청구법인은 거주자증명서를 첨부하여 원천징수면제신청을 하지 아니하였고, 처분청에 법인세를 신고하면서도 거주자증명서를 제출하지 아니한 것으로 확인되므로 처분청이 청구법인의 법인세 환급청구를 거부한 처분이 잘못이라고 보기는 어렵움
청구법인은 거주자증명서를 첨부하여 원천징수면제신청을 하지 아니하였고, 처분청에 법인세를 신고하면서도 거주자증명서를 제출하지 아니한 것으로 확인되므로 처분청이 청구법인의 법인세 환급청구를 거부한 처분이 잘못이라고 보기는 어렵움
심판청구를 기각합니다.
청구법인은 2006.9.5. 진○○○ 유한회사(현재 진○○, 이하 “진○○”이라 한다)의 출자 2,370,000좌(이하 “쟁점출자지분”이라 한다. 2005.12.31. 기준 ○○○ 총출자 3,000,000좌의 79%에 해당)를 2개의 내국법인(아이○○ 유한회사, ○○관광 유한회사, 이하 “양수법인”이라 한다)에 양도하고 3,791,601,011원의 양도차익을 실현하였고, 양수법인은 청구법인의 쟁점출자지분 양도소득에 대해 2006.10.10. 법인세 947,900,250원을 원천징수 납부하였다. 이후 청구법인은 쟁점출자지분의 양도소득은 한․말레이시아 조세조약 제13조 소정의 ‘주식의 양도소득에 대한 거주지국 과세규정’의 규정에 의하여 국내에서 과세가 면제되는 것으로 보아 2006.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 신고시 기 원천징수된 세액의 환급을 신청하였다. 처분청은 청구법인이 거주자증명서를 제출하지 아니하여 말레이시아 거주자임을 확인할 수 없고 소득의 실질 귀속자로도 볼 수 없다고 하여 2007.5.2. 청구법인에게 원천징수세율(25%)과 법인세율(1억원까지 13%, 1억원 초과 25%)과의 차이 12,000,000원만 환급하고 나머지 935,900,250원은 환급을 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.7.30. 이 건 심판청구를 제기하였다.
(1) 청구법인은 말레이시아의 거주자에 해당하므로, 한․말레이시아 조세협약에 따라 이 건 출자지분 양도소득은 국내에서 과세가 면제되어야 하고, 조약상 혜택제한(Limitation of Benefit) 규정이 없는 상황에서 국내세법상 실질과세원칙을 적용하여 조세조약상의 혜택을 부인하는 것은 위법하다.
(2) 설령, 내국세법의 실질과세원칙을 한․말레이시아 조세협약을 해석함에 있어서 적용할 수 있다고 하더라도, 청구법인은 쟁점 출자지분 양도차익의 실질적 귀속자에 해당하므로, 그 양도차익은 국내에서 과세가 면제되어야 한다는 사실은 변경되지 않으므로, 본 건 경정청구를 거부한 처분은 세법에 부합되지 아니한 부당한 처분이다.
(1) 비거주자의 국내원천소득에 대해 비과세․면제를 위해서는 법인세법 제98조 의 4에 규정한 권한있는 과세당국에서 발행한 거주자증명서에 의해 확인되어야 하나, 청구법인이나 납세관리인은 당초 양도소득의 원천징수시점(2006.10.10.)부터 현재까지 거주자증명서를 제출하지 아니하고 있어 말레이시아 거주자인지 확인할 수 없고, 청구법인은 조세회피지역에 소재하여 소득의 귀속자로 볼 수 없는 명목상의 회사(상위 투자자가 실질 귀속자)인 Paper Company로 판단된다.
(2) 조세조약이 국내세법에 대한 특별법으로서의 지위를 가지고 있는 것은 사실이나 조세조약에 규정한 혜택을 향유하기 위해서 국내세법에 규정한 절차가 준수되지 아니한 상황에서 국내세법보다 우선적으로 적용되어야 한다는 주장은 받아들일 수 없는 바, 당초 양수법인은 법인세법 제98조 의 4에 의한 비거주자에 대한 비과세․면제신청서에 의거 청구법인의 거주자증명서를 첨부하여 신청하고, 국세청장이 동 신청에 대한 승인시 원천징수의무가 발생하지 않았을 수 있음에도 불구하고 청구법인은 이 규정에 대하여 간과하고 양도소득세를 원천징수납부한 것은 명백한 권리의 포기로 볼 수 있으며, 뒤늦게 원천징수된 세액에 대해 법인세 신고를 통해 환급을 신청한 것은 명백한 절차상의 하자이다. 다만, 청구법인이 요건을 갖추어 국세청에 선 원천징수된 세액의 환급을 신청하고 국세청장이 양수법인의 선 원천징수가 잘못되었음을 인정하는 경우에는 양수법인에게 경정청구의 기회를 제공하여 기 원천징수세액을 환급조치하는 것은 별도의 사안이다.
(1) 법인세법 제4조 【실질과세】
① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.
② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득․수익등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다. 제91조 【과세표준】
① 국내사업장을 가진 외국법인과 제93조 제3호의 규정에 의한 부동산소득이 있는 외국법인 또는 동조 제8호의 규정에 의한 산림소득이 있는 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 국내원천소득의 총합계액(제98조 제1항의 규정에 의하여 원천징수되는 국내원천소득금액을 제외한다)에서 다음 각호의 규정에 의한 금액 또는 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다. 1.～3. (생략)
② 제1항의 규정에 해당하지 아니하는 외국법인의 경우에는 제93조 각호의 구분에 의한 각 국내원천소득의 금액을 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준으로 한다. 제93조 【국내원천소득】 외국법인의 국내원천소득은 다음 각호와 같이 구분한다.
7. 소득세법 제94조 의 규정에 의한 양도소득(동조 제1항 제3호의 규정에 의한 소득을 제외한다)으로서 대통령령이 정하는 소득. 다만, 그 소득을 발생하게 하는 자산이 국내에 있는 경우에 한한다. 제97조 【신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수】
① 제91조 제1항의 규정에 해당하는 외국법인과 제91조 제2항 및 제3항의 외국법인으로서 제93조 제7호에 규정하는 국내원천소득이 있는 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 대하여는 이 절에서 규정하는 것을 제외하고 제57조 제1항ㆍ제2항, 제58조, 제58조의 2, 제59조, 제60조(동조 제2항 제1호의 규정에 의한 이익잉여금처분계산서 또는 결손금처리계산서를 제외한다)，제61조, 제62조 및 제63조 내지 제76조의 규정을 준용한다. 이 경우 제64조의 규정을 준용함에 있어서 제91조 제1항의 규정에 의한 외국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준에 제98조 및 제98조의 3의 규정에 의하여 원천징수된 소득이 포함되어 있는 때에는 당해 원천징수세액은 제64조 제1항 제4호의 규정에 의하여 공제되는 세액으로 본다. 제98조의 4 【외국법인의 국내원천소득 중 비과세 등을 적용받는 경우 비과세 등의 신청】 제93조의 규정에 의한 국내원천소득(동조 제5호 및 제6호의 소득을 제외한다)에 대하여 조세조약에 따라 비과세 또는 면제를 받고자 하는 외국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 그 비과세 또는 면제에 관한 신청을 하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제132조 【국내원천소득의 범위】
⑪ 법 제93조 제7호 본문에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 소득을 말한다.
1. 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 소득
2. 소득세법제94조 제1항 제4호의 소득. 이 경우 동호 중 “주식 등”은 동법 시행령 제158조 제1항의 규정에 불구하고 양도일이 속하는 사업연도 개시일 현재 당해 법인의 자산총액 중 동법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 100분의 50 이상인 법인의 주식 또는 출자지분(유가증권시장에 상장 또는 등록된 주식 또는 출자지분을 제외한다)으로 한다. 제138조의 4 【외국법인의 국내원천소득 중 비과세 등을 적용받는 경우 비과세 등의 신청】
① 법 제98조의 4의 규정에 의하여 비과세 또는 면제의 신청을 하고자 하는 외국법인은 재정경제부령이 정하는 비과세ㆍ면제신청서(이하 이 조에서 "비과세ㆍ면제신청서"라 한다)를 소득지급자에게 제출하고 해당 소득지급자는 소득을 최초로 지급하는 날의 다음달 9일까지 소득지급자의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 비과세 또는 면제의 신청을 한 후 계약내용의 변경 등으로 비과세 또는 면제의 신청내용이 변경되는 경우에도 또한 같다.
② 제1항의 규정에 의한 비과세ㆍ면제신청서에는 당해 외국법인의 거주지국의 권한있는 당국이 발급하는 거주자증명서를 첨부하여야 한다.
③ 외국법인은 그 대리인(국세기본법 제82조 의 규정에 의한 납세관리인을 포함한다) 등으로 하여금 제1항의 규정에 의한 비과세 또는 면제신청을 하게 할 수 있다.
④ 법 제98조의 3의 규정에 의하여 금융기관이 외국법인의 채권 등을 인수ㆍ매매ㆍ중개 또는 대리하는 경우에는 당해 금융기관과 외국법인간에 대리 또는 위임의 관계가 있는 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.
⑤ 법 제98조 제6항의 규정에 의하여 유가증권 양도에 관하여 증권회사 또는 주식발행법인이 원천징수하는 경우에는 당해 증권회사 또는 주식발행법인과 외국법인간에 대리 또는 위임의 관계가 있는 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.
⑥ 제4항 및 제5항이 적용되지 아니하는 경우로서 소득지급자가 국내에 주소, 거소, 본점, 주사무소, 사업의 실질적 관리장소 또는 국내사업장(소득세법 제120조 에 규정된 국내사업장을 포함한다)이 없는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 소득지급자에게 제출하지 아니하고 소득수령자가 납세지 관할세무서장에게 직접 비과세ㆍ면제신청서를 제출할 수 있다.
⑦ 법 제93조의 규정에 의한 국내원천소득으로서 다음 각호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 비과세ㆍ면제신청서를 제출하지 아니할 수 있다.
1. 법 및 조세특례제한법에 의하여 법인세가 과세되지 아니하거나 면제되는 국내원천소득
2. 법 제93조 제3호ㆍ제7호 및 제8호의 규정에 의한 국내원천소득
3. 그 밖에 재정경제부령이 정하는 국내원천소득
(3) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】
① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.
4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득
② 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 모두 해당되는 경우에는 제4호의 규정을 적용한다. 소득세법 시행령 제158조 【기타자산의 범위】
① 법 제94조 제1항 제4호 다목에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 1인 및 기타주주가 그 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 50 이상을 주주 1인 및 기타 주주외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식 등
(4) 한․말레이시아 조세협약(1982.4.20. 쿠알라룸푸르에서 서명, 1983.1.2. 발효된 것) 제4조 【거주자】
(1) 이 협약의 목적상 “일방체약국의 거주자”라 함은 그 국가의 법에 따라 주소, 거소, 본점 또는 주사무소의 소재지관리장소 또는 이와 유사한 성질의 다른 기준에 의하여 그 국가에서 납세의무가 있고 그 국가에 거주하는 인을 의미한다.
(2) 제1항의 규정에 의하여 개인이 양체약국의 거주자로 되는 경우에 그의 지위는 다음과 같이 결정된다.
(3) 제1항의 규정으로 인하여 개인 이외의 인이 양체약국의 거주자로 되는 경우에는, 그 인은 그의 실질적인 관리의 장소가 있는 체약국의 거주자로 간주된다. 의문이 있는 경우에는, 양체약국의 권한있는 당국이 상호합의에 의하여 문제를 해결한다. 제13조 【양도소득】
(1) 제6조에 언급되고 타방체약국내에 소재하는 부동산의 양도로부터 일방체약국의 거주자에게 발생되는 이득에 대하여는 동타방체약국에서 과세할 수 있다.
(2) 일방체약국의 기업이 타방체약국내에 가지고 있는 고정사업장의 사업용 재산의 일부를 형성하는 동산의 양도나 독립적 인적용역의 수행목적상 일방체약국의 거주자가 이용할 수 있는 타방체약국내의 고정시설에 속하는 동산의 양도로부터 발생되는 이득 및 그러한 고정사업장(단독으로 또는 기업체와 함께) 또는 고정시설을 양도함으로써 발생하는 이득에 대하여는 그 타방체약국에서 과세할 수 있다.
(3) 국제운수에 운행되는 선박 또는 항공기 및 그러한 선박이나 항공기의 운행에 부수되는 동산의 양도로부터 발생하는 이득에 대하여는 그 기업이 거주자로 되어있는 체약국에서만 과세한다.
(4) 제1항, 제2항 및 제3항에 언급된 재산 이외의 재산이 양도로부터 발생하는 이득에 대하여는 그 양도인이 거주자로 되어있는 체약국에서만 과세한다.
(1) 청구법인은 2006.9.5. 쟁점출자지분을 내국법인 아이○○ 유한회사에 1,485,000좌, ○○관광 유한회사에 885,000좌를 양도하고 3,791,601,011원의 양도차익을 실현한 후 비과세․면제신청서를 제출하지 아니한 것으로 나타나며, 아이○○ 유한회사와 ○○관광 유한회사는 쟁점출자지분 양도소득에 대한 법인세를 2006.10.10. 각각 ○○세무서와 ○○세무서에 593,937,500원, 353,962,750원 합계 947,900,250원을 원천징수 납부한 사실이 심리자료에 나타난다.
(2) 청구법인은 2007.3.31. 2006사업연도(2006.1.1.～2006.12.31.) 법인세를 신고하면서 원천징수납부한 법인세 947,900,250원을 환급세액으로 하여 신고하였고, 처분청은 2007.5.2. 원천징수세율과 법인세율 차이에 의한 법인세 12,000,000원을 제외한 법인세 935,900,250원은 환급을 거부한 사실이 심리자료에 나타난다.
(3) 청구법인이 양도한 쟁점출자지분이 한․말레이시아 조세협약 제13조 제4항의 “제1항, 제2항 및 제3항에 언급된 재산 이외의 재산”에 해당한다는 점에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.
(4) 청구법인은 청구법인이 말레이시아 거주자에 해당하고 말레이시아 정부가 발행한 거주자증명서를 처분청에도 제출하였고 심판청구서에도 첨부하였다고 청구이유서에 적시하고 있으나, 처분청에 거주자증명서를 제출한 사실이 없고, 우리원에도 제출한 바가 없는 것으로 확인되어 거주자증명서 제출여부에 대하여 보정을 요구하자, 청구법인은 2008.1.28. 발급일자가 1999.11.16.로 나타나는 거주자증명서(Co of Malaysia Re) 사본을 제출하였고, 이후 2008.2.22. 추가로 제출한 거주자증명서(Malaysian Tax Re St - Year of As** 2006) 사본에는 발급일자가 2008.2.12.로 나타나고 청구법인이 2006사업연도 말레이시아 거주자라고 기재되어 있다.
(5) 한편, GS 및 MS펀드(미국법인 Go S와 Morgan Stanley가 케이만아일랜드에 설립한 4개의 펀드로 GS H Company, Whl Pa Real Estate L.P.ⅩⅢ, Wh Stl Real Estate L.P.ⅩⅢ, M. Inc, S St Real Eastate Fund 2000.L.P.를 말함)가 말레이시아 라부안에 설립한 Me라는 SPC(sp pur company)를 통하여 국내법인의 지분을 매입 및 양도하고 얻은 양도차익에 대하여 양도소득의 실질 귀속자를 GS 및 MS펀드로 보아 과세한 사건(국심 2006서2532, 2007.8.29. 참조, 이하 “종전 사건”이라 한다/)에 대하여 보면, 아래와 같은 내용이 나타난다. (가) ○○지방국세청 조사담당자가 2005년 5월경 말레이시아 현지에 출장하여 확인한 내용을 보면, Me의 소재지는 “L 2＆3, level 3, Wi La Ja Ke 87000 Wi Pe La, Malaysia”로 나타나고, 위 소재지에는 Sh Sk Tr Company Ltd.라는 신탁회사의 직원만 있고 이 신탁회사의 직원이 설립대행․서류보관․기장대리․법정신고 및 연간수수료 대납 등의 업무를 수행하고 있었으며, Me를 포함한 당해 신탁회사가 관리하는 역외회사의 명단이 현관 벽면에 게시되어 있을 뿐 Me가 회사의 직원없이 단지 서류상으로만 존재하는 회사임을 확인하였다는 내용이 나타나며, 라부안에서는 총 2～3일이면 이러한 회사를 설립할 수 있고, 설립비용도 3백만원 정도로 저렴하며, 주주등에 대한 비밀유지가 법적으로 보장되기 때문에 케이만아일랜드등 조세피난처에 소재하는 외국계 펀드들이 국내과세를 피하기 위하여 국내 투자직전에 도관회사의 설립지로 라부안을 이용하는 것으로 조사되었고, Me의 이사회 회의록상 대표이사인 Ma Wi(○○ 윌리)는 신탁회사의 현지인 대표이사이고, 그 외 임원들은 GS 및 MS의 소속 임직원들이며, Me에서 제출한 재무제표에 의하면 임원들에 대한 급여 및 별도 비용의 지출이 없는 것으로 확인되었다는 내용이 나타난다. (나) 위 종전 사건 결정문을 보면, Me가 말레이시아 조세당국이 인정하는 말레이시아 거주자임은 부인하기 어려우나, Me는 청구법인등이 한국에서의 조세부담을 최소화하기 위한 목적으로 설립하였음이 투자계획서(Memorandum) 등에 의하여 확인되고 있고, Me의 운영과 관련하여 실질적인 투자계획의 수립과 자금조달 등을 Me가 아닌 제3의 법인 등이 한 것으로 확인되며, 쟁점주식 양도시에도 청구법인등이 지급보증서를 제출한 것으로 확인되는 바, Me는 자신의 계산과 책임하에 독립적으로 운영되는 회사로 보기 어렵고, 제3의 법인 등이 실질적으로 관리․통제하고 있는 것으로 보여지므로 Me는 제3의 법인 등의 도관회사로 볼 수 밖에 없는 것으로 판단된다는 내용이 나타난다. 아울러, 도관회사에 대하여는 조세협약상 거주자의 지위 자체를 부인하는 것이 아니라, 사실관계 규명 등을 통해 조세회피목적이 있다고 인정될 경우에 조세협약상의 혜택만 부인하는 것이므로 Me**가 말레이시아의 거주자인지 여부와는 별개로 소득의 실질적인 귀속자인 제3의 법인 등에게 과세하는 것이 타당하다고 결정한 내용이 나타난다.
(6) 살피건대, 청구법인은 말레이시아 거주자이므로 우리나라에서 비과세되어야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인은 거주자증명서를 첨부하여 원천징수면제신청을 하지 아니하였고, 처분청에 법인세를 신고하면서도 거주자증명서를 제출하지 아니한 것으로 확인되므로 처분청이 청구법인의 법인세 환급청구를 거부한 처분이 잘못이라고 보기는 어렵다고 할 것이다. 설령 청구법인이 말레이시아 거주자에 해당한다고 하더라도 청구법인은 우리원이 종전 사건에서 도관회사로 본 Me**와 소재지 및 대표자가 동일하고, 상호도 유사한 것으로 나타나며, 청구법인이 이 건 양도소득의 실질 귀속자라고 주장만 할 뿐 이를 입증할 만한 거증자료를 제시한 바 없는 점 등으로 볼 때 청구법인이 이 건 양도소득의 실질 귀속자로는 보이지 아니하므로 처분청이 청구법인의 법인세 환급청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.