불복청구 진행 중에 동일한 불복취지로 당초 신고분에 대한 경정청구 가능 여부

○○○세무서장이 2007.3.29. 청구법인에게 한 경정청구 각하통지는 이를 취소하고, 청구법인이 면세버스 제조와 관련된 매입세액 및 공통매입세액을 실지귀속에 따라 구분하여 재계산한 금액이 사실과 일치하는지를 확인하여, 확인된 금액으로 그 과세표준과 세액을 경정하여 환급한다.

• 가. 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○에서 자동차(버스) 및 동 부품 등을 제조ㆍ판매하는 사업자로서 부가가치세 신고 시, 면세버스〔 조세특례제한법 제106조 제1항 제9호 에 규정된 천연가스를 연료로 사용하는 시내(마을)버스〕에 관련된 매입세액을 실지귀속에 따라 구분하지 아니하고 총 공급가액에서 면세 공급가액이 차지하는 비율로 안분 계산하여 매입세액을 불공제하고 신고하였다.
• 나. 이에 대하여 ○○지방국세청장은 전체 매입세액 중 면세버스 제조에 사용된 천연가스엔진, 천연가스통, 천연가스에 대해서만 실지귀속이 확인되는 면세분 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하고, 과세버스 제조에 사용된 경유엔진, 경유탱크, 경유에 대해서만 실지귀속이 확인되는 과세분 매입세액으로 보아 매입 세액을 공제한 다음, 나머지 매입세액은 전부 공통매입세액으로 보고 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 에 규정하는 안분계산 산식을 적용하여 과세 및 면세 매입세액을 구분한 후 2006.10.10. 청구법인에게 부가가치세 2002년 2기 267,910,150원, 2003년 1기 179,409,890원, 2003년 2기 777,404,840원, 2004년 1기 661,883,320원, 2004년 2기 558,507,850원 및 2005년 1기 573,200,540원을 각각 경정고지 하였다.
• 다. 이후, 청구법인은 2007.1.22. 당초 신고분에 대하여 면세버스와 관련된 매입세액을 실지귀속이 확인되는 면세분과 확인이 불가능한 공통매입세액 등으로 재계산하여 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따라 ○○○세무서장에게 부가가치세 2003년 2기 59,612,081원, 2004년 1기 243,393,194원, 2004년 2기 345,865,208원, 2005년 1기 318,962,658원, 2005년 2기 648,431,942 및 2006년 1기 1,247,940,887원 등 합계 2,864,205,970원을 환급하여 달라고 경정청구 하였다.
• 라. 처분청은 청구법인의 경정청구가 동일한 과세기간의 불복청구와 동일한 사안에 대하여 청구한 것으로서, 당초 처분청의 경정고지에 대하여 청구법인이 기 불복하여 현재 심리가 진행 중인 심판청구사건과 그 과세기간 및 불복취지가 중복되는 바, 제기된 심판청구사건의 결정에 따라 처리하는 것이 타당하다는 이유로 각하하고, 2007.3.29. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다(청구 법인은 기 불복청구분 중 경정청구기간 3년이 도과한 2003년 1기를 제외한 2003년 2기~2006년 1기 확정 신고분에 대하여 경정청구함).
• 바. 청구법인은 이에 불복하여 2007.4.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 경정청구제도는 과세관청의 경정결정권에 대응하여 납세의무자에게 그가 스스로 신고한 세액이 잘못하여 과다신고 된 경우 등에 대하여 이를 바로 잡아 감액 수정 등을 청구할 수 있는 권리를 보장해 주려는데 그 취지가 있으며, 2002.12.18. 법률 제6782호에 의거 신설된 국세기본법 제22조 의 2 제1항은 󰡒세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니 한다󰡓고 규정하고 있는 바, 동일한 과세기간의 동일한 과세요건사실에 대해 불복 청구한 선행 사건의 심리가 진행 중이라는 이유만으로 이 건 경정청구에 대하여 각하 통지한 처분은 처분청이 위 규정의 법리를 잘못 이해한 것으로서 부당하다.
• 나. 처분청 의견 심판청구 내용과 경정청구 내용이 동일한 사안이고 과세기간도 일치하고 있으므로 기 제기된 심판청구사건에 대한 심리가 진행 중인 상황에서 경정청구에 대하여 본안심리하여 처리할 경우 그 결과가 심판청구의 심리에 영향을 미칠 수 있으므로 심판청구 결과에 따라 처리하는 것이 타당함

• 가. 쟁 점

(1) 처분청의 과세처분에 대한 심판청구가 계류 중인 상황에서 동일한 불복취지로 당초 확정 신고분에 대하여 경정 청구할 수 있는지 여부

(2) 청구법인의 매입세액을 면세버스 제조에 사용된 부분, 과세버스 제조 등 기타 과세사업에 사용된 부분, 그리고 그 사용처가 불분명한 공통부분으로 구분할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 (

1. 부가가치세법(1993.12.31. 법률 제4663호로 개정된 것) 제17조 【납부세액 】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

(2) 조세특례제한법(2005.12.31, 법률 제7839호로 개정된 것) 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각 호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (이하 생략)

9. 여객자동차운수사업법에 의한 시내버스 및 마을버스운송 사업용으로 공급하는 버스로서 천연가스를 연료로 사용하는 것(1999.8.31, 법률 제5996호에 의거 최초로 시내버스운송 사업용에 대해 면세하게 됨)

(3) 부가가치세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16661호로 개정된 것) 제61조【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하󰡒공통매입세액󰡓이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정 신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총 공급가액

③ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총 공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통 매입세액

(4) 국세기본법(2007.4.11. 법률 제8372호로 개정되기 전의 것) 제45조의 2 【경정 등의 청구】

① 과세표준 신고서를 법정신고기한내에 제출한자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고 한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준 신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

○ 제55조 【불복】

① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

○제22조의 2【경정 등의 효력】

① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단 < 쟁점(1) >, 처분청의 과세처분에 대한 심판청구가 계류 중인 상황에서 동일한 불복취지로 당초 확정 신고분에 대하여 경정 청구할 수 있는지 여부에 대하여 본다. (1) 국세기본법 제22조 의 2 【경정 등의 효력】은 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제45조의 2 【경정 등의 청구】에는 과세표준 신고서를 법정신고 기한내에 제출한 자가 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때는 법정 신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 되어 있다.

(2) 처분청으로부터 당초 처분을 증액시키는 경정처분을 당한 자는 그 경정처분에 의하여 그의 권리ㆍ이익이 침해당하였다고 할 수 있으므로 불복청구의 당사자적격이 있다 할 것이며, 불복청구를 함에 있어서도 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액만이 다툼의 대상이 된다고 하여야 함이 세액을 기준으로 경정의 효력을 정한 위 규정에 비추어 보아 그 타당성이 인정된다고 하고, 그러하다면 불복청구의 이유로서는 당초 확정행위의 하자를 포함한 모든 과세요건사실의 하자를 그 대상으로 하지만 청구세액은 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분만이 그 대상이 되어야 한다고 되어야 할 것이며(국심 2003중556, 2003.10.18. 같은 뜻), 증액경정처분에 대하여는 불복청구제도를 통한 구제절차가 시행ㆍ정착된 후에 납세의무자 스스로 신고한 세액이 잘못 과다신고된 경우 등에 이를 시정할 수 있는 권리를 보장하기 위하여 경정청구제도가 도입된 점 등을 감안하여 볼 때, 이 건과 같이 증액경정처분이 있는 경우 경정후의 과세표준 및 세액 전액에 대하여 경정청구를 할 수 있다는 것이 아니라 경정처분으로 인하여 변경되지 아니하고 남아 있는 당초 신고세액에 대하여만 경정청구를 할 수 있고, 추가 고지세액의 위법ㆍ부당성에 대하여는 불복청구를 통한 구제절차를 밟아야 한다고 해석하는 것이 경정청구제도와 함께 불복청구제도를 규정하고 있는 국세기본법 관련 규정에 대한 체계ㆍ종합적이고 합목적적인 해석이라 할 것이므로, 처분청의 증액경정처분이 있은 후 이에 대하여 경정청구를 한 것이 아니라 청구인 스스로 증액 수정 신고한 세액에 대하여 이를 감액하여 달라는 경정청구를 한 것이므로 동 경정청구는 관련법령에 의하여 적법한 청구에 해당하고, 동 경정청구를 거부한 처분을 다투는 이 건 심판청구 또한 적법한 것으로 판단된다(국심 2005서4430, 2006.9.14. 같은 뜻).

(3) 위 관련법령 등을 종합해 보면, 처분청이 청구법인에게 한 경정청구 각하통지는 잘못이 있는 것으로 판단된다. < 쟁점(2) >, 면세사업과 관련된 매입세액은 그 실질귀속에 따라 계산하고 그 실질귀속이 불분명한 경우에는 총 공급가액 중 면세공급가액 비율에 의하여 안분하여야 한다는 법률의 적용 및 그 계산방식에 대하여는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없는 바, 실제로 면세 및 과세사업분 매입세액 및 공통매입세액의 구분이 가능한 지에 대하여 본다.

(1) 이 건 과세경위를 보면, 청구법인은 2005년 제1기 부가가치세 신고시까지, 면세버스 관련된 매입세액을 실지귀속 구분에 의하지 아니하고 매입분 전부를 공통매입세액으로 보아 안분계산방식에 의거하여 면세분은 매입세액 불공제하여 부가가치세를 신고하다가, 2005년 제2기 부가가치세 신고시부터 천연가스엔진 등 3가지 부품에 대하여는 면세분으로 구분하고 나머지 부품은 실지귀속의 구분이 불분명한 공통매입분으로 보아 안분계산 하여 면세버스관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 신고하였다. 이에 대하여, 처분청은 청구법인에 대한 법인세 조사결과 버스 제조과정의 특성상 무수히 많은 부품과 자재들이 사용되므로 더 이상의 구분은 불가능하다는 경리직원의 진술을 근거로, 2002년 2기 이후 과세기간의 부가가치세에 대하여 엔진 등 3가지 부품 이외의 모든 부품을 공통매입분으로 하여 관련법령에 의거 재계산하여 증액 경정고지 하였다.

(2) 청구법인은 매입세액을 면세버스 제조에 사용된 부분과 과세버스 제조 등 기타 과세사업에 사용된 부분, 그리고 그 사용처가 불분명한 공통부분으로 구분할 수 있다고 주장하면서 각 과세기간별 매입세액 불공제 재계산 명세서 등 관련 증빙을 제출한 바, 이에 대하여 본다. (가) 청구법인은 과세 및 면세겸영사업인 완성차사업은 주문생산방식이므로 주문과 동시에 버스별로 생산호수(PONO)가 부여되면 전산시스템에 입력되어있는 면세버스 제조용 부품소요량명세서(생산BOM)에 따라 차량생산계획일정에 맞추어 부품제조 하청업체에 생산시작 3일전에 발주하고 각 생산단계에서 입고된 부품들은 품번에 의거 생산호수(PONO)별로 불출되는 것으로서, 이러한 과정의 결과 입고부품사용명세서가 나오는 바, 결국 해당 부품의 매입시점 이전부터 그 사용처의 실지귀속이 구분되어 그 부품이 면세버스 제조에 사용되는 부품인지 아니면 과세버스 제조에 사용되는 부품인지를 생산버스별로 알 수 있는 것으로서, 입고부품사용명세상의 사용금액이 면세버스 제조에 사용된 자재매입금액으로서 면세버스 관련 매입세액이 계산된다고 주장하면서, 자재입고ㆍ 불출업무 PROCESS, 생산호수(PONO)별 부품소요량 명세서, 입고부품 명세서, 품번별 소요량리스트, 입고부품 사용명세서 등을 증빙으로 제출하였다. (나) 각 과세기간별 매입세액 불 공제 재계산 명세서에는 당초 신고분, 처분청의 증액경정분 및 청구법인의 이 건 심판청구를 위한 재계산분별로 총 공급가액, 면세공급가액, 공통매입세액 등이 청구법인의 ○○ 및 △△공장별로 나타나 있으며, 이 수치에 대한 근거자료로 유형별 매출ㆍ매입자료, 생산호수(PONO)별 부품소요량 명세서, 입고부품 명세서, 품번별 소요량 리스트, 입고부품 사용명세서 및 공통매입세액 명세서 등을 각 과세기간별로 제출하였다, (다) 청구법인은 과세버스제조 이외에도 과세매출사업부문으로 A/S부품매출, 유상사급매출 등이 있으며, 이 사업과 관련된 모든 부품은 전산시스템에 의하여 발주 시부터 납입지시번호에 의해 실지귀속이 구분되므로 공통매입세액이 아니고 과세사업관련 매입세액이라고 주장하고 있는데, 그 근거로 각 과세기간별 유형별 매출ㆍ매입자료 및 납입지시번호에 의한 실지귀속에 따른 사용처 구분내역을 제출하였다.

(3) 면세버스의 생산과정 및 청구법인이 제출한 관련 증빙들에 대하여 처분청 또한 현장조사 등을 통해 확인하여야 한다는 의견을 제시한바, 2007.3.29. 담당 공무원이 부산지역순회 국세심판시 현장 확인한 결과 등은 다음과 같다. (가) 처분청이 엔진 등 3가지 부품의 매입세액만 면세분 매입세액으로 인정하고 나머지는 전부 공통매입세액으로 보고 안분 계산함에 따라, 2004년 2기 부가가치세 과세기간의 경우 면세공급가액보다 면세매입금액이 더 많게 계산되는 경우가 있는바(아래 표 참조), 그 이유는 청구법인의 과세 및 면세관련 매입세액으로 엔진 등 일부만 실지귀속이 확인되는 매입분으로 인정하고 나머지는 전부 공통매입세액으로 보아 안분 계산함에 따라 유상사급매출, A/S부품매출 등의 기타 과세사업관련 매입세액이 공통매입세액에 포함되어 면세비율 만큼 불공제매입세액으로 과다배부된 것으로 판단되는 데 반해, 청구법인이 재계산한 면세공급가액 대비 불공제매입금액 비율은 63.8%~72.8%에 불과한 것으로 나타나고 있다. < 각 과세기간별 면세공급가액대비 불공제매입금액비율 > 과세기간 면세공급가액@ 불공제매입금액ⓑ 처분청 조사비율 ⓑ/@ (%) 청구법인 재계산비율(%) 2003년 1기 2003년 2기 2004년 1기 2004년 2기 2005년 1기 2005년 2기 2006년 1기 2006년 2기 37,050,913,000 27,418,359,000 32,880,208,000 26,958,928,000 36,375,367,000 31,814,252,000 69,890,471,000 74,622,196,000 31,802,519,580 26,178,237,740 30,050,657,060 27,711,973,250 34,714,855,140 31,753,821,910 61,618,190,650 47,600,806,170 85.8 95.5 91.4 102.8 95.4 99.8 88.2

• 64.5 72.3 66.5 69.2 71.2 72.8 64.2 63.8 * 2005년 2기 및 2006년 1기는 경정청구분이며, 2006년 2기에 대하여는 청구 법인이 재계산하여 신고한 것에 대하여, 부산진세무서장이 현지 확인조사 후 이를 시인하고 환급해 줌 (나) 청구법인이 제출한 ○○자동차 □□공장의 불공제 매입금액의 비율은 2004년 2기 이후에는 56.7%~68.2%에 이르러, 청구법인이 재계산한 불공제 매입비율과 유사한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2006년 제2기 부가가치세신고시부터 모든 부품에 대하여 과세 및 면세사업 관련 매입세액을 실지귀속에 따라 구분하고 실지귀속이 불분명한 회계감사수수료 등 매입세액은 공통매입세액으로 안분계산하여 신고하였으며, 이 신고분에 대하여 ○○○세무서장으로부터 부가가치세 환급 현지확인 조사를 받은 사실과 조사 후 처분청이 청구법인의 신고내역을 시인하고 환급하여 준 사실이 청구법인의 일반과세자 부가가치세 신고서, 사업장별 부가가치세 과세표준 및 납부세액(환급세액) 신고명세서 및 ○○○세무서장의 국세환급금 통지서에 의해 확인된다. (라) 한편, 이 건 심판청구사건 담당사무관이 2007.3.29. 청구법인의 ○○공장에 출장하여 현장 확인조사를 한 결과, 완전 주문생산방식에 의해 생산이 결정된 면세버스 제작과 관련된 부품의 입출고 및 생산라인에의 투입 등의 과세버스 생산에 투입되는 그것과 별도로 분리되어 전산으로 관리되고 있음을 확인하였다. (마) 또한, 이 건 2007.5.25. 심판관회의시 청구법인측이 볼트 및 너트의 경우 처럼 면세 및 과세버스 제작에 공통으로 투입되는 자재(일명, 공소자재라고 칭함)에 대해서는 공통매입분에 이미 반영하여 재계산하였다고 진술한 바, 이는 청구법인이 제출한 공통매입명세서에 의해 확인된다.

(4) 살피건대, 이 건의 처분경위를 보면 청구법인이 당초 각 과세기간별 부가가치세신고시 과세분 및 면세분을 실지귀속에 따라 구분하지 않고 매입부분 전체를 공통매입으로 보아 안분 계산하여 신고하였으며, 처분청이 이와 관련하여 청구 법인이 제출한 자료에 근거하여 천연가스엔진 등 3개 부품에 대하여만 실지귀속이 확인되는 것으로 하고 나머지는 공통매입세액으로 안분 계산하여 경정 고지한 사실이 확인되나, 청구법인이 비록 과세분과 면세분을 안분하여 신고하지 않았다고 하더라도 과세사업 및 면세사업에 관련된 매입세액의 실지귀속 구분이 증빙에 의해 확인된다면 안분대상 공통매입세액을 재조사하여 이를 총 공급가액 중 면세공급가액의 비율로 안분한 세액을 면세관련 매입세액으로 경정하는 것이 타당한바(국심 2003서3724, 2004.6.3. 참고), 면세버스 제조와 관련하여 소요부품의 입출고 및 생산라인에의 투입 및 조립과정이 전산시스템에 의해 제어되고, 불공제 매입금액 비율이 경쟁사인 ○○자동차 □□공장의 그것과 유사하며, 특히 청구법인이 실지귀속에 따른 매입세액을 구분하여 신고한 2006년 2기 부가가치세 신고분에 대하여 ○○○세무서장이 현장 확인조사 후 이를 시인한 사실 등에 비추어 볼 때, 면세버스에 소요되는 관련 부품이 매입단계에서부터 실지귀속의 구분이 가능하고 그 밖에 과세버스 제조 비용, 과세 및 면세사업에 공통으로 사용되는 부품 및 비용의 구분이 가능하다고 하는 청구법인의 주장은 타당한 것으로 인정된다. 따라서, 처분청은 청구법인이 이 건 심판청구시 증빙으로 제출한 불공제 매입 세액 등의 재계산분에 대하여 사실과 일치하는 지를 확인하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.