의료업에 해당하는 면세관련 매입세액 불공제 처분의 당부

○○세무서장이 2006.10.16. 청구인에게 한 2005년 2기분 부가가치세 22,091,620원과 2006년 1기분 부가가치세 156,536,180원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. ○○○과 ∆(∆∆이하 "청구인들"이라 한다)은 2005.10.18. ○○남도 ○○시 ○○동 69-2번지 토지 1,413.1㎡과 건물 4,035.6㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)을 공동 취득하여 부동산 임대사업을 공동 경영하기로 약정하고, 2005.12.14. 쟁점부동산을 취득한 후 ○○○을 당해 부동산 임대사업의 대표자로, ∆∆∆을 공동사업자로 사업자등록을 하였다. 이후, 청구인들은 2005년 2기와 2006년 1기에 쟁점부동산 중 건물 취득분 세금계산서 매입세액 56,000,000원과 쟁점부동산을 의료시설(병원, 약국 등)로 증축하면서 교부받은 세금계산서 매입세액 166,319,046원을 각각 매출세액에서 공제하여 부가가치세 확정신고를 하였다. 한편, ○○○은 쟁점부동산이 의료시설로 증축되자, 증축 후 건물면적 4,619㎡ 중 3,878㎡를 임차하여 2006.4.20. ○○○○○병원이라는 상호로 개업하고, 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 하였다.
• 나. 처분청은 청구인들이 부동산임대사업 뿐만 아니라 의료사업도 공동으로 영위할 목적으로 쟁점부동산을 취득 ‧ 증축 하였다 하여 청구인들이 부동산임대 공동사업자로서 공제받은 쟁점부동산 관련 매입세액 중 의료업에 해당하는 면세관련 매입세액(쟁점부동산 전체 면적 중 제3자에게 임대한 약국, 장례식장 등을 제외한 ○○○이 단독으로 임차한 나머지 병원 면적에 해당하는 매입세액)을 불공제하여 2006.10.16. 청구인들에게 2005년 2기분 부가가치세 22,091,620원과 2006년 1기분 부가가치세 156,536,180원을 경정 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.1.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 청구인들이 공동으로 영위한 과세사업인 쟁점부동산 임대사업과 ○○○이 단독으로 영위한 면세사업인 의료업은 서로 별개의 독립된 사업으로써, ∆∆∆이 병원의 행정업무에 일부 관여 하였다고 하더라도 의료인이 아닌 ∆∆∆은 병원 사업의 주된 내용이라 할 수 있는 의료행위를 할 수 없으므로 병원을 공동으로 운영한 것으로 본 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

○○○이 ○○○○○병원을 개업한 후 쟁점부동산을 담보로 자금을 대출받아 이를 ○○○ 명의의 당해 병원 예금통장에 입금하여 쟁점부동산 취득 ‧ 증축대금 상환, 의료장비 구입, 병원 운영경비 등으로 사용하고, 당해 대출금 이자와 쟁점부동산 관련 제세공과금도 ○○○ 명의의 병원예금 계좌에서 지급 하였으며, 2006년 1기에 부동산 증축과 관련하여 환급받은 부가가치세를 병원 운영 자금으로 사용 하였으며, 또한, 부동산임대 공동사업자인 ∆∆∆은 ○○○○○병원의 행정원장으로서 개원을 주도하고, 사실상 행정업무를 총괄하여 왔으며, ○○○○○병원의 명의사업자인 ○○○이 고용된 다른 의사와 같이 매월 12,000천원의 급여를 지급받은 사실이 급여대장에 의해 확인되므로, 관련법령에 따른 규제 때문에 의료인인 ○○○의 단독명의로 당해 병원을 사업자등록 하였을 뿐, 부동산임대 공동사업자인 청구인들이 단독사업 의료업을 영위하는 ○○○에게 쟁점부동산을 임대 하였다고 볼 수 없고, 청구인들이 부동산임대사업을 포함한 의료사업 전반을 공동으로 영위한 것으로 본 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인들이 부동산임대사업 뿐만 아니라 의료사업도 공동으로 영위할 목적으로 쟁점부동산을 취득 ‧ 증축한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제4조 【신고 ‧ 납세지】

① 부가가치세는 사업장 마다 신고 ‧ 납부 하여야 한다. 제12조 【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】 법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

1. 의료법에 규정하는 의사 ‧ 치과의사 ‧ 한의사 ‧ 조산사 또는 간호사가 제공하는 용역 (3) 의료법 제2조 【의료인】

① 이 법에서 "의료인"이란 보건복지부장관의 면허를 받은 의사 ‧ 치과의사 ‧ 한의사 ‧ 조산사 및 간호사를 말한다. 제27조 【무면허 의료행위 등 금지】

① 의료인이 아니면 누구든지 의료행위를 할 수 없으며 의료인도 면허된 것 이외의 의료행위를 할 수 없다.<이하 생략> 제33조 【개설】

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설할 수 없다. 다만, 제1호의 의료인은 하나의 의료기관만을 개설할 수 있으며, 의사는 종합병원 ‧ 병원 ‧ 요양병원 또는 의원을, 치과의사는 치과병원 또는 치과의원을, 한의사는 한방병원 ‧ 용양병원 또는 한의원을, 조산사는 조산원만을 개설할 수 있다.

1. 의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구인들이 부동산임대사업 뿐만 아니라 의료사업도 공동으로 영위할 목적으로 쟁점부동산을 취득 ‧ 증축한 것으로 보아 아래 <표>와 같이 청구인들이 부동산임대 공동사업자로서 2005년 2기와 2006년 1기에 공제하여 신고한 쟁점부동산 관련 매입세액 중 의료업에 해당하는 면세관련 매입세액(쟁점부동산 전체 면적 중 제3자에게 임대한 약국, 장례식장 등을 제외한 ○○○이 단독으로 임차한 나머지 병원 면적에 해당하는 매입세액)을 불공제한데 대해, 청구인들은 공동으로 영위한 과세사업인 쟁점부동산 임대사업과 ○○○이 단독으로 영위한 면세사업인 의료업은 서로 별개의 독립된 사업이므로 이 건 과세처분이 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. <표> 쟁점부동산 관련 매입세액 불공제 내역 (단위: 원) 과세기간 공제하여 신고한 매입세액(청구인들) 면세관련 불공제 매입세액(처분청) 비 고 2005년 2기 56,000,000 46,825,413 기 불공제한 매입세액 28,000천원 2006년 1기 166,319,046 139,632,427 합 계 222,319,046 186,457,840 56,000천원×(건물면적 4,035㎡ - 병원제외 임대면적 661㎡)/건물면적 4,035㎡ 166,319,046원×(증축후 건물면적 4,619㎡ - 병원제외 임대면적 741㎡)/증축후 건물면적 4,619㎡

(1) 청구인들이 2005.10.18. 각자 50%의 투자자금을 출자하여 쟁점부동산을 취득하고, 쟁점부동산 임대사업을 공동으로 경영하며, 그에 따른 손익을 각자의 출자비율에 따라 분배하며, 대외적으로는 ○○○을 당해 공동사업의 대표자로 하기로 약정한 사실이 동업계약서에 나타난다.

(2) 청구인들이 공동으로, 2005.10.18. 쟁점부동산에 근저당이 설정된 금융기관 대출금 1,150,000천원을 승계하는 조건으로 쟁점부동산을 1,400,000천원(토지분 840,000천원, 건물분 560,000천원)에 매수하기로 계약하고, 2005.12.14. 각자의 공유지분을 1/2로 하여 쟁점부동산 소유권 이전등기를 경요한 다음, ○○○을 대표자로, ∆∆∆을 공동사업자로 하여 쟁점부동산 임대사업에 대한 사업자등록을 하였으며, 2006.4.25. 쟁점부동산을 일부 철거 및 부분 증축하여 지하1층, 지상 6층의 의료시설(병원, 약국, 장례식장 등)로 증축 하였으며, 쟁점부동산 증축과 관련한 설계비, 공사비 등을 주식회사 ○○○○○○○외 1인에게 지급하면서 공급가액 합계 1,666,363,636원의 세금계산서 5매를 부동산임대 공동사업자의 지위에서 교부받은 사실이 관련 부동산매매계약서, 등기부등본, 사업자등록증, 증축관련 공사계약서, 건축물관리대장, 세금계산서 등에 의해 확인된다.

(3) 청구인들은 공동으로 2005년 2기와 2006년 1기에 쟁점부동산 중 건물 취득분 세금계산서 매입세액 56,000,000원과 쟁점부동산을 의료시설(병원, 약국, 장례식장 등)로 증축하면서 교부받은 세금계산서 매입세액 166,319,046원을 각각 매출세액에서 공제하여 부가가치세 확정 신고를 한 것으로 이 건 심리자료에 나타난다.

(4) ○○○이 2005.12.15. 공동사업자인 청구인들로부터 보증금 1억원 및 월임대료 1,800천원에 쟁점부동산을 단독으로 임차(보증금과 임대료는 병원을 개원한 후 지급)하기로 계약하고, 쟁점부동산이 병원, 약국, 장례식장 등의 의료시설로 증축되자, 2006.4.20. 당해 병원에서 ○○○○○병원이라는 상호로 의료업을 영위하는 것으로 하여 ○○○ 단독명의로 부가가치세 면세사업자등록(개업일 2006.5.6.)을 한 사실이 관련 임대차계약서, 사업자등록증 등에 의해 확인된다.

(5) ○○○이 2007.1.31. 처분청에 신고한 ○○○○○병원의 사업장현황신고서에는 ○○○이 청구인들에게 ○○○○○병원에 대한 임차료로 2006년 5월과 6월에 당초 임대차계약에 따라 월 1,800천원 합계 3,600천원을 지급하고 2006.7.1.～2006.12.31.까지 6개월 동안은 2006.5.30. 변경한 임대차계약에 따라 당초 임대료보다 인상된 월 17,000천원 합계 102,000천원을 지급한 것으로 나타난다.

(6) 쟁점부동산 임대사업 공동사업자인 청구인들은 2006년 1기 및 2006년 2기에 ○○○으로부터 지급받은 임대료 3,600천원과 102,000천원을 부가가치세 매출 과세표준에 포함하여 신고한 것으로 해당 부가가치세 신고서에 나타난다.

(7) 처분청이 제출한 ∆∆∆의 확인서, ○○○ 명의의 ○○○○○병원 농협통장 사본 등에 의하면, ○○○이 2006.5.3. 쟁점부동산을 담보로 농협중앙회로부터 일반시설자금 30억원을 대출받고, 채무자를 ○○○으로, 근저당설정자를 청구인들로 하여 쟁점부동산에 근저당을 설정 하였으며, 당해 대출금을 ○○○ 명의의 ○○○○○병원 예금계좌로 입금 받아 쟁점부동산 취득시 승계한 대출금(약 10억 5천만원) 상환, 쟁점부동산 증축대금(약 18억 3천만원) 지급 등에 사용 하였으며, 관련 대출이자를 당해 예금계좌에서 자동이체로 납입해 온 사실이 확인된다.

(8) 처분청이 제출한 ○○○○○병원 농협통장 사본 등에 의하면, ○○○이 2006.8.9. 이 건 관련 2006년 1기 부가가치세 환급금 165,460,110원을 당해 예금계좌로 지급받아 직원 수당, 공과금 등 병원 운영자금으로 사용한 사실이 확인되고, 이에 대해 ○○○은 부동산임대 공동사업자인 청구인들로부터 당해 환급금에 상당하는 금전을 차용하였음을 주장하며 차용증을 제시한 것으로 나타난다.

(9) ○○○이 2006.7.31. ○○○○○병원에 부과된 재산세 9,749천원을 본인 명의의 당해 병원 예금계좌에서 납부한 것으로 나타난다.

(10) 처분청이 제출한 ∆∆∆의 명함 사본, ○○○○○병원 안내표 등에 의하면, ∆∆∆이 ○○○○○병원의 행정원장으로 당해 병원 7층에서 근무하고, ○○신문 등 여러 언론기관에 행정원장으로서 취재에 응한 것으로 나타나며, 병원 직원들이 처분청의 전화 문의시 ○○○을 행원원장으로 확인 하였다는 사실이 나타난다.

(11) ○○○이 ○○○○○병원에서 2006년 5월부터 8월까지 다른 고용 의사의 경우와 같이 매월 급여를 수령한 사실이 처분청이 제출한 당해 병원의 급여대장에 의해 확인된다.

(12) 살피건대, 처분청은 청구인들이 ○○○○○병원을 공동으로 운영하는 것으로 보아 쟁점부동산 취득 ‧ 증축 관련 매입세액 중 의료업 해당하는 면세관련 매입세액을 불공제하였는 바, 처분청이 제시한 증빙서류에 의해 ○○○이 쟁점부동산을 담보로 대출받은 시설자금과 부가가치세 환급금을 ○○○ 명의의 병원 예금계좌로 입금 받아 병원의 운영자금 등으로 사용하고, 관련 대출이자와 쟁점부동산에 대한 재산세를 당해 예금계좌에서 지급한 것으로 확인되는 등 부동산 임대사업과 ○○○○○병원의 사업자금이 서로 명확히 구별되지 아니한 채 집행된 사실이 나타나나, 병원 예금계좌로 입금 받은 대출금의 대부분은 공동임대 자산인 쟁점부동산의 취득시 승계한 대출금의 상환 및 증축대금 지급에 사용된 것으로 확인되고, 부가가치세 환급금의 경우 ○○○이 이를 차용한 것으로 해명하고 있는 점, ○○○이 당해 병원에서 매월 급여를 수령하고, ∆∆∆이 병원의 행정원장으로 활동한 사실만으로 의료인이 아닌 ∆∆∆이 의료법을 위반하여 병원을 운영한 것으로 인정하기에는 그 증거가 부족해 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인들이 ○○○○○병원을 공동으로 영위하는 것으로 보기 어려운 반면, 청구인들이 부동산임대 공동사업자로서 쟁점부동산 취득 ‧ 증축 대금을 지급하고, ○○○○○병원에서 면세사업자로 별도 등록한 ○○○으로부터 보증금과 임대료를 지급받아 부가가치세를 적법하게 신고한 것으로 나타나고 있어 부동산임대 공동사업과 ○○○○○병원은 각각 별개의 사업으로 보는 것이 타당할 것이므로, 청구인들이 부동산임대 공동사업에서 공제하여 신고한 쟁점부동산 취득 ‧ 증축 관련 매입세액을 불공제한 이 건 과세처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인들의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.