공통매입세액 안분계산 대상 여부

○○세무서장이 2006.10.10. 청구법인에게 결정고지한 2003년 1기 부가가치세 179,409,890원, 2003년 2기 부가가치세 777,404,840원, 2004년 1기 부가가치세 661,883,320원, 2004년 2기 부가가치세 558,507,850원 및 2005년 1기 부가가치세 573,200,540원의 부과처분은 청구법인이 면세버스 제조와 관련된 매입세액 및 공통매입세액을 실지귀속에 따라 구분하여 재계산한 금액이 사실과 일치하는지를 확인하여, 확인된 금액으로 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 자동차(버스)및 동 부품 등을 제조 ․ 판매하는 사업자로서 부가가치세 신고시, 면세버스 ❲ 조세특례제한법 제106조 제1항 제9호 에 규정된 천연가스를 연료로 사용하는 시내(마을)버스❳에 관련된 매입세액을 실지귀속에 따라 구분하지 아니하고 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분계산하여 매입세액을 불공제하고 신고하였다.
• 나. 이에 대하여 ○○지방국세청장은 전체 매입세액 중 면세버스 제조에 사용된 천연가스엔진, 천연가스통, 천연가스에 대해서만 실지귀속이 확인되는 면세분 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하고, 과세버스 제조에 사용된 경유엔진, 경유탱크, 경유에 대해서만 실지귀속이 확인되는 과세분 매입세액으로 보아 매입세액을 공제한 다음, 나머지 매앱세액은 전부 공통매입세액으로 보고 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 에 규정하는 안분계산 산식을 적용하여 과세 및 면세 매입세액을 구분한 후 2006.10.10. 청구법인에게 부가가치세 2002년 2기 267,910,150원, 2003년 1기 179,409,890원, 2003년 2기 777,404,840원, 2004년 1기 661,883,320원, 2004년 2기 558,507,850원 및 2005년 1기 573,200,540원을 각각 경정 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.1.5. 심판청구를 제기하였다가 2002년도 하반기에 전산프로그램을 DOS 운영체제에서 WINDOS 운영체제로 변환하면서 생산 BOM(Bill of Materials, 부품소요량명세서)과 관련한 일부 데이터의 오류가 발생하여 불복에 따른 입증자료의 제출이 어렵다는 이유로 2007.2.20. 2002년 2기분에 한하여 청구를 취하하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인법인 주장 처분청이 엔진 등 3개 품목에 대하여만 실지귀속이 확인되는 과세분 매입으로 보고 기타품목은 공통매입으로 계산함에 따라 면세비율이 과다하게 높아졌으나, 청구법인은 실지 면세버스에 투입된 부품명세서등에 의거하여 면세분 매입세액과 공통매입세액 등을 계산할 수 있는 바, 처분청의 이 건 경정 고지처분은 부당하다.

(1) 과세버스 제조 이외에도 과세매출사업부문으로 A/S 부품매출, 버스 부품조달업체에게 소요자재를 사급해주는 유상사급매출 등이 있는바, 이와 관련된 매입세액은 공통매입세액이 아니고 그 사용처 구분이 가능한 과세사업분 매입세액이다.

(2) 면세버스 제조에 사용된 자재매입금액 등도 자재입고불출전산처리에 따라 면세버스(천연가스 버스)의 생산호수(PONO, 생산버스 고유번호)별로 구분 계산할 수 있다.

• 나. 처분청 의견 청구법인에 대한 조사결과, 청구법인은 먼저 실질귀속을 확인하고 이후 그 사용이 불분명한 매입세액에 대하여 안분계산하여야 함에도 불구하고, 단순 공급가액에 비례하여 면세관련 매입세액을 불공제하였기에 그 실질귀속이 명확한 천연가스, 천연가스 연료탱크, 천연가스엔진(이상은 과세버스에 전혀 사용될 수 없는 독자적인 면세관련 사용자재임)에 대하여 면세분 매입세액으로 불공제한 것이므로 이 건 경정 고지처분은 정당하다.

(1) 면세버스 생산에 대한 각종 자료수집 분석 결과, 천연가스버스와 일반 경유버스는 기본구조는 동일하나 연료와 엔진계통 등 일부는 완전히 서로 다른 부품을 사용하고 있는 것으로 확인하여 그 실지귀속이 명확하게 구분되는 부품들의 명세서 제출을 청구법인에 요구하였으나, 청구법인은 엔진, 연료탱크 및 사용연료부분 외에 더 이상의 구분은 불가능하다고 강력히 주장한 바, 청구법인이 당초 제출한 구분명세서에 의거 과세분 및 면세분을 구분하고 기타 품목은 실지귀속 구분이 불분명한 공통매입분으로 보아 안분하여 매입세액을 계산하였으므로 이 건 부가가치세를 증액 경정고지한 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구법인이 제출한 부품사용명세서는 해당 부품의 매입시점에 관계없이 생산이 시작되어 완성된 버스에 사용된 부품들에 대한 생산기준에 따른 명세로서 매입시점에서는 그 사용처가 불분명한 것으로 판단되므로 청구주장은 부당하다.

(3) 청구법인의 주장은 단순히 회사측의 주장에 불과하며 실제 버스생산과정에 관하여는 조사과정에서 청구법인측이 전혀 주장하지 아니한 것으로서, 조사공무원과 생산부서 및 자재불출 부서간 서류 및 현장조사에 의한 확인이 필요한 사항이다.

• 가. 쟁 점 청구법인의 매입세액을 면세버스 제조에 사용된 부분, 과세버스 제조 등 기타 과세사업에 사용된 부분, 그리고 그 사용처가 불분명한 공통부분으로 구분할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(1993.12.31. 법률 제4663호로 개정된 것) 제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투 자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

(2) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것) 제106조 【부가가치세의 면제 등】 ① 다음 각 호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (이하 생략)

9. 여객자동차운수사업법에 의한 시내버스 및 마을버스운송사업용으로 공급하는 버 스로서 천연가스를 연료로 사용하는 것(1999.8.31. 법률 제5996호에 의거 최초 로 시내버스운송사업용에 대해 면세하게 됨)

(3) 부가가치세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16661호로 개정된 것) 제61조 【매입세액의 안분계산】 ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 = 공통매입세액 × 면세공급가액 매입세액 총공급가액

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단 면세사업과 관련된 매입세액은 그 실질귀속에 따라 계산하고 그 실질귀속이 불분명한 경우에는 총공급가액 중 면세공급가액 비율에 의하여 안분하여야 한다는 법률의 적용 및 그 계산방식에 대하여는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없는 바, 실제로 면세 및 과세사업분 매입세액 및 공통매입세액의 구분이 가능한 지에 대하여 본다.

(1) 이 건 과세경위를 보면, 청구법인은 2005년 제1기 부가가치세 신고시까지, 면세버스 관련된 매입세액을 실지귀속 구분에 의하지 아니하고 매입분 전부를 공통매입새액으로 보아 안분계산방식에 의거하여 면세분은 매입세액 불공제하여 부가가치세를 신고하다가, 2005년 제2기 부가가치세 신고시부터 천연가스엔진 등 3가지 부품에 대하여는 면세분으로 구분하고 나머지 부품은 실지귀속의 구분이 불분명한 공통매입분으로 보아 안분계산하여 면세버스관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 신고하였다. 이에 대하여, 처분청은 청구법인에 대한 법인세 조사결과, 버스제조과정의 특성상 무수히 많은 부품과 자재들이 사용되므로 더 이상의 구분은 불가능하다는 경리직원의 진술을 근거로, 2002년 2기 이후 과세기간의 부가가치세에 대하여 엔진 등 3가지 부품 이외의 모든 부품을 공통매입분으로 하여 관련법령에 의거 재계산하여 증액 경정 고지하였다.

(2) 청구법인은 매입세액을 면세버스 제조에 사용된 부분과 과세버스 제조 등 기타 과세사업에 사용된 부분, 그리고 그 사용처가 불분명한 공통부분으로 구분할 수 있다고 주장하면서 각 과세기간별 매입세액 불공제 재계산 명세서 등 관련 증빙을 제출한 바, 이에 대하여 본다. (가) 청구법인은 과세 및 면세겸영사업인 완성차사업은 주문생산방식이므로 주문과 동시에 버스별로 생산호수(PONO)가 부여되면 전산시스템에 입력되어있는 면세버스 제조용 부품소요량명세서(생산BOM)에 따라 차량생산계획일정에 맞추어 부품제조 하청업체에 생산시작 3일전에 발주하고 각 생산단계에서 입고된 부품들은 품번에 의거 생산호수(PONO)별로 불출되는 것으로서, 이러한 과정의 결과 입고부품사용명세서가 나오는 바, 결국 해당 부품의 매입시점 이전부터 그 사용처의 실지귀속이 구분되어 그 부품이 면세버스 제조에 사용되는 부품인지 아니면 과세버스 제조에 사용되는 부품인지를 생산버스별로 알 수 있는 것으로서, 입고부품사용명세서상의 사용금액이 면세버스 제조에 사용된 자재매입금액으로서 면세버스관련 매입세액이 계산된다고 주장하면서, 자재입고 ․ 불출업무 PROCESS, 생산호수(PONO)별 부품소요량 명세서, 입고부품 명세서, 품번별 소요량 리스트, 입고부품 사용명세서 등을 증빙으로 제출하였다. (나) 각 과세기간별 매입세액 불공제 재계산 명세서에는 당초 신고분, 처분청의 증액경정분 및 청구법인의 이 건 심판청구를 위한 재계산분별로 총공급가액, 면세공급가액, 공통매입세액 등이 청구법인의 ○○ 및 ○○공장별로 나타나 있으며, 이 수치에 대한 근거자료로 유형별 매출 ․ 매입자료, 생산호수(PONO)별 부품소요량 명세서, 입고부품 명세서, 품번별 소요량 리스트, 입고부품 사용명세서 및 공통매입세액 명세서 등을 각 과세기간별로 제출하였다. (다) 청구법인은 과세버스제조 이외에도 과세매출사업부문으로 A/S부품매출, 유상사급매출 등이 있으며, 이 사업과 관련된 모든 부품은 전산시스템에 의하여 발주시부터 납입지시번호에 의해 실지귀속이 구분되므로 공통매입세액이 아니고 과세사업관련 매입세액이라고 주장하고 있는데, 그 근거로 각 과세기간별 유형별 매출 ․ 매입자료 및 납입지시번호에 의한 실지귀속에 따른 사용처 구분내역을 제출하였다.

(3) 면세버스의 생산과정 및 청구법인이 제출한 관련 증빙들에 대하여 처분청 또한 현장조사 등을 통해 확인하여야 한다는 의견을 제시한바, 2007.3.29. 담당공무원이 ○○지역순회 국세심판시 현장확인한 결과 등은 다음과 같다. (가) 처분청이 엔진 등 3가지 부품의 매입세액만 면세분 매입세액으로 인정하고 나머지는 전부 공통매입세액으로 보고 안분계산함에 따라, 2004년 2기 부가가치세 과세기간의 경우 면세공급가액보다 면세매입금액이 더 많게 계산되는 경우가 있는바(아래 표 참조), 그 이유는 청구법인의 과세 및 면세관련 매입세액으로 엔진 등 일부만 실지귀속이 확인되는 매입분으로 인정하고 나머지는 전부 공통매입세액으로 보아 안분계산함에 따라 유상사급매출, A/S부품매출 등의 기타 과세사업관련 매입세액이 공통매입세액에 포함되어 면세비율 만큼 불공제매입세액으로 과다배부된 것으로 판단되는 데 반해, 청구법인이 재계산한 면세공급가액대비 불공제매입금액 비율은 63.8%~72.8％에 불과한 것으로 나타나고 있다. 〈각 과세기간별 면세공급가액대비 불공제매입금액비율〉 과세기간 면세공급가액ⓐ 불공제매입금액ⓑ 처분청 조사비율 ⓑ/ⓐ (%) 청구법인 재계산비율(%) 2003년 1기 2003년 2기 2004년 1기 2004년 2기 2005년 1기 2005년 2기 2006년 1기 2006년 2기 37,050,913,000 27,418,359,000 32,880,208,000 26,958,928,000 36,375,367,000 31,814,252,000 69,890,471,000 74,622,196,000 31,802,519,580 26,178,237,740 30,050,657,060 27,711,973,250 34,714,855,140 31,753,821,910 61,618,190,650 47,600,806,170 85.8 95.5 91.4 102.8 95.4 99.8 88.2

• 64.5 72.3 66.5 69.2 71.2 72.8 64.2 63.8 * 2005년 2기 및 2006년 1기는 경정청구분이며, 2006년 2기에 대하여는 청구법 인이 재계산하여 신고한 것에 대하여, ○○○세무서장이 현지확인조사 후 이를 시인하고 환급해 줌 (나) 청구법인이 제출한 ○○자동차 ○○공장의 불공제 매입금액의 비율은 2004년 2기 이후에는 56.7%~68.2%에 이르러, 청구법인이 재계산한 불공제 매입비율과 유사한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2006년 제2기 부가가치세 신고시부터 모든 부품에 대하여 과세 및 면세사업 관련 매입세액을 실지귀속에 따라 구분하고 실지귀속이 불분명한 회계감사수수료 등 매입세액은 공통매입세액으로 안분계산하여 신고하였으며, 이 신고분에 대하여 ○○○세무서장으로부터 부가가치세 환급 현지확인 조사를 받은 사실과 조사 후 처분청이 청구법인의 신고내역을 시인하고 환급하여 준 사실이 청구법인의 일반과세자 부가가치세 신고서, 사업장별 부가가치세 과세표준 및 납부세액(환급세액) 신고명세서 및 ○○○세무서장의 국세환급금 통지서에 의해 확인된다. (라) 이 건 심판청구사건 담당사무관이 2007.03.29. 청구법인의 ○○공장에 출장하여 현장확인조사를 한 결과, 완전 주문생산방식에 의해 생산이 결정된 면세버스 제작과 관련된 부품의 입출고 및 생산라인에의 투입 등이 과세버스 생산에 투입되는 그것과 별도로 분리되어 전산으로 관리되고 있음을 확인하였다. (마) 또한, 이 건 2007.5.25. 심판관회의시 청구법인측이 볼트 및 너트의 경우처럼 면세 및 과세버스 제작에 공통으로 투입되는 자제(일명, 공소자재라고 칭함)에 대해서는 공통매입분에 이미 반영하여 재계산하였다고 진술한 바, 이는 청구법인이 제출한 공통매입명세서에 의해 확인된다.

(4) 살피건데, 이 건의 처분경위를 보면 청구법인이 당초 각 과세기간별 부가가치세 신고시 과세분 및 면세분을 실지귀속에 따라 구분하지 않고 매입부분 전체를 공통매입으로 보아 안분계산하여 신고하였으며, 처분청이 이와 관련하여 청구법인이 제출한 자료에 근거하여 천연가스엔진 등 3개 부품에 대하여만 실지귀속이 확인되는 것으로 하고 나머지는 공통매입세액으로 안분계산하여 경정 고지한 사실이 확인되나, 청구법인이 비록 과세분과 면세분을 안분하여 신고하지 않았다고 하더라도 과세사업 및 면세사업에 관련된 매입세액의 실지귀속 구분이 증빙에 의해 확인된다면 안분대상 공통매입세액을 재조사하여 이를 총공급가액 중 면세공급가액의 비율로 안분한 세액을 면세관련 매입세액으로 경정하는 것이 타당한 바(국심 2003서3724, 2004.6.23. 참고), 면세버스 제조와 관련하여 소요부품의 입출고 및 생산라인에의 투입 및 조립과정이 전산시스템에 의해 제어되고, 불공제 매입금액 비율이 경쟁사인 ○○자동차 ○○공장의 그것과 유사하며, 특히 청구법인이 실지귀속에 따른 매입세액을 구분하여 신고한 2006년 2기 부가가치세 신고분에 대하여 ○○○세무서장이 현장확인 조사 후 이를 시인한 사실 등에 비추어 볼 때, 면세버스에 소요되는 관련 부품이 매입단계에서부터 실지귀속의 구분이 가능하고 그 밖에 과세버스 제조비용, 과세 및 면세 사업에 공통으로 사용되는 부품 및 비용의 구분이 가능하다고 하는 청구법인의 주장은 타당한 것으로 인정된다. 따라서, 처분청은 청구법인이 이 건 심판청구시 증빙으로 제출한 불공제 매입세액 등의 재계산분에 대하여 사실과 일치하는 지를 확인하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007년 7월 2일 주심국세심판관 ○ ○ ○ 배석국세심판관 ○ ○ ○

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