양도소득세 감면세액 적용대상 기준일 계산 적정 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2006.8.10. ○○ ○○시 ○○동 ○○ 답 2,010㎡ 등 4필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ○○○○공사에 양도하고, 2006.9.1. 자경농지에 대한 양도소득세 감면세액을 40,036,527원으로 계산하여 감면신청하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지가 2005.12.29. 주거지역에 편입된 경우라 하여 쟁점토지를 취득한 날부터 주거지역편입일까지의 양도소득세 30,653,350원을 감면세액으로 결정하여 2007.1.12. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 9,383,170원을 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.1.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

○○○○공사가 주거지역에 편입(2005년 12월)된 쟁점토지를 수용하면서 2006년 6월에 자연녹지로 감정평가하여 2006년 8월에 토지가액을 보상하였으므로 처분청이 쟁점토지 양도에 대한 감면세액을 계산하면서 ‘토지수용보상일’이 아닌 ‘주거지역편입일’을 기준으로 계산한 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 관계법령에서는 쟁점토지에 대한 감면세액을 ‘주거지역편입일’을 기준으로 계산하도록 규정하고 있으므로 청구주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면세액을 ‘주거지역편입일’이 아닌 ‘토지수용보상일’을 기준으로 계산하여야 한다는 주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상(괄호 생략) 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세・감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 의한 주거지역・상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 ｢도시개발법｣ 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현대 특별시・광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(괄호생략)에 있는 농지 중 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 의한 주거지역・상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지.(단서생략)

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 ｢소득세법｣ 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서:양도소득금액“이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (주거지역 등에 편입되거나 (취득당시의 환지예정지 지정을 받은 - 기준시가) 날의 기준시가) (산식) 양도소득금액×────────────────────── (양도당시의 기준시가) - (취득당시의 기준시가) (3) 국토의계획 및 이용에 관한 법률 제30조 【도시관리계획의 결정】

⑥ 건설교통부장관 또는 시・도지사는 도시관리계획을 결정한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 고시하고, 건설교통부장관 또는 도지사는 관계 서류를 관계 특별시장・광역시장・시장 또는 군수에게 송부하여 일반이 열람할 수 있도록 하여야 하며, 특별시장・광역시장은 관계서류를 일반이 열람할 수 있도록 하여야 한다. 제36조【용도지역의 지정】

① 건설교통부장관 또는 시・도지사는 다음 각호의 1의 용도지역의 지정 또는 변경을 도시관리계획으로 결정한다.

1. 도시지역: 다음 각목의 1로 구분하여 지정한다.

• 가. 주거지역: 거주의 안녕과 건전한 생활환경의 보호를 위하여 필요한 지역
• 나. 상업지역: 상업 그 밖의 업무의 편익증진을 위하여 필요한 지역
• 다. 공업지역: 공업의 편익증진을 위하여 필요한 지역

(4) 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법 제5조【국민임대주택단지예정지구의 지정 등】

① 건설교통부장관은 단지조성사업을 추진하기 위하여 필요한 지역을 국민임대주택단지예정지구(이하 “예정지구”라 한다)로 지정하거나 지정된 예정지구를 변경 또는 해제할 수 있다. 제8조【도시지역으로의 용도지역 지정 등】 건설교통부장관이 예정지구를 지정・변경 또는 해제고시한 때에는 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제36조 제1항 제1호 의 규정에 의한 도시지역으로의 용도지역의 지정, 동법 제51조의 규정에 의한 제1종지구단위계획구역의 지정・변경 또는 해제가 있는 것으로 본다. 제11조【단지조성사업 실시계획의 승인 등】

① 단지조성사업자는 사업규모와 내용, 사업기간, 재원조달계획 그 밖에 대통령령이 정하는 사항 등을 포함한 단지조성사업 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 수립하여 건설교통부장관의 승인을 얻어야 한다. (단서생략) 제12조【다른 법률과의 관계】

① 제11조의 규정에 의하여 실시계획의 승인이 있는 때에는 다음 각호의 승인・허가・인가・결정・신고・지정・면허・협의・동의・해제・심의 등(이하 “인・허가등”이라 한다)을 받은 것으로 보며, 실시계획의 승인의 고시가 있은 때에는 다음 각호의 법률에 의한 인・허가 등의 고시 또는 공고가 있는 것으로 본다.

6. ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제30조 의 규정에 의한 도시관리계획의 결정, 동법 제50조의 규정에 의한 지구단위계획의 결정, 동법 제56조의 규정에 의한 개발행위허가, 동법 제86조의 규정에 의한 도시계획시설사업의 시행자의 지정 및 동법 제88조의 규정에 의한 실시계획의 인가, 동법 제118조의 규정에 의한 토지거래계약의 허가

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 건설교통부장관의 고시문 제2005-470호(2005.12.29.)에 의하면, 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법 제5조 및 제11조의 규정에 의거 쟁점토지를 포함한 ○○ ○○시 ○○동 일원의 토지에 대하여 ‘ ○○ ○○ 국민임대주택단지’ 예정지구 지정변경 및 실시계획을 승인하였고, 개발제한구역 해제를 위한 도시관리계획을 변경결정하였음이 나타난다.

(2) ○○시장이 2007.4.25. 발급한 토지이용계획인서에 의하면, 쟁점토지가 속한 지역에 대하여 도시지역, 자연녹지지역, 제2종 일반주거지역으로 그 용도를 지정하였음이 나타난다.

(3) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면, ○○○○공사가 쟁점토지에 대하여 2006.8.10. ‘공공용지의 협의취득’을 원인으로 소유권이전등기하였음이 나타난다.

(4) ○○○○공사의 토지수용(협의매수)확인서(2006.8.23.)에 의하면 쟁점토지는 2005.5.7. ‘○○ ○○ 택지개발지역’으로 사업인가된 후, 청구인이 2006.8.16. 토지 및 지상물에 대한 수용보상금 571,125,130원을 수령하였음이 확인된다

(5) 양도소득세 과세표준 및 감면신청서(2006.9.1.)에 의하면, 청구인은 쟁점토지에 대한 과세표준을 143,712,575원(양도가액 226,058,900원, 취득가액 16,683,299원, 양도차익 208,875,105원, 소득금액 146,212,575원)으로, 자경농지에 대한 감면세액을 40,036,527원으로 계산하였음이 확인된다.

(6) 처분청은 청구인의 양도소득세 감면신청에 대하여 조세특례제한법 제69조 제1항 단서 및 시행령 제66조 제7항에 의거 감면세액을 30,653,350원으로 계산하고 청구인의 감면신청금액과의 차액 9,383,170원을 고지하였음이 확인된다.

(7) 이를 바탕으로 살피건대, 건설교통부장관은 2005.12.29. 국민임대주택건설등에 관한 특별조치법 제5조 및 제11조의 규정에 의거 쟁점토지가 속한 ○○ ○○시 ○○동 일원의 토지에 대해 ‘ ○○ ○○ 국민임대주택단지’ 예정지구로 지정하고 실시계획을 승인・고시하였고, 이 경우 동법 제12에서는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제30조 에서 규정한 도시관리계획의 결정고시가 있는 것으로 본다고 규정하고 있으므로 쟁점토지는 위 관보게재일인 2005.12.29.에 주거지역에 편입된 것으로 보아야 할 것이다. 그렇다면, 처분청이 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면세액을 계산하면서 ‘주거지역편입일’인 2005.12.29.을 기준으로 감면세액을 계산한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.