양도일 직전 별도합산과세대상기간이 2년 미만시 비사업용토지 해당 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2006.10.20. 00광역시 00구 00동 0000-3 토지 445㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 신고납부하였다. 처분청은 쟁점토지는 무허가공장 부속토지로서 일정기간 이상 종합합산과세대상 토지로 분류되어 소득세법 제104조 의 3 제1항 및 동법 시행령 제168조의 6 규정에 따라 비사업용토지에 해당된다 하여 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하고 2007.4.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 786,180,120원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.7.2. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 제96조 제2항 제8호 및 동법 제104조의 3 제1항 제4호 나목 등의 규정에 의하면 일정기간 이상 지방세법상 재산세 별도합산대상인 부동산에 대하여는 그 양도가액을 기준시가에 의하도록 하고 있는 바, 청구인이 양도한 쟁점토지는 2005년 및 2006년 2개년간 재산세가 별도합산과세대상으로 과세된 바 있는데 지방세법상 재산세는 매년 6월 1일을 기준으로 과세하기 때문에 쟁점토지가 별도합산과세되었던 기간은 전년도 재산세 과세기준일(2004.6.1.) 이후부터 기산하는 것이 타당하고, 이와 같이 계산하면 쟁점토지는 5년 이상 청구인이 보유한 것으로서 양도일전 2년 이상 재산세 별도합산과세대상 토지에 해당하므로 위 관련규정상 비사업용 토지에 해당하지 아니함에도 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지가 종합합산과세대상에서 별도합산과세대상으로 변경되었다면 그 사유를 확인하여 그 별도합산과세대상이었던 기간을 판단하여야 하는 바, 쟁점토지의 경우 지방세법상 2005년에 별도합산과세대상으로 과세유형이 변경된 것은 2005.1.5. 관련규정 개정에 따른 것이어서 별도합산과세대상이었던 기간은 2005.1.5.부터 양도일인 2006.10.20.까지로서 당해 기간이 최근 양도직전 3년 또는 5년 중 관련법령이 정한 기간에 미달하여 쟁점토지는 비사업용토지에 해당하므로 양도차익을 실지거래가액으로 산정하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지는 2개년 동안(2005년 및 2006년) 재산세 별도합산과세대상 토지로서 비사업용 토지에 해당하지 아니하므로 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정하여 과세한 이 건 처분은 부당하다는 청구 주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

8. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지인 경우 (2) 소득세법 제104조 의 3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것 (3) 소득세법 시행령 제168조 의 6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의 3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (4) 지방세법 제182조 【과세대상의 구분】

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지
• 나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다. < 2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 신설된 것 > (5) 지방세법 시행령 제131조 의 2 【별도합산과세대상토지의 범위】

① 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 건축물의 부속토지”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다.

1. 특별시지역ㆍ광역시지역 및 시지역(다음 각목의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한다) 안의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위 안의 토지

• 가. 읍ㆍ면지역
• 나. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지
• 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 지정된 공업지역 지방세법 시행령 부칙(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호) 제1조 【시행일】 이 영은 공포한 날부터 시행한다. < 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 삭제되기 전의 것 > (6) 지방세법 제234조 의 15 【과세표준】

① 종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준ㆍ별도합산과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다.

② 종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지 중 별도합산 또는 분리과세의 대상이 되는 건축물의 부속토지로서 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 한다. 다만, 다음 각호에 해당하는 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다. (각 호 생략) < 2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 삭제되기 전의 것 > (7) 지방세법 시행령 제194조 의 14 【건축물 부속토지의 범위 】① 법 제234조의 15 제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 건축물의 부속토지”라 함은 건축물(법 제104조 제4호의 규정에 의한 건축물과 행정자치부령으로 정하는 지상정착물을 말하며, 건축중인 경우와 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유없이 6월 이상 공사가 중단된 경우를 제외한다. 이하 이 절에서 같다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 건축물을 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물 외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하지 아니하는 토지를 말한다.

1. 공장구내의 건축물〔특별시, 광역시(군지역을 제외한다), 시지역(읍ㆍ면지역을 제외한다)안에서는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 지정된 공업지역안에 위치한 공장용 건축물에 한한다〕과 법 제234조의 15 제2항 제5호의 규정에 의한 토지안의 건축물

2. 주거용 건축물(1구의 건축물이 주거와 주거외의 용도에 겸용되는 경우에는 행정자치부령으로 정하는 기준에 의한다)

3. 제1호 및 제2호외의 건축물로서 건축물의 시가표준액이 당해 부속토지의 시가표준액의 100분의 3에 미달하는 건축물

4. 제1호 및 제2호외의 건축물 중 건축법 등 관계법령의 규정에 의하여 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인을 받지 아니하고 사용 중인 건축물(임시사용승인을 받은 경우를 제외한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지가 2005년 및 2006년 2개년간 재산세가 별도합산과세대상으로 과세되었고, 지방세법상 재산세는 매년 6월 1일을 기준으로 과세하므로 청구인이 5년 이상 보유하였던 쟁점토지가 별도합산과세되었던 기간은 전년도 재산세(종전에는 토지의 보유에 대해 종합토지세, 건축물의 보유에 대해 재산세가 부과되었으나, 부동산관련세제가 개편되면서 2005.1.5. 국세인 종합부동산세가 신설되고 종합토지세는 재산세에 통합되었음) 과세기준일(2004.6.1.) 이후로서 양도일전 2년 이상 재산세 별도합산과세대상이었으므로 관련규정상 비사업용 토지에 해당되지 아니하여 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정하여 과세한 이 건 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대해 살펴본다.

(2) 쟁점토지가 무허가공장 부속토지라는 사실에 대해 청구인과 처분청간에 다툼은 없고, 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사서(2007.2.)에 의하면 청구인은 1985.1. 쟁점토지를 취득하여 2006.10.20. 양도하고 기준시가에 의해 양도소득세를 신고․납부하였으나 쟁점토지는 청구인이 5년 이상 장기보유한 토지로서 해당 자치구에 재산세 과세내역을 확인한 바, 일정기간 이상 종합합산과세대상 토지로 분류되어 비사업용토지의 기간기준(소득세법 시행령 제168조 의 6)을 충족하므로 쟁점토지는 실지거래가액 신고대상으로 확인되어 양도가액을 실거래가액으로 결정하고자 한다고 기재되어 있다. 처분청이 제출한 00광역시 00구청의 공문(00과-2093, 2007.2.12.)에 의하면 쟁점토지에 대하여 재산세(종합토지세)가 2002년～2004년은 종합합산 과세되고 2005년 및 2006년은 별도합산 과세되었음(단, 2005년에는 쟁점토지 중 89㎡는 주택부속토지로 과세)을 알 수 있다. 위와 관련하여 그 근거규정을 보면, 쟁점토지는 무허가공장 부속토지로서 재산세(종합토지세)가 2005.1.5. 지방세법이 개정되기 전에는 구 지방세법 234조 의 15 제2항과 구 동법 시행령 제194조의 14 제1항 제4호 규정 등에 의해 종합합산과세되다가 2005.1.5. 위 규정들이 삭제되고 동법 시행령 제131조의 2가 신설되면서 동 조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세되었다(추후 2006.12.30. 동법 시행령 제131조의 2 제1항 규정이 개정되면서 쟁점토지는 다시 종합합산과세대상으로 전환됨).

(3) 비사업용 토지와 그 양도가액 산정에 관한 규정을 보면, 소득세법 제96조 제2항 제8호 에서 비사업용 토지를 양도가액에 대한 기준시가 적용대상에서 배제하고 있고, 소득세법 제104조 의 3 제1항 제4호 나목 및 동법 시행령 제168조의 6 제1호에 의하면 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 및 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간동안 지방세법 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 아닌 토지는 위의 비사업용 토지에 해당할 수 있는 것으로 규정하고 있다(즉, 양도일 직전 5년 중 3년 이상이나 양도일 직전 3년 중 2년 이상 또는 토지의 소유기간의 100분의 80에 상당하는 기간 이상 재산세 별도합산 또는 분리과세대상인 토지는 비사업용 토지에서 배제될 수 있음).

(4) 살피건대, 관련규정에 의하면 양도일 직전 5년 중 3년 이상이나 양도일 직전 3년 중 2년 이상 재산세 별도합산과세대상인 토지는 양도소득세의 실지거래가액 과세대상(비사업용 토지)에서 배제될 수 있으나, 쟁점토지의 경우 무허가공장 부속토지로서 재산세(종합토지세)가 종합합산과세되다가 2005.1.5. 지방세법 시행령 제131조 의 2 신설 등으로 별도합산과세(단, 2005년에는 쟁점토지 중 89㎡는 주택부속토지로 과세)된 점 등을 고려할 때, 비사업용 토지의 기간기준에 관한 소득세법 시행령 제168조 의 6 규정을 적용함에 있어 쟁점토지가 별도합산과세대상이었던 기간은 관련 규정이 개정(신설 등) 시행된 2005.1.5.부터 쟁점토지의 양도시점인 2006.10.20.까지로 보는 것이 위 관련규정에 대한 합리적인 해석이라 할 것이다. 그렇다면, 쟁점토지는 양도일 직전 별도합산과세대상이었던 기간이 2년 미만으로서 위 관련규정에 의한 비사업용 토지에 해당하므로 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.