영세율 과세표준 신고불성실가산세 부과처분의 적부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2005.12.28. ○○○ 수도권지역본부(본부장 ○○○, 이하 ○○○이라 한다)에게 ○○○’(이하 “이 건 공사”라 한다)에 대한 세금계산서(공급가액 290,318,181원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하고, 2005년 2기 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서에 기재된 부가가치세 29,031,819원을 매출세액으로 하여 부가가치세를 납부하였다.
• 나. 청구법인은 2006.2.28. 이 건 공사가 조세특례제한법 제105조 에서 규정한 ○○○에 해당한다 하여 쟁점세금계산서의 세율을 “0”으로 정정한 후, 기 납부한 부가가치세 29,031,819원의 환급을 요구하는 경정청구서에 영세율 공사증명서를 첨부하여 제출하였다.
• 다. 처분청은 2006.9.15. 청구법인이 당초 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서 공급가액에 해당하는 영세율 첨부서류를 제출하지 아니하였다 하여 영세율 과세표준 신고불성실가산세 2,903,180원 상당금액을 환급세액에서 공제함에 따라 청구법인이 경정청구한 부가가치세 29,031,819원 중 26,128,636원만 환급하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 주장

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 당초 이 건 공사를 부가가치세 과세대상으로 판단하여 관련 부가가치세를 납부하였다가, 2006.2.25. 철도시설공단으로부터 조세특례제한법 제105조 에서 규정한 영세율 거래임을 증명받고 ○○○에 수정세금계산서를 교부한 후, 기 납부한 부가가치세를 환급받고자 2006.2.28. 처분청에 경정청구를 제기하면서 영세율 공사증명서를 첨부하여 제출하였다.

(2) 이와 같이 납세의무자가 비록 개별세법이 정한 의무를 해태하였지만 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화 할 수 있는 사정이 있거나 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할만한 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다고 할 것이다.

(3) 또한 청구법인이 제공한 용역은 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 에서 규정한 도시철도건설용역에 해당하며, 이는 부가가치세법 제11조 제1항 및 동법시행령 제26조에 규정한 영세율 적용대상에 해당하지 아니한다.

(4) 그런데 부가가치세법 제22조 제6항 은 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 아니한 경우, 가산세를 부과하도록 규정하고 있고, 동법시행령 제65조 제4항에서는 부가가치세법 제11조 제1항 과 동법시행령 제26조의 규정에 의한 영세율이 적용되는 과세표준에 대하여 소정의 서류를 첨부하지 아니한 경우에 이를 신고하지 아니한 것으로 보도록 규정하고 있는바, 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 아니한 것으로 간주하기 위해서는 그 신고대상 과세표준이 부가가치세법 제11조 제1항 과 동법시행령 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 거래에 해당하여야 할 것이다.

(5) 그러므로 처분청이 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 에서 규정한 도시철도건설용역에 대하여 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 적용한 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구법인이 이 건 공사를 부가가치세 과세대상으로 하여 부가가치세를 납부하였다가 영세율 적용대상이라 하여 수정세금계산서를 교부하고 부가가치세를 경정청구하는 경우, 착오로 교부한 세금계산서에 대한 매출처별세금계산서 합계표에 대한 가산세는 제외할 수 있으나, 당초 공급시기가 속하는 과세기간에 영세율 과세표준에 해당하는 영세율 첨부서류를 제출하지 아니하는 경우이므로, 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과한 것은 잘못이 없다(○○○, 2003.2.3. 외 같은 뜻임).

• 가. 쟁 점 청구법인이 영세율 거래에 대한 첨부서류를 제출하지 아니하였다 하여 신고불성실가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제11조 【영세율 적용】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

1. 수출하는 재화 (이하 나머지 각호생략) (1-1) 부가가치세법시행령 제26조 【기타 외화획득재화 및 용역 등의 범위】① 법 제11조 제1항 제4호에 규정하는 외화를 획득하는 재화 또는 용역은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. (이하 각호생략) (2) 부가가치세법 제22조 【가산세】⑥ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 때에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. (3) 부가가치세법시행령 제59조 【수정세금계산서】법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. (4) 부가가치세법시행령 제64조 【예정신고와 납부】③ 법 제18조 제1항 및 제2항 단서의 규정을 적용함에 있어서 법 제11조 제1항 및 이 영 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세예정신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. (단서생략)

1. 제24조 제1항 제1호의 경우에는 재정경제부령이 정하는 수출실적명세서(괄호생략). (단서 및 나머지 각호생략)

⑨ 제2항의 규정에 의하여 예정신고를 하는 경우에 법 제11조 제1항과 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 제3항에 규정하는 서류를 당해 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 제2항의 신고로 보지 아니한다. (4-1) 부가가치세법시행령 제65조 【확정신고와 납부】① 법 제19조 제1항의 규정에 의한 부가가치세의 확정신고에 있어서는 재정경제부령이 정하는 다음 각호의 서류를 각 사업장 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (이하 각호생략)

② 법 제11조 제1항과 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세확정신고서에 제64조 제3항의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. (단서생략)

④ 제1항의 규정에 의하여 확정신고를 하는 때에 법 제11조 제1항과 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 제2항에 규정하는 서류를 당해 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 제1항의 신고로 보지 아니한다. (5) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의 규정은 2005년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역

• 가. 국가 및 지방자치단체
• 나. 도시철도법의 적용을 받는 도시철도공사
• 다. 부산교통공단법에 의한 부산교통공단
• 라. 한국철도시설공단법에 의한 한국철도시설공단 (5-1) 조세특례제한법시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】⑫ 법 제105조 제1호 내지 제4호 및 법 제106조 제1항 제1호ㆍ제4호의 규정이 적용되는 경우에는 부가가치세법에 의하여 예정신고ㆍ확정신고 또는 영세율 등 조기환급신고를 하는 때에 당해 신고서에 다음의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다.

1. 법 제105조 제1호 내지 제3호의 2의 경우에는 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명하는 서류

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 이 건 심리자료로 제출한 서류에는 다음의 사실관계가 나타난다. (가) 이 건 공사의 공사도급표준계약서(2005.2.22.)에는 도급자는 ○○○지역본부, 공사수행자는 ○○○(주), ○○○(주), 청구법인 등 3개 회사이고, 사업명은 ○○○신설공사’, 계약금액은 13,610,000,000원이다. (나) 이 건 공사의 공동수급표준협정서(공동이행방식)에 기재된 청구법인의 출자비율은 15%이다. (다) 이 건 공사의 공사도급변경계약서(2005.12.27.)에 기재된 공사계약금은 2,129,000,000원이다. (라) 이 건 공사와 관련된 공사원가계산서에는 공사원가의 10%에 해당하는 부가가치세를 도급공사비에 가산하였다. (마) 청구법인의 ○○○에는 청구법인이 2005.12.30. ○○○공단으로부터 이 건 공사와 관련된 공사계약금 2,129,000,000원의 15%에 해당하는 319,350,000원을 입금받았다. (바) 세금계산서, 수정세금계산서, 경정청구서에는 청구법인이 2005.12.28. ○○○공단에게 공사계약금 319,350,000원에 해당하는 쟁점세금계산서를 교부하였다가, 이 건 공사가 조세특례제한법 제105조 에서 규정한 도시철도공사용역에 해당한다 하여 세율을 ‘0’으로 기재하여 2006.2.28. 처분청에 부가가치세 29,031,819원의 환급을 요구하는 경정청구서를 제출하였다. (사) 청구법인은 2006.2.25. ○○○으로부터 이 건 공사가 조세특례제한법 제105조 에서 규정한 영세율 거래임을 증명받고 경정청구시 당해 증명서를 영세율 첨부서류로 제출하였다.

(2) 처분청은 이 건 공사가 조세특례제한법 제105조 에서 규정한 도시철도용역으로서 영세율 적용대상이나, 청구법인이 당초 공급시기가 속하는 과세기간의 부가가치세 신고시 영세율 첨부서류를 제출하지 아니하였으므로, 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과한 것은 정당하다는 의견이다.

(3) 이를 바탕으로, 청구법인이 도시철도건설용역에 대한 영세율 첨부서류를 제출하지 않았다 하여 신고불성실가산세를 부과한 처분이 타당한지에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법시행령 제106조 제12항 에서는 도시철도건설용역을 공급한 경우, 부가가치세 신고시 도시철도건설용역을 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명하는 서류를 첨부하여 제출하도록 규정하고 있음에도 청구법인은 이를 부가가치세 신고기한(2006.1.25.)이 지난 2006.2.28.에 제출한 것으로 확인된다. (나) 이에 대해, 청구법인은 도시철도건설용역을 부가가치세 과세대상으로 판단하여 세금계산서를 교부하였기에 당초 공급시기가 속하는 과세기간에 영세율 첨부서류를 제출하지 못하였지만, 경정청구시 영세율 첨부서류를 제출한 경우이므로, 이를 정당한 제출로 보아야 하고, 또한, 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 적용하기 위해서는 당해 거래가 부가가치세법 제11조 제1항 및 동법시행령 제26조에서 규정한 영세율 거래여야 하지만 이 건 공사는 조세특례제한법에 규정한 영세율 거래에 해당하므로 처분청이 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 적용하는 것은 부당하다고 주장한다. (다) 살피건대, 조세특례제한법시행령 제106조 제12항 에서는 도시철도건설용역을 제공한 경우, 부가가치세 신고서에 영세율 첨부서류를 첨부하여 제출하도록 규정하고 있음에도 청구법인은 당초 공급시기가 속하는 과세기간에 이에 대한 영세율 첨부서류를 제출하지 아니하였고, 또한, 조세특례제한법의 규정은 특별한 사정이 없는 한 엄격하게 적용하는 것이 원칙이라 할 것이므로, 청구법인에게 협력의무불이행에 대한 가산세 적용을 배제할 만한 사정은 없는 것으로 보인다. (라) 따라서, 처분청이 도시철도건설용역에 대한 영세율 첨부서류를 제출하지 않았다 하여 청구법인에게 영세율 과세표준 신고불성가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.