영농조합법인의 부가가치세 환급 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 농업의 경영 및 농산물의 가공 및 판매 등의 목적으로 설립된 영농조합법인으로서 2006.2.3. 업태를 도매업으로 종목을 기타무역업으로 사업자등록신청하여 2006.2.6. 개업한 법인사업자이다. 청구법인은 2006년도 2기 부가가치세 예정신고시 매출액 없이 고정자산 등의 매입액으로 243,599,610원(공급가액으로서 이하 "쟁점매입액"이라 한다)을 신고하고 쟁점매입액의 부가가치세 매입세액 24,359,960원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 환급신청 하였다. 처분청은 청구법인이 농산물을 재배‧수출하기 위해 사업자등록을 하였고 면세포기를 한 바 없다하여 쟁점매입세액을 부가가치세 매출세액에서 공제할 수 없는 매입세액으로 보아 2006.11.8. 청구인에게 환급거부 처분 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.2.6. 심판청구를 제기 하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 단순히 청구법인이 면세포기 신고를 하지 않았고 파프리카를 재배하여 수출하기 위해 설립된 법인이라는 사유만으로 농업생산시설에 대한 부가가치세 매입세액을 환급해 줄 수 없다고 하나 청구법인의 법인 등기부 등본에 나타나는 바와 같이 청구법인의 사업목적이 농산물 생산가공 및 판매, 농산물 생산 가공수출, 농업생산시설대여사업 등과 같은 부가가치세 과세사업도 할 수 있으며, 이에 따라 청구법인이 과세사업자로 사업자등록을 신청한 것이므로 청구법인의 농업생산시설이 완공되어 청구법인이 농업생산물을 가공하지 아니하고 이를 판매하거나 면세포기신고를 하지 아니하고 수출하는 경우에는 기 환급세액에 대하여 면세매출 부분을 추징하는 것은 별론으로 하더라도 부가가치세 면세 매출이 있기 전까지는 청구법인을 부가가치세 과세 사업자로 보아 쟁점매입세액을 마땅히 환급하여 주어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 파프리카를 재배해 수출하기 위하여 사업자등록신청을 하였고, 사업자등록시 면세포기신고를 하지 않은 상태에서 시설하우스 공사를 시작 하였으며, 쟁점매입세액을 환급신청한 후인 2006.11.6. 면세포기신고서를 제출 하였는 바, 쟁점매입세액은 청구법인이 면세포기신고를 하기 전에 발생한 매입세액에 해당하므로 동 세액의 환급을 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 영농조합법인인 청구법인이 면세포기신고 전에 한 영농시설관련 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하여 환급할 것인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제11조【영세율 적용】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다. 1.수출하는 재화 제12조【면세】① 다음 각호의 재화 또는 요역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물 ‧ 축산물 ‧ 수산물과 임산물을 포함한다) 및 우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물 ‧ 축산물 ‧ 수산물과 임산물로서 대통령령이 정하는 것(1980.12.13. 개정)

11. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대용역으로서 대통령령이 정하는 것(1980. 12.13.개정)

13. 저술가 ‧ 작곡가 ‧ 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역 (1988.12.28.개정)

16. 종교 ‧ 자선 ‧ 학술 ‧ 구호 ‧ 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재 화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것.

④ 사업자는 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공 급으로서 제11조의 규정에 의하여 영세율 적용의 대상이 되는 것과 제1항 제11 호 ‧ 제13호 및 제16호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 대통령령이 정하 는 바에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니할 수 있다.(1977.12.19.개정)

(2) 부가가치세법시행령 제28조 【미가공식료품 등의 범위】③ 법 제12조 제1항 제1호에 규정하는 농 산물 ‧ 축산물 ‧ 수산물 또는 임산물은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다 (2000.12.29.개정)

1. 원생산물(2000.12.29. 개정)

2. 원생산물의 본래의 성상이 변하지 아니하는 정도의 원시가공을 거친 것 (2000.12.29. 개정)

3. 제2호의 규정에 의한 원시가공 과정에서 필수적으로 발생하는 부산물(2000. 12.29. 개정)

(3) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다.(2005.12.31.후단개정)

5. 대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법 ‧ 엽연초생산협동조합법 또는 산림조합법에 의하여 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용 ‧ 축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각목의 1에 해당하는 것(2000.10.21. 개정)

• 가. 비료관리법에 의한 비료로서 대통령령이 정하는 것(1998.12.28.개정)
• 나. 농약관리법에 의한 농약으로서 대통령령이 정하는 것(1998.12.28.개정)
• 다. 농촌인력의 부족을 보완하려고 농업의 생산성향상에 기여할 수 있는 축산용 기자재로서 대통령령이 정하는 것(1998.12.28.개정)
• 라. 축산인력의 부족을 보완하고 축산업의 생산성향상에 기여할 수 있는 축산업 용 기자재로서 대통령령이 정하는 것(1998.12.28.개정)
• 마. 사료관리법에 의한 사료(부가가치세법 제12조 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것을 제외 한다)(1998.12.28. 개정)
• 바. 산림의 보호와 개발촉진에 기여할 수 있는 임업용 기자재로서 대통령령이 정 하는 것(1998.12.28. 개정)
• 사. 친환경농업육성법에 의한 친환경농산물의 생산을 위한 자재로서 대통령령이 정하는 것(1998.12.28. 개정) 제106조【부가가치세의 면제 등】(2000.10.21. 제목개정) ① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2006년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하고, 제4호의 2의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하며, 제8호의 규정은 2007년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다(2005.12.31. 후단개정)

3. 농 ‧ 어업경영 및 농 ‧ 어작업의 대행용역으로서 대통령령이 정하는 것 (1998.12.28. 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건 사실관계를 살펴본다. (가) 청구법인은 2006.2.3. 익산세무서장에게 주업태를 기타무역으로, 주종목을 수출로 하여 사업자등록을 신청하였고, 익산세무서장은 당초 면세법인사업자로 사업자등록증을 발급하였다가, 법인사업자(업태: 도매업, 종목: 기타무역업)로 사업자등록증을 발급 한 것으로 나타나고 있다. (나) 청구법인은 2006.10.24. 처분청에 다음과 같이 2006년도 제2기분 부가가치세 예정신고(7.1~9.30기간)를 한 것으로 나타나고 있으며, 매입액의 구성은 일반매입분 434천원, 고정자산매입분 243,165천원으로서 고정자산 매입분은 건물등 감가상각자산을 취득 한 것으로 신고하고 있고, 해당 세금계산서의 내용과 처분청이 확인한 바에 의하면, 고정자산 매입분은 온실(하우스)등의 건립을 위한 건축비와 자재대금 등인 것으로 나타나고 있다. (단위: 천원) 매출액 매출세액 매입액 매입세액 환급액 0 0 243,599 24,359 24,359 (다) 처분청은 청구법인이 파프리카를 재배하여 수출할 목적으로 하우스를 건립한 것이고 당초 사업자등록신청 당시에 면세포기신고서를 제출하지 아니하였으며 면세포기신고서는 쟁점매입세액을 환급신청한 후인 2006.11.6.에 제출한 것으로서 쟁점매입세액은 면세포기신고 전에 발생한 매입세액이므로 환급을 거부한 것은 정당한 처분이라는 입장이고, 이에 대하여 청구법인은 청구법인이 면세사업 뿐 아니라 과세사업을 영위하기 위하여 설립된 법인이며 등기부 상의 목적사업에 과세사업이 포함되어 있으므로 쟁점매입세액이 면세에만 공하기 위한 시설관련 세액이거나 영세율이 적용되는 수출에만 전용되기 위한 시설관련 매입세액이라고만 볼 수 없다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다.

(2) 청구법인은 사업자등록시 업태와 업종을 수출 및 기타무역업으로 신청한 것으로 나타나고 있으며, 청구법인은 영농조합법인으로서 청구법인의 등기부등본상 목적사업이 대부분 부가가치세 면세(영세율 포함)대상인 점과 쟁점매입세액의 경우 농작물 재배를 위한 온실(하우스)설비를 위한 고정자산 매입으로 나타나고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점매입세액과 관련한 시설비 등은 면세대상인 농작물의 재배와 농작물 수출을 위한 원재료 생산을 위한 설비로 보인다.

(3) 따라서, 쟁점매입세액이 청구법인이 처분청에 면세포기신고서를 제출하기 전에 발생한 부가가치세 매입세액인 점에 대하여 다툼이 없는 이 건의 경우 쟁점매입세액은 과세사업과 관련한 매입세액으로 보기는 어려우므로 이를 매출세액에서 공제하여야 한다는 청구인의 주장은 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.