제2차 주식변동조사가 중복조사금지의 원칙에 위배되는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1980.11.25. 개업하여 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ‘전기공사업’을 영위하는 ○○○주식회사(변경전의 법인명은 ○○주식회사이며, 이하 “청구외법인”이라 한다)에 1984.1.1. 입사하여 현재 대표이사 겸 부회장으로 재직하고 있다.
• 나. 처분청은 ○○지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)이 2006.8.16.부터 2006.9.26.까지 청구외법인에 대한 2000~2001사업연도 주식변동조사(이하 “제2차 주식변동조사”라 한다)를 실시하는 과정에서 청구외법인의 회장이자 대주주인 박○○이 1996년부터 자신의 주식 중 일부를 임직원들에게 명의신탁하였다가 그 중 일부(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 자신의 동생인 청구인에게 증여한 사실을 확인하여 과세자료로 통보함에 따라, 2006.12.4. 및 2006.12.7. 청구인에게 2000.5.13. 및 2000.12.22. 증여분 증여세 2건 1,411,969,470원을 결정고지하고, ○○세무서장이 2003년에 청구외법인에 대하여 실시한 2000사업연도 주식변동조사(이하 “제1차 주식변동조사”라 한다) 결과에 따라 청구인이 2000년도에 특수관계자 4인(김○○, 박○○, 변○○, 김○○)으로부터 주식을 저가양수하였다고 보아 대가와 상속세 및 증여세법상 평가액의 차액에 대하여 증여의제하여 과세하였던 2000년 증여분 증여세 4건 252,786,000원을 환급하였다(구체적인 내역은 <별지1> 기재의 청구인 명의의 주식변동내역 및 과세내역 참조).
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.1.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조사관서는 ○○세무서장이 2003년에 청구외법인에 대하여 실시한 제1차 주식변동조사 결과에 따라 이미 증여세가 과세된 2000년도분에 대하여 2006년에 다시 제2차 주식변동조사를 실시하고, 청구인에게 이 건 증여세를 과세한 것으로 이 건 증여세는 중복조사금지의 원칙에 위배되므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구외법인의 2000년도 주식변동상황에 대하여는 ○○세무서장이 2003년에 제1차 주식변동조사를 실시하였으나, 조사관서는 ‘명의신탁에 의한 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료’가 있어 재조사를 실시한 것이고, 재조사 결과 2000년도 주식변동내역은 양도가 아니라 실질적인 명의신탁의 환원 및 증여로 확인되었으므로 이 건 2000년도 주식변동내용에 대한 재조사가 중복조사금지의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 이 건 2000년도분에 대한 제2차 주식변동조사가 중복조사금지의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법(2002.12.18. 법률 제6782호로 개정된 것) 제81조의3 【세무조사권 남용 금지】

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니된다.

② 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정⋅재조사를 할 수 없다.

○국세기본법시행령(2002.13.30. 대통령령 제17830호로 개정된 것) 제63조의2 【중복조사의 금지】 법 제81조의3 제2항에서 "기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기⋅매점매석⋅무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의4 및 법 제81조의7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외법인의 관할 ○○세무서장은 2003.3.6.부터 2003.4.10.까지 청구외법인의 2000사업연도 주식변동내역에 대하여 제1차 주식변동조사를 실시하였는 바, 조사에 착수하게 된 경위 및 조사결과 조치내용은 다음과 같다. (가) 청구외법인이 제출한 2000사업연도 주식등변동상황명세서에 의하면, 청구외법인의 주주 6인이 대표이사인 청구인에게 주식 155,000주를 양도한 것으로 나타나고 있으나, 각 주주들이 이에 대한 양도소득세 신고를 하지 아니함에 따라 실제 양도내역을 확인하기 위하여 조사에 착수하게 되었다. (나) 조사결과, 주주 박○○외 3인(박○○ 25,000주, 김○○ 45,000주, 김○○ 25,000주, 변○○ 20,000주)은 액면가 양도를 주장하므로 청구인이 특수관계자로부터 주식을 저가로 양수하였다고 보아 양도가액과 상속세및증여세법상 평가액의 차액에 대하여 청구인에게 2000년 증여분 증여세 4건 252,786,000원을 결정고지하였고, 주주 황○○외 1인(황○○ 20,000주, 김○○ 20,000주)은 1주당 13,000원에 양도하였다는 주식매매계약서를 제시하므로 동 매매가액을 실지 양도가액으로 보아 황○○과 김○○에게 2000년 귀속 양도소득세 23,958,410원과 22,890,370원을 각각 결정고지하고, 조사를 종결하였다.

(2) 이후, 조사관서(○○지방국세청장)는 2006.8.16.부터 2006.9.26.까지 청구외법인의 2000~2001사업연도 주식변동내역에 대하여 조사를 실시하였는 바, 조사에 착수하게 된 경위 및 조사결과 조치내용은 다음과 같다. (가) 조사관서는 2006.5.15.부터 2006.6.2.까지 청구외법인의 2001사업연도 주식변동내역에 대한 서면확인을 실시하던 중 청구외법인의 주주들이 보유주식 양도에 따른 양도소득세 신고를 하지 아니하였고, 저가양수도에 따른 증여세 탈루혐의가 있음에도 청구외법인이 이에 대한 소명자료를 제시하지 아니함에 따라 실지조사로 전환하기로 하고, 2006.8.16. 청구외법인과 주주들에게 2001사업연도 주식변동조사를 실시하겠다는 내용의 세무조사통지서(조사기간 2006.8.16.~2006.9.26.)를 발송한 후, 실지조사에 착수하였다. (나) 2001사업연도 주식변동조사를 실시하던 중 명의신탁에 의한 증여세 탈루혐의가 추가로 발견됨에 따라 다시 조사대상 범위를 ○○세무서장이 2003년도에 이미 제1차 주식변동조사를 실시한 바 있는 2000사업연도까지 확대하기로 하고, 2006.9.21. 청구외법인과 주주들에게 2000사업연도 주식변동내역에 대하여도 추가 조사를 실시하겠다는 내용의 세무조사통지서(조사기간 2006.9.21.~2006.9.26.)를 다시 발송하였다. (다) 조사관서가 동 조사과정에서 확인한 청구외법인의 실질적인 주식변동내역 등은 다음과 같다.

1. 청구외법인은 1980.11.25. 박○○이 설립하였고, 납입자본금은 150백만원이며, 1988년 이전분은 너무 오래되어 확인을 하지 못하였으나, 1989사업연도 주식변동상황을 확인한 바, 박○○의 지분은 45%(13,500주)로 동년 말까지 변동이 없었으나, 나머지 55%(16,500주)는 임직원 김○○외 2인에게 명의신탁(김○○ 7,200주, 이○○ 6,150주, 정○○ 3,150주)한 사실이 확인되었다.

2. 청구외법인은 1990년에 2억원의 유상증자를 실시하였는데, 증자된 주식 4만주는 각 명의자의 지분비율에 따라 명의개서하여 1990년말 현재 각 명의자의 지분은 박○○ 31,500주, 김○○ 16,800주, 이○○ 14,350주, 정○○ 7,350주가 되었다.

3. 이후, 박○○은 1996.7.27. 매매형식을 빌어 이○○과 정○○ 명의의 주식 21,700주를 임직원 5명에게 다시 명의개서(황○○ 4,300주, 김○○ 4,500주, 변○○ 4,300주, 안○○ 4,300주, 김○○ 4,300주)하였고, 청구외법인이 1996.7.27.과 1996.10.30. 2차에 걸쳐 3억원의 유상증자를 실시하였는데, 증자된 주식 6만주는 각 명의자의 지분비율에 따라 명의개서하여 1996년말 현재 각 명의자의 지분은 박○○ 58,500주, 김○○ 31,200주, 황○○ 7,984주, 김○○ 8,364주, 변○○ 7,984주, 안○○ 7,984주, 김○○ 7,984주가 되었다.

4. 박○○은 1997.1.25. 매매형식을 빌어 안○○ 명의의 주식 7,984주(명의신탁 4,300주+유상증자 3,684주)를 황○○외 3인에게 다시 명의개서(황○○ 1,766주, 김○○ 2,686주, 변○○ 1,766주, 김○○ 1,766주)하였으며, 청구외법인은 1997.12.3.자로 3억원의 유상증자를 실시하였는데, 증자된 주식 7만주는 각 명의자의 지분비율에 따라 명의개서하여 1997년말 현재 각 명의자의 지분은 박○○ 90,000주, 김○○ 48,000주, 황○○ 15,000주, 김○○ 17,000주, 변○○ 15,000주, 김○○ 15,000주가 되었다.

5. 청구외법인은 1998.5.19.자로 5억원의 유상증자를 실시하였는데, 증자된 주식 10만주는 각 명의자의 지분비율에 따라 명의개서하여 1997년말 현재 각 명의자의 지분은 박○○ 13,500주, 김○○ 72,000주, 황○○ 22,500주, 김○○ 25,500주, 변○○ 22,500주, 김○○ 22,500주가 되었다.

6. 박○○은 1999.7.23 매매형식을 빌어 김○○ 명의의 주식 중 30,000주를 황○○외 4인에게 다시 명의개서(황○○⋅김○○⋅변○○⋅김○○ 각 4,500주, 박○○ 12,000주)하였고, 청구외법인은 1999.7.23. 및 1999.12.29. 2차에 걸쳐 10억원의 유상증자를 실시하였는데, 증자된 주식 20만주는 각 명의자의 지분비율에 따라 명의개서하여 1999년말 현재 각 명의자의 지분은 박○○ 225,000주, 김○○ 70,000주, 황○○ 45,000주, 김○○ 50,000주, 변○○ 45,000주, 김○○ 45,000주, 박○○ 20,000주가 되었다.

7. 박○○은 2000.5.13. 매매형식을 빌어 자신의 주식 25,000주와 이사 김○○ 명의의 주식 20,000주, 이사 김○○ 명의의 주식 5,000주 합계 50,000주를 자신의 동생인 청구인에게 증여하였고, 2000.12.22. 매매형식을 빌어 다른 임직원 명의의 주식 105,000주(김○○ 25,000주, 황○○ 20,000주, 김○○ 20,000주, 감사 변○○ 20,000주, 김○○ 20,000주)를 청구인에게 증여하였으며, 청구외법인은 2000.12.22. 5억원의 유상증자를 실시하였는데, 증자된 주식 10만주는 각 명의자의 지분비율에 따라 명의개서하여 2000년말 현재 각 명의자의 지분은 박○○ 240,000주, 김○○ 30,000주, 황○○ 30,000주, 김○○ 30,000주, 변○○ 30,000주, 김○○ 30,000주, 박○○ 24,000주가 되었다.

8. 박○○은 2001.12.28. 매매형식을 빌어 각 임직원 명의로 되어 있던 주식 174,000주(김○○⋅황○○⋅김○○⋅변○○⋅김○○ 각 30,000주, 박○○ 24,000주)를 자신의 명의로 명의환원하여 2001년말 현재 각 명의자의 보유지분은 박○○ 414,000주(69%), 청구인 186,000주(31%)가 되었다.

9. 이 과정에서 박○○이 청구인에게 증여한 쟁점주식의 내역 및 이에 대한 과세내역은 <별지1> 기재의 청구인 명의의 주식변동내역 및 과세내역과 같다. (라) 조사관서는 박○○으로부터 주식을 증여받은 청구인과 박○○에게 명의를 대여하였던 김○○⋅황○○⋅김○○⋅변○○⋅김○○⋅박○○ 등으로부터 이와 같은 내용을 시인하는 확인서를 징구하고, 박○○이 자신의 주식을 임직원들에게 명의신탁함으로써 실질적으로 지방세법상 과점주주에게 과세하는 간주취득세를 회피하였고, 임직원들에게 명의신탁하였던 주식을 자신의 동생 청구인에게 증여함에 있어 매매의 형식을 취함으로서 청구인에게 증여세를 회피하도록 하는 등 조세회피목적으로 자신의 주식을 임직원들에게 명의신탁하였다고 보아 각 임직원들에게 증여세를 과세하는 한편, 청구외법인의 2000사업연도 주식변동내역에 대한 ○○○세무서장의 제1차 주식변동조사 결과에 따라 청구인과 황○○⋅김○○에게 과세하였던 증여세와 양도소득세를 환급하도록 관할세무서장에게 통보하였다.

(3) 이 건 2000년도 과세처분이 중복조사금지의 원칙에 위배되는지 여부를 살펴본다. (가) 국세기본법 제81조의3 제2항 에 의하면, 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여는 원칙적으로 재조사를 금지하되, 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있다고 인정되는 경우 등에는 예외적으로 재조사를 실시할 수 있도록 규정하고 있는 바, 여기에서 ‘조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’라 함은 조세탈루금액을 확정할 수 있는 증빙서류 일체가 있어 동 서류만으로 바로 과세를 할 수 있는 경우 뿐만 아니라, 제보자료 또는 기타 자료에 의한 탈루 혐의내용이 상당히 구체적이어서 세무조사를 실시하면 탈루사실이 확인될 가능성이 높은 자료도 포함되는 것으로 해석된다(국심○○○, 2006.5.2. 참조). (나) 청구인은 ○○○세무서장이 2003년에 이미 제1차 주식변동조사를 실시하여 과세처분까지 한 2000사업연도분에 대하여 조사관서가 다시 제2차 주식변동조사를 실시하여 당초 과세처분 내용을 변경하고, 새로운 처분을 한 것은 중복조사금지의 원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 위 (1)항 및 (2)항에서 살펴본 바와 같이, 청구외법인의 2000사업연도 주식변동내역에 대하여 ○○○세무서장이 2003년에 실시한 제1차 주식변동조사는 청구외법인이 제출한 주식등변동상황명세서에 나타난 주주간 주식 양수도 내역에 대하여 그 양수도 가액의 적정성 여부를 조사하고, 그에 따라 양도소득세(일부 저가양수도 부분에 대하여는 증여세)를 과세한 것이며, 조사관서가 2006년도에 실시한 제2차 주식변동조사는 2001사업연도 주식변동조사를 실시하는 과정에서 2000사업연도뿐만 아니라 1996년 이후 전체 주식의 변동내역이 실질적인 양수도가 아니라 주식의 명의신탁 내지는 명의신탁해지로 밝혀짐에 따라 조사대상 사업연도를 확대하고, 청구인이 2000사업연도에 실질적으로 증여받은 주식이 얼마나 되는지 여부에 대하여 조사를 한 것이므로 그 조사대상이 다르다고 할 것이어서 동일한 세목에 대한 중복조사라고 보기 어려운 점이 있고, 탈루 혐의내용이 상당히 구체적이어서 세무조사를 실시하면 탈루사실이 확인될 가능성이 높은 상태에 있었다고 보이므로 조사결과 비록 그 세목이 중복된다 할지라도 중복조사금지의 원칙에 위배된다고 보기 어려운 것으로 판단된다(대법원 ○○○, 2005.1.14. 같은 취지). 따라서, 중복조사금지의 원칙에 위배되었음을 이유로 이 건 과세처분을 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 청구인 명의의 주식변동내역 및 과세내역

1. 제2차 주식변동조사에 따른 과세내역 (단위: 주, 원) 일자별 변동구분 주식수 증여가액 증여세액 비고 2000.05.13 매매 25,000 973,650,000 307,713,000 2000.12.22 매매 130,000 2.025.870.000 1,104,256,470 2000.12.22 증자(5억) 31,000 2000~2001년말 186,000 합계 2,999,520,000 1,411,969,470

2. 제1차 주식변동조사에 따른 당초 과세내역(환급한 세액) (단위: 주, 원) 일자별 변동구분 주식수 증여가액 증여세액 증여자 (저가양도자) 2000.05.12 저가양수 45,000 △409,950,000 △98,786,000 김○○ 2000.05.12 저가양수 25,000 △298,300,000 △69,524,000 박○○ 2000.12.20 저가양수 20,000 △182,200,000 △35,816,000 변○○ 2000.12.20 저가양수 25,000 △227,750,000 △48,660,000 김○○