쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2006.10.11. 청구법인에게 한 2005년 1기 부가가치세 98,634,600원 및 2005사업연도 법인세 14,800,000원의 부과처분은 이를 각각 취소합니다.

청구법인은 2001.11.14. 개업하여 ○○시 ○○구 ○○동 ○○에서 오피스텔 등을 신축․분양하는 법인으로서 같은 곳 ○○ 등에 신축하는 ○○오피스텔과 관련하여 2005.2.25. ○○건설산업 주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)와 ‘○○오피스텔-지하철 ○○역간 연결통로 및 외부엘리베이터 토목구조물공사’(이하 “쟁점공사”라 한다)의 공사도급계약을 체결하고 청구외법인으로부터 세금계산서 4매 공급가액 740,000천원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 교부받아 매입세액 74,000천원을 공제대상에 포함하여 2005년 1기 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 2005년 1기 세금계산서합계표 불부합자료에 의하여 쟁점세금계산서는 청구외법인이 폐업된 후 교부받은 것으로 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 불공제하고, 2006.10.11. 청구법인에게 2005년 1기 부가가치세 98,634,600원 및 2005사업연도 법인세(증빙불비가산세) 14,800,000원을 각각 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.1.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구외법인이 폐업되었다는 사실을 알지 못한 상태에서 쟁점공사 계약을 체결하고 청구외법인의 법인등기부등본과 법인인감증명서 등을 확인하여 현장대리인(강○○, 반○○, 원○○)을 선임하였으며, 계약내용에 따라 쟁점공사를 정상적으로 완공하였고 대금결제도 계좌이체 및 무통장입금 등 정상적인 방법으로 지급하여 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당하므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구외법인은 ○○세무서로부터 2003.10.31. 직권 폐업된 법인으로 청구법인이 도급공사계약을 체결하면서 청구외법인의 사업자등록증명원, 납세완납증명원 및 국세청 홈페이지 등을 통하여 쉽게 확인 가능함에도 이러한 절차를 이행하지 아니한 채 쟁점공사 계약을 체결한 것은 청구법인이 최소한의 주의의무를 다하였다고 보기 어렵고 선의의 피해자로 볼 수 없어 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 직권폐업된 법인으로부터 받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 법인세법 제76조 【가산세】

⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

○ 법인세법 제116조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】

② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 1에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 부가가치세법 제16조 의 규정에 의한 세금계산서① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서를 매입세액에 포함하여 2005년 1기 부가가치세 신고를 하였으나 청구외법인이 2005년 1기 부가가치세 신고기한내 신고를 하지 아니하여 다음 <표>와 같은 세금계산서 전산대사자료 일람표상 불부합자료가 발생하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점세금계산서는 청구외법인이 직권 폐업된 2003.10.31.이후에 수취한 것으로 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 불공제하여 부가가치세 및 증빙불비가산세로 법인세를 과세한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (단위：천원) 구분 거래상대방 건 수 공급가액 (차이분) 비 고 공 급 자 제출금액 2005.1기 청구외법인

• 4건 740,000 폐업자거래 계

• 4건 740,000

(2) 청구법인은 쟁점공사 계약당시 청구외법인으로부터 사업자등록증, 법인등기부등본과 법인인감증명서 및 국가기술자격증 등을 확인하여 현장대리인을 선임하였고, 계약내용에 따라 쟁점공사를 정상적으로 완공하였으며 대금결제도 계좌이체 및 무통장입금 등 정상적인 방법으로 지급하여 청구외법인이 직권폐업된 사실을 모르고 거래한 선의의 거래당사자에 해당하므로 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하고 부가가치세 및 증빙불비가산세로 법인세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2003.5.12. ○○건설주식회사와 2003.4.24.~2005.8.24.까지 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 ○○필지에 지하 6층 지상 14층 연면적 8,273평의 ○○오피스텔공사 계약을 체결하였으며 이와 별도로 2005.2.25. 청구외법인과 쟁점공사 계약을 체결한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 청구외법인으로부터 2005.2.26. 착공계를 제출받고 법인사용인감계, 현장대리인반○○․원○○․강○○) 선임계, 재직증명서, 국가기술자격증, 법인등기부등본, 법인인감증명서, 전문건설업등록증, 사업자등록증을 제출받은 사실을 관련 자료를 첨부하여 심리자료로 제시하고 있으며, 쟁점공사 대금지급과 관련하여 청구외법인으로부터 2005.4.5. 170,000천원, 2005.4.30. 250,000천원, 2005.5.31. 210,000천원 및 2005.6.30. 110,000천원의 각 기간별 기성신청서와 세금계산서를 받고 청구법인의 ○○ 증권 통장(계좌번호 000-00-000000) 및 2005.4.5. 170,000천원 무통장입금으로 청구외법인의

○○ 은행

○○ 지점 통장(계좌번호 000-000000-000)에 공사대금 814,000천원(부가가치세 포함)을 이체지급한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (다) 청구외법인은 ○○시에 전문건설업등록(토공사업 등록번호：○○00-00-00, 보링그라우팅공사업 등록번호：○○00-00-00, 철근콘크리트공사업 등록번호：○○00-00-00)이 된 업체로 1999.3.5. ○○도 ○○시 ○○동 ○○에서 건설업을 영위하다가 ○○세무서로부터 2003.12.15. 폐업일자를 2003.10.31.로 하여 직권폐업 처리되었으나 직권폐업일 이후에도 2003년 2기(확정)에서 2004년 2기(예정)까지 부가가치세 신고를 한 사실과 2004사업연도 법인세 중간예납 신고 및 2004년 11월까지 원천징수이행상황을 신고한 사실, 쟁점세금계산서와 관련하여는 2005년 1기 확정신고기한이 지난 2006.7.5. 신고한 사실이 처분청이 제출한 전산조회자료 등 심리자료에 의하여 확인된다. (라) 한편, 2004.11.4. ○○시지하철건설본부가 청구법인에 보낸 ‘○○역 외부엘리베이터 공사 시행 협조 요청’ 문서(시설개량부-0000)와 2005.2.15. ‘○○호선 ○○역 외부엘리베이터 설치 협약서’에 따르면 ○○호선 ○○역 연결통로상에 설치하는 외부 엘리베이터 토목공사 및 지장물 이설공사를 청구법인의 부담으로 이행하는 것으로 되어 있으며, 2005.8.29. 청구법인이 ○○에 쟁점공사와 관련된 시설물을 기부채납하기로 약정서를 작성하고 쟁점공사가 완료된 2006.2.16. ○○시지하철건설본부에 이를 인수․인계한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 살피건대, 청구법인이 쟁점공사 계약을 체결하면서 청구외법인으로부터 사업자등록증, 법인등기부등본, 전문건설업등록증, 국가기술자격증 등을 제출받았고, ○○세무서장이 청구외법인에 대해 2003.12.15. 폐업일자를 2003.10.31.로 하여 직권 폐업처리 하였으나 직권폐업 사실을 청구외법인에 통지한 사실은 확인되지 아니하고, 직권폐업일 이후에도 2004년 2기 예정분까지 부가가치세신고, 2004사업연도 법인세 중간예납신고, 2004.11.까지 원천징수이행상황신고를 받았으며, 청구법인이 쟁점공사 대금을 청구외법인의 예금계좌로 이체지급하고 쟁점공사 완공 후 그 시설물을 ○○시에 기부 체납한 사실로 미루어 청구법인이나 청구외법인이 직권폐업 사실을 인지하지 못한 상태에서 쟁점공사 계약을 체결하고 쟁점세금계산서를 수수한 것으로 볼 수 있고, 쟁점세금계산서의 교부이전에 청구외법인이 직권 폐업되었다 하더라도 그 사실을 알지 못한데 대한 책임을 청구법인에게 묻기는 어렵다 할 것이므로 당초 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.