수입통관시 받은 수입세금계산서가 매입세액 불공제 대상인지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 외국법인인 D00 0000000 0000000000000 00000000000(이하 “청구외법인”이라 한다)와 1989년 용역대행계약을 체결하여 청구외법인 소유의 재화를 외국항행선박 등에 운반하는 용역을 수행한 후 일정액의 수수료를 지급받고 있다. 또한 청구외법인은 00특별시 0구 00동 0-000에 1996.10.1. 지점법인을 설치하여 국내원천소득에 대하여 법인세 신고를 하고 있다. 청구외법인은 선박용 유화제 등의 재화를 싱가포르 등 외국에서 국내에 공급하고 청구법인은 이 재화를 청구외 법인이 지정하는 선박에 청구법인의 책임 하에 인도하고 있으며 대부분의 재화를 수입통관 없이 보세장치장에 보관하면서 청구외 법인이 지정하는 해당 선박에 재화를 공급하는 용역을 수행하고 있는데, 일부 재화는 청구법인의 사업상 이유로 수입․통관하여 청구법인의 국내창고에 보관함에 따라 청구법인이 부가가치세를 직접 부담하고 세관장으로부터 청구법인을 공급받는 자로 하여 수입세금계산서를 교부받은 후 청구법인의 매입세액으로 공제․신고하였다.
• 나. 이에 처분청은, 청구법인이 2002년 제1기에 세관장으로부터 수취한 209,874,000원 상당의 수입세금계산서(이하 “쟁점수입세금계산서”라 하고 그 기재액을 “쟁점매입액”이라 한다)는 청구법인의 재화가 아닌 청구외법인 소유의 재화를 수입 ․ 통관하면서 받은 것으로서 이는 부가가치세법 제17조 제2항 의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당하는 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2007.7.5. 청구법인에게 2002년 제1기 부가가치세 42,566,050원을 경정고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.8.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점수입세금계산서는 청구법인의 책임과 계산하에 재화를 수입하고 세관장으로부터 교부받은 것으로서 동 매입세액은 청구법인의 사업과 직접 관련이 있는 지출에 대한 매입세액이고 국세심판결정례(국심99서458, 1999.9.28)를 보더라도 매입세액 공제대상인데도 쟁점매입세액을 부가가치세법시행령 제60조 제3항 의 사업과 직접 관련이 없는 지출이라 하여 이 건 부가가치세를 과세한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 용역대행업체로서 청구외법인 소유의 재화에 대한 관리 및 인도에 대한 책임이 있으며 수입통관시 대금지급이 없는 무환수입에 해당하므로 자기의 책임과 계산하에 재화를 수입하는 것이 아니며, 청구법인과 계약을 체결한 청구외법인은 국내에 지점법인이 있으므로 자기 소유의 재화를 수입통관시 세관장으로부터 국내지점법인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부받을 수 있다 할 것이므로 청구인이 제시한 유권해석은 국내에 수입통관시 세관장으로부터 세금계산서를 수취할 당사자가 전혀 없는 특수한 경우에 해당하는 것으로 개별사안이 동일하지 아니하다. 또한, 청구법인이 용역대행을 함에 있어 수입․통관하는 것이 필수불가결한 사항도 아니며, 청구외법인과 체결한 계약서 제4조 제1항에 의하면, 청구외법인의 재화를 청구법인의 창고로 운반하는데 소요되는 모든 비용은 청구법인이 아니라 외국법인이 부담하도록 되어 있으므로 쟁점매입세액은 청구법인의 사업과 직접 관련된 매입세액으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출 에 대한 매입세액 (2) 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

③ 법 제17조 제2항 제2호 에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법시행령 제78조 또는 법인세법시행령 제48조, 제49조 제3항 및 제50조 에 규정하는 바에 의한다. (3) 소득세법시행령 제78조 【업무와 관련 없는 지출 】 법 제33조 제1항 제13호 에서 “직접 그 업무에 관련이 없다고 인정되는 금액”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 사업자가 그 업무와 관련없는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 발생하는 취득비ㆍ유지비ㆍ수선비와 이와 관련되는 필요경비

2. 사업자가 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 타인(종업원을 제외한다)이 주로 사용하는 토지ㆍ건물 등의 유지비ㆍ수선비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금

3. 사업자가 그 업무와 관련없는 자산을 취득하기 위하여 차입한 금액에 대한 지급이자

4. 사업자가 사업과 관련없이 지출한 접대비

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 과세한 것은 부당하다고 주장하므로 이를 살펴본다.

(1) 처분청의 관련 기록 및 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인은 00광역시 00구 00동 000-2에서 유화제 등 도매․상품중개업으로 1989.6.1. 개업하였으며, 00구청장으로부터 1995.10.16. 고압가스안전관리법 제4조 및 제5조에 따라 고압가스판매업을 허가 받았고 00지방해운항만청장에게 1996.10.1. 항만운송사업법 제26조의3 제1항 단서규정에 따라 항만운송부대사업을 등록하였다. 또한, 청구법인은 청구외법인의 재화를 국내에서 특정선박에 인도하는 용역을 대행하면서 수수료를 지급받는 법인으로서 청구법인의 재화가 아닌 청구외법인 소유의 재화를 국내에 통관하기 위하여 세관장으로부터 쟁점수입세금계산서를 교부받아 관련 매입세액을 공제하였고, 처분청은 쟁점매입세액을 부가가치세법 제17조 제2항 의 규정에 의거 매출세액에서 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세하였다.

(2) 처분청의 과세자료에 의하면, 청구외법인은 1996.10.1. 00특별시 0구 00동 0-000 소재지에 국내지점법인을 설치하여 고정사업장이 존재하고 있으며, 쟁점매입액에 대응하는 매출액 상당의 수입금액은 위 청구외법인의 국내지점법인이 법인세 신고시 이를 계상하였다. 또한, 청구법인은 쟁점매입액에 대응하는 매출세액을 부가가치세로 신고한 사실도 찾아 볼 수 없다.

(3) 청구법인이 청구외법인과 체결한 공급계약서 제4조 제1항에 의하면, 청구외법인이 상품을 청구법인의 창고로 운반하는데 소요되는 모든 비용을 책임지도록 약정되어 있다. (4) 부가가치세법 제17조 제1항 은, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고 있으며, 같은 조 제2항은 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 이를 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다.

(5) 살피건대, 청구법인은 청구법인의 책임과 계산 하에 재화를 수입하고 세관장으로부터 쟁점수입세금계산서를 수취하였다고 주장하나, 청구법인이 청구외법인과 체결한 계약서에 의하면, 청구외법인 소유의 재화를 청구법인의 국내창고로 운반하는데 소요되는 비용은 청구법인이 아니라 청구외 법인이 부담하고 있고, 청구법인은 쟁점매입세액에 대응하는 매출세액을 신고한 사실도 없을 뿐만 아니라 이에 상당하는 수입금액은 청구법인이 아닌 청구외법인의 국내지점법인이 법인세 신고시 계상한 사실 등에 비추어 청구법인은 청구외법인 소유의 재화에 대하여 단순히 운반용역을 제공한데 불과하다고 보아야 할 것이고 그렇다면 쟁점매입세액은 청구법인의 매입세액으로 보기 어렵다.

(6) 한편, 청구법인은 이 건 과세처분이 국세심판결정례 등에 반한다고 주장하나, 위 결정례는 사업자가 반도체장비의 무상보증수리용역을 제공하기 위하여 그에 따른 부품을 수입하는 경우로서 이 건의 경우와 같이 외국법인의 재화를 단순히 운반하는 경우에는 적용할 수는 없는 것이다. 따라서, 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 매입세액으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.