자료상 행위를 한 혐의로 관할경찰서에 고발된 것은 사실이나, 고발된 과세기간이 2001년 1기인 반면, 쟁점세금계산서는 1999년 2기 및 2000년 1기에 발행된 것으로 고발대상에서 제외되었고, 그 조사시점 또한 2006년 7월로서 이 건 부가가치세의 일반적인 부과제척기간 및 장부와 증빙자료의 보관기간 5년(2005.1.25. 및 2005.7.25.)이 이미 경과한 시점이며, 조사관서나 처분청이 쟁점매입처나 청구인으로부터 쟁점세금계산서가 실물거래없이 발행되었음을 시인하는 내용의 확인서를 받거나 금융자료 등 쟁점세금계산서가 가공자료임을 확신하기에 충분한 정도의 자료를 확보하여 과세한 것도 아니고, 그 후 수사기관의 조사에 의하여 쟁점세금계산서가 가공자료라고 확인된 사실도 없는 바, 이와 같은 경우에는 처분청의 조사자료만으로 청구인이 1999년 2기 및 2000년 1기에 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서를 실물거래없이 수수된 가공의 세금계산서라고 단정하기 어려운 점이 있다. 사정이 이러한다면, 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 보아 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세한 것은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.