부가가치세 과세대상이 되는 쟁점상가의 공급시기는 분양계약서상 약정된 각 대금의 지급시기로 보는데 달리 잘못이 있다고 보기 어려우므로 분양계약서에 따른 토지대금과 건물대금의 지급시기에 맞추어 그 공급시기를 경정하는 것이 타당함
부가가치세 과세대상이 되는 쟁점상가의 공급시기는 분양계약서상 약정된 각 대금의 지급시기로 보는데 달리 잘못이 있다고 보기 어려우므로 분양계약서에 따른 토지대금과 건물대금의 지급시기에 맞추어 그 공급시기를 경정하는 것이 타당함
○○세무서장이 2006. 10. 19. 청구법인에게 한 부가가치세 2001년 2기분 1,099,284,590원, 2002년 1기분 1,969,239,350원, 2002년 2기분 1,159,498,820원과 2003사업연도 법인세 1,372,843,070원, 2004사업연도 법인세 619,722,910원 및 2002년 귀속 16,686,910원, 2003년 귀속 75,090,440원, 2004년 귀속 11,167,210원의 소득금액변동통지는
(1) 청구법인이 신축하여 분양한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 상가건물의 공급시기를 분양계약서상의 건물대금 지급시기로 하여 해당 부가가치세 과세표준과 세액을 경정한다.
(2) 위 상가건물의 분양에 따른 각 사업연도별 분양수입금액의 산출근거가 되는 작업진행률과 당해공사원가 및 분양원가를 청구법인이 제시하는 증빙과 주장내용을 토대로 사실여부를 재조사하여 경정하고 그에 따라 각 사업연도 법인세 과세표준과 세액을 경정한다.
(3) 나○○에 대한 상여로 소득처분하여 통지한 2003년 귀속 소득금액변동통지액 75,090,440원은 이를 취소하고, 박○○에 대한 상여로 소득처분하여 통지한 2004년 귀속 소득금액변동통지액 11,167,210원은 7,784,932원을 상여처분에서 제외하여 그 소득금액을 경정한다.
청구법인은 부동산매매업을 영위하는 법인으로서 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 지상에 상가건물(건물명은 ○○○○ ○○○이며 이하 “쟁점상가”라 한다)을 신축하여 분양하면서, 쟁점상가를 분양받은 계약자들과 분양계약서 작성시 상가분양대금이 토지대금(55%)과 건물대금(45%)으로 구성되며 분양대금 중 계약금~3차중도금 일부를 토지대금으로 3차중도금 일부~잔금은 건물대금으로 수령하는 것으로 약정하여 분양대금을 수령하고, 쟁점상가 분양대금 수령분 중 계약금과 1차~2차 중도금 및 3차중도금 중 건물대금 해당분과 4차․5차 중도금 및 잔금은 부가가치세 과세대상인 상가건물의 매출로 하여 계산서(토지분) 및 세금계산서(건물분)를 쟁점상가를 분양받은 수 분양자들에게 발행․교부하고 이에 따라 부가가치세 과세표준을 신고하였다.
○○지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사에서 위와 같은 청구법인과 수 분양자들간의 계약이 사회통념상 정상적인 거래에 합당하지 않는 것으로 판단하고, 분양계약서상 대가의 각 부분을 받기로 한 때의 각각의 금액이 토지와 건물의 일정비율(토지 55%, 건물 45%)로 균등하게 구성된 것으로 보아 건물에 대한 부가가치세 과세표준(수입시기와 수입금액)을 조정하고 가산세를 적용하였고, 이에 따라 처분청은 2006. 10. 19. 청구법인에게 부가가치세 2001년 2기분 1,099,284,590원, 2002년 1기분 1,969,239,350원, 2002년 2기분 1,159,498,820원을 결정고지하였다. 또한, 처분청은 청구법인이 2001. 8. 20. 용지원가로 계상한 취득세 등 이중계상금액 1,020,800천원과 2002. 9. 3. 외 청구법인이 부담하지 않은 광고선전비를 손금으로 계상한 금액에 대하여 대표이사 가지급금으로 보아 인정이자 계산한 금액 및 2004. 3. 26.외 임직원 박○○ 등의 가지급금에 대한 인정이자 계산금액에 대하여, 1년이 경과한 조사시점까지 미수수익으로 계상하였다 하여 동 인정이자상당액을 동인들에 대한 상여로 처분하고, 2002년 귀속 16,686,910원을 나○○의 소득으로, 2003년 귀속 75,090,440원을 나○○의 소득으로, 2004년 귀속 11,167,210원을 박○○의 소득으로 소득금액변동통지하였다. 이외에도 처분청은 청구법인이 쟁점상가를 신축하여 분양하면서 2001~2004사업연도 기간 중 작업진행률을 미반영하거나 잘못 산정하여 적용한 것으로 보아 청구법인이 한 법인세 신고내용을 경정하고, 청구법인에게 2003사업연도 법인세 1,372,843,070원과 2004사업연도 법인세 619,722,910원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007. 1. 12. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 (1)-(1) 쟁점상가의 분양계약은 중간지급조건부의 계약으로서 계약금․중도금․잔금을 각각 대지 또는 건물부분에 대한 대금으로 구분하여 지급하기로 약정하는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당사자간의 약정에 따르는 것이 타당하고, 위와 같은 분양대금 중 토지나 건물대금은 언제 받을 것인지는 관련법규에서도 이를 별도로 정한 바가 없으므로 계약자유의 원칙에 따라 당사자들이 계약한 내용에 의하여 부가가치세를 신고․납부한 당초신고 내용은 정당할 뿐 아니라, 분양계약시 토지만 존재하는 상황으로 토지대금을 먼저 받고 상가건물의 공사가 진척되면 상가대금을 받는 것이 경제적 실질에도 부합하며, 해당 국세가 전액 신고․납부되어 세입면에서도 아무런 지장을 초래한 바가 없고 쟁점건물의 공급시기를 달리 적용한다고 하여 청구법인에게 어떠한 이득이 없는 것임에도 처분청이 공급시기를 달리 적용하므로서 가산세가 대부분인 이 건 과세를 한 처분은 부당하다.(주청구) (1)-(2) 해석의 대립 등으로 납세의무의 이행을 기대하는 것이 무리인 상황에서 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유임에도 거액의 가산세를 적용하여 과세한 이 건 처분은 부당할 뿐 아니라, 청구법인이 부가가치세를 모두 자진신고납부한 후에 이루어진 조사에 의하여 공급시기를 달리 자진신고납부한 후에 이루어진 조사에 의하여 공급시기를 달리 적용하고 부과한 이 건 납부불성실가산세의 경우는 납부기한의 다음날부터 납세고지일까지의 기간에 대하여 적용할 것이 아니라 납부기한의 다음날부터 납부한 세액의 납부일까지로 계산하는 것이 타당하다.(예비적청구)
(2) 청구법인은 특수관계자인 나○○과 박○○에게 업무무관자금을 대여하고 법인세법의 규정에 따라 가지급금인정이자를 계상하여 나○○의 2003년도 가지급금인정이자 75,090,448원을 이자수익으로 수익계상하고 동 금액을 나○○으로부터 회수하였으므로 미수이자가 없으며, 박○○의 2004년도 가지급금인정이자 미수이자는 3,382,279원에 불과함에도 처분청이 나○○의 2003년도 가지급금인정이자 미수이자를 75,090,448원으로 보고, 박○○의 2004년도 가지급금인정이자 미수이자를 11,167,211원으로 보아 청구법인에게 소득금액변동통지한 처분은 부당하므로 이를 경정하여야 한다.
(3) 처분청의 법인세 추징내역에는 작업진행률 차이로 발생한 경정차액 4,085,620,054원이 포함되어 있으며 동 금액이 유보로 소득처분되어 있는 바, 작업진행률 차이로 인한 경정차액 유보금액은 공사가 완료되면 여하한 이유에도 불구하고 0원이 되어야 함에도 불구하고 처분청은 쟁점상가의 공사가 완료되어 작업진행률이 100%인 것으로 보았음에도 유보잔액은 0원이 되지 아니하고 위 경정차액 금액이 남아 있는 상태이므로 이는 모순이며, 따라서 처분청의 공사원가 미반영 등에 따라 정당한 작업진행률을 적용하지 못하여 발생한 경정차액 4,085,620천원의 관련 법인세 1,103,117천원을 취소하고 관련 가산세도 취소하여야 한다.
- 나. 처분청 의견
(1) 통상적으로 신축상가를 분양받는 일반인은 건물완공 후 구분 소유되는 상가의 취득이 주요목적이며, 구분 소유가 되지 않는 토지는 소유개념이 없을 뿐만 아니라, 상가 분양계약시 구분 소유되는 상가의 면적과 그 대금에 관심이 있을 뿐이지 구체적으로 7회차에 걸친 대금 중 토지와 건물의 대금이 어떻게 나누어지는 것에 대하여는 관심이 없다고 볼 때, 본 건의 계약은 공급자의 임의에 의한 계약서 작성으로 쉽게 추정할 수 있으며, 또한 사회통념상 상가분양계약이라면 누구라도 쉽게 그 대금이 건물과 토지부분의 대가라고 인식되어지는 상황에서 부가가치세가 면제되는 토지의 대가를 먼저 수취하고 그 후에 부가가치세가 과세되는 건물부분의 대가를 수취한다는 것은 합리성을 결여한 것으로 볼 수 밖에 없으므로 당사자간의 계약에 의한 당초의 신고가 적정하다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없고, 부가가치세법상 과세대상인 건물의 공급시기 등을 위반한 것이므로 가산세의 적용 또한 정당하다.
(2) 조사기간 중 쟁점인정이자 상당액이 회수되었음이 불분명하여 회수내역 및 자금원천에 대한 소명을 요구하였으나 청구법인이 이에 대한 증빙을 제출하거나 자금원천 등에 대하여 소명한 사실이 없었고, 청구법인이 증빙서류로 제시한 가지급금인정이자조성명세서도 당초 법인세 신고시 미제출하였으므로 청구법인의 주장은 신빙성이 없다.
(3) 청구법인은 쟁점상가를 신축하여 분양하면서 당해 사업계획 초기마다 합리적으로 추정한 분양수입예정금액을 산정하여 각사업연도 마다 진행된 작업진행류에 실제 분양된 금액을 반영한 분양률을 적용하여 법인세 신고시 수입금액을 계상하여야 하나, 2001~2004사업연도 기간 중 작업진행률을 미반영하거나 잘못 산정하여 적용하였으며, 또한 본건 건물의 준공검사가 2004사업연도 중에 완료되었으므로 2004사업연도 중에는 작업진행률이 100%가 되어야함에도 92.0%로 신고하는 등의 오류가 있어 처분청이 청구법인이 당초신고한 내용을 경정한 것이므로 당초처분은 정당하다.
(2) 청구법인이 특수관계자에 대한 가지급금인정이자를 회수하지 않은 것으로 보아, 동 가지급금인정이자 상당액을 특수관계자에 대한 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지한 처분의 당부
(3) 청구법인이 주장하는 공사원가 및 분양원가 미반영액과 작업진행률 등을 인정할 것인지 여부
(1) 쟁점(1)관련법령
○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】
① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.
1. 재호의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때
② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화․시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.
○ 부가가치세법 제22조 【가산세】(2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것)
⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.(1998. 12. 28. 개정)
1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액(1998. 12. 28. 개정)
2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액(1999. 12. 28. 개정) 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율
○ 부가가치세법시행령 제21조 【재화의 공급시기】
① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. (1978. 12. 30. 개정)
4. 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때 (1980. 12. 31. 개정)
○ 부가가치세법시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】
④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. (2000. 12. 29. 개정)
소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정)
2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 잇는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정)
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정)
○ 부가가치세법시행규칙 제9조 【재화 또는 용역의 공급시기】
① 영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. (2004. 3. 30. 개정)
1. 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우 (1995. 3. 31. 개정)
(2) 쟁점(2)관련법령
○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국벙니의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (1998. 12. 28. 개정)
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율․이자율․임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)
③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)
④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】
① 법 52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (1998. 12. 31. 개정)
6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율․요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우
(3) 쟁점(3) 관련법령
○ 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】
① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (1998. 12. 28. 개정)
② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정)
○ 법인세법시행령 제69조 【용역제고 등에 의한 손익의 귀속사업연도】
① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설․제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다. (1998. 12. 31. 개정)
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. (1998. 12. 31. 개정)
○ 법인세법시행규칙 제34조 【작업진행률의 계산 등】
① 영 제69조 제2항 본문에서 “건설 등을 완료한 정도”라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 비율(건설외의 경우에는 이를 준용하여 계산한 비율을 말한다)을 말한다. 이 경우 총공사예정비는 영 제79조 제2호에 해당하는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약당시 추정한 공사원가에 당해 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가를 말한다. (1999. 5. 24. 개정) 작업진행률 = 당해 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액 총공사예정비
② 영 제69조 제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다. (1999. 5. 24. 개정)
1. 익금 (1999. 5. 24. 개정) 계약금액 × 작업진행률 - 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액
2. 손금 (1999. 5. 24. 개정) 당해 사업연도에 발생된 총비용
③ 영 제69조 제2항 단서에서 “재정경제부령이 정하는 경우”라 함은 법인이 비치․기장한 장부가 없거나 비치․기장한 장부의 sodydd이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사누적액을 확인할 수 없는 경우를 말한다. (1999. 5. 24. 개정)
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 이 건 심리자료에 의한 사실관계를 살펴본다.
1. 청구법인은 쟁점상가를 분양하면서 부수토지와 건물의 공급가액 합계액 중 토지대금을 55%, 건물대금을 45%로 안분하고, 계약금을 공급가액의 10%, 1차중도금~3차중도금을 공급가액의 각 20%, 4차 중도금․잔금을 공급가액의 10%로 하였으며, 건물분에 대한 부가가치세는 3차중도금부터 해당금액의 10%를 가산하여 납부하는 것으로 수 분양자들과 분양계약을 체결하였는 바, 쟁점상가는 계약체결시부터 잔금지급시까지의 기간이 1년이상이고 분양대금을 7회에 걸쳐 납부하도록 하고 있다.
2. 청구법인은 분양계약서의 계약내용에 따라 수 분양자들로부터 분양대금을 수령하였고, 쟁점상가의 분양대금 수령분 중 계약금과 1차․2차중도금 및 3차 중도금 중 토지대금 해당분은 부가가치세가 면제되는 토지의 매출액이고, 3차중도금 중 건물대금 해당분과 4차․5차중도금 및 잔금은 부가가치세 과세대상인 상가건물의 매출액으로 처리하여 이에 따른 계산서(토지대금) 및 세금계산서(건물대금)를 발행․교부하고 각 기간별 부가가치세 과세표준을 신고․납부하였으며, 청구법인으로부터 쟁점상가를 분양받은 수 분양자들도 청구법인으로부터 쟁점상가 중 건물분에 대한 세금계산서를 교부받은 날이 속하는 과세기간에 해당 건물분 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였는 바, 청구법인이 쟁점상가 분양대금 중 3차 중도금 해당분부터 건물분 세금계산서를 교부하고 수 분양자들로부터 부가가치세를 징수하여 신고납부한 사실과 쟁점상가를 분양받은 수 분양자들도 이에 맞추어 해당 매입세액을 공제받은 사실에 대하여는 다툼이 없다.
3. 이에 처분청은 쟁점상가의 분양계약서상 대가의 각 부분을 받기로 한 때의 각각의 금액이 토지와 건물의 일정 구성비율(본건의 경우 토지 55%, 건물 45%)로 균등하게 이루어져 있다고 보아 각각의 시기에 수취한 분양대금을 위 구성비율로 안분하여 부가가치세 과세표준을 경정하고 가산세를 적용하여 과세하였다.
4. 이에 대하여, 청구법인은 쟁점상가를 분양받은 수분양자들과 쟁점상가의 토지의 대가와 건물의 대가를 받기로 한 때를 약정하고 분양대가의 각 부분을 받기로 한 때의 각각의 금액을 토지와 건물의 공급가액으로 보아 이에 따라 계산서와 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고한 것이므로 청구법인의 신고내용에 하자가 없음에도, 처분청이 청구법인이 신고한 내용을 부인하고 부가가치세 과세대상인 건물분 매출액의 귀속시기를 달리하여 과세한 이 건 처분은 부당하다는 주장이다. (나) 이상의 사실관계에 기초하여, 쟁점상가 중 부가가치세 과세대상인 건물의 공급시기에 대하여 살펴본다.
1. 이 건 관련규정인 부가가치세법시행령 제21조 제1항 제4호 의 규정에 의하면 중간지급조건부 재화의 공급인 경우는 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 규정하고 있고, 부가가치세법 시행규칙 제9조 제1항 의 규정에 의하면 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우를 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우로 규정하고 있는 바, 이 건 쟁점상가의 분양을 위에서 살펴본바와 같이 계약체결시부터 잔금지급시까지의 기간이 1년이상이고 분양대금을 7회에 걸쳐 납부토록 하고 있으므로 부가가치세법규에서 규정하고 있는 중간지급조건부 공급으로 판단된다.
2. 대지와 그 지상 건물의 가액을 구분함이 없이 일괄하여 대금을 정하여 매매한 경우에 그 계약금․중도금․잔금을 각각 대지 또는 건물 부분에 대한 대금으로 구분하여 지급하기로 약정하는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 각 지급시에 대지와 건물에 대한 대금이 함께 지급된 것으로 보아야 할 것이나(같은 뜻: 대법96누19550, 1997. 2. 1.), 이 건과 같이 쟁점상가의 공급자인 청구법인과 공급받는 자인 수 분양자들간에 그 계약금․중도금․잔금을 각각 토지 또는 건물 부분에 대한 대금으로 구분하여 지급하기로 분양계약서상 특별히 약정한 경우에는 분양계약서의 내용에 따라 토지와 건물의 각 대가의 부분을 받기로 한 때를 각각의 공급시기로 보는 것이 타당하다 할 것이고, 이 건 부가가치세법상으로도 토지와 건물을 함께 공급하는 경우에 부수토지와 건물의 공급시기(토지대금과 건물대금을 언제 받을 것인지)를 별도로 규정하고 있지는 아니하므로 토지대가와 건물대가의 각 부분을 어떻게 받느냐에 따라 해당 토지 및 건물의 공급시기가 달리 적용될 수 있다 하겠다.
3. 또한, 대금지급방법(시기를 포함한다, 이하같다)에 관한 약정은 당사자간 의사가 합치되는 경우 각 분양계약서에 의하여 자유로이 체결이 가능한 것이고, 세법에 대금의 지급방법에 관한 정함이 없는 이상 당사자 간의 자유로운 의사에 따라 체결된 계약의 내용이 일반적인 양태와 다르다 하여 계약서와 달리 어느 일방이 그 대금지급방법을 강제할 수 없는 것이고 보면, 이 건 쟁점상가의 분양시 당사자 간의 특정한 계약에 의하여 대금을 지급하거나 수취하고 그에 따라 세금계산서 등의 증빙서류를 발행하고 부가가치세 등 과세표준을 신고․납부한 이상, 이러한 행위가 세법상 규정된 공급시기나 과세표준의 계산방법 등을 위배하지 않는다면 잘못이 있다고 보기 어렵다.
4. 이에 더하여, 처분청은 일반적으로 상가를 분양받은 일반인은 상가의 취득이 주요목적이며 구분소유가 되지 않는 토지는 소유개념이 없고 상가의 면적과 그 대금에 관심이 있을 뿐이어서 토지와 건물의 대금이 어떻게 나누어지는 지에 대하여는 관심이 없으므로 이 건 쟁점상가의 공급계약은 공급자의 임의에 의한 계약서 작성이라는 입장이나, 집합건물의 경우 소유권은 점유부분과 대지사용권으로 이루어져 있고, 위 대지사용권은 단순한 점유권을 넘어서는 본권으로서(같은 뜻: 대법2000다10741, 2001.1.30), 상가분양의 경우에 있어 수 분양자는 위와 같은 점유부분과 대지사용권을 모두 취득하고자 하는 것이 법적, 경제적 실질에 더 부합하다 할 것이므로 토지를 배제한 건물만의 취득이 수 분양자의 주요목적이라는 처분청의 의견은 이를 수용하기 어렵다.
5. 더욱이, 쟁점상가의 감리완료보고서 등 공사관련 증빙에 의하여 살펴보면, 쟁점상가는 2002.2.22. 착공계를 제출하여 2003.5.2경 지상 2절 철공기둥 및 보설치 공정에 진입하여 건물의 공정률이 26%이며, 철골조가 완성된 것은 2003.8.1경으로 나타나고 있는 점에 비추어, 쟁점상가의 분양계약성상 건물의 분양대금으로 약정한 3차 중도금의 지급일인 2003.4.30은 건물건축의 초기단계에 맞추어 건물분 분양대금의 지급시기를 약정한 것으로 보여지므로 이러한 대금의 지급방법이 분양계약시부터 토지와 건물을 동시에 공급하는 것으로 보는 것 보다도 더 경제적 실질에 부합한 점을 부인하기 어렵다.
6. 이와 같은 사실을 종합하여 보면, 이 건 부가가치세 과세대상이 되는 쟁점상가의 공급시기는 분양계약서상 약정된 각 대금의 지급시기로 보는데 달리 잘못이 있다고 보기 어려우므로 분양계약서에 따른 토지대금과 건물대금의 지급시기에 맞추어 그 공급시기를 경정하고 이 건 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단되다. (다) 이상과 같이 청구주장 중 주위적 청구부분이 이유있는 것으로 인용되어 예비적 청구는 심리의 실익이 없으므로 이에 대한 심리는 이를 생략한다.
(2) 다음으로 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 이 건 사실관계를 살펴본다.
1. 처분청은 청구법인에 대한 법인세 조사에서 청구법인이 청구법인과 특수관계자인 나○○에게 자금을 대여하고 2003사업연도 중 가지급금인정이자 75,090,448원을 1년 이내 미회수한 것으로 보아 동 금액을 익금산입하여 나○○에 대한 상여로 처분하고 청구법인에게 2003년 귀속 소득금액변동통지하였으며, 또한, 특수관계자인 박○○에게 자금을 대여하고 2004사업연도 중 가지급금인정이자 11,167,211원을 1년이내 미회수한 것으로 보아 동 금액을 익금산입하여 박○○에 대한 상여로 소득처분하고 청구법인에게 2004년 귀속 소득금액변동통지하였다.
(2) 이에 대하여 청구법인은 나○○이 동 가지급금인정이자 75,090,448원을 2003.11.18 청구법인에게 상환한 사실이 증빙에 의하여 확인되므로 나○○에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지한 처분은 부당하고, 2004.12.15. 박○○로부터 가지급금인정이자 11,167,211원 중 7,784,932원을 회수하였으므만이 상여처분 대상이므로 회수액 7,784,932원에 대하여는 박○○에 대한 상여에서 제외하고 해당금액을 소득금액변동통지액에서 차감하여야 한다는 주장이다. (나) 청구법인의 주장이 타당한지에 대하여 살펴본다.
1. 청구법인의 2003년도 손익계산서에 의하면, 당해 사업연도 중 영업외수익으로서 이자수익이 981,602천원으로 나타나고 있고, 청구법인의 2004년도 손익계산서에 의하면 당해 사업연도 중 영업외수익으로서 이자수익이 546,233천원으로 나타나고 있으며, 청구법인의 계정별원장 중 2003사업연도 이자수익계정에 의하면 대표자차입금이자수익 75,090,448원이 2003.11.18 나○○으로부터 입금된 것으로 기장되어 있고, 2004사업연도 이자수익계정에 의하면 2004.12.15 단기대여금이자로 7,784,932원이 계상되어 있다.
2. 청구법인의 2004.12.15자 대체전표에 의하면, 나○○으로부터 가지급금 및 인정이자 합계 194,647,946원이 ○○은행계정을 통하여 입금되고, 동 금액은 대표자차입금 이자수익 75,090,448원, 가지급금반제 105,763,970원 등인 것으로 기표하고 있으며, 청구법인의 2004.12.15자 대체전표에 의하면, 박○○로부터 단기대여금이자 7,784,932원이 청구법인의 ○○은행 계정에 입금된 것으로 기표하고 있다.
3. 또한, 청구법인의 ○○은행 기업자유예금통장(계좌번호 ○○○○○○-○○-○○○○○○)으로 2003.11.18 나○○이 194,647,946원을 입금한 것으로 나타나고 있고, 청구법인의 가지급금 등의 인정이자조정명세서상 나○○의 가지급금 적수는 304,533백만원으로서 인정이자 75,090천원을 계산하여 세무조정하고 있으며, 청구법인의 ○○은행 예금통장(○○○-○○○○○○-○○○○○)에 2004.12.15 박○○로부터 7,784,932원이 입금된 것으로 나타나고 있다.
(4) 위와 같은 청구법인의 제시증빙이나 기장내용에 의하면, 특수관계자에 대한 가지급금인정이자를 이자수익의 형태로 청구법인이 회수한 것으로 나타나고 있고, 처분청의 청구법인에 대한 세무조사시점이 2006년 7월 이후이나 그 이전인 2003년과 2004년도에 청구법인이 가지급금 및 대여금으로 기장하고 인정이자를 계산하여 청구법인의 통장을 통하여 동 이자수익을 수취한 것으로 나타나고 있으므로 청구법인의 주장내용이 신빙성이 있는 것으로 판단된다.
(3) 쟁점(3)에 대하여 살펴본다. (가) 이 건 처분과 관련한 사실관계를 살펴보면, 처분청은 청구법인이 쟁점상가를 신축하여 분양하면서 2001～2004사업연도기간 중 작업진행률을 잘못 산정하거나 쟁점상가의 공사원가나 분양원가를 과다 산정한 것으로 보아 청구법인이 한 법인세 신고내용을 부인하고 각 사업연도별 작업진행률 등을 재계산하여 이 건 법인세를 과세한 것으로 나타나고 있다. (나) 이에 대하여 청구법인은 처분청이 공사가 종료되어 작업진행률 100%를 적용하엿음에도 불구하고 약 40억원을 익금산입하여 유보로 처분하고 법인세를 과세하였는 바, 동 유보잔액은 향후 △유보로 익금불산입되어 상쇄되어야 타당할 것이나 이와 같은 사후관리가 되지 않는 모순을 발견하였고, 이러한 모순이 발생된 원인을 검토한 결과 처분청이 작업진행률을 산정할 때 17.9억원의 누적공사비를 반영하지 않았으며, 분양원가인 용지매입액이 6.9억원이 반영되지 아니하였고, 기 익금산입한 전기오류슈정이익을 반영하지 않는 등의 사유가 그 권인이 된 것이므로 이와 같은 내용을 작업진행률과 분양원가 산정시 반영하여 이 건 처분을 경정하여야 한다는 주장인 바, 다음에서 구체적인 청구주장내용과 제시증빙을 토대로 청구주장이 타당한지에 대하여 살펴본다.
1. 쟁점공사의 각 사업연도별 작업진행률과 관련하여 청구법인이 당초신고한 내용과 처분청이 경정한 내용 및 이 건 심판청구에서 청구법인이 주장하는 내용을 비교하면 다음과 같다. (단위: 백만원) 구분 2001년 2002년 2003년 2004년 공사비 진행률 공사비 진행률 공사비 진행률 공사비 진행률 당초신고
• - 8,475 0.1676 24,751 0.4768 53,547 0.9209 처분청 499 0.0123 8,190 0.1620 27,816 0.5358 52,840 1.000 청구법인 750 0.01489 8,475 0.1676 28,071 0.5408 54,627 1.000
2. 위와 같이 처분청이 작업진행률을 산정한 근거자료인○○기업(주) 진행률에 의한 공사원가 검토내역을 살펴보면, 처분청은 쟁점공사에 대한 2004사업연도 청구법인의 작업진행률을 100%로 적용하고 잇으나 동 작업진행률을 산정하는 누적공사비는 52,840백만원, 총공사예정비는 54,627백만원을 적용하고 있어 이에 의할 경우 작업진행률은 96.729%가 되어야 하므로 처분청이 적용한 작업진행률이나 누적공사비 중 어느 하나는 처분청이 이를 잘못 적용한 것으로 볼 수 있는 반면, 청구법인은 쟁점공사가 준공되었으므로 작업진행률은 100%이고, 동 작업진행률이 산출되기 위하여는 총공사비와 총공사예정비를 달리 적용한 것은 모순이며, 실제 투입된 총누적공사비가 2004년도의 총공사예정비와 같은 54,627백만원이라고 주장하고 있다. 그렇다면, 2004사업연도에 쟁점공사가 준공된 사실에 대하여는 다툼이 없으므로 쟁점공사의 2004사업연도 작업진행률은 100%로 볼 것이나, 처분청이 이와 같이 2004사업연동에 쟁점공사의 작업진행률을 100%로 산출하였음에도 동 진행률의 산정과정에서 총공사예정비와 총누적공사원가를 일치시키지 않고 각각 다른 금액을 적용한 사실은 이를 납득하기 어려운 점이 있으므로 청구주장을 기초로 각 사업연도별 공사원가 적용의 타당성에 대한 보다 구체적이고 객관적인 추가조사가 필요한 것으로 보인다.
3. 청구법인은 처분청이 쟁점공사 중 2001년도 공사원가를 170,183,393원으로 인식하였으나 이는 청구법인이 잘못 신고한 2001사업연도 법인세 신고시 공사원가명세서상 기타공사원가의 기재내용에 의한 것으로서 2001년도 실제 공사원가는 750,977,755원이므로 그 차액인 580,794천원을 2001년 공사원가로 추가 산입되어야 하며, 2004년 청구법인이 ○○기공에게 지급한 외주가공비 126,700천원을 기타공사원가에서 누락하였으므로 동 금액을 2004년 공사원가에 반영하여야 한다고 주장하면서 청구법인의 2001년 대차대조표 및 소닝ㄱ계산서, 2001년 미완성건물 계정별원장 집계자료, 2002년 세무조정계산서상 이익잉여금처분계산서, 2002년 감사보고서, 2004년 외주가공비 계정별원장 및 ○○기공 외주가공비 관련증빙을 제시하고 있는 바, 청구법인이 2001년 쟁점건물의 공사원가로 추가산입하여야 한다는 항목별 명세를 살펴보면, ㈜○○건축종합건축사무소에 지급된 설계비 363,636천원, 영화미상영보상금 200,000천원, 급여 155,473천원, 기타 경비 31,868천원 합계 750,977천원으로서, 청구법인이 제시하고 있는 계정별원장 중 2001년도 미완성건물의 계정과목에서 그 지급내역이 나타나고 있고, 청구법인은 2001년 결산시 공사수입과 공사원가를 전혀 인식하지 않고 공사원가 발생액 전액을 기말 미완성건물 재고자산으로 인식(미완성건물 계정별 원장상 4,176,757천원으로 표시)하였으나 2001년 미완성 건물 4,176,757천원 중 판매관리비 3,240,465천원(광고선전비 201,120천원+지급수수료 3,039,344천원)과 건설용지비(구건물철거비) 185,315천원이 미완성건물로 잘못 집계되어 회계처리한 것으로 청구법인에 대한 2002년 결산 및 외부감사인의 감사보고서(2003. 3. 14.)에서 확인되므로 법인세 신고시 첨부한 공사원가명세서상의 공사원가와 실제 발생된 공사원가와의 차이를 인정할 수 있고 따라서 2001년도 쟁점공사의 실제 공사원가는 750,977,755원이라는 주장내용의 신빙성을 인정할 수 있다. 또한, 청구법인의 외주가공비 계정별원장과 지급전표에 의하면, 2004년 중 ㈜○○에 지급한 외주가공비외에 ㈜○○기공에게 126,700천원을 지급한 것으로 나타나고 있고, 청구법인이 이에 대한 세금계산서를 수취한 것으로 나타나고 있으므로 청구법인의 주장과 같이 처분청이 기타원가 산정시 동 금액을 누락하였는지는 처분청이 당초의 처분사실과 대사하여 이를 구체적으로 확인하는 것이 타당한 것으로 보인다.
4. 처분청은 2004년말 최종적으로 용지매입누적액을 50,936,076천원으로 적용하여 매출원가를 산정하였으나, 2001년에서 2004년까지의 건설용지 계정별 원장상 용지매입누적액 합계는 51,631,263천원으로서 차액 695,186천원이 매출원가에서 미반영되었다고 주장하면서 청구법인의 2001년~2004년 건설용지 계정별원장을 제시하고 있는 바, 청구법인의 건설용지 계정별원장상의 건서용지 취득내역을 살펴보면, 2001년도 건설용지 매입액은 50,120,127천원으로 나타나고 있고, 2002년 건설용지 증감액은 타계정대체액에 의한 증가분 185,314천원, 건설자금이자 등에 의한 증가분 335,816천원, 타계정대체액에 의한 감소분 1,020,800천원이며, 2003년 건설용지 증가액은 추가계약액에 의한 증가분 3,500,000천원, 2004년 건설용지 증감액은 취득세 등 증가분 144,603천원, 용지매입가조정에 의한 감소분 1,633,800천원으로 나타나고 있는 점에 비추어 청구주장의 타당성을 배제하기 어려운 점이 있으므로 청구주장과 제시증빙을 토대로 보다 구체적인 사실관계를 확인하여 처분청이 산정한 용지매입액과 비교한 후 누락부분에 대하여는 이를 분양원가로 인정하는 것이 타당하다 하겠다.
5. 청구법인은 2001사업연도 중 장부에 누락되었던 건설용지 매입가액 3,500,000천원과 이와 관련한 수입예상금액 9,275,454천원을 2003사업연도 장부에 반영하는 과정에서 이들이 전기의 손익에 미치는 효과로 전기오류수정이익 1,554,534천원과 전기오류수정손실 652,545천원을 산정하고 그 차액인 901,989천원을 수익(익금산입)으로 계산하여 2003년 법인세를 납부하였으므로 동 금액을 수입금액에서 차감하여야 한다고 주장하면서, 2003사업연도 청구법인의 과목별 소득금액조정명세서 및 전기오류수정손익계산서와 ○○○○극장과 청구법인간의 계약변경합의서 및 계약서를 제출하고 있는바, 청구법인이 제시하고 있는 2003사업연도 법인세 신고서상의 과목별소득금액조정명세서에 의하면 전기, 전전기 매출 및 원가 착오계상액을 상계하여 익금산입하고 기타로 처분하는 내용의 전기오류수정이익 901,989,296원을 계상하고 있으며, 2001년~2003년 수정분개 사항으로 용지 3,500,000천원과 이에 따른 매출 및 매출원가를 반영하고 있는 점에 비추어 볼 때, 전기오류수정손익으로 위 용지매입액과 분양예정가액이 2001년부터 반영되었다면 나타날 수 있는 매출액 수정효과와 매출원가 수정효과를 계산하여 2003년도 결산시 2001년과 2002년분 전기오류수정손익으로 반영하고 수정이익과 수정손실의 차액 901,989천원을 익금에 반영하여 법인세를 신고하였다는 청구주장이 상당히 신빙성이 있는 것으로 보인다. 그런데, 청구법인의 주장과 같이 ○○○○극장으로부터 토지를 매입하여 상가건물을 신축하고 지하1~4층을 ○○○○극장에게 분양하는 대신 분양대가로 감정가액 35억원 상당의 부속토지 75평과 현금 65억원을 수령하기로 2001. 5. 18. 약정하여 쟁점상가의 분양수입(예약매출) 계산시 2001년부터 지하1~4층의 분양가액을 포함한 금액을 총분양예정가액으로 하고 작업진행률을 곱하여 분양수입을 신고하여야 함에도 지하 1~4층의 분양가액을 포함하지 않고 신고하였다가, 2003년 결산과정에서 이를 인지하고 2003년 결산시 35억을 추가용지매입액으로 반영하고 수령액(35억원+65억원=100억원)에 토지 취득세와 등록세 203백만원(35억×5.8%)을 더한 10,203백만원에서 부가가치세를 차감한 9,275,454천원을 지하1~지하4층의 분양예정가액으로 하여, 이를 포함한 총분양예정가액을 기초로 분양수입금액(분양예정가액×작업진행률)을 신고하였으며, 전기오류수정손익으로 위 용지매입액과 분양예정가액이 당초인 2001년부터 반영되었다면 나타날 수 있는 매출액 수정효과와 매출원가 수정효과를 계산하여 2003년도 결산시 2001년과 2002년분 전기오류수정손익으로 반영하고 수정이익과 수정손실의 차액 901,989천원을 익금에 반영하여 법인세를 신고하였다는 주장사실을 인정하기 위하여는 청구법인의 기장내역, 제시증빙과 법인세 신고내용 및 처분청의 처분내용을 비교․확인하는 추가조사가 필요한 사안으로 보여진다.
6. 이외에도 청구법인은 2004년 결산시 쟁점건물이 2004년 8월에 준공이 완료되었음에도 불구하고 시공사인 ○○에 대한 추가도급공사비 929,000천원 및 ○○건축사사무소에 대한 설계비 잔금 150,227천원에 대하여 세금계산서 미교부를 사유로 공사원가에서 제외하였고 이로 인하여 작업진행률을 100%가 아닌 98.02%를 적용하여 매출 및 매출원가를 산출하였는 바, 작업진행률을 100%로 적용하게 되면 위 ○○에 대한 추가공사비 929,000천원과 설계비 잔금 150,227천원도 공사원가에 포함하여야 한다고 주장하면서, 2004년 외주가공비 계정별 원장 및 ○○ 추가공사비 관련 증빙으로 법원판결문과 2004년 설계용역비 계정별원장 및 ○○건축사사무소 계약잔금과 관련한 증빙 등을 제시하고 있는 바, 청구법인의 주장과 같이 쟁점건물의 공사와 관련하여 완공시점인 2004사업연도 총공사예정비를 54,627,052천원으로 산정하고 작업진행률을 100%로 적용하는 경우에는 발생원가누적액도 동일한 비용이 되어야 할 것이나, 처분청은 총공사예정비를 54,627,052천원으로 하고 작업진행률 100%를 적용하면서도 총누적공사원가는 52,840,331천원을 계상하고 있으므로 분양수입에 대응하는 공사원가가 과소계상되었다는 청구주장의 신빙성을 배제하기도 어렵다.
7. 위와 같은 청구법인의 각 주장내용이 제시증빙에 비추어 볼 때 어느 정도 신빙성이 있는 것으로 보이나, 청구법인의 주장내용이 청구법인이 4개 사업연도에 걸쳐 회계처리 및 세무신고한 내용과 이에 대한 처분청의 세무조사결과에 따른 처분내용에 관련되는 사안으로서 청구법인이 당초 법인세를 신고한 내용과 처분청이 처분한 내용 및 심판청구시 주장하는 내용에서 차이가 있어, 우리심판원에서 청구법인의 주장내용과 제출증빙만으로 쟁점사안에 대한 사실을 확정하기는 어려운 점이 있으므로, 처분청은 위와 같은 청구법인의 주장과 제시증빙 등을 토대로 이 건 각 사업연도별 공사원가․분양원가․작업진행률 등의 사실관계를 재조사하여 그에 따라 각 사업연도별 법인세 과세표준과 세액을 경정하는 것이 보다 합당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.