전산불부합금액을 가공매입으로 보아 대표자에 대한 상여로 소득처분의 당부

○○세무서장이 2006.8.23. 청구인에게 한 2003년 귀속 종합소득세 457,298,480원의 부과처분은 주식회사 ○○○의 2003년 1기 부가가치세 과세기간중 발생한 전산불부합자료 금액 1,440,926,000원에 대해 실지거래, 원가계상 및 사외유출여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. ○○세무서장은 청구인이 1994.7.22.～2003.5.8. 기간 중 대표이사로 재직한 주식회사 ○○○(이하 “청구외법인”이라 한다)가 2003년 1기 부가가치세 신고시 제출한 매입처별세금계산서합계표의 공급가액과 청구외법인의 거래처가 제출한 매출처별세금계산서합계표의 공급가액의 전산불부합금액 1,440,926천원(이하 “쟁점전산불부합금액”이라 한다)을 실물거래없이 가공매입한 것으로 보아 2006.7.4. 쟁점전산불부합금액의 공급대가 1,474,519천원을 대표자에 대한 상여로 소득처분하고 동 금액중 청구인의 대표이사 재직기간으로 안분계산한 953,387천원을 처분청에 과세자료 통보하였다.
• 나. 처분청은 이에 따라 2006.8.23. 청구인에게 2003년 귀속분 종합소득세 457,298,480원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.11.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구외법인은 1994.8.1. 전자부품 도매업을 영위하는 법인으로 설립되었고, 2002년 3월 코스닥시장에 등록되었다가 2003년 3월 회계감사법인의 자료불충분으로 인한 의견거절로 등록폐지되었고, 청구인은 2003년 5월 청구외법인의 전 대표이사 겸 대주주인 윤○○으로부터 회사정상화를 요청받아 대표이사로 취임하게 되었는 바, 코스닥에서 퇴출된 회사들이 그렇듯 청구외법인도 은행의 대출중지와 상환요구, 주주들의 아우성, 채권자들의 상환요구 압력 등이 빗발치는 와중에 대부분의 직원이 퇴사하였는데 특히 회계 관련 부서 직원들이 2003년 4월 중순경 모두 퇴사하여 신임 관리부장 권○○가 실제 내용은 알지 못한 채 회계프로그램, 세금계산서 대조 등을 통해 2003년 1기 예정신고를 하였는 바, 이런 상황에서 쟁점전산불부합자료가 발생한 것이고 이 건 소명안내시는 회사사옥 이전으로 인해 소명하지 못한 것이고 그 이후에는 불부합자료가 발생하지 아니하였다. 쟁점전산불부합금액은 대부분이 지점신고분을 본점에 이중신고 및 세관신고분을 원매입처로 이중신고하는 등의 이중신고분이고 정상신고분이나 거래대금을 받지 못한 거래처에서 매출채권을 회수하지 못할 것을 우려하여 신고누락한 금액으로 사료되고, 이 중 부산세관 발행분 580,765천원의 수입계산서를 보면, 당초 2003.2.26. 발행분이 날짜가 조정되어 2003.4.30. 취소발행하고 같은 날 다시 같은 금액으로 재발행하여 관세가 납부된 것으로 수입자보관용 수입계산서에 표시되어 정상거래임을 입증하고 있으며, ○○○○○(주)의 460,178천원은 구미세관 신고분을 이중신고한 것 등으로서 장부에는 원가를 이중계상하지 아니하였다. 이와 같이 쟁점전산불부합금액은 부가가치세 신고만 이중으로 한 것이고 법인세 신고시 원가는 이중신고하지 아니하였고, 또한 청구외법인의 2003사업연도 법인세 신고시 첨부된 제조원가명세서상 당기 재료매입액이 6,599,658천원이고, 대차대조표상 매입채무가 6,365,480천원으로 계상되어 있어 외상매입금액의 대부분은 매입채무로 남아 있어 설령 쟁점전산불부합금액이 장부상에 이중원가계상되었다 하더라도 사외유출된 것으로는 볼 수 없으므로 청구외법인이 쟁점전산불부합금액과 관련하여 부가가치세 신고를 잘못한 부분이 있었다 하더라도 자산의 사외유출 등은 전혀 없었으므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점전산불부합금액중 부산세관 및 인천공항세관 발행분 수입세금계산서 금액 642,925천원은 동 세관이 세금계산서합계표 제출을 누락한 사실이 확인되므로 청구주장을 시인함이 타당하나, 그 이외 불부합금액 798,001천원 상당액은 가공의 비용을 장부에 계상한 경우로서 이는 매출원가를 과다계상하여 사외유출된 것으로 볼 수 밖에 없으며 그 귀속이 불분명하므로 대표자에게 한 상여처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 전산불부합금액을 가공매입으로 보아 손금불산입하고 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다.(단서생략)

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호안 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

○ 소득세법 제20조 【근로소득】

① 근로소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

• 다. 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액
• 다. 사실관계 및 판단

(1) ○○세무서장의 이 건 과세자료 처리복명서 등에 의하면, 청구외법인의 2003년 1기 세금계산서합계표제출일람표 불부합명세는 다음 <표>와 같이 나타나고, 2004.5.18. 청구외법인에 대해 소명안내하였으나 청구외법인이 소명하지 아니하여 이를 실물거래없이 가공매입한 것으로 보아 해당 과세기간의 부가가치세 매입세액을 불공제하고 소득금액계산상 손금불산입 및 상여처분하여 부가가치세 및 법인세를 경정결정한 사실과 2006.7.4. 청구인에게 소득금액변동통지 및 처분청에 과세자료 통보한 사실이 확인된다. (단위：천원) 구분 기간 청구외법인① 거래처② 차이①-② 비 고 매수 금액 매수 금액 매수 금액 매입 ’03.1예정 112 3,711,984 68 2,231,759 44 1,480,225 매입과다 ’03.1확정 46 345,276 40 384,575 6 △39,299 계 158 4,057,260 108 2,616,334 50 1,440,926

(2) 이에 대하여 청구인은 전산으로 작성하여 출력된 청구외법인의 2003사업연도 거래처원장과 공급받는자 보관용 세금계산서 일부를 증빙자료로 제시하면서 처분청이 쟁점전산불부합금액 전체를 소명이 없었다는 이유로 상여처분하여 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 쟁점전산불부합금액과 관련 청구인이 주장하는 각 불부합자료발생 거래처별 소명내역을 보면, 아래 <표>와 같다. <표> 쟁점전산불부합금액에 대한 청구인의 소명내역 요약 구분 거래처 금 액 매수 소명내역 정상거래

○○, ○○, ○○, ○○, ○○, ○○,

○○, ○○ 187,859천원 15 정상원가 반영 세관정상거래 부산세관,인천공항세관 642,925천원 11 원가 미계상 (세관 제출누락) 세관․수입처 이중신고

○○, ○○ 484,533천원 2 원가 미계상 세관이중신고 용당세관 27,760천원 1 원가 미계상 기타이중신고

○○, ○○, ○○, ○○ 56,794천원 7 원가 미계상 기타 원가미계상

○○, ○○ 6,751천원 11 원가 미계상 2001, 2002년 신고누락

○○, ○○ 34,305천원 2 잡손실처리 (사외유출없음) 합 계 1,440,926천원 47 (나) 청구외법인은 1994.8.1. 개업하여 전자부품 제조 및 도매업을 영위한 법인으로 2002.2.7 코스닥시장에 등록되었다가 2003.3.18. 회계감사법인의 감사의견거절로 인해 2003.4.2. 코스닥시장 등록이 취소되었고, 2004.12.31. 폐업되었으며, 청구인은 2003.5.10.～2004.12.31. 기간동안 청구외법인의 대표이사로 등재된 사실이 증권선물거래소 조회결과와 국세청통합전산망 및 법인등기부등본에 의해 확인된다. (다) 청구인이 정상거래 주장분과 관련하여 증빙자료로 제출한 ○○소프트웨어(주), ○○○○, ○○○○ 등으로부터 수취한 세금계산서를 보면, 공급자란에 사업자등록번호와 상호 및 성명이 인쇄된 서식으로 되어 있거나 고무인을 사용한 것으로 되어 있고 각 공급거래처 대표자의 인감이 날인되어 있음이 확인된다. (라) 쟁점전산불부합금액중 부산세관 발행분 585,738천원, 인천공항세관 발행분 57,187천원은 이들 세관에서 매출세금계산서합계표 제출을 누락한 것으로 처분청의 추가 답변자료(2008.1.11.)에 의하여 확인되고 있고, 용당세관 27,760천원의 경우 청구인은 2003.2.18.자 수입세금계산서 31,883천원을 예정신고 및 확정신고시 중복하여 제출함에 따라 불부합이 발생한 것이라는 주장인 바, 청구외법인의 2003년 1기 부가가치세 확정신고분에서 31,883천원을 제외하면 용당세관의 확정신고시 제출분인 8,996천원과 일치하는 것으로 확인된다. (마) ○○○○반도체(주) 24,346천원, ○○○○○엘시디(주) 460,187천원의 경우, 우리 심판원에서 구미세관으로부터 제시받은 수입신고서(신고번호 20350-03-0104091, 20350-03-0104088, 40760-03- 0205399)에 의하면, 공급자가 ○○○○반도체(주) 및 ○○○○○엘시디(주)로 되어 있고 납세의무자는 청구외법인으로 되어 있으며, 구미세관이 발행한 2003.2.4. 24,670천원 및 2003.2.28. 497,002천원의 수입세금계산서에 의하면 수입신고번호란에 20350-03-0104091, 20350-03- 0104088, 40760-03-0205399로 기재되어 있어 위의 수입신고서와 일치하고 있고, 청구외법인의 거래처원장의 구미세관 계정에는 부가가치세로 2003.2.6. 2,467천원, 2003.2.28. 49,700천원이 계상되어 있고, ○○○○반도체(주) 및 ○○○○○엘시디(주) 계정에는 원재료로 2003.2.6. 497,002천원 및 2003.2.28. 24,670천원이 각각 계상되어 있는 것으로 나타난다. (바) 기타 ○○알미늄(주) 1,805천원은 2002.12.31. 거래분을 2003년 1기 예정으로, (주)○○○○○ 1,170천원은 2003.3.5. 거래분을 2003년 1기 확정으로 신고하는 등 신고기간을 달리하거나 ○○○컴퍼넌트가 청구외법인의 부평지점으로 발행한 23,700천원을 본점으로 신고한 경우 등이 나타난다.

(3) 위의 사실관계 등을 종합하여 살펴보면, 쟁점전산불부합금액중 부산세관 및 인천공항세관 발행분의 경우 이들 세관이 관련 매출세금계산서합계표를 제출누락한 것으로 확인되고 있고, 용당세관과 ○○○반도체(주) 및 ○○○○○엘시디(주) 관련 불부합금액의 경우 예정신고한 수입세금계산서를 확정신고시 중복하여 신고하거나 구미세관으로부터 받은 수입세금계산서를 수입대행업체와의 거래로 중복하여 부가가치세만 이중으로 신고한 것으로 보여지는 개연성이 있고 거래처원장의 기록내용으로 보아 매출원가를 이중으로 계상하였다고 보기는 어려운 정황이 있으며, 또한 신고기간을 달리하거나 사업장 관할세무서를 달리하여 신고함에 따른 불부합금액이 있는 것으로 보여지는 점 등으로 볼 때, 쟁점전산불부합금액에 대한 소명이 없었다는 이유 등으로 동 금액 전체를 가공매입으로 보고 사외유출된 것으로 하여 과세한 것은 근거과세의 원칙을 소홀히 한 측면이 있는 것으로 판단되므로 처분청은 쟁점전산불부합금액에 대하여 실제거래여부와 원가이중계상 및 사외유출여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 대표자 상여처분대상금액과 이 건 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.