주택재개발정비사업 추진 용역비를 토지의 자본적지출로 보는지 여부

○○세무서장이 2007.9.10. 청구인에게 한 2007년 제1기분 부가가치세 28,414,080원의 환급을 거부한 처분 및 초과환급신고불성실가산세 2,841,400원을 부과한 처분은 이를 취소한다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 일대(38,622㎡) “○○지구 주택재개발정비사업”을 추진하면서 2007년 제1기 중 주식회사 ○○에게 업무대행용역비로 공급가액 365,938,500원(이하 “쟁점용역비”라 한다)을 지급하고 관련 매입세액을 과세사업인 국민주택규모 초과 아파트 및 상가와 면세사업인 국민주택규모 이하의 아파트 신축․분양에 관한 공통매입세액으로 보아 총예정사용면적을 기준으로 안분계산 하여 과세사업에 해당하는 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2007년 제1기분 부가가치세 28,414,080원을 환급 신고하였다. 처분청은 쟁점용역비를 토지 관련 자본적지출로 보아 관련 부가가치세 매입세액을 전액 불공제하여 2007.9.10. 청구인에게 2007년 제1기분 부가가치세 28,414,080원의 환급을 거부하는 한편 초과환급신고불성실가산세 2,841,400원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.17. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점용역비 지급과 관련된 업무는 주택재개발사업에 대하여 전문성이 없는 추진위원회를 대신하여 (주)○○가 시공사 선정부터 분양시까지의 모든 행정업무 및 절차 대행과 주민들의 대표기구인 추진위원회(조합)의 의사결정을 도와주는 업무라고 할 수 있고, 도시 및 주거환경정비법 제69조 에 열거된 업무를 전문관리업자에게 대행의뢰한 것으로서, 교통영향평가 및 정비계획용역 등과는 다르므로 쟁점용역비를 토지와 관련한 자본적 지출로 보아 매입세액 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점용역비는 도시계획관련 용역수행계약(도시기본계획 반영, 도시관리계획 확정, 각종 영향평가 수행, 사업계획의 승인 등)을 체결하고 그 대가를 지급한 것으로 토지 관련 매입액이라 할 수 있으므로 관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 주택재개발정비사업 추진을 위하여 지출한 쟁점용역비를 토지와 관련한 자본적 지출로 보아 매입세액 불공제한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다. (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 (2) 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 (3) 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 (4) 도시및주거환경정비법 제14조 【추진위원회의 기능】① 추진위원회는 다음 각호의 업무를 수행한다.

1. 제12조의 규정에 의한 안전진단 신청에 관한 업무

2. 제69조의 규정에 의한 정비사업전문관리업자(이하 “정비사업전문 관리업자”라 한다)의 선정

3. 개략적인 정비사업 시행계획서의 작성

4. 조합의 설립인가를 받기 위한 준비업무

5. 그 밖에 조합설립의 추진을 위하여 필요한 업무로서 대통령령이 정하는 업무 (5) 도시및주거환경정비법 제69조 【정비사업전문관리업의 등록】① 정비사업의 시행을 위하여 필요한 다음 각호의 사항을 추진위원회 또는 조합으로부터 위탁받거나 이와 관련된 자문을 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 자본ㆍ기술인력 등의 기준을 갖춰 시ㆍ도지사에게 등록 또는 변경(대통령령이 정하는 경미한 사항의 변경을 제외한다)등록하여야 한다.(단서 생략)

1. 조합 설립의 동의 및 정비사업의 동의에 관한 업무의 대행

2. 조합 설립인가의 신청에 관한 업무의 대행

3. 사업성 검토 및 정비사업의 시행계획서의 작성

4. 설계자 및 시공자 선정에 관한 업무의 지원

5. 사업시행인가의 신청에 관한 업무의 대행

6. 분양 및 관리처분계획의 수립에 관한 업무의 대행

7. 설계도서의 검토 및 공사비 변동내역의 검토

8. 그 밖에 조합의 업무중 조합이 요청하는 것

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인이 추진하는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 일대(38,622㎡) “○○지구 주택재개발정비사업”은 도시및주거환경정비법및 ○○시 도시․주거환경정비 기본계획(○○시 고시 0000-000, 2006.6.12)에 의거 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역안에서 정비기반시설을 정비하고 주택 등 건축물을 개량하거나 건설하는 사업으로서 정비기반시설이 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 주택재개발사업이다.

(2) 청구인은 도시및주거환경정비법제14조 제1항 제2호에 의거 정비사업전문관리업자인 (주)○○와 2006년 7월 용역계약을 체결하여 같은 법 제69조의 업무를 대행하도록 하고 업무대행수수료로 아래와 같이 시공사 계약시부터 청산시까지 7차에 걸쳐 지급하기로 하였으며, 제1차 지급분인 쟁점용역비를 2007년 제1기에 지급하면서 관련 매입세액을 과세사업인 국민주택규모 초과 아파트 및 상가와 면세사업인 국민주택규모 이하의 아파트 신축․분양에 관한 공통매입세액으로 보아 총예정사용면적을 기준으로 안분계산하여 관련 부가가치세 매입세액을 환급신고하였으나, 처분청은 토지관련 자본적지출로 보아 매입세액의 환급을 거부하고 청구인에게 초과환급신고불성실가산세를 부과하였다. 구분 1차 2차 3차 4차 5차 6차 7차 지급 단계 시공사 계약시 정비구역 지정 완료시 조합설립 인가시 사업시행 인가시 관리처분 계획 인가시 이주 완료시 청산시 지급 비율