임차보증금이 토지매입원가에 이중으로 계상되었는지 여부

1. ○○세무서장이 2006. 8.13. 청구법인에게 한 2002 사업연도～2004 사업연도 법인세 부과처분(2004 사업연도 1,927,838,310원, 2002 사업연도와 2003 사업연도는 고지세액 없음)은 2002 사업연도에 가공자산계상으로 익금산입한 금액 중 100,000,000 원, 2003 사업연도에 잡손실 과다계상으로 익금산입한 금액 중 860,000,000원을 각각 익금에서 제외하여 각 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하고

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 1993. 9.20. ○○정보통신(주)로 사업자등록을 하였다가 2001. 11.19. (주)

○○○○○월드로 법인명을 변경하면서 부동산업 등 으로 업종을 전환하여 상가 및 오피스텔을 분양하는 사업을 영위하였다.

○○지방국세청장은 2006.1.18.～2006. 5.26. 기간동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 2002～2004 사업연도 수입금액 및 대응원가를 공사진행율 및 분양율로 재계산하고, 가공자산계상 등을 적출하여 청구법인의 각 사업연도 소득금액 계산시 익금산입 및 손금산입하고, 가공자산 계상액 등을 대표자에게 상여로 소득처분하도록 처분청에 통보하였으며, 처분청은 통보된 과세자료에 근거하여 2006. 8.13. 청구법인에게 2004.1.1～12.31. 사업년도 법인세 1,927,838,310원등을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006. 11.8. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구외 정○숙 및 (주)가○디로부터

○○시 ○○구 ○○ 동 ○가 ○ 외 5필지 토지를 매입하면서 토지대금으로 12,100,000,000 원을 정상적으로 모두 지급하였고, 또한 각종 토지매입시 구입한 채권가액 1,086,170,000원을 토지원가에 산입한 사실이 없으며, 임차보증금 1,722,681,430원이 토지원가에 이중 계상되어 있다고 볼 수 없는 점 등으로 볼 때 총 토지원가가 과다계상되어 있는 것은 아니며 청구법인이

2002. 7월 중 신축상가를 전철과 연결하기 위하여 지하상가 ○○6호 등 3개호를 1,030,000,000원(임차보증금 100,000,000원 포함)에 매입하는 과정에서 권리금 문제의 축소를 위해 청구법인의 이사인 임○식 명의로 매입하였으므로 임○식에게 대여한 금액 중 930,000,000원은 청구법인의 사업과 관련하여 지출된 비용으로서 당연히 손금산입되어야 하는 것인데도 처분청이 이를 부인하고 상여처분한 것은 부당하다고 하겠으며 청구법인이 정○봉으로부터 토지를 매입하는 데 따른 매매대금의 일부로 정○봉에게 청구법인의 상가 3구좌로 대물변제한 것인데도 불구하고 처분청이 이를 정○봉에 대한 별도의 상가 분양으로 보고 그와 관련된 상가 분양대금 등을 익금산입하여 상여처분한 것과 신축중인 상가 건물과 지하상가의 연결통로 개설공사에 대한 합의 금액으로 박○임에게 2004.4월경 200,000,000원을 지급한 이후에는 박○임으로부터 130,000,000원을 반환받은 사실이 없는 데도 불구하고 처분청이 130,000,000원을 반환받은 것으로 보아 이를 손금불산입하고 상여처분한 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구법인이 토지원가와 관련하여 제시하는 주장은 이를 입증할 수 있는 객관적인 증빙자료가 뒷받침되지 못하고 있어 토지원가가 과다계상되었다고 본 당초의 처분이 정당하며, 청구법인의 이사 임○식 명의로 취득한 지하상가 3개호 임차권의 매입자금 출처와 관련해서는 청구법인의 사업과 관련되었다거나 청구법인으로부터 나왔다고 볼 수 있는 명백한 근거가 없는 점, 청구법인의 상가 3구좌로 대물변제하였다는 주장과 관련해서는 부동산매매계약서와 정○봉의 확인서에 부동산 매매대금과는 별개로 지급하였다는 내용이 기재되어 있는 점, 신축중인 상가 건물과 지하상가의 연결통로 개설공사에 대한 합의 금액으로 박○임에게 지급한 수수료와 관련해서는 박○임의 문답서와 반환금 수령증, 수표출금내역 등으로 보아 박○임으로부터 130,000,000원을 반환받은 사실이 분명하다는 점 등으로 볼 때 당초의 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 토지매입대금 등 토지원가에 대한 적정 계상 여부 (2) 지하상가 임차권 매입비용을 청구법인이 지출한 것으로 볼 수 있는지 여부

(3) 상가분양대금의 수입금액 누락 등 해당 여부

(4) 피해보상성격으로 지급된 수수료금액 중 청구법인에게 반환된 금액이 있는지 여부

• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 법인세법 제14조 【각 사업년도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

○ 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

○ 법인세법시행령 제11조 【익금의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액(도급금액 ․판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준에 의한 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다). 이하생략

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것, 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호안 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) ○○지방국세청장이 2006.1.18.～2006.5.26. 청구법인에 대해 법인제세 통합조사를 실시하고 작성한 조사보고서를 보면, “ 2002년 전산회계 및 총계정원장 등 대부분의 신고관련 증빙서류가 불비하며, 조사대상기간에 근무한 회계직원이 모두 퇴사하였다”고 기재되어 있으며 세무조사 당시 청구법인의 대표이사로 있었던 문상만이 2006. 6.7. 서명한 확인서에도 “2002년 법인세 신고와 관련하여 일부 지출결의서 및 자금일보를 제외한 전산회계 전표 및 총계정원장 등 관련 자료를 조사종결시까지 제출하지 못하였고”라는 내용이 기재되어 있음을 알 수 있다.

(2) 청구법인이 각 사업연도의 수입금액과 소득금액으로 2002 사업연도 수입금액 4,113,130,307원 소득금액 △15,031,603,099원, 2003사업연도 수입금액 34,744,925,042원 소득금액 5,882,957,011원, 2004 사업연도 수입금액 41,419,165,355원 소득금액 14,606,579,159원으로 신고한 사실이 법인세 과세표준 및 세액경정결의서, 청구법인에 대한 조사보고서 등에서 확인된다.

(3) 쟁점 (1) 토지원가에 대한 적정계상 여부에 대하여 본다.

• 가) 청구법인이 토지원가로 계상한 금액은 2002 사업연도 용지 매입액 41,641,979,830원, 2003 사업연도 2,563,816,999원, 합계 44,205,796,829원으로 청구법인의 공사원가명세서에 기재되어 있음이 확인되며, 세무조사반이 조사과정에서 구체적인 토지원가내역을 요청하자 청구법인은 ○○ ○○○○○ 상가건축 프로젝트의 부동산 매입작업을 위한 ESCROW AGENT였던 법무법인태○○이 작성한 “법무법인태○○/증빙서류차액”(이하 ‘토지원가내역’이라 한다)이라는 문건을 제출하였고, 여기에는 매매대금 지불내역, 소유권이전비용, 임차보증금 내역 등이 기재되어 있어 세무조사반과 청구법인은 이를 기초로 토지원가의 적정계상 여부를 검토하였으며, 당초 공사원가명세서에 기재된 토지원가 44,205,796,829원 중 매도인 정○숙 및 (주)가○디 관련 미지급금 2,000,000,000원, 원가성이 인정되지 않는 주택채권 구입가액 1,086,170,000원, 이중계상된 임차보증금 1,722,681,430 원 등 합계 4,808,851,430원을 원가부인하고 총 토지원가를 39,396,945,399 원으로 확정하였음이 조사보고서 및 처분청 심리자료에 나타나고 있으며, 청구법인 대표자 문상만이 작성한 확인서에도 “ 적출내용에 대하여 사실과 다름이 없음을 확인함”이라고 기재되어 있다.
• 나) 토지원가에 관련한 쟁점은 청구법인이 정○숙 및 (주)가○디로부터

○○시 ○○구 ○○ 동 ○가 7 외 5필지 토지를 매입하면서 토지대금으로 12,100,000,000 원을 정상적으로 모두 지급하였는지(구체적으로는 토지대금 중 2,000,000,000원을 청구법인이 정○숙 등 매도인에게 미지급하였는지에 관한 사항임), 각종 토지매입시 구입한 채권가액 1,086,170,000원을 토지원가에 산입한 사실이 있는지, 그리고 임차보증금 1,722,681,430원이 토지원가에 이중 계상되어 있다고 볼 수 있는지 여부 등 세가지 사항이라고 하겠다.

• 다) 먼저 청구법인이 정○숙 및 (주)가○디로부터

○○시 ○○구 ○○ 동 ○가

○ 외 5필지 토지를 매입하면서 토지대금으로 12,100,000,000 원을 정상적으로 모두 지급하였는지 여부에 대하여 본다. 1) 이 건 토지의 매도인인 정○숙 및 (주)가○디와 매수인인 청구법인은 2002.2.19. ○○시 ○○구 ○○동 ○가 7외 5필지(이 가운데 ○○동 ○가 ○-○필지만 (주)가○디 소유임)에 대한 토지매매협약서를 각각 작성하였는 데, 각각의 토지매매협약서 제2조에는 “매도인 정○숙 소유토지 매매대금 10,094,000,000원, 매도인 (주)가○디 소유토지 매매대금은 2,006,000,000원 (합계 12,100,000,000원)으로 한다”고 되어 있고, 제6조(특약)에는 “대금지급기일내(2002.2.27.한 일시불 지급을 말함) 대금지급이 이행될 경우에 한하여, 이전에 매매계약하고 매수인의 귀책사유로 인하여 해약되어 이미 매도인에게 귀속된 위약금 1,550,000,000원(매도인 정○숙 관련), 300,000,000원〔매도인 (주)가○디 관련〕은 본건 매매대금에서 공제하여 주기로 한다”라고 각각 기재되어 있음이 확인된다. 2) 이 건 매매와 관련한 부동산매매계약서를 보면, 매매대금은 12,100,000,000 원이며, 계약금 1,850,000,000원은 계약시 지불하고, 잔금 10,250,000,000원은 2002.2.21. 지불한다는 내용이 기재되어 있으며, 2002.2.21. ○○구청장이 접수하여 검인한 사실이 확인된다.

3. 토지매매대금 지급내역을 살펴보면, ESCROW AGENT인 법무법인태○○은 청구법인을 대신하여 2002.2.21.과 2.22.에 걸쳐 매매 부동산에 대한 근저당권자인 ○○은행 외 4개 금융기관에게 3,928,802,516 원을 무통장입금방식으로 상환하고, 매도인 정○숙 계좌(○○은행 081-××××××-××-×02)에 4,121,197,484원, (주)가○디 계좌(○○은행081-××××××-××-×01)에 200,000,000 원을 무통장입금함으로써 매도인에게 총 8,250,000,000원을 송금하였음을 알 수 있으며 잔금 10,250,000,000원 중 나머지 2,000,000,000원과 관련해서는 청구법인이 2002.7.20.에 지급하겠다는 확약서를 2002.2.22. 매도인측에 제출하고는 이를 이행하지 못하고 있다가 청구법인이 2002.7.27.부터 2003.5.23.까지 16차례에 걸쳐 1,950,000,000원만 매도인측〔정○숙 ○○은행 계좌 (081 ××××××-××-×02), (주)가○디 ○○은행 계좌 (082-×× -××××-×××)〕에 송금한 사실을 처분청 심리자료 등에서 확인할 수 있으며, 매도인 정○숙이 2003.9.2. 청구법인에게 보낸 내용증명에서 청구법인이 나머지 잔금 5천만원을 지급하지 못하였다는 사실을 확인할 수 있다. 4) 위 1)의 토지매매협약서에 기재된 계약금 합계 1,850,000,000 원 〔정○숙 1,550,000,000원, (주) 가○디 300,000,000원〕의 지급여부에 대해서는 청구법인측에서 아무런 증빙을 제시하지 못하고 있어 토지매매협약서상에 명시된 계약금(“이전에 매매계약하고 매수인의 귀책사유로 인하여 해약되어 이미 매도인에게 귀속된 위약금”을 말함)이 정○숙 등 매도인에게 실제 지급되었다고 보기는 어렵다고 판단된다.

5. 위에서 확인된 내용을 종합하여 볼 때, 당초 법무법인태○○이 작성한 토지원가내역에 기재되어 있는 매도인 정○숙 관련 지급액 12,100,000,000원 중 실제 지급된 사실이 확인되는 금액은 10,200,000,000 원에 불과하고 나머지 1,900,000,000원은 실제 지급되지 않은 것으로 보이므로 그 금액만큼 토지원가에서 제외하는 것이 타당하다고 하겠으며, 이와 관련하여 처분청에서는 당초 정○숙 및 (주)가○디와의 토지매매와 관련한 청구법인의 미지급금을 2,000,000,000원으로 보아 2002 사업연도 법인세 과세시 동 금액을 손금불산입하였던 바, 실제 미지급한 것으로 확인된 금액은 1,900,000,000원이라고 할 수 있으므로 그 차액 100,000,000원에 대해서는 토지원가로 추가 손금산입하여야 할 것으로 판단된다.

• 라) 다음으로 각종 토지매입시 구입한 채권가액 1,086,170,000원을 청구법인이 토지원가에 산입한 사실이 있는지에 대해 보면, 청구법인은 유가증권으로 계상한 채권을 (주)○○산업에 위탁하여 관리하고 있었고, 채권처분시 유가증권처분손실로 계상하였다고 주장하고 있으나, 법무법인태○○이 제출한 토지원가내역에 주택채권으로 1,086,170,000원이 기재되어 있고 법무법인태○○이 지급한 것으로 되어 있는 바, 이와 다른 토지원가내역이 제출되지 않는 한 주택채권 구입액 1,086,170,000원은 청구법인의 당초 토지원가에 포함되어 있었다고 볼 수밖에 없으므로 처분청이 손금불산입한 처분은 달리 잘못이라고 할 수 없다.
• 마) 토지원가 관련 세 번째 쟁점으로 임차보증금 1,722,681,430원이 토지원가에 이중 계상되어 있다고 볼 수 있는지 여부에 대해 본다.

1. 처분청은 각 토지에 대한 부동산매매계약서상의 매매금액에 임차보증금이 이미 포함되어 있는 데도, 법무법인태○○이 제출한 토지원가내역에 토지매매대금과는 별도로 임차보증금 1,722,681,430 원이 계상되어 있으므로 이중계상된 것으로 보아야 한다는 의견이며 청구법인은 자금집행을 담당한 법무법인태○○에서 2002. 6 월경 작성하여 보내온 ‘부동산매입자금 집행결과 통보’라는 제목의 문건에 “ 각 매도인 건물상의 임차보증금 중 반환해야 할 부분을 공제한 나머지 금액에 대해서만 매도인에게 각각 지급하였고, 임차보증금 중 반환해야 할 부분은 청구법인이 요청시 지급하였습니다”라는 내용이 기재된 것으로 보아 토지원가에 임차보증금이 이중으로 계상되어 있다고 보는 것은 잘못이라고 주장한다.

2. 청구법인과 매도인 남○애가 2002.2.7. 작성한 ‘부동산매매예약서’에는 ○○시 ○○구 ○○동 ○가 ○-9 외 4필지 및 지상건물 일체에 대한 매매대금으로 4,820,000,000원이 기재되어 있고 임차보증금의 반환은 갑(남○애)의 부담으로 하는 것으로 되어 있으며, 2002.2.21. ○○구청에 제출된 ‘부동산매매 검인계약서’에도 토지대금 1,773,797,000원, 건물대금 3,046,203,000원 합계 4,820,000,000원을 매매대금으로 하고, ‘매도인은 잔금지급일 현재 위 부동산에 관련된 채무 및 제세공과금을 변제하며 지상물 이해관계를 원만하게 해결하 기로 한다’고 기재되어 있는 것으로 볼 때, 부동산매매대금 4,820,000,000 원에는 임차보증금이 포함되어 있는 것으로 보아야 할 것이나 법무법인태○○이 작성한 토지원가내역에 매도인 남○애에게 부동산매매대금으로 4,820,000,000원, 남○애 건물 임차자인 정○자에게 임차보증금으로 30,000,000원을 지급한 것으로 되어 있으므로 매도인 남○애 관련 임차보증금 30,000,000원은 토지원가에 이중으로 계상되어 있다고 보는 것이 타당하다고 하겠다.

3. 청구법인과 매도인 심○일이 2001.8월경 작성한 ‘부동산매매예약서’에는 ○○시 ○○구 ○○동 ○가 ○-○ 외 1필지 및 지상건물의 매매대금으로 7,020,000,000원이 기재되어 있으며, 2002.2.16. 심○일과 맺은 ‘합의각서’ 에는 총 매매대금을 7,020,000,000원으로 하며, “매도인 갑(심○일)은 병(법무법인 태○○)을 통하여 을(청구법인)로부터 수령할 매매잔대금은 위 매매대금 칠십억이천만원에서 이건 부동산의 임차보증금을 공제한 나머지 금원으로 한다”, “이 건 부동산에 설정된 근저당 채무액은 ○○리아 1,050,000,000원, ○○설농탕 15,000,000원 및 ○○은행 200,000,000원 등 합계 1,265,000,000원” 등의 내용이 기재되어 있는 것으로 보아 부동산매매대금 7,020,000,000원에는 ○○리아 등 임차자에 대한 보증금이 포함되어 있다고 보아야 할 것이나 법무법인태○○의 토지원가내역에는 매매대금 7,020,000,000 원 과 함께 ○○리아 임차보증금 824,741,430원, ○○은행 임차보증금 200,000,000원이 모두 포함되어 있으므로 매도인 심○일 관련 임차보증금도 토지원가에 이중으로 계상된 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

4. 청구법인과 매도인 정○봉 외 3인이 2002.1.17. 작성한 ‘부동산매매계약서’에는 ○○시 ○○구 ○○동 ○가 ○-11 외 1필지 및 지상건물의 매매대금으로 3,310,000,000원이 기재되어 있으며, “부동산에 설정 등의 제한조치되어있는 사항은 갑(매도인)이 잔금지급이전까지 정리한다”고 되어 있으며, 2006.6.1. 세무조사과정에서 매도인 정○봉이 작성한 확인서에도 “본인이 매도부동산과 관련된 제세공과금을 납부하였고 부동산 임차인에게 임차보증금을 반환하였다”는 내용이 나타나는 것으로 볼 때, 부동산매매대금 3,310,000,000원에는 임 차자에 대한 보증금이 포함되어 있다고 보는 것이 타당함에도 불구하고 법무법인태○○이 작성한 토지원가내역에 부동산매매대금 3,310,000,000 원 이외에 별도로 임차자 유○현 보증금 37,460,000원, 윤○옥 보증금 50,000,000원, 박○달보증금 10,000,000원이 포함되어 있는 것이 확인되므로 매도인 정○봉 외 3인 관련 임차보증금도 토지원가에 이중으로 계상된 것으로 보아야 할 것이다.

5. 청구법인과 매도인 김○순 외 1인이 2001.12.3. 작성한 ‘부동산매매계약서’에는 ○○시 ○○구 ○○동 ○가 ○의6 1필지 및 지상건물의 매매대금으로 1,800,000,000원이 기재되어 있으며, “매도인은 잔금지급기일 현재 위 매매대상 부동산에 관련된 채무 및 제세공 과금을 변제하여야 한다”고 명시되어 있어 부동산매매대금 1,800,000,000 원에는 임차자에 대한 보증금이 포함되어 있다고 보는 것이 타당함에도 불구하고 법무법인태○○이 작성한 토지원가내역에 부동산매매대금 1,800,000,000원 이외에 별도로 임차자 임○옥 보증금 17,080,000원이 포함되어 있는 것이 확인되므로 매도인 김○순 외 1인 관련 관련 임차보증금도 토지원가에 이중으로 계상된 것으로 보아야 할 것이다.

6. 위에서 확인된 부동산매매계약서 내용, 일부 매도인의 확인서 등으로 보아 임차보증금은 당해 부동산의 매매대금에 포함되어 있는 것으로 보는 것이 타당하며, 이러한 전제하에서 부동산매매계약서상 매매대금을 토지원가로 처리하면서 별도로 지급된 임대보증금까지 토지원가에 포함시키게 되면 결과적으로 임차보증금은 이중으로 토지원가에 산입되게 되는 것이므로 처분청이 임차보증금을 손금불산입한 당초 처분은 정당하다고 하겠다.

(4) 쟁점 (2) 지하상가 임차권 매입비용을 청구법인이 지출한 것으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 본다. 가) 청구법인이 2003년 잡손실로 대체처리한 단기대여금 및 기타 잡손실 합계 1,550,537,262원에 대해 처분청이 사업과 관련하여 지급되었다는 자료나 증빙이 없다고 보아 손금불산입(상여처분)한 데 대하여 청구법인은

2002. 7월 중 신축상가를 전철과 연결하기 위하 여 ○○시 ○○구 ○○동 ○가 ○○○ 지하상가(이하 “○○○ 지하상가”라 한다) ○○6호 등 3개호를 1,030,000,000원(임차보증금 100,000,000원 포함)에 매입하는 과정에서 권리금 문제의 축소를 위해 청구법인의 이사인 임○식 명의로 매입하였으므로 임○식에게 대여한 금액 중 930,000,000원은 청구법인의 사업과 관련하여 지출된 비용으로서 당연히 손금산입되어야 하는 것이라고 주장한다.

• 나) 청구법인의 이사 임○식이 ○○○ 지하상가 3개호를 매입하면서 2002.4.29. 매도인과 각각 작성한 매매계약서 내용 등을 보면

○○○ 지하상가 ○○6호(약 5.5평)는 매도인 김○자와 매매대금 250백만원(임차보증금 10백만원 포함)에 계약하고 김○자는 당일 계약금 25백만원을 수령하였다는 영수증과 2002.7.24. 중도금조로 100백만원을 수령하였다는 영수증을 각각 작성하였으며

○○○ 지하상가 1○○-○호(약 5.5평)는 매도인 박○출과 매매대금 230백만원 (임차보증금 60백만원 포함)에 계약하고 매도인은 당일 계약금 23백만원을 수령하였다는 영수증과 2002.7.4. 97백만원을 완불조로 수령하였다는 영수증을 각각 작성하였으며

○○○ 지하상가 1호(○-○호 포함)는 매도인 전○규와 매매대금 550백만원(임차보증금 100백만원 포함)에 계약하고 매도인은 당일 계약금 55백만원을 수령하였다는 영수증과 2002.7.9. 495백만원(보증금 100백만원 공제하고 실수령액은 395백만원)을 수령하였다는 영수증을 각각 작성한 사실이 확인되며 특히 ○○○ 지하상가 ○○6호 매도인 김○자에 대한 매매대금 지급과 관련하여 청구법인이 2002.7.24. 작성한 지출결의서가 증빙자료로 제출되었는바, 여기에는 지하상가 매입대금 잔금(김○자), 담당직원과 이사 임○식의 결재, 금액 2억원정, ‘지급확인’이란 문구 및 확인자 성명, 관리부 과장 결재 등의 사항이 나타나 있음을 알 수 있다.

• 다) 당초 지하상가 임차권 매매계약을 맺은 매수인 임○식이 박○출과 전○규로부터 각각 매입한 1○○-○호와 ○-○호는 점포가 아니라 통로를 개조한 지하상가에 불과한데도 매도인과 중개인 박○기 및 지하상가 관리법인인 (주)현○개발은 상가의 실재여부를 알리지 아니하고 임차권을 양도하게 함으로써 청구법인이 과도한 매매대금을 지급하게 되었기에 매도인 전○규․박○출, 중개인 박○기, 지하상가 관리법인 (주)현○개발을 피고로 손해배상소송을 제기하기 위하여 매수인 임○식이 매도인과 관련한 채무불이행 또는 불법행위로 인한 손해배상채권 기타 일체의 권리를 청구법인에게 양도하는 채권양도계약서를 2004.4.30.작성한 사실이 확인된다. 라) 청구법인이 제기한 손해배상청구소송(통로예정지에 개설된 ○○○ 지하상가 ○-○호 및 1○○-○호와 관련하여 당초 지급한 임차권 권리금 상당액 등을 지급하라는 취지임)은

○○남부지방법원 판결(2003가합140××, 200×.×.9. 선고)로 확정(청구 기각)되었으나 판결문의 내용 중 인정사실에는 “카. 이 사건 임차권양도계약 및 임대차계약은 원래 원고(청구법인)가 원고 회사의 감사이던 임○식을 통하여 그 명의로 대신 체결하도록 한 것이고 그 자금도 원고가 지원한 것이었는 데…”라고 언급되어 있는 부분이 있다.

• 마) 위에서 나타난 청구법인의 지출결의서 및 손해배상청구 소송 판결문의 내용 등을 종합하여 볼 때, 청구법인은 신축건물과 전철을 연결하는 지하통로를 건설하기 위하여 이사인 임○식 명의로 ○○ ○○○ 지하상가 3개호를 매입한 것으로 보이므로 임차권 매입비용은 청구법인의 사업과 관련되어 지출된 것으로 보아야 할 것이나, 이와 관련하여 손금산입되어야 할 금액은 매매대금 1,030,000,000원 전체가 아니라 실제 지급되지 않은 임차보증금 170,000,000원을 제외한 860,000,000원이라고 하겠다.

(5) 쟁점 (3) 상가분양대금의 수입금액 누락 등에 해당하는지 여부에 대하여 본다.

• 가) 청구법인이 2002.4.15. 정○봉과 청구법인의 ○○점 상가 3구좌(지하 2층 ○9호, ○1호, 및 지상 1층 ○9호)를 분양하는 매매계약서를 작성하고, 2구좌 분양대금 214,000,000원은 2002. 4.25. 현금수령하였으나 2005. 4.6 분양수입으로 지연계상하였다는 사유로 동 금액을 가지급금 등으로 보아 인정이자를 계산하여 익금산입(상여처분)하고, 1구좌 분양대금 130,000,000원은 청구법인이 현금수령하였으나 신고누락한 것으로 보아 처분청이 익금산입(상여처분)한 것에 대하여 청구법인은 정○봉으로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○가 ○-11 외 1필지 토지를 매입하는 데 따른 매매대금의 일부로 정○봉에게 청구법인의 상가 3구좌로 대물변제한 것인데도 불구하고, 처분청이 이를 정○봉에 대한 별도의 상가 분양으로 보고 그와 관련된 상가 분양대금 등을 익금산입한 것은 부당하다고 주장한다.
• 나) 청구법인이 매도인 정○봉 외 3인으로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○가 ○-11 외 1필지를 3,310,000,000원에 매입하면서 2002.1.17. 작성한 부동산매매계약서를 보면 “계약금 200,000,000원은 계약시 지급하고, 중도금 및 잔금은 2002. 3.26.까지 지급한다”고 되어 있을 뿐, 위 계약서에 대물변제에 대한 내용은 언급되어 있지 않다.
• 다) 청구법인이 정○봉과 신축상가 3구좌 분양과 관련하여 2002.4.15. 작성한 매매계약서를 보면, 매매대금은 344,000,000원이며 “계약금 30,000,000원은 계약시 지급하고, 중도금 100,000,000원은 2002.4.20. 잔금 214,000,000원은 2002.4.25. 지급한다”고 되어 있으며, 특약사항으로 당초 3구좌의 분양대금은 430,000,000원이나 344,000,000원으로 한다는 내용과 상가 추첨시점에 매도인 발행의 분양계약서를 본 계약서와 교환하여 추첨한다는 사항만 있을 뿐, 대물변제 관련 사항은 기재되어 있지 않다.
• 라) 2006.6.1. 정○봉이 작성한 확인서를 보면, “지하 2층 ○9호, ○1호, 및 지상 1층 ○9호의 분양은 위 부동산(당초 본인 소유 토지 및 건물을 말함)의 매매대금과는 별도로 지급하였습니다”라고 명시되어 있음을 알 수 있다.
• 마) 위에서 확인된 3구좌 분양 관련 매매계약서 내용 및 정○봉의 확인서, 그리고 청구법인이 대물변제한 구체적인 내역이나 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등으로 볼 때, 정○봉은 본인 소유 토지 매 매대금 3,310,000,000원과는 별도로 상가 3구좌의 매매대금 344,000,000 원을 지급한 것으로 보이므로 이와 관련된 처분청의 과세는 잘못이 없다고 하겠다.

(6) 쟁점

(4) 피해보상성격으로 지급된 수수료금액 중 청구법인에게 반환된 금액이 있는지 여부에 대하여 본다.

• 가) 청구법인이 2004.4.22. 신축중인 상가건물과 당 지하상가의 연결통로 개설 공사에 대한 합의금액으로 박○임에게 200,000,000원 을 지급하고 지급수수료로 계상하였으나, 그 이후 박○임으로부 터 130,000,000원을 다시 반환받았다고 하여 처분청은 청구법인이 반환받은 금액 130,000,000원을 손금불산입(상여처분)하였던 바 청구법인은 2004.4.9. 박○임에게 신축중인 상가 건물과 지하상가의 연결통로 개설공사에 대한 합의 금액으로 200,000,000원을 지급하였으며, 박○임으로부터 130,000,000원을 반환받은 사실은 없다고 주장하고 있다. 나) 청구법인은 2004. 4.6. (주)○○부동산신탁에 ‘지하연결통로 관련 비용 긴급자금 집행요청의 건’이란 문건을 발송하여, ○○은행 ○○ 중앙지점 예금주 박○임(계좌 354-××××××-×××××)에게 2004.4.20.에 200,000,000원을 송금해 주도록 요청하였고, 그에 따라 2004.4.22. 박○임의 ○○은행 통장으로 200,000,000원이 입금된 사실이 확인되며, 또한, 2004. 4.9. 청구법인과 박○임의 남편 신○수가 작성한 ‘합의각서’에도 상가건물과 지하상가의 연결통로 개설공사를 함에 있어 합의금으로 200,000,000원을 수령하고 이에 대한 민․형사상의 소송 및 민원을 제기하지 않을 것을 합의한 내용이 담겨 있다.
• 다) 박○임이 2006.6.5. 작성한 ‘문답서’의 내용을 보면, ○○ 지하상가 연결통로 입구에서 옷가게를 하고 있었던 박○임의 남편 신○수는 청구법인의 이사(황○효로 표기되어 있으나 황○호의 오기로 보임)를 통해 신축중인 상가건물과 지하상가의 연결통로 개설 공사에 대한 합의금액으로 청구법인으로부터 100,000,000원을 보상받는 것으 로 알고 있었으나 2004.4.22. 박○임의 ○○은행 예금계좌(354- ××××××-×××××) 로 200,000,000원이 입금(송금자: (주)○○부동산신탁)된 사실을 알았으며 다음날 청구법인의 황○효 이사가 100,000,000원은 잘못 입금된 것이니 반환해 줄 것을 요구하여 5,000,000원권 수표 36장(번호: 162085××～162086××)을 ○○은행 ○○ 중앙지점에서 발행하여 그 중 20장인 100,000,000원을 반환해 주었고, 일주일 뒤 이○철 법무이사가 피해보상을 너무 많이 하였으니 30,000,000원을 반환해 줄 것을 요구하여 남편 신○수가 본인의 ○○은행(계좌: 317××××××××) 통장에서 2004.4.30. 수표(번호: 바가474667××) 30,000,000원권 1장을 발행하여 청구법인의 법무이사 이○철에게 반환하고 수령증을 받았다고 확인하고 있으며, 관련 증빙으로 ○○은행 통장 사본, ○○은행 출금전표, 수표발행내역 조회서, 자기앞수표 사본, 이○철의 30,000,000원 수령 영수증 사본(2004.5.1. 작성) 등을 제시하고 있다.
• 라) 위에서 확인된 박○임의 문답서 내용, 통장 및 수표발행내역, 청구법인 법무이사 이○철이 작성한 영수증 등으로 볼 때, 청구법인이 130,000,000원을 반환받은 것으로 본 처분청의 판단에는 달리 잘못이 없다고 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기 본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한