장부의 보존년한이 지난 시점에 실물거래없는 가공세금계산서 소명이 가능한지

○○○세무서장이 2006.8.11. 청구법인에게 한 1999년 제1기분 부가가치세 48,306,650원 및 1999사업연도 법인세 122,651,240원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 서울시 ○○구 ○○동 ○○○번지에서 1989.8.23 제조·로봇, 제조·정보통신기기, 도소매·로봇, 서비스·광고대행업을 개업하여 사업을 영위하는 법인이다. 처분청은 청구법인이 (주)○○○(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 1999. 1기중 실지거래없이 공급가액 187,090천원 상당의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 함)를 가공으로 교부받은 것으로 보아 2006.8.11. 청구법인에게 1999.1기분 부가가치세 48,306천원, 1999사업연도 법인세 122,651천원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.10.20. 이의신청을 거쳐 2007.1.31. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 청구외법인과의 실지거래사실을 확인하기 위해, 서울특별시 산하 “○○○협동조합”외 2개의 공공기관에 계약사실을 확인하는 서류요청을 하였는 바, 그 답변은 장부 보존기간 5년이 경과되어 폐기처분하였기에 사실확인이 불가능하다는 회신을 받은 바 있다. 공공기관도 이와 같을 진데 청구법인과 같은 일반회사의 경우는 장부 보존기간이 5년이 지난 시점에 폐기처분하는 것이 당연한 것인데도 처분청은 실지거래에 대한 입증자료로 보존년한이 지나 폐기처분한 금융거래 등의 자료만을 요구하는 것은 국세기본법 제85조 의 3 ‘장부 등의 비치 및 보존’에 관한 법령을 위반하는 행위이다. 또한, 청구법인은 코스닥에 2000.6.13. 상장된 법인으로 외부감사에 관한 법률에 의거 회계법인의 등록전 3개년에 대해 엄격한 감사 등을 거쳐 금융감독원의 심의를 통과하여 등록된 점을 보더라도, 고의적으로 조세를 포탈하기 위해 청구외법인과 모의하여 가공세금계산서를 수취할 이유가 전혀없었다.

(2) 청구법인은 청구외법인과의 거래에서 조세포탈의 목적없이 실지거래한 후 쟁점세금계산서를 수취하였음에도 조세를 포탈하였다는 뚜렷한 증거도 없이 이를 사기 기타 부정한 행위로 보아 거래당시로부터 7년이 지난 시점에서 국세부과제척기간을 10년을 적용하여 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 청구외법인과 정상거래를 하였으며 세금계산서 사본 및 전산전표 등을 제외한 장부 등의 증빙자료는 보존기간이 지나 이를 폐기하였다는 주장이나, 청구외법인은 조사결과 무자료 및 위장매출한 사업자로 확인되었으며 금융증빙의 경우 금융기관에서 10년 이내의 거래내역을 확인할 수 있음에도 불구하고 이를 제시하지 못하고 있는 점으로 미루어 볼 때, 청구법인과 청구외법인이 실지거래를 한 것으로 보기 어렵다.

(2) 청구법인과 청구외법인간의 거래는 실물거래없는 가공매입으로 보이므로, 부정한 방법으로 조세를 포탈한 행위를 한 경우에 해당되는 것으로 보아 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 규정에 의해 국세부과제척기간을 10년으로 적용한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 쟁점세금계산서를 가공으로 수취한 것으로 보아 과세한 처분이 정당한 지 여부

(2) 쟁점세금계산서 관련 거래에 대해 국세부과제척기간 10년을 적용하여 과세한 처분이 정당한 지 여부

• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제26조 의 2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

○ 국세기본법 제85조 의 3【장부 등의 비치 및 보존】

① 납세자는 각 세법이 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 성실하게 작성하여 비치하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 장부 및 증빙서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하여야 한다.

③ 납세자는 제1항의 규정에 의한 장부와 증빙서류의 전부 또는 일부를 전산조직을 이용하여 작성할 수 있다. 이 경우 그 처리과정 등을 대통령령이 정하는 기준에 따라 자기테이프ㆍ디스켓 기타 정보보존장치에 의하여 보존하여야 한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1, 쟁점세금계산서를 가공으로 수취한 것으로 보아 과세한 처분이 정당한 지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구외법인이 무자료 및 위장매출한 사업자로 확인되었고, 청구법인이 금융증빙을 제출할 수 있음에도 불구하고 이를 제시하지 못하고 있으므로 청구법인과 청구외법인이 실지거래를 한 것으로 보기 어렵다는 것이고, 청구법인은 장부는 보존기간이 지나 폐기하였고 처분청이 보존년한이 지나 폐기처분한 금융거래 등의 자료만을 실지거래에 대한 입증자료로 요구하는 것은 타당치 아니하며 당시 ○○○협회에 등록을 앞에 둔 상황이었고 등록전 3개년에 대한 엄격한 감사 및 ○○○감독원의 심의를 통과하여 등록된 점을 보더라도 가공세금계산서를 수취하지 않았다는 주장이다. (나) 먼저 과세처분 경위에 대하여 보면, 청구외법인은 2002.8.31.자로 (주)○○○에 흡수합병되어 소멸된 법인인데 ○○○지방국세청장이 세무조사를 하여 실제 매출장과 매출세금계산서 발행내역을 대사하여 과세자료를 파생하였고, 그 당시 조사대상 사업연도에 재직한 관련 임·직원은 모두 퇴직한 것으로 나타나 있으며, 이 과세자료에 의하여 처분청에서는 청구법인이 (주)○○○, (주)○○○, 청구외법인으로부터 수취한 가공혐의세금계산서에 대하여 확인조사를 실시하여 (주)○○○, (주)○○○으로부터 2000년〜2002년에 수취한 세금계산서는 전액 무통장입금으로 결제하였다고 하여 정상거래로 인정하고, 1999년에 청구외법인으로부터 수취한 세금계산서는 금융증빙이 없다고 하여 가공자료로 확정한 것으로 되어있다. (다) 청구법인은 1989.8.23. 개업하여 컴퓨터의 하드웨어 및 소프트웨어의 개발, 생산 및 판매업, 컴퓨터 DB구축사업,정보서비스사업, 시스템통합사업등을 영위하여 왔고, 1990.6월 과학기술처 인정 기업부설연구소를 설립하였으며, 1992.4월〜5월 각종 DTP&FONT 관련 패키지 제품을 개발하였고, 1994.12월 그레이스 케일폰트 기술로 대만 및 국내 특허를 획득하였으며, 1996.6월 ○○○상을 수상○○○하였고, 1997.4월 ○○○ 서체 및 로고 제작 에디터로 국산신기술 인정(KT마크)을 받았으며, 1997.12월 유망중소정보통신기업에 선정(정보통신부장관)되었고, 1998.7월 벤처기업으로 선정(중소기업청장)되었으며, 2000.6.13. 한국증권업협회에 등록되었는 바, 이상의 사실은 청구법인이 2000.4.7. 금융감독위원회에 제출하여 2000.5.9. 금융감독원 전자공시시스템에 공시된 유가증권신고서와 2005.7.18.자 한국증권선물거래소 이사장이 확인한 코스닥상장법인확인서에 나타나 있다. (라) 또한, 청구이유서에 나타난 바와 같이 관련 원시자료는 청구법인의 사업장이전 등으로 보관하고 있지 않지만, 위 금융감독원 전자공시시스템에 공시된 유가증권신고서상의 ‘제2부 발행인에 관한 사항’, ‘Ⅱ.사업의내용’, ‘1. 사업의 개요’, ‘나. 회사의 현황’에 보면, 청구법인의 사업중 응용소프트웨어 사업은 XML/SGML 관련 소프트웨어 기술을 바탕으로 하는 XML/SGML 솔루션 및 정보시스템 구축 사업 & DB 구축 및 기타 SI 사업과 폰트, 전자출판 소프트웨어, XML/SGML 솔루션 등의 제품이 포함되는 응용소프트웨어 사업 등 크게 2개 부문의 사업을 영위하고 있으며 XML/SGML 솔루션과 XML/SGML 관련 SI사업은 국내업계의 선두주자로 경쟁력이 있는 것으로 되어 있는데, 그 중 XML/SGML 정보시스템 구축 사업 실적으로 1998년 초부터 2000.4월까지 계속되고 있는 특허청 특허공보 CD-ROM 개발 시스템 구축 사업, 1998년 말에 시작되어 2000.4월까지 추진중인 미국 브리태니커사의 영문판 백과사전의 한글화 작업을 병행한 SGML Base CD-ROM제작 및 DB구축, WEB On-Line 서비스 시스템 구축사업, 1998년 후반기부터 1999년 상반기까지 개발한 국내 주요 국가도서관(국회도서관, 국립중앙도서관, 법원도서관, KAIST 과학도서관, 첨단학술진흥센터 등 7개 도서관)의 전자도서관 구축 시범사업을 한 실적이 있는 것으로 나타나 있다. (마) 위 금융감독원 전자공시시스템에 공시된 유가증권신고서상에 기재된 1999년에 체결한 주요계약은 다음과 같은데 (금액단위: 백만원) 계약상대방 계약일 계약기간 계약금액 주요내용 (주)○○○ 1999.03.05 200

○○여대 여성정보화지원 WEB정보시스템 하도급계약

○○○ 1999.05.25 1999.05.25~ 1999.08.31 55

○○○ 멀티미디어 CD작업 계약상대방 계약일 계약기간 계약금액 주요내용 (주)○○○ 1999.07.19 1999.08.23~ 2000.04.22 158 영상자료디지털화사업 CD제작부문

○○협동조합 1999.08.13 1999.07.07~ 2000.06.30 1,495 특허청 산업재산권 CD-ROM공보발간사업 1999.06.21~ 1999.12.20 490 특허공보DB구축 99년1차 정보화 공공근로사업 1999.09.21~ 2000.02.28 1,875 특허공보DB구축 99년2차 정보화 공공근로사업

○○진흥원 1999.08.23 1999.08.23~ 2000.04.22 843 디렉토리제작 및 화보집

○○청(한국전산원) 1999.10.07 1999.10.07~ 2000.03.31 1,807

○○청 ○○자료 및 ○○자료 DB화 (주)○○ 1999.11.09 1999.11.09~ 2000.06.08 128

○○원 검색시스템

○○ 1999.11.16 1999.11.16~ 2000.04.30 333 국방장비전자교범제작 및 검색시스템

○○ 1999.12.07 1999.12.07~ 2000.02.29 200 맟춤학습지 서비스 시스템

○○ 1999.12.09 1999.12.07~ 2000.02.29 100 맟춤학습지 서비스 시스템

○○ 1999.12.27 1999.12.27~ 2000.03.31 254

○○연구보고서 디지털화 사업 이와같은 업무를 처리하기 위하여 1999년에만 본점이전 1곳은 제외하더라도 추가로 사무실 2곳과 오피스텔 2곳을 임차하여 사용한 것으로 나타나고, 청구법인의 용역매출액을 보면 1998사업연도에 3,069백만원이었는데 1999사업연도에 6,605백만원으로 215%나 대폭 증가하였으며, 그 외에 청구법인은 1999.12.31. 현재 과학진흥기금 124.500천원, 정보화촉진기금 877,400천원등 합계 1,001,900천원을 지원(장기차입금)받아 정보화 공공근로사업등을 수행하고 있었던 것으로 확인된다. (바) 이상에서 살펴 본 바와 같이, 청구법인은 개업(1989.8.23.)이래 새로운 제품 개발(1992.4월〜5월), 대만 및 국내 특허 획득(1994.12월), 장영실상 수상(1996.6월), 국산신기술 인정(KT마크, 1997.4월), 유망중소정보통신기업 선정(정보통신부장관,1997.12월), 벤처기업 선정(중소기업청장,1998.7월)등으로 사업기반을 탄탄하게 다져온 법인이고, 쟁점세금계산서 수수를 전후한 1998년부터 1999년이후까지 정보화촉진기금을 받아 사용하면서 국내 주요 국가도서관((국회도서관, 국립중앙도서관, 법원도서관, KAIST 과학도서관, 첨단학술진흥센터 등 7개 도서관)의 전자도서관 구축 시범사업과 특허공보 CD-ROM 개발 시스템 구축 사업 등 공공근로사업을 수행해 온 점, 그 외에도 당시 청구법인이 체결한 용역매출계약이 대폭 늘어남에 따라 업무량도 대폭 늘어난 점, 이에 따라 사업장이 추가 확장되고 용역매출액도 대폭 증가된 점 등으로 미루어 보아 쟁점세금계산서 거래품목인 컴퓨터주변기기의 구입 요인이 있었던 것으로 인정되는 점이 있으며, 쟁점세금계산서 수수거래와 관련하여, 청구외 법인은 완전자료상이 아니고 이 건 거래당시 재직한 임·직원은 모두 퇴직한 상황에서 합병후 청구외법인의 대표이사가 합병전 거래에 대하여 확인한 점, 당시 청구법인은 2000년 한국증권업협회 등록이라는 사업상 중대한 일을 앞 둔 상황이었고 한국증권업협회 등록을 위해서는 등록전 3개년에 대한 엄격한 회계감사를 받아야 하며 관련법령위반이 없어야 한다는 공지의 사실을 알면서 이 건 매입세금계산서 187,090천원을 가공으로 받는 위험스러운 행위를 할 이유가 없었던 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점세금계산서를 가공으로 받은 것으로 보기 보다는 실지거래를 하고 받았다고 보는 것이 합리적인 것으로 판단된다.

(2) 쟁점2, 쟁점세금계산서 관련 거래에 대해 국세부과제척기간 10년을 적용하여 과세한 처분이 정당한 지 여부에 대하여는 심리의 실익이 없어 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.