세금계산서 및 수정세금계산서에 대한 환급거부처분의 당부

○○세무서장이 2006. 8. 14. 청구인에게 한 2006년 제1기분 부가가치세 11,828,182원의 환급거부처분과 2006년 제1기분 부가가치세(신고불성실가산세) 1,171,810원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 2006. 7. 4. 화물운수업으로 사업자등록을 신청하여 당일 사업자 등록증을 교부받은 자로 2006. 6. 30. 주식회사 ○○○○운수(이하 “○○○○”라 한다)로부터 FH6X2트랙터를 매입하고 거래일자가 2006. 6. 30.로 기재되고, 공급받는 자의 란에 사업자등록번호를 기재한 118,181,818원 상당의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2006. 7. 22. 2006년 제1기분 부가가치세 신고시 관련매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 11,828,182원을 환급받는 것으로 부가가치세신고서를 제출한 후 2006. 8. 7. 쟁점세금계산서의 공급받는 자 란의 사업자등록번호를 청구인의 주민등록번호로 수정한 세금계산서(이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 교부받아 2006년 제1기분 부가가치세를 수정신고하였다(쟁점세금계산서상 청구인의 사업자등록번호 기재를 주민등록번호로 정정한 쟁점수정세금계산서를 교부받아 수정신고함으로써 신고∙납부세액은 변동이 없음). 처분청은 쟁점세금계산서가 사업자등록증을 교부받은 후에 소급하여 작성된 세금계산서로 사실과 다른 세금계산서에 해당하고 쟁점수정세금계산서도 사실과 다른 쟁점세금계산서에 기초하여 교부된 세금계산서로 역시 사실과 다른 수정세금계산서라 하여 관련매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2006. 8. 14. 청구인에게 2006년 제1기분 부가가치세 11,828,182원의 환급신청을 거부하고, 부가가치세(신고불성실가산세) 1,171,810원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 8. 22. 이의신청을 거쳐 2006. 12. 18. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부가가치세법 제17조 및 동법시행령 제54조에 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해월의 말일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 발행하는 경우 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있도록 규정하고 있고, 이때, 고정거래처 여부의 판정은 사실관계에 따라 판정해야 하는 것으로 통상 트레일러 운수업을 영위하는 자는 지입회사와 차량 위수탁계약을 체결하여 거래하는 관행에 비추어 보면, 비록 신규로 개시한 운수업자라 하더라도 지입회사와는 고정거래처가 되는 것이다.
• 나. 처분청 의견 공급자가 착오 발행하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재된 경우에도 거래사실이 확인된다면 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만, 이는 어디까지나 세금계산서의 실제 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한하는 것인바(같은 뜻, 대법 2002두 5771,2004. 11. 18), 청구인이 당초 청구 외 법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서상 발행일이 2006. 6. 30.이고 사업자등록신청일이 2006. 7. 4.인데 공급받는 자의 주민등록번호가 기재되지 않고 사업자등록번호가 기재된 것으로 보아 쟁점세금계산서는 사업자등록신청 이후인 당해 공급시기가 속하는 과세기간 이후에 소급작성된 것으로 사실과 다른 세금계산서로 보이고, 또 수정세금계산서는 적법하게 발행 교부된 세금계산서로 보이고 또 수정세금계산서는 적법하게 발행 교부된 세금계산서에 대하여 수정하여 교부하는 것이나 이 건 수정세금계산서의 기초가 된 당초 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서이므로 이를 근거로 하여 발행교부된 쟁점수정세금계산서 역시 적법한 세금계산서로 볼 수 없다 할 것(같은 뜻, 감심 2002-2, 2002. 1. 9)으로 처분청의 당초 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서 및 쟁점수정세금계산서가 과세기간을 경과하여 소급 작성된 세금계산서라 하여 관련매입세액을 매출세액에서 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제5조 【등록】 ➀신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다. (2) 부가가치세법 시행령 제7조 【등록신청과 등록증교부】 ➀법제5조제1항의 규정에 의하여 등록하고자 하는 사업자는 사업장마다 다음 각호의 사항을 기재한 사업자등록신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

3. 사업개시연월일 또는 사업장설치 착수연월일

➁제1항의 신청서에는 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다. 다만, 법제5조 제1항 단서의 경우에 당해 법인의 설립등기전 또는 사업의 허가∙등록이나 신고전에 등록을 하는 때에는 법인설립을 위한 사업허가신청서 사본, 사업등록신청서 사본, 사업신고서 사본이나 사업계획서로 이에 갈음할 수 있다.

2. 법령에 의하여 허가를 받거나 등록 또는 신고를 하여야 하는 사업의 경우에는 사업허가증 사본∙사업등록증 사본 또는 신고필증 사본 ➂제1항의 신청을 받은 세무서장은 사업자의 인적사항과 기타 필요한 사항을 기재한 사업자등록증을 신청일부터 7일 이내에 신청자에게 교부하여야 한다. 다만, 사업장시설이나 사업현황을 확인하기 위하여 국세청장이 필요하다고 인정하는 경우에는 교부기한을 7일에 한하여 연장하고 조사한 사실에 따라 사업자등록증을 교부할 수 있다. (3) 부가가치세법 제9조 【거래시기】 ➀재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다. ➂사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (4) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】 ➀납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 (5) 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ➀사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 ➁다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. ➅제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (6) 부가가치세법시행령 제54조 【세금계산서의 교부특례】 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 단서의 규정에 의하여 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해 월의 말일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합계하여 그 기간의 종료일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우 (7) 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】 ➁법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증 교부일까지의 거래에 대하여 당해사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우 ➇법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다. ➈법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일이내의 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2006. 6. 26. 트레일러운수업을 신규로 개업하는 것으로 하여 2006. 7. 4. 사업자등록(등록번호 ○○○-○○-○○○○○)을 신청하여 동일자에 사업자등록증을 교부받았음이 청구인이 제시한 사업자등록증에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 2006. 6. 30. FH6X2트랙터 구입대금 중 인도금 18,000천원을 지급하였음이 ○○ ○○○○지역부 소장 ○○○의 확인서에 나타난다.

(3) 청구인은 FH6X2트랙터를 취득하여 2006. 7. 3. ○○○○운수에 지입한 것으로 차량등록원부에 등재되어 있다.

(4) 청구인과 ○○○○운수간의 거래내역은 아래와 같다 (단위: 천원) 거래일 세금계산서 수금 잔액 거래일 세금계산서 수금 잔액 적요 대가 적요 대가 2006.06.30 차량구입 130,000 사업자등록번호를주민등록번호로정정교부 06.09.26 396 201 06.30 차량구입 -130,000 10.31 관리비 198 399 06.30 차량구입 130,000 11.30 관리비 198 597 07.31 관리비 198 198

11. (보험료) 31 628

07. (도장대) 3 201 11.15 31 597 08.31 관리비 198 399 12.31 관리비 198 795 09.30 관리비 198 597 07.01.30 관리비 198 993 0 09.26 (보험료) 31 31 597 ※ 관리비 180천원(공급대가 198천원)에 대한 세금계산서는 매월 말일자로 발행하였으며 도장대, 보험료 등 ()금액은 ○○○○운수가 청구인 대신 납부한 것으로 세금계산서 교부대상이 아님

(5) ○○○○운수는 2006. 6. 30.자로 ○○트럭(사업자등록번호 ○○○-○○-○○○○○)로부터 차량을 구입하고 공급받는자를 ○○○○운수(사업자등록번호 ○○○-○○-○○○○○)로 하여 공급가액 118,181,818원 상당의 세금계산서를 교부받은 후 같은 날 같은 금액으로 공급받는자 ○○○(청구인)의 사업자등록번호(○○○-○○-○○○○○)를 기재한 118,181,818원의 상당의 쟁점세금계산서를 발행하였다가 2006. 8. 7. 이를 취소하고 주민등록번호(○○○○○○-○○○○○○○)를 기재한 쟁점수정세금계산서를 발행한 사실이 처분청이 제시한 세금계산서에 의하여 확인된다.

(6) 청구인과 ○○○○운수 모두 쟁점세금계산서를 쟁점수정세금계산서로 정정하여 2006. 8. 7. 2006년 제1기분 부가가치세를 수정신고한 사실이 처분청이 제시한 부가가치세 수정신고의 의하여 확인된다. (7) 부가가치세법 제16조 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제54조에 사업자가 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해월의 말일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우 재화의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있도록 규정하고 있고, 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 의 단서 및 동 시행령 제60조 제2항 제1호에 사업자등록을 신청한 사업자가 사업자등록증 교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우에 매입세액을 공제할 수 있는 것으로 규정하고 있다.

(8) 이상의 사실관계와 관련법령을 종합하여 보면, 원칙적으로 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 그 공급시기에 세금계산서를 교부하여야 하나, 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해 월의 말일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우에는 비록 교부시기를 달리하였다고 하더라도 정당한 세금계산서라 할 것이다(부가가치세법 제16조 같은 법 시행령 제54조). 이러한, 세금계산서 교부 특례는 사실상의 거래시기와 세금계산서 교부시기가 속하는 과세기간이 다르다고 해서 달리 해석할 것은 아니라 할 것이다. 또한, 부가가치세법시행령 제60조 제2항 에 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 기재사항에 의하여 거래사실이 확인되는 경우에는 필요적 기재사항의 누락 또는 오기되었다는 것만으로 사실과 다른 세금계산서로 볼 수는 없다. 이 건의 경우에는 청구인이 2006. 6. 30. 차량인도금 18,000천원을 지급하고 FH6X2 트랙터를 인수받아 사실상의 재화의 공급시기는 2006년 제1기이나 청구인과 ○○○○운수는 차량 지입에 따른 고정거래처 관계에 있어 1역월의 공급가액을 합계하여 다음달 10일까지 공급받는자를 청구인으로 하여 세금계산서를 교부한 것으로 확인되므로 쟁점세금계산서의 공급시기와 교부시기의 과세기간이 다르다거나 기재내용 중 청구인의 주민등록번호를 기재하여야 할 것을 사업자등록번호로 잘못기재 하였다는 것만으로 사실과 다른 세금계산서라 할 수는 없다. 또한, 쟁점세금계산서에 근거하여 오류 내용을 수정한 쟁점수정세금계산서를 교부받은 것 또한 정당한 세금계산서를 교부받은 것으로 판단된다.

(9) 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서 및 쟁점수정세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 청구인의 환급신청을 거부하고 청구인에게 부가가치세(신고불성실가산세) 1,171,810원을 경정고지한 처분은 잘못이라 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.