사실과 다른 세금계산서로 본 처분에 대하여 조사당시 전산오류였다는 주장의 당부

○○○세무서장이 2007.2.5. 청구인에게 한 부가가치세 2002년 2기분 9,047,100원, 2003년 1기분 3,306,360원, 2004년 1기분 3,637,140원, 2005년 2기분 5,003,220원 및 종합소득세 2002년 귀속분 16,456,830원, 2005년 귀속분 579,480원의 부과처분은 실제 거래한 금액을 재조사하여 그 결과에 따라 해당 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은

○○○○ 시

○○ 구

○○ 동

○○

• ○

○○○○

○ -

○○○ 에서

○○○○ (이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 청량음료 도소매업을 영위하는 사업자로서, 2002년 2기～2005년 2기 과세기간에

○○○○ 시

○○ 구

○○ 동

○○○

• ○○ 소재

○○○○○○ 주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)

○○○ 지점으로부터 공급가액 합계액이 721,837천원인 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 관련 매입세액을 해당 과세기간의 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

• 나. ○○○ 세무서장은 청구외법인에 대해 세무조사를 실시하여 청구외법인이 2002년 2기～2005년 2기 과세기간에 아래 <표1>과 같이 실지거래금액과 다른 세금계산서를 발행하였다는 과세자료를 처분청에 통보하였다. <표1> 생략
• 다. 처분청은 쟁점세금계산서와 실제거래금액의 차이금액 257,097천원중 가공매입(실제보다 세금계산서 금액이 큰 경우)은 매입세액 불공제 및 필요경비 부인하고, 무자료매입(실제보다 세금계산서 금액이 작은 경우)은 필요경비로 추인하여, 2007.2.5. 청구인에게 부가가치세 20,993,820원(2002년 2기분 9,047,100원, 2003년 1기분 3,306,360원, 2004년 1기분 3,637,140원, 2005년 2기분 5,003,220원) 및 종합소득세 17,036,310원(2002년 귀속분 16,456,830원, 2005년 귀속분 579,480원)을 각 경정고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2007.3.30. 이의신청(

○○지방 국세청장은 이의신청을 일부 인용하여 청구인이 2002년 2기 과세기간에 청구외법인 등으로부터 교부받은 공급가액 41,166,801원의 세금계산서를 실제 거래분으로 인정하여 관련 부가가치세 및 종합소득세를 감액경정하는 결정을 하였음)을 거쳐 2007.7.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 거래상대방인 청구외법인이 ○○○세무서의 조사당시에는 전산오류로 인하여 부득이 사실과 다르게 확인하였으나, 이를 번복하여 실제 거래사실을 확인하고 있고, 거래관행상 동일한 업체로부터 무자료매입과 가공매입을 반복할 이유가 없으며, 가공매입과 무자료매입을 상계하면 그 차이가 거의 없으며, 조사내용을 인정할 경우 그에 따라 산정되는 청구인의 부가가치율이 불합리하게 나타나며, 처분청이 실제거래가 없었던 것으로 인정한 기간에도 청구인이 가계수표 등으로 거래대금을 결제하여 왔으므로, 실제거래를 인정하지 아니한 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 청구외 법인이 컴퓨터 오류 및 실무자 착오로 당초 잘못 확인하였다고 주장하나, 기 확인한 내용이 사실과 다름을 입증할 수 있는 구체적인 증빙서류를 제출하지 못하고 있고, 부가가치율은 과세기간별로 재고상황에 따라 달라질 수 있을 뿐만 아니라 2002년 2기부터 2005년 2기까지의 총 부가가치율이 4.1%로 동종업종과 유사한 수준이며, 가공매입과 무자료매입은 서로 상계될 수 없는 것이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 󰡒필요적 기재사항󰡓이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 소득세법 시행령 제55조 【부동산임대소득 등의 필요경비의 계산】

① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각호의 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용 외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구인이 청구외법인과 실제거래하고 쟁점세금계산서를 교부받았다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) ○○○세무서장은 청구외법인 ○○○지점에 대해 유통과정추적조사를 실시하였고, 조사과정에서 ○○○지점 대표자 이○○은 실제거래와 관계없이 거래업체에게 매출세금계산서를 발행․교부하였다는 취지의 확인서(2006.7.)를 제출하였는 바, 당해 확인서에는 2002년 1기～2005년 2기까지의 기간에 거래처가 요청하면 실제 거래여부에 관계없이 ○○○지점에서 매출세금계산서를 수정발행하고, 이에 따라 청구외법인 본사에서 부가가치세를 신고하였으며, 세금계산서 금액과 실제 거래금액의 불일치 내역, 실제 거래내용은 그 당시 영업사원들만 알고 있었는데 영업사원들의 잦은 이직과 영업사원들의 거래장도 미수금을 제외한 거래내용을 폐기처분하고 보관하지 아니하여 과다발행 금액과 과소발행 금액을 정확하게 알지 못한다는 취지로 작성된 것으로 나타난다.

(2) ○○○세무서장은 청구외법인 ○○○지점 대표자 이○○이 위 확인서에 첨부한 청구인과의 과다매출과 과소매출 내역을 과세자료로 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 쟁점세금계산서와 실제거래금액의 차이금액중 가공매입(실제보다 세금계산서 금액이 큰 경우)은 매입세액 불공제 및 필요경비 부인하고, 무자료매입(실제보다 세금계산서 금액이 작은 경우)은 필요경비로 추인하여 이 건 부가가치세 및 종합소득세를 부과한 것으로 처분청 과세자료에 나타난다.

(3) ○○지방국세청장은 청구인이 이 건과 관련하여 제기한 이의신청을 일부 인용하여 청구인이 2002년 2기 과세기간에 청구외법인 등으로부터 교부받은 공급가액 41,166,801원의 세금계산서를 실제 거래분으로 인정하였는 바, 이에 따라 ○○○세무서장이 통보한 과세자료상의 실제거래 인정금액의 합계액을 다시 계산하면 759,284천원이 되어 쟁점세금계산서 공급가액 721,837천원 보다 크게 나타난다.

(4) 청구인은 처분청이 가공매입으로 본 과세기간에 처분청이 인정한 실제 거래금액 보다도 더 많은 거래대금을 가계수표를 발행하여 지급하였음에도 청구외법인과의 거래를 실제거래로 인정하지 아니하는 것은 부당하다고 주장하면서 아래 <표2>와 같은 가계수표 발행내역이 기재된 비망기록을 제출하였는 바, 가계수표는 청구인이 아닌 배우자 조○○ 명의의 것으로 확인되고, 제출된 비망기록 만으로는 발행된 가계수표의 구체적인 지급상대방, 거래경위 등은 확인되지 아니한다. <표2> 생략

(5) 청구인은 청구외법인 ○○○지점 대표자 이○○이 2006년 세무조사 당시 청구외법인의 매출처인 청구인과의 거래분에 대하여 가공매출과 무자료매출이 있는 것으로 조사공무원에게 확인서를 해주었으나, 조사당시 컴퓨터 오류 및 실무자 착오로 사실과 다르게 확인해 주었으며, 실지거래내용은 당초 세금계산서 발행내용이 정당하다는 취지로 작성한 확인서(2007년 2월 작성)를 제출하였다.

(6) 청구인은 2007.11.27. 우리 원에서 실시한 ○○지역 순회심판에 출석하여 다음과 같이 의견을 진술하였다. (가) 청구인은 남편과 함께 10평 이내의 작은 가계에서 주로 음료수 등의 도소매업을 각자 사업자등록을 하여 영위하는 사업자이고, 청구외법인의 영업사원으로부터 매주 1～2회 정도 음료수를 공급받아 청구인의 소형 차량을 이용하여 저녁 무렵부터 70여개의 유흥업소 등에 공급하여 왔으며, 주문한 물품을 공급받을 당시 영업사원이 소지한 수기장부에 외상매입대금을 기록하고, 보유중인 현금이 있으면 지급하며 월말에 외상대금을 정산하면서 일부는 남편 명의의 ○○은행 가계수표를 발행하여 지급하고 월합계세금계산서를 교부받아 왔다. (나) 청구외법인의 영업사원이 자주 바뀌어 실제거래금액의 확인이 어렵고, 영업사원에게 외상대금을 지급하면서 입금증 등은 수취하지 않아 입증자료가 부족하며, 청구외법인이 수많은 거래처의 월합계세금계산서를 전산처리하면서 오류로 인해 불부합자료가 발생하였다. (다) 청구외법인이 수많은 거래처와 거래하면서 1주일마다 입금통장을 변경하여 청구외법인이 청구인의 결제내역을 확인해 줄 수 없다고 하기에 청구외법인으로부터 사실거래하였다는 확인서를 받았고, 이 건 관련 과세기간의 총거래금액을 보면 세금계산서와 실제거래 인정금액이 거의 차이가 없어 실제거래를 알 수 있는데도 이를 인정하지 아니한 것은 부당하다.

(7) 청구인의 배우자 조○○은 ○○○○라는 상호로 청구인과 동일한 사업을 영위하면서 청구외법인과 거래해온 것으로 심리자료에 나타난다.

(8) 살피건대, 청구외법인 ○○○지점 대표자가 당초에는 실제거래내역과 달리 세금계산서를 교부하였다고 확인하였다가 가공매출과 무자료매출은 컴퓨터 오류 및 실무자 착오에 의한 것이라고 이를 번복하였고, 당초 청구외법인 ○○○지점 대표자가 가공매출과 무자료매출내역을 제시하면서도 실제 거래내용은 그 당시 영업사원들만 알고 있으며 영업사원들의 잦은 이직 등으로 세금계산서 과다발행 금액과 과소발행 금액을 정확하게 알지 못한다고 확인하였으며, 청구인이 가공매입과 무자료매입을 반복할 이유가 없는 것으로 보일 뿐만 아니라, 해당기간의 실제 거래금액이 이의신청시 인정분을 포함하면 세금계산서 교부금액보다 크며, 청구인이 영위한 사업의 특성상 청구외법인의 영업사원과 대부분 현금으로 거래하게 되므로 청구인이 실제거래 금액을 입증할 수 있는 객관적인 증빙서류를 제시하기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점세금계산서가 모두 사실과 다른 것이라고 단정하기 어렵다. 따라서 처분청은 청구인이 거래대금 지급사실을 입증하기 위해 제출한 배우자 조○○ 명의로 발행하여 지급한 가계수표 내역, 청구외법인 영업사원이 청구인으로부터 수금하여 입금한 거래대금의 내역 등에 근거하여 청구인이 실제 거래한 금액을 재조사하고 그에 따라 이 건 과세처분을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.