건물의 취득가액을 기준시가에 의하여 안분 계산한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2003. 8. 6. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○-○○외 4필지 공장용지 1,983㎡와 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다. 동 토지와 쟁점 건물을 합쳐 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 600,000천원에 취득하고, 2005. 5.30. ○○지방공사에 양도하여 쟁점부동산 보상금 899,237천원 중 토지보상금 729,892천원은 2005. 7.14. 지급받고, 쟁점건물보상금 169,345천원은 2005. 7.27.과 2006. 3. 2. 2차례에 걸쳐 지급받았다. 청구인은 2006. 5.31. 양도소득세 확정신고시 쟁점부동산의 취득가액 600,000천원 중 2003. 9.10. 수취한 쟁점건물 세금계산서의 공급가액 75,060천원을 공제하여 쟁점부동산의 토지의 취득가액을 524,940천원, 그 양도가액을 729,892천원으로 하여 신고납부 하였다. 처분청은 청구인의 신고내용을 실지 조사한 결과, 토지 및 쟁점건물의 가액이 불분명한 경우에 해당하는 것으로 보아 쟁점부동산의 취득가액 600,000천원을 취득당시 기준시가로 안분계산 하여 토지를 362,738천원으로, 쟁점건물을 237,262천원으로 평가하여 2006.11. 2. 청구인에 대하여 2005년 귀속 양도소득세 75,749,690원을 경정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.12.21. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산을 2003년 ○○○와 ○○○(이하 “○○○ 등”이라 한다)으로부터 600,000천원에 취득하였고, 취득당시의 매매계약서를 보면 토지와 건물을 구분하지 않았으나 쟁점건물에 대하여 별도의 세금계산서가 발행되어 건물가액은 75,060천원으로 확인되고 나머지 524,940천원은 토지의 가액으로 구분이 명확하며, 또한 매도인인 ○○○ 등과 청구인은 쟁점건물의 세금계산서에 대하여 부가가치세를 신고하였는바, 청구인의 경우는 소득세법 제100조 제2항 에 의한 토지 및 건물가액이 불분명한 경우에 안분계산 하는 규정의 적용대상에 해당되지 않으므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2003. 8. 6. 쟁점부동산을 ○○○ 등으로부터 양수하면서 토지와 건물가액의 구분 없이 600,000천원의 매매계약서를 작성하였으므로 쟁점부동산은 그 취득시 토지와 건물가액의 구분 없이 일괄 거래한 것으로 보는 것이 타당하다. 청구인과 ○○○ 등이 쟁점부동산에 대해 2003. 5.26. 매매계약을 체결하면서 2003. 7.20. 잔금을 지급하기로 약정하였고, 2003. 8. 6. 소유권이전등기한 후 2003. 9.10. 쟁점건물의 세금계산서를 발행한 것으로 나타나고 있는데, 동 세금계산서의 발행이 쟁점부동산에 대한 소유권이전절차가 모두 마무리된 이후 발행된 것으로 보아 이는 단순히 쟁점건물분 부가가치세를 신고하기 위하여 사후 발행한 것으로 보이며, 당해 세금계산서 발행금액인 75,060천원이 어떤 근거로 산정되었는지에 대하여 객관적인 증빙 등이 나타나지 아니하므로 이는 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에 해당 한다고 판단하는 것이 타당하므로 처분청에서 건물의 취득가액을 기준시가에 의하여 안분 계산한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 쟁점건물의 취득가액을 기준시가에 의하여 안분 계산한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제100조 【 양도차익의 산정 】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액 ․ 감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 ․ 감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액 (제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액 ․ 감정가액 ․ 환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 ․ 감정가액 ․ 환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분 계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분 계산한다.

○ 소득세법 시행령 제166조 【 양도차익의 산정 등 】

④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제48조 의 2【 과세표준의 안분계산 】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이조에서 “건물 등” 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가 (이하 이 조에서“기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 한다. (단서 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2003. 8. 6. 쟁점부동산을 토지와 건물을 구분하지 아니하고 일괄취득 하였으나 쟁점건물에 대한 세금계산서는 2003. 9.10. 발행 ․ 교부되었고, 2005. 5.30. 쟁점부동산이 ○○지방공사에 수용 되었으나 토지의 보상금 전액과 쟁점건물의 보상금의 70%는 2005. 7.14. 및 2005. 7.27. 2차례에 걸쳐 지급되었고, 쟁점건물의 나머지 보상금은 2006. 3. 2. 지급된 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 토지 및 쟁점건물의 취득가액이 불분명한 경우에 해당하는 것으로 보아 쟁점부동산의 취득가액을 취득당시 기준시가로 안분계산 하여 쟁점 토지를 362,738천원으로, 쟁점건물을 237,262천원으로 평가한 반면, 청구인은 쟁점부동산을 쟁점토지와 쟁점건물을 구분하지 아니하고 600,000천원에 취득한 후 쟁점건물에 대하여 쟁점부동산의 매도자로부터 수취한 세금계산서상의 공급가액 75,060천원을 쟁점건물의 취득가액이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 2003. 5.26. 쟁점부동산(토지 약 600평, 쟁점건물 약 180평)을 토지와 쟁점건물의 가액을 구분하지 아니하고 600,000천원에 매수하기로 하고 계약당일 계약금 50,000천원을 지급하고, 2003. 6.16. 중도금 150,000천원을, 2003. 7.20.잔금 400,000천원을 지급하기로 하는 계약을 체결한 것으로 쟁점부동산 매매계약서 사본에 나타난다. (나) 청구인이 쟁점부동산 중 쟁점건물의 취득가액의 근거로 제시하는 세금계산서는 쟁점부동산의 등기이전을 한 2003. 8. 6.로부터 1개월 4일이 지난 후에 발행 ․ 교부되었으며, 동 세금계산서상의 공급가액 75,060천원을 쟁점건물(602.72㎡)의 취득가액으로 본다면 평당 건축비는 약 41만원으로 산출되는 바, 이러한 건축비는 당해 공장용 건물인 철골 판넬지붕 단층 공장을 건축하기에는 지나치게 낮은 비용이라는 것이 전문가들의 의견이다. (다) 위 사실관계를 보건대, 청구인이 쟁점건물을 75,060천원에 취득하였다는 주장은 신빙성이 없어 보이는 바, 처분청이 토지 및 건물의 취득가액이 불분명한 것으로 보아 쟁점부동산의 취득가액을 취득당시 기준시가로 안분계산 하여 쟁점건물을 평가한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.