위탁병원은 독립회계로 별도 경리를 하므로 합산하여 과세한 처분은 부당하고,청구법인의 미래 수익창출 등과 관련성을 제시하지 못하므로 영업권으로 보아 과세한 처분은 부당함.
위탁병원은 독립회계로 별도 경리를 하므로 합산하여 과세한 처분은 부당하고,청구법인의 미래 수익창출 등과 관련성을 제시하지 못하므로 영업권으로 보아 과세한 처분은 부당함.
○○○세무서장이 2007.4.3. 청구법인에게 한 법인세 391,734,920원(2002사업연도 △74,813,390원, 2003사업연도 △61,520,540원, 2004사업연도 543,380,420원, 2005사업연도 △15,311,570원)의 부과처분은 청구법인의 소득을 ○○○시립치매요양병원, ○○○노인전문병원 및 ○○○노인전문제1병원과 독립된 별도의 소득으로 구분하여 계산하고, 청구법인이 ○○○시장, ○○○도지사 및 ○○○광역시장에게 기부한 3,910,491,642원을 청구법인의 법정기부금으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 위탁병원의 운영자는 수탁자인 청구법인이나 위탁자인 시장․도지사의 감독 및 승인을 받도록 되어 있고, 위탁병원의 수입금액은 조례 등에 의하여 위탁병원의 독립회계로 관리하면서 위탁병원의 운영 및 시설 재투자 등에만 사용하도록 되어 있어 청구법인의 손익과는 아무런 관련이 없음에도 위탁병원의 손익을 청구법인의 손익에 합산하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.
(2) 쟁점금액은 순수 사회사업인 위탁병원의 수탁운영을 위한 기부금으로서 비영리 의료재단인 청구법인의 설립목적에 부합하는 기부금이고, 청구법인은 쟁점금액과 관련한 자산을 사용․수익할 수 없으며, 위탁병원의 수입금액은 위탁병원의 운영 및 시설 재투자 등에만 사용하도록 되어 있어 청구법인이 위탁병원을 수탁운영함으로써 얻을 수 있는 이익이 전혀 없음에도 쟁점금액을 청구법인의 영업권으로 보아 과세한 처분은 잘못이고 법정기부금으로 보아 경정하여야 한다.
(1) 청구법인은 지방자치단체장이 실시한 입찰에 참가하여 쟁점금액을 제시한 후 위탁병원의 수탁운영권을 득하였고, 위탁병원의 실지운영자로서 특별한 사유가 없는 한 수탁운영기간을 연장할 수 있어 계속하여 위탁병원의 수익을 얻을 수 있을 것으로 보이며, 위탁병원의 수입금액이 지방자치단체의 예산에 직접 편입되지 않고 위탁병원이 독립적으로 관리하고 있는 점으로 보아 위탁병원의 수익․비용은 실지 운영자인 청구법인의 회계로 처리함이 타당하다.
(2) 법인세법제24조 제1항 제2호 사목에 의하면 사용수익기부자산가액은 금전 외의 자산을 국가 또는 지방자치단체 등에게 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 수익을 얻는 경우 당해 자산의 장부가액을 말하는 것이므로 청구법인이 ○○○시립치매요양병원과 ○○○노인전문병원의 수탁운영을 위하여 지방자치단체에 기부채납한 토지의 장부가액은 사용수익기부자산에 해당하고, 쟁점금액 중 위 사용수익기부자산을 제외한 기부금은 청구법인이 위탁병원들의 수탁운영권을 획득하기 위하여 지방자치단체에 기부한 것으로서 청구법인의 미래의 경제적 효익창출과 관련이 있는 것으로 보이므로 청구법인의 영업권으로 보아야 한다.
① 위탁병원의 손익을 수탁자인 청구법인의 손익에 합산하여 과세한 처분의 당부
② 청구법인이 지방자치단체장에게 기부한 토지 및 건물신축대금을 청구법인의 영업권으로 보아 과세한 처분의 당부
① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
② 제1항의 규정에 의한 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다. 제24조 【기부금의 손금불산입】
① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
② 제1항 및 제29조의 규정은 다음 각호의 기부금에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 다음 각호의 기부금을 합한 금액이 당해 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호의 결손금을 차감한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 기부금품모집규제법의 적용을 받는 기부금품은 동법 제5조 제2항의 규정에 의하여 접수하는 것에 한한다. (2) 법인세법 시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】
① 법 제23조 제2항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산
① 영 제24조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 영업권에는 다음 각호의 금액이 포함되는 것으로 한다.
1. 사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가ㆍ인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용ㆍ명성ㆍ거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액
2. 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시 등과 관련하여 부담한 기금ㆍ입회금 등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금 등
(1) 청구법인이 위탁병원과 구분하여 독립된 회계를 하면서 위탁병원과 관련하여 기부한 쟁점금액을 청구법인의 사용수익기부자산 및 법정기부금으로 보아 손금에 산입한 것에 대하여 처분청은 청구법인의 손익과 위탁병원의 손익을 합산하고 쟁점금액을 청구법인의 영업권으로 보아 이 건 과세하였음이 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.
(2) 청구법인 및 위탁병원의 사업연도별 당기순손익은 다음 <표1>과 같고, 쟁점금액 내역은 다음 <표2>와 같다.
○○○
(3) 처분청이 이 건 과세근거로 제시하고 있는 국세청 과세자문 회신문○○○에는 ‘의료업을 영위하는 재단법인이 지방자치단체의 시․도립병원 설치 조례에 의하여 건립되는 병원의 수탁운영권을 득하기 위하여 동 병원 건축대금의 일부를 금전으로 지방자치단체에 기부하고 당해 병원의 실질적인 운영자(의료기관 개설 포함)가 되어 병원을 운영하는 경우, 동 기부금은 재단 수익사업회계(수탁병원)의 영업권으로 보는 것이고, 다만 수탁운영을 위해 지방자치단체에 병원 건축물을 기부채납하고 사용하는 경우에는 법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 사목의 사용수익기부재산에 해당하는 것이다’라고 되어 있다.
(4) 청구법인과 위탁병원간에 체결된 위탁운영계약서 및 위탁병원설치운영조례 등에 의하면 ‘위탁재산은 독립회계로 별도 경리하여야 하고, 진료비 등의 수입은 위탁병원의 운영, 시설물의 유지관리 및 재투자에 사용하여야 하며, 위탁병원의 신축설계 장비구입 등의 업무를 대행할 때는 사전에 지방자치단체의 승인을 받아야 하고, 계약이 만료되거나 협약이 해지된 때에는 수탁재산을 지체 없이 반환하여야 하며, 진료수입 등은 위탁병원에 유보하여 사후 지방자치단체장의 승인을 받아야 한다’라고 되어 있다.
(5) 쟁점금액을 법정기부금 등으로 회계처리한 경위를 보면, 청구법인은 당초 ○○○시립치매요양병원에 토지 및 공사대금을 기부하고 이를 법정기부금으로 처리하였으나, ○○○지방국세청장의 청구법인에 대한 법인세 서면분석검토결과안내(2002.5.20.)에 따라 당초 신고한 법정기부금을 사용수익기부자산으로 수정신고 하였고, 동 수정신고 후에 국세청에 질의한 결과 ‘기부재산을 사용․수익하는 경우에 사용수익기부자산으로 한다’라는 회신문(2004.2.9.)에 따라 청구법인이 사용․수익하지 아니하는 쟁점금액을 법정기부금 등으로 처리한 것으로 되어 있다.
(6) 우리 원에서 2008.6.10. 지방자치단체장에게 사실조회하여 받은 회신문에 의하면 위탁병원의 운영자는 청구법인이나 위탁자인 지방자치단체장의 감독 및 승인을 받도록 되어 있고, 위탁병원의 수입금액은 위탁병원이 독립회계로 관리하고 위탁병원의 운영 및 시설 재투자에만 사용하도록 되어 있으며, 수탁운영자는 토지의 위치 및 면적, 공사비 부담 비율, 적자발생시 보전 능력 등의 모든 조건을 점수화한 후 선정위원회 등에서 결정하는 것으로 되어 있다.
(7) 위와 같은 사실관계 하에서 쟁점①에 대하여 본다. 처분청은 위탁병원의 실지 운영자가 청구법인이고 청구법인이 위탁병원의 수익을 계속하여 얻을 수 있는 것으로 보아 위탁병원의 손익을 청구법인의 손익에 합산하여 과세하였으나, 위탁운영계약서, 위탁병원설치운영조례 및 관할 지방자치단체장의 사실조회회신문 등에 의하면 위탁병원은 수탁자인 청구법인이 운영하나 지방자치단체장의 감독 및 승인을 받도록 되어 있고, 위탁병원은 독립회계로 별도 경리하면서 진료비 등의 수입금액은 위탁병원의 운영, 시설물의 유지관리 및 재투자에만 사용하며, 유보된 소득은 위탁병원에 귀속되어 지방자치단체장의 승인을 받도록 되어 있어 위탁병원의 손익이 청구법인에게 귀속된 것으로 보기 어려움에 비추어 위탁병원의 손익을 청구법인의 소득에 합산하여 과세한 이 건 처분은 부당한 것으로 판단된다.
(8) 쟁점②에 대하여 본다. 처분청이 과세근거로 제시하고 있는 국세청 과세자문 회신문의 내용을 보면 청구법인이 위탁병원의 수탁운영권을 득하기 위하여 쟁점금액을 기부하고 위탁병원의 실질운영자가 되어 병원을 운영한다 하여 쟁점금액을 청구법인의 영업권으로 보았으나, 위 회신문에서 ‘실질운영’이라 함은 위탁병원의 모든 수익과 비용이 수탁자인 청구법인에게 실지로 귀속되는 경우이어야 할 것이고, 이 건의 경우와 같이 위탁병원의 운영은 수탁자가 하지만 위 쟁점①에서 본 바와 같이 위탁병원의 수입금액 및 유보소득이 운영자인 청구법인에게 귀속되지 하니하고 위탁병원에 귀속되며, 위탁병원을 수탁운영함으로써 청구법인이 얻을 수 있는 이익이 달리 확인되지 아니하는 경우에는 적용하기 어려워 보이는 점, 사용수익기부자산은 기부자의 사용․수익이 전제되어야 함에도 쟁점금액과 관련한 자산은 청구법인이 사용․수익할 수 없도록 되어 있어 사용수익기부자산으로 보기 어려우며, 비영리 의료법인인 청구법인의 경우 배당 등을 하지 못하는 잉여금을 계속 적립할 필요가 없어 위탁병원의 의료사업에 순수한 기부를 할 수 있을 것으로 보이는 점 등으로 보아 쟁점금액이 법정기부금이라는 청구주장은 합당해 보이는 반면, 처분청은 쟁점금액이 청구법인의 수익에 어떤 영향을 미치는지를 구체적으로 제시함이 없이 쟁점금액을 막연하게 청구법인의 미래 수익창출 등과 연관이 있다고 판단하여 영업권으로 보아 과세한 것은 잘못이라 하겠다. 따라서 처분청이 청구법인의 손익과 위탁병원의 손익을 합산하고 쟁점금액을 청구법인의 영업권으로 보아 과세한 처분은 청구법인의 손익을 위탁병원의 손익과 독립되는 별도의 소득으로 구분하여 계산하고 쟁점금액은 청구법인의 법정기부금으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 조세심판관합동회의에서 심리한 결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.