구 건물매입과 관련된 부가가치세를 매입세액으로 공제할 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인(주식회사 ○○○)은 제조업 및 부동산매매업(건물신축판매업)을 영위하는 법인으로 2006.12.27 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○-○ 소재 공장용지 2,362m 2, 건물 2,673m 2 (이하 “쟁점건물” 이라한다)를 ○○○외 1인으로부터 총액 2,786,560,000원(공장용지 2,362,632,500원, 건물 422,927,500)에 매입하고 그 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서” 라한다)를 교부받아 2006년 2기 확정신고시 부가가치세 42,292,750원을 공제되는 매입세액으로 신고하였다. 처분청은 청구법인의 2006년 제2기 확정 부가가치세 환급신고에 대한 현지확인조사를 실시하여 쟁점매입세금계산서를 토지관련 매입세금계산서에 해당된다고 보아 매입세액을 불공제하고 환급신청세액 40,784,490원을 전액 차감하여 2007. 3.14 청구법인에게 2006년 2기 부가가치세 6,537,070원을 경정결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007. 6.12 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 매입한 쟁점건물은 새로운 공장건물을 신축분양하기 위하여 매입한 것으로 부가가치세법 제60조 제6항 제2호 의 규정에 의한 토지만을 사용할 목적이 아닌 건물을 신축분양하기 위하여 매입한 것으로 부가가치세가 과세되는 재화용역에 관련된 매입세액에 해당하므로 관련매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 건축물을 신축분양하기 위하여 쟁점건물 매입 즉시 철거하였으므로 이는 기존건물을 사용하지 않고 토지만을 사용하는 경우에 해당하는 것이고, 또한 실질적인 측면에서 쟁점건물을 철거하지 않고는 토지를 이용할 수 있는 상태를 만들 수 없는 것으로 쟁점건물을 철거하여 나대지 상태로 만드는 과정이 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액에 해당되어 쟁점건물에 대한 매입세액은 토지관련매입세액으로 보아 매입세액불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 부동산 건물신축판매업자가 건축물이 있는 토지를 매입하여 건축물을 철거하고 건물을 신축한 경우 구 건물매입과 관련된 부가가치세를 매입세액으로 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자 에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액” 이라함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에 는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 (3) 부가가치세법 제21조 【경 정】① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 매입한 쟁점건물은 새로운 공장건물을 신축분양하기 위하여 매입한 것으로 토지만을 사용할 목적이 아닌 건물을 신축분양하기 위하여 매입한 것으로 부가가치세가 과세되는 재화용역에 관련된 매입세액에 해당하므로 관련매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(2) 청구법인이 공장건물을 신축하여 분양할 목적으로 쟁점부동산을 취득한 사실과 쟁점부동산을 취득하여 지상건물을 철거할 때까지 구 건물을 직접 사용하거나 임대한 사실은 없는 것으로 심리자료에 의하여 확인되고, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 달리 다툼이 없다. (3) 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에서 『부가가치세가 면제되는 대통령령이 정하는 토지관련매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하고 있고, 이를 받은 부가가치세법시행령 제60조 제6항 제2호 에서는 『건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하고 있으며, 기업회계기준 해설 46-55(2001.12.27 기업회계기준서 제5호 14로 대체)에서는 『아파트 또는 상가등 신건물을 신축하기 위하여 사용중인 기존건물을 철거하는 경우 당해 견물의 미상각 장부가액과 철거비용은 전액 당기비용. 다만, 신건물을 신축하기 위하여 기존건물이 있는 토지를 취득하고 당해 건물을 철거하는 경우 기존건물의 철거 관련비용은 토지의 취득원가』라고 해설하고 있다(법인세법 기본통칙 23-31… 1 같은 뜻).

(4) 살피건대, 청구법인이 쟁점부동산의 건물을 매입한 것은 동 건물을 활용하기 위해서가 아니라 쟁점부동산의 토지상에 새로운 공장건물을 신축하기 위하여 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 철거한 경우이므로, 동 건물의 취득에 관련된 매입세액은 토지관련매입세액으로 공제대상이 아니라 할 것이다(같은 뜻: 국심2003서3190, 2004. 3. 3). 따라서, 처분청이 쟁점부동산 중 건물의 매입과 관련된 매입세액을 토지관련매입세액으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.