환급결정의 오류를 발견하고 이를 바로잡아 과세한 처분의 당부(기각)

[참조결정] 국심2006서0586 /

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 농업·농촌기본법에 의하여 설립된 영농조합법인(서비스, 기타중개업)으로 청구법인의 출자자인 농민들(61명의 조합원으로 대부분 사과생산 주업농민)로부터 2002년 2기부터 2005년 1기 부가가치세 과세기간중에 농업용기자재의 품목과 수량을 주문받아 청구법인 명의로 농업용기자재의 제조업자인 OOOO 등으로부터 일괄매입한 후 동 기자재를 주문한 농민들에게 인도하면서 당해 농업용기자재 매입관련 세금계산서는 청구법인 명의로 수취하여 조세특례제한법 제105조의 2의 규정에 의거 부가가치세 49,921,320원을 환급받았다. 처분청은 청구법인이 2005년 2기 부가가치세기간동안 매입한 농업용기자재에 대한 환급신청세액(17,813,000원)에 대하여 환급조사를 실시한 바, 청구법인이 작물재배업에 직접 종사하지 않은 영농조합법 인이므로 조세특례제한법 제105조의 2 제1항 및 농·축산·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면제적용 등에 관한 특례규정 제6조 제1항 제1호에 규정된 부가가치세를 환급받을 농민에 해당하지 않는다고 하여 2006.2.15. 환급결정을 거부하는 한편, 2002년 2기부터 2005년 1기 부가가치세 과세기간 동안 이미 환급받은 부가가치세액에 이자상당액을 가산하여 2007.8.5. 청구법인에게 2002년 2기 부가가치세 15,971,610원, 2003년 2기 부가가치세 21,813,800원, 2004년 1기 부가가치세 2,622,800원, 2004년 2기 부가가치세 15,226,510원, 2005년 1기 부가가치세 10,945,290원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.8.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청이 2003.2.17. 2002년 2기 부가가치세 최초 환급신청건에 대하여 환급요건 등을 충분히 검토하여 청구법인이 조세특례제한법 제105조의 2에 규정된 농민에 해당하지 아니한다 하여 부가가치세 환급부적격자로 환급결정을 거부하였다면 청구법인이 농민에게 농업용기자재 판매에 대한 세금계산서를 발행하고 당해 농민은 환급대행자인 OO을 통하여 해당 부가가치세를 환급받는 방식으로 변경하여 관련세액을 환급받을 수 있었음에도 2002년 2기부터 2005년 1기 부가가치세 과세기간까지 5회에 걸쳐 청구법인의 환급신청에 대하여 환급신청결격사유에 대한 지적없이 동일하게 환급한 처분은 청구법인이 조세특례제한법 제105조의 2에 규정된 농민으로 환급신청적격대상자라는 점에 대한 공적인 견해를 표시한 것이고 2007.8.5. 청구법인이 환급신청부적격자라는 사유로 이미 환급받은 세액에 대하여 환급결정을 취소하고 과세한 이 건 처분은 이미 표명된 공적 견해에 반하는 것이므로 국세기본법 제15조에 규정된 신의성실의 원칙에 위배된 위법한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 2002년 2기부터 2005년 1기 부가가치세과세기간중 거래분에 대한 부가가치세 환급신청세액에 대하여 환급결정을 하였다 하더라도 청구법인이 농민으로 환급신청적격자라는 견해를 공적으로 표명한 것으로 볼 수 없으며, 청구법인이 영세율적용대상 농민의 범위에 해당하지 않는 것임에도 환급결정한 오류를 발견하고 조세특례제한법 제105조의2 의 규정에 의거 환급받은 부가가치세 및 동 이자상당액을 가산하여 추징한 것은 국세기본법 제15조에 규정된 신의성실의 원칙에 위반되는 것으로 볼 수 없으므로 청구법인에게 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인의 환급신청에 대하여 환급결정을 한 후 환급부적격자라는 사유로 환급결정을 취소하고 과세한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는 것인지 여부
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제105조의 2 【농ㆍ어업용 기자재에 대한 부가가치세의 환급에 관한 특례】 ① 다음 각호에 해당하는 세무서장(이하 이 조에서 “관할세무서장”이라 한다)은대통령령이 정하는 농ㆍ어민(이하 이 조에서 “농ㆍ어민”이라 한다)이 농ㆍ어업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재(부가가치세법 제3조 제4항의 규정에 의한 일반과세자로부터 구입하는 기자재에 한한다)로서 대통령령이 정하는 것에 대하여는기자재를 구입한 때에 부담한 부가가치세액을 당해 농ㆍ어민에게 대통령령이 정하는 바에 따라 환급할 수 있다.

1. 제3항의 규정에 의한 환급대행자를 통하여 환급을 신청하는 경우에는환급대행자의 사업장 관할세무서장

2. 제1호외의 경우에는 당해 농ㆍ어민의 사업장 관할세무서장

② 제1항의 규정에 의한 기자재를 공급하는 일반과세자는 당해 기자재를 구입하는 농ㆍ어민이 세금계산서의 교부를 요구하는 때에는 부가가치세법 제32조의 규정에 불구하고 세금계산서를 교부하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 농ㆍ어민은 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 조에서 “환급대행자”라 한다)를 통하여 환급을 신청하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 자는 사업장 관할세무서장에게 직접 환급을 신청할 수 있다.

1. 농업협동조합법에 의한 조합

2. 수산업협동조합법에 의한 조합

3. 엽연초생산협동조합법에 의한 엽연초생산협동조합

④ 환급대행자는 환급을 신청한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 관할세무서장에게 이를 통보하여야 한다.

1. 농ㆍ어민이 아닌 것으로 판단되는 경우

⑤ 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 부가가치세액을 환급받은 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 환급받은 부가가치세액과 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 부가가치세로 추징한다.

3. 농ㆍ어민에 해당하지 아니하는 자가 제1항의 규정에 의한 부가가치세액을 환급받은 경우

⑥ 관할세무서장은 환급대행자가 제4항의 규정에 의한 통보를 하지 아니함에 따라 제5항 제3호의 규정이 적용되는 경우에는 환급받은 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 당해 환급대행자로부터 가산세로 징수한다. 농·축산·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면제적용 등에 관한 특례규정 제6조 【부가가치세 환급대상 농ㆍ어민의 범위】 ① 법 제105조의 2 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 농ㆍ어민”이라 함은 다음 각 호의 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 “농ㆍ어민”이라 한다)를 말한다.

1. 제2조 제1항의 규정에 의한 농민(동항 제4호 및 제5호의 자를 제외한다) 농·축산·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면제적용 등에 관한 특례규정 제2조 【영세율 적용대상 농ㆍ어민 등의 범위】 ① 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제105조 제1항 제5호 본문에서“대통령령이 정하는 농민”이라 함은통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표상의 농업 중 작물재배업ㆍ축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 다음의 자(이하“농민”이라 한다)를 말한다.

1. 개인

2. 농업ㆍ농촌기본법에 의하여 설립된 영농조합법인과 농업회사법인

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 당초 사업자등록시 써비스·위탁영농으로 사업자등록을 하였다가 2005.2.15. 주업종을 도매·무역업을 추가하는 것으로 사업자등록을 정정하였으며, 2002년 1기부터 2005년 1기 부가가치세과세기간까지 5회에 걸쳐 부가가치세 환급을 신청하여 총 5회에 49,921,320원을 환급받은 사실이 처분청의 환급결정결의서상 확인되고 있다. (OO O O)

(2) 그 후 처분청은 청구법인이 환급신청하여 환급받은 세액에 대하여 청구법인이 작물재배업에 직접 종사하는 영농조합법인이 아니므로 조세특례제한법 제105조의2 제1항 및 농·축산·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면제적용 등에 관한 특례규정 제6조 제1항 제1호에 규정된 농민에 해당하지 않는다고 하여 이미 환급받은 2002년 2기부터 2005년 1기 부가가치세 과세기간의 거래분에 대한 과세표준 및 세액을 경정결정하였고, 청구법인이 작물재배업에 직접 종사하는 영농조합법인이 아니므로 위 관련법령의 규정상 환급대상자에 해당하지 아니한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(3) 다만,청구법인은처분청이 청구법인에게 2002년 2기분부터 2005년 1기 부가가치세에 대하여 각 과세기간별로 5회에 걸쳐 계속적인 환급처분을 한 후 2007.8.5.에 이르러 청구법인이 당초부터 부가가치세 환급요건에 충족되지 되지 않는다 하여 이미 환급한 환급결정을 취소하고 이 건 과세한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는 처분으로 부당하다고 주장하고 있으나, 청구법인의 환급신청에 대하여 처분청이 5회에 걸쳐 부가가치세를 환급해 주었다는 사유만으로는 청구법인이 작물재배업에 직접 종사하는 자가 아니라는 사실을 알면서도 처분청이 청구법인을 농ㆍ어업용 기자재에 대한 부가가치세의 환급적격자에 해당한다는 견해를 공적으로 표명한 것으로 볼 수 없으므로 처분청이 환급결정의 오류를 발견하고 이를 바로잡아 청구법인에게 과세한 이 건 처분이 국세기본법상 신의성실의 원칙에 위배되어 위법한 처분이라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(국심 OOOOOOOO, 2006.11.15, 같은뜻임).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.