처분청의 경정고지에 따라 결손금 소급공제로 법인세를 환급받았다가 심판결정으로 경정고지세액이 취소되어 환급세액 추징시 이자 상당액을 가산한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 1964.11.23.부터 건설업을 영위하고 있는 법인사업자로 1998~2001사업연도중 ○○○ 대지 27,022㎡에 ○○○아파트(이하 “쟁점아파트”라 한다)을 신축·분양한 후, 예약매출에 따른 각 사업연도별 손익을 분양면적을 기준으로 산정하여 1998~2001사업연도 법인세를 신고하였다. 처분청은 2004년 6월 청구인의 2000사업연도 법인세 정기조사결과, 쟁점아파트의 분양과 관련한 각 연도별 손익을 작업진행율에 의하여 재산정하여 2000사업연도 공사수입금액 71백만원 및 공사원가 2,060백만원이 과다계상된 것으로 적출하여 2005.4.21. 청구인에게 2000사업연도 법인세 1,116,520,130원(본세 576,911,440원, 가산세 539,608,690원)을 경정고지하였고, 2005.7.7. 청구인은 이에 따라 2001 및 2002사업연도 결손금 소급공제 증가액 1,949,661,000원 및 110,737,000원에 대한 법인세 545,905,080원 및 31,006,360원을 소급공제신청하여 각각 환급받았다. 2005.7.14. 청구인은 위의 경정고지에 불복하여 심판청구를 제기하였고, 2006.8.31. 국세심판원은 쟁점아파트의 예약매출에 따른 각 사업연도별 손익을 당초 청구인이 신고한 금액으로 하여 2000사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 감액경정할 것을 결정하였다. 2006.12.18. 처분청은 국세심판원의 결정에 따라 청구인의 2000사업연도 법인세 1,078,324,390원을 감액하는 것으로 재경정하는 한편, 결손금 소급공제로 환급한 2001 및 2002사업연도 법인세 545,905,080원 및 10,416,360원을 추징하면서 이자상당액 112,238,080원 및 1,606,200원을 각각 가산하여 2001사업연도 법인세 658,143,160원 및 2002사업연도 법인세 12,022,560원을 각각 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.2.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1998~2001사업연도에 걸쳐 신축·분양한 쟁점아파트에 대한 손익의 인식을 작업진행율에 의하지 아니하고 분양면적에 비례하여 각 연도별 분양수입금액 및 분양원가를 계산하여 법인세를 신고하였는데, 이에 대하여 처분청은 부과제척기간이 지난 1998사업연도를 제외한 나머지 사업연도에 대하여 작업진행율에 의하여 분양수입금액 및 분양원가를 재계산하여 1999~2001사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하면서 2000사업연도 법인세 1,116,520,130원을 경정고지함에 따라 청구법인은 2001~2002사업연도 결손금 1,949,661,000원 및 110,737,000원에 대한 법인세 545,905,080원 및 31,006,360원을 각각 환급받았다. 그러나, 처분청은 국세심판원의 결정으로 2000사업연도 법인세 1,078,324,390원을 감액경정하면서 국세환급가산금을 2006.4.30.까지는 1일 10만분의 10(연 3.65%)로, 2005.5.1.부터는 1일 10만분의 11.5(연 4.2%)로 계산하여 환급하여 주었으나, 소급공제하였던 법인세를 추징하면서 이자상당액을 2001사업연도 법인세 추징세액 545,905,080원에 대하여는 1일 1만분의 4(연 14.6%)로, 2002사업연도 법인세 추징세액 10,416,360원에 대하여는 1일 1만분의 3(연 10.95%)로 계산한 금액을 가산하여 추징하였다. 당초 청구인이 2001 및 2002사업연도 결손금에 대한 법인세를 환급받은 것은 청구인의 의사나 의도와는 전혀 관계없이 처분청이 2000사업연도 소득금액을 부당하게 적출하여 법인세를 추가 경정고지함에 따른 것이며, 국세심판원의 결정에 의하여 부당한 과세요인이 취소됨에 따라 소급공제받은 법인세를 추징당하는 것은 이의가 없으나, 동 추징세액에 연 10.95%~14.6%의 이자상당액을 가산하여 추징하는 것은 잘못이 없는 성실한 납세자의 권리와 재산권을 부당하게 침해하는 것이므로 법인세법 제72조 제5항 의 이자상당액을 가산하는 규정은 납세자에게 귀책사유가 있는 경우에 한하여 적용하여야 한다. 대법원은 법인세법상 가산세나 이자상당액은 과세의 적정을 기하기 위하여 일정한 사항의 보고·신고·납부 기타 협력 등의 여러 가지 의무를 납세의무자에게 부과하는 한편, 이러한 의무의 이행확보를 위하여 이를 해태하였을 때 세금의 형태로 징구하는 일종의 행정상 재재로서 납세의무자의 그 의무불이행에 관하여 정당한 이우가 있는 경우에는 부과할 수 없다고 판시(○○○, 1991.6.25.외 다수 같은 뜻)하고 있는 바, 이 건의 경우 청구인이 스스로 부당하게 법인세환급을 신청하였거나 납세의무를 불이행한 사실이 없고, 처분청의 부당한 과세에 기인하여 결손금에 대한 법인세를 소급공제받았으나 그 과세처분이 부당하였음을 심판결정받은 것으로 보아도 그 귀책사유가 처분청에 있음이 반증되는 것임에도 처분청이 부실과세를 재경정하면서 납세자에게 의무불이행이나 잘못이 있는 것으로 하여 처분청의 국세환급급가산금에 적용하는 이자율의 3~4배의 이율을 적용한 이자상당액을 추징한 것은 신고 및 납부의무를 해태한 경우 책임을 지우는 본래의 취지에 비추어 위법·부당한 처분이므로 이 건 이자상당액을 부과한 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 법인세법 제72조 제5항 에서 납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다고 규정하고 있으므로 환급세액을 추징하는 경우 동 규정에 의한 이자상당액을 가산하는 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점

○○○의 결정으로 경정고지세액이 취소됨에 따라 결손금 소급공제로 환급한 법인세를 추징하면서 법인세법시행령 제110조 제5항 제2호 에 정한 율을 적용하여 이자상당액을 가산한 처분의 당부

• 나. 관련법령

○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】

① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세법 제72조 【결손금 소급공제에 의한 환급】

① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

③ 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 이를 적용한다.

⑤ 납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다.

⑥ 결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제76조 【가산세】

① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다.

3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우(제29조 제4항ㆍ제56조 제4항 및 조세특례제한법에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)에는 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액에 대하여 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율과 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간 등을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액

○ 법인세법시행령 제110조 【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】

① 법 제72조 제1항에서 “대통령령이 정하는 법인세액”이라 함은 직전사업연도의 법인세 산출세액(법 제55조의 2의 규정에 의한 적정유보초과소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에서 직전사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 이 조에서 “감면세액”이라 한다)을 차감한 금액(이하 “직전사업연도 법인세액” 이라 한다)을 말한다.

② 법 제72조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 말한다.

1. 직전사업연도의 법인세 산출세액

2. 직전사업연도의 과세표준에서 법 제14조 제2항의 규정에 의한 당해 사업연도의 결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액(직전사업연도의 과세표준을 한도로 하며, 이하 이 조에서 “소급공제 결손금액”이라 한다)을 차감한 금액에 직전사업연도의 세율을 적용하여 계산한 금액

③ 법 제72조 제2항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 재정경제부령이 정하는 소급공제 법인세액환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

④ 법 제72조 제5항의 규정에 의하여 결손금이 감소됨에 따라 징수하는 법인세액의 계산은 다음 산식에 의한다. 다만, 법 제14조 제2항의 결손금 중 그 일부 금액만을 소급공제받은 경우에는 소급공제받지 아니한 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다. [법 제72조 제3항의 규정에 의한 감소된 결손금액으로서 소급공제받지 아니한 환급세액(이하 이 조에서 “당초 × 결손금을 초과하는 금액 환급세액”이라 한다)] 소급공제 결손금액

⑤ 법 제72조 제5항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액”이라 함은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액

2. 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 4의 율

⑥ 납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액 상당액을 징수하여야 한다. 이 경우 과다하게 환급한 세액 상당액을 징수함에 있어서는 제5항의 규정을 준용한다.

⑦ 제6항의 규정에 의하여 당초 환급세액을 재결정함에 있어서 소급공제 결손금액이 과세표준금액을 초과하는 경우 그 초과 결손금액은 소급공제 결손금액으로 보지 아니한다.

○ 법인세법시행령 부칙(2002.12.30 대통령령 제17826호) 제12조【결손금 조정에 따른 환급세액의 가산세율에 관한 적용례】 제110조 제5항 제2호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 법정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 제8조의3 【중소기업의 결손금 소급공제에 의한 환급특례】 (삭제, 2002.12.11.) 소득세법 제85조 의 2 및 법인세법 제72조 의 규정을 적용함에 있어서 중소기업을 영위하는 내국인이 2002년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도에 동조에 규정된 결손금이 발생한 경우에는 동조의 규정에 불구하고 직전 과세연도 및 직전전 과세연도의 소득(거주자의 경우에는 당해 중소기업의 사업소득에 한한다)에 대하여 과세된 소득세액 또는 법인세액을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다.(2001.8.14. 신설)

○ 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

○ 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】

① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액ㆍ초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다.

○ 국세기본법 제52조 【국세환급가산금】 세무서장은 국세환급금을 제51조에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각 호에 게기하는 날의 다음 날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다. 이 경우 제1호의 규정을 적용함에 있어서 세법에 의한 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 당해 세목의 법정신고기한 종료일에 납부한 것으로 본다.

1. 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회 이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다.

○ 국세기본법시행령 제30조 【국세환급가산금의 결정】

① 세무서장은 국세환급금을 법 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 환급하고자 할 때에는 법 제52조에 규정하는 국세환급가산금을 결정하여야 한다.

② 제1항의 국세환급가산금의 이율은 시중은행의 1년만기 정기예금 평균 수신금리를 감안하여 재정경제부령이 정하는 이자율로 한다.

○ 국세기본법시행규칙 제13조의2 【국세환급가산금의 이율】 영 제30조 제2항에서 “시중은행의 1년 만기 정기예금 평균 수신금리를 감안하여 재정경제부령이 정하는 이자율”이라 함은 은행법에 의한 은행업의 인가를 받은 금융기관으로서 서울특별시에 본점을 둔 금융기관의 1년만기 정기예금 이자율의 평균을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율을 말한다.

○ 국세청 고시 제2004-28호【국세환급가산금 결정시 적용할 이자율 고시】 국세기본법시행규칙 제13조 의 2에서 규정하는 “국세청장이 정하여 고시하는 이자율”은 1일 10만분의 10의 율로 한다.

① 【시행일】 이 고시는 2004년 10월 15일부터 시행한다.

② 【적용례】 이 고시는 시행일 이후 기간분에 대하여 적용한다.

○ 국세청 고시 제2006-10호【국세환급가산금 결정시 적용할 이자율 고시】 국세기본법시행규칙 제13조 의 2에서 규정하는 “국세청장이 정하여 고시하는 이자율”은 1일 10만분의 11.5의 율로 한다.

① 【시행일】 이 고시는 2006년 5월 1일부터 시행한다.

② 【적용례】 이 고시는 시행일 이후 기간분에 대하여 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 1999~2002사업연도 법인세과세표준 신고내역, 처분청의 경정 및 국세심판원의 결정에 따른 재경정 내역, 환급 및 추징세액 등을 보면, 아래 <표>와 같다. <표> 처분청의 경정 및 재경정에 따른 청구인의 2001 및 2002사업연도 결손금 소급공제 증감액, 환급 및 추징세액(이자상당액) 내역 (단위: 천원) 사업 연도 구 분 당초신고 및 수정신고 처분청 경정 심판결정후 재경정 1999 과세표준 8,517,801 8,414,026 8,517,801 (경정)세액 (차가감세액) 2,483,245

• 2,454,218 (△29,027) 2,483,245 (29,027) 2000 과세표준 1,012,271 3,072,669 1,083,231 산출(경정)세액 271,435 848,347 291,304 (가산세) (18,753) (558,362) (15,929) 총결정세액 278,652 1,395,172 316,848 (기납부세액) (278,652) (278,652) 차가감세액 0 1,116,520 △1,078,324 2001 과세표준 △438,475 △2,388,136 △438,475 산출(경정)세액 0 0 0 결손금소급공제액 (증감액) 483475 2,388,136 (1,949,661) 438,475 (△1,949,661) 환급⋅추징세액 (이자상당액) △545,905 658,143 (112,238) 2002 과세표준 △2,981,551 2,981,551 △2,981,551 산출(경정)세액 0 0 0 결손금소급공제액 (증감액) 573,796 684,533 (110,737) 644,756 (△39,777) 환급⋅추징세액 (이자상당액) △31,006 12,022 (1,606) 청구인은 처분청의 2000사업연도 법인세에 대한 경정고지에 따라 결손금 소급공제로 2001사업연도 및 2002사업연도 법인세 545,905,080원 및 31,006,310원을 환급받았고, 처분청은 국세심판원에서 쟁점아파트의 각 사업연도별 분양소득금액을 당초 청구법인의 신고금액으로 하여 위의 경정고지세액을 감액경정하는 것으로 결정함에 따라 청구인의 2000사업연도 법인세 1,078,324,390원을 감액경정하여 동 감액세액에 2005.5.3.~2006.4.30. 기간중 1일 10만분의 10의 율(연환산이율 3.65%)을 적용한 39,143,175원을, 2006.5.1.~2006.12.18. 기간중 1일 10만분의 11.5의 율(연환산이율 4.197%)을 적용한 28,769,695원의 합계 67,912,870원을 환급가산금으로 환급세액에 가산하여 청구인에게 환급하는 한편, 청구인이 결손금 소급공제로 환급받은 2001사업연도 법인세 545,905,080원과 2002사업연도 법인세 31,006,310원중 10,416,360원을 추징하면서 2001사업연도분 추징세액에 2005.7.9.~2006.12.4. 기간중 1일 1만분의 4의 율(연환산이율 14.60%)을 적용한 112,238,080원을, 2002사업연도분 추징세액에 1일 1만분의 3의 율(연환산이율 10.95%)을 적용한 1,606,200원을 각각 이자상당액으로 가산하여 2001 및 2002사업연도 법인세 658,143,160원 및 12,022,560원을 경정고지한 사실이 이 건 과세자료 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 위와 같이 심판결정으로 부당한 과세가 취소되어 환급받은 법인세를 추징당하는 데는 이의가 없으나, 처분청이 부당한 과세처분으로 청구인으로부터 과다하게 징수한 법인세를 환급함에 있어서는 환급세액에 연 3.65%~4.20%의 이자율을 적용한 국세환급가산금을 가산하여 지급하면서 청구인의 귀책사유 없이 환급받은 법인세를 추징함에 있어서는 추징세액에 연 10.95%~14.60%의 높은 이율을 적용한 이자상당액을 가산하는 것은 법인세 환급 및 추징에 있어 귀책사유가 전혀 없는 청구인에게 잘못이 있는 것으로 책임을 지워 청구인의 권리와 재산권을 부당하게 침해하는 것이므로 취소하여야 한다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다. 법인세법 제72조 제5항 및 같은법시행령 제110조 제5항은 법인세 과세표준 신고기한내에 내국법인의 환급신청으로 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 4의 율을 곱하여 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다고 규정하고 있는 바, 위의 규정에 의하면, 법인세 환급세액을 추징하는데 있어 납세자의 귀책사유가 없다고 하여 이자상당액을 가산하지 아니하거나 이자율을 달리 적용하도록 규정하고 있지는 아니하므로 위와 같은 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 그렇다면, 처분청이 결손금 소급공제로 청구인에게 환급한 2001 및 2002사업연도 법인세를 추징함에 있어 법인세법 제72조 제5항 및 같은법시행령 제110조 제5항의 규정에 정한 이자상당액을 가산하여 과세한 이 건 처분은 적법·타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.