폐기물처리업자가 거래처로부터 수령한 해양환경개선부담금이 용역대가에 포함되는 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 1962.9.11.부터 〇〇광역시 〇〇구 〇〇동 000-0번지에서 폐기물수집․운반업, 폐기물해양배출업, 분뇨 등 수집운반업, 차체 및 특장차 제조업, 선박조선 수리업 등을 영위하는 법인으로서, 처분청은 2006.2.9.~2006.2.28. 청구법인에 대해 법인세 정기조사를 실시하여 폐기물해양처리와 관련하여 폐기물배출자(거래처)로부터 수령한 해양환경개선부담금(이하 “쟁점부담금”이라 한다)이 계산서 또는 세금계산서 교부대상임에도 불구하고 미교부하였음을 확인하고, 2006.7.7. 2002~2004 사업연도에 수령한 면세용역 관련 쟁점부담금 2,814,129,726원(이하 “쟁점1부담금”이라 한다)에 대하여 계산서미교부가산세를 적용하여 법인세 28,141,280원(2002 사업연도 3,661,320원, 2003 사업연도 11,529,630원, 2004 사업연도 12,950,330원)을 고지하고, 2002.2기~2005.2기 과세기간 수령한 과세용역 관련 쟁점부담금 400,821,855원(이하 “쟁점2부담금”이라 한다)을 부가가치세 과세표준에 가산하여 고지처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.10.2. 이의신청을 거쳐 2007.1.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부담금은 폐기물해양배출에 대한 공적부담금으로 용역대가에 포함되지 아니하며, 용역대가와 별도로 해양경찰서의 납부통지에 따라 배출자(거래처)로부터 징수하여 납부만 대행한 것이므로 이를 용역대가로 보아 법인세 및 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다. 국가기관외 기타 거래처와 〇〇시에 쟁점부담금을 포함하여 계산서 또는 세금계산서를 교부한 것은 동 배출자들의 폐기물이 소량이거나 일시적이고 용역대가와 쟁점부담금을 함께 수령하였기 때문이며, 이 사례를 들어 쟁점부담금을 용역대가라고 판단한 것은 잘못이다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법 제13조 및 같은 법 시행령 제48조 제1항에 따르면 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금․요금․수수료 기타 명목여하에 불구하고 실질적 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함하고 있으며, 해양오염방지법 제46조 의 3 제1항 제1호에서 쟁점부담금 납부의무자가 폐기물해양배출업자로 규정되어 있어 배출자가 부담해야 할 요금을 단순히 납부 대행할 뿐이라는 청구법인의 주장은 사실과 다르다. 쟁점부담금을 배출자로부터 수령하여 납부할 경우 별도 구분하여 징수하더라도 이를 부가가치세 과세표준에 포함하는 것이라고 해석(서삼 46015-10180, 2003.1.30.외 다수)하고 있는 것으로 볼 때 쟁점부담금은 폐기물해양배출용역에 필수로 수반되는 것으로 폐기물처리용역과 함께 세금계산서 및 계산서 교부대상으로 보아야 한다. 청구법인은 국가기관외 기타 거래처와의 폐기물해양배출처리 계약서 작성시에는 쟁점부담금을 포함하여 총처리비로 단가계약하고 세금계산서 및 계산서를 교부하고 있고, 〇〇시와의 계약시에도 쟁점부담금을 포함하여 계산서를 교부하였으나, 〇〇시 등 국가기관에서 수령하는 쟁점부담금은 세금계산서 및 계산서를 미교부한 바, 국가기관으로부터 수령하는 쟁점부담금에 대하여만 세금계산서 및 계산서 교부를 누락한 것은 설득력이 없다.

• 가. 쟁 점 폐기물해양처리업자인 청구법인이 폐기물해양처리와 관련하여 거래처로부터 수령하는 해양환경개선부담금이 용역대가에 포함되어 계산서 또는 세금계산서의 교부대상임에도 미교부하였다 하여 법인세(계산서미교부가산세) 및 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 〇 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 〇 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. 〇 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 〇 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다. 〇 부가가치세법 제12조 【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역(괄호 생략)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액 〇 부가가치세법 같은 법 시행령 제29조【의료보건용역의 범위】 법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것(괄호 생략)으로 한다.

9. 오수ㆍ분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률 제35조의 규정에 의하여 분뇨 등 관련영업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 분뇨 등의 수집ㆍ운반ㆍ처리 및 정화조청소용역 〇 법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】

① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(괄호 생략)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다. 〇 법인세법 제76조【가산세】

⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다.

1. 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우 〇 해양오염방지법 제46조의3 【해양환경개선부담금】 (2007.1.19. 법률 제8260호로 폐지되기 전의 것)

① 해양수산부장관은 해양환경 및 생태계에 현저한 영향을 미치는 사업으로서 다음 각호에 해당하는 사업에 대하여는 해양환경개선부담금(이하 "부담금"이라 한다)을 부과·징수한다.

1. 폐기물해양배출업자의 폐기물 해양배출행위 〇 해양오염방지법 같은 법 시행령 제22조의4【부담금의 부과 및 징수】

① 법 제22조의3제1항의 규정에 의한 부담금은 매분기별로 산정·부과한다.

② 부담금을 납부하여야 하는 자는 해양수산부령이 정하는 바에 따라 폐기물 인계·인수서를 작성하여 폐기물을 해양에 배출한 날부터 20일 이내에, 매분기별 폐기물 해양배출실적은 그 분기의 다음달 10일까지 해양수산부장관에게 각각 제출하여야 한다.

③ 해양수산부장관은 제2항의 규정에 의한 폐기물해양배출실적을 근거로 부담금을 산출하여 해양수산부령이 정하는 바에 따라 그 분기의 다음달 15일까지 납부고지를 하여야 한다.

④ 부담금의 납부기한은 납부고지를 한 달의 마지막 날로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 폐기물해양처리와 관련하여 아래와 같이 수령한 쟁점부담금이 계산서 또는 세금계산서 교부대상임에도 불구하고 미교부 하였음을 확인하고, 청구법인이 2002~2004 사업연도에 수령한 면세용역 관련 쟁점1부담금에 대하여 계산서미교부가산세를 적용하여 법인세를 부과하고, 2002.2기~2005.2기 과세기간 수령한 과세용역 관련 쟁점2부담금을 부가가치세 과세표준에 가산하여 부가가치세를 고지 처분하였음이 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 확인된다. <쟁점부담금 수령액> (단위: 원) 사업연도 쟁점1부담금 과세기간 쟁점2부담금 2002년 366,132,486 2002.2기 76,064,270 2003년 1,152,963,840 2003.1기 63,399,430 2004년 1,295,033,400 2003.2기 53,351,460 합계 2,814,129,726 2004.1기 60,688,700 2004.2기 55,019,300 2005.1기 48,721,150 2005.2기 43,577,545 합계 400,821,855

(2) 먼저, 청구법인이 주장하는 쟁점부담금 납부와 관련한 주요절차를 살펴보면, 배출자가 해양경찰서에 폐기물해양배출 신고 후 신고필증을 청구법인에게 제출하면, 청구법인이 해양처리 후 해양경찰서에 배출이행을 신고하고 배출자에게 처리비를 청구․수령하며, 해양경찰서가 그 분기의 다음 달 청구법인에게 쟁점부담금 납부통지를 하면 청구법인이 배출자에게 청구․수령하여 납부하고 있다.

(3) 청구법인은 쟁점부담금이 폐기물해양배출에 대한 공적부담금으로 배출자로부터 징수하여 납부를 대행한 것이므로 용역대가에 포함되지 아니하며, 국가기관외 기타 거래처와 〇〇시에 쟁점부담금을 포함하여 계산서 또는 세금계산서를 교부한 것은 동 배출자들의 폐기물이 소량이거나 일시적이고 용역대가와 쟁점부담금을 함께 수령하였기 때문이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인이 2003.5.12., 2003.11.4. 〇〇시에 교부한 계산서에 따르면, 청구법인은 분뇨 및 정화조오니 처리비와 쟁점부담금을 공급가액에 포함하여 계산서를 교부한 사실이 확인된다. (나) 청구법인이 폐기물해양처리와 관련하여 배출자들과 체결한 계약서에 따르면 쟁점부담금 포함 여부가 아래와 같이 나타난다. <폐기물해양처리관련 계약서 내용> 배출자 폐기물 종류 처리장소 계약기간 쟁점부담금 포함 여부 비 고 〇〇광역시 환경시설공단 분뇨 지정 배출해역 2003.2.1.~ 2003.12.31. 불포함 〇〇광역시 상수도특별회계 정수슬러지 지정 배출해역 2004.4.1.~ 2004.12.31. 불포함 대한〇〇협회 〇〇지부 축산분뇨 해양배출 2003.1.1.~ 2003.12.31. 처리비에 포함 〇〇가공(주) 폐수처리오니 해양배출 2003.10.6.~ 2003.12.31. 처리비에 포함 부가가치세 별도 〇〇식품산업사 폐수 해양배출 2003.11.6.~ 2003.12.31. 처리비에 포함 부가가치세 별도 공정오니 해양배출 2002.11.6.~ 2003.11.5. 처리비에 포함 부가가치세 별도 (다) 부가가치세법 제13조 및 같은 법 시행령 제48조 제1항에 따르면 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금․요금․수수료 기타 명목여하에 불구하고 실질적 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함하고 있으며, 해양오염방지법 제46조 의 3 제1항 제1호에서 쟁점부담금 납부의무자가 폐기물해양배출업자로 규정되어 있다. (라) 위의 사실들과 관련법령들을 종합하여 살피건대, 쟁점부담금은 폐기물해양배출업자인 청구법인이 부담하여야 하며 배출자들로부터 쟁점부담금을 지급받은 것은 청구법인의 경제적 부담을 배출자들에게 전가시킨 것으로서 쟁점부담금은 용역의 공급에 대한 대가에 해당하는 것으로 판단된다.(대법원 2001두3105, 2003.1.10. 참고) 또한, 〇〇시, 대한〇〇협회 〇〇지부 등과의 계약시에는 쟁점부담금을 포함하여 총처리비로 단가계약하고 세금계산서 및 계산서를 교부하고 있고, 이에 대한 부가가치세를 거래징수하여 납부한 것으로 확인되는 바, 쟁점부담금에 대해 〇〇광역시, 〇〇시, 기타 거래처 등을 달리 볼 이유가 없으므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(4) 따라서, 처분청이 쟁점부담금을 용역대가로 보아 계산서 또는 세금계산서 교부대상으로 판단하고 법인세 및 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.