공사가 중단된 경우 폐업시 잔존재화에 대한 부가가치세를 부과한 처분의 당부(경정)

[주 문] OO세무서장이 2006.9.21. 청구인에게 한 제2차납세의무자지정 및 2005년 1기분 부가가치세 77,493,990원과 동 가산금 2,324,819원 합계 79,818,800원의 납부통지처분은 이를 취소하고, 나머지 청구는 이를 각하합니다.

[이 유]

1. 처분개요 OOOO OOO OOO OOO OOO번지에서 2002.11.1 개업하여 사업장 건축물을 신축하던 OOOOOOOOOO(이하 “청구외법인”이라 함)는 2004.1.1. 12.31.사업연도분 법인세과세표준 및 세액신고서를 제출하지 아니하고 2005년 제1기 예정분 부가가치세 과세표준 신고서를 제출하지 아니하였다. 처분청은 청구외법인에 대하여 조사한 결과, 건설공사가 중단된 상태이고 사업장이 공가상태이며 대표이사인 서OO에 대한 연락이 되지 아니하자 청구외법인의 사업자등록을 2005.1.1.자로 직권말소한 후 폐업시 잔존재화에 대하여 2005.5.13. 청구외법인에게 2005년 1기분 부가가치세 264,876천원을 결정고지하였고, 동 고지세액이 체납되자 처분청은 2005.6.9 청구외법인의 과점주주에 해당하는 청구인을 제2차납세의무자로 지정하고 청구인의 주식보유지분(60%)에 상당하는 부가가치세 158,925,600원과 동 가산금 4,767,760원 합계 163,693,360원을 납부통지하였는데이에 대해 청구인은 2006.5.24 부가가치세 184,671,460원을 납부하였으나,처분청은 2006.7.7. 청구외법인에게 추가로 부가가치세 129,156천원을 고지한 후 2006.9.21. 제2차납세의무자로 지정한 청구인에게 부가가치세 79,818,800원을 납부통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.10.20. 이의신청을 거쳐 2007.1.30. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구외법인은 사업개시일 이전에 사업자등록을 한 법인으로서 목적사업인 관광호텔업을 영위하기 위한 사업장 건축물을 신축중에 있는 바, 철근콘크리트 7층 건물의 골조공사를 마치고 내부시설공사를 진행중에 자금난으로 공사를 중단하기를 수차례 하였으나, 현재 공사를 재개하여 불량시공된 석고보드 등을 제거하는 등 준공검사에 대비하여 관리부장 이OO의 감독하에 OOOO(주)의 시공으로 개업을 위하여 공사를 진행하고 있고, 부가가치세법 시행규칙 제6조 제3항에 “사업개시일전 등록한 자로서 등록한 날로부터 6월이 되는 날까지 재화나 용역의 공급실적이 없는 자에 대하여는 그 6월이 되는 날을 사업을 개시하지 아니하게 되는 날로 보도록” 규정하면서, 단서에서 “사업장의 설치기간이 6월이상이거나, 기타 정당한 사유로 인하여 사업의 개시가 지연되는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고 있는 바, 위 부가가치세 등의 무신고와 일시적인 공사의 중단이 있었다고 하여 사업을 개시하지 아니하는 것으로 볼 수는 없는 것이고, 건축물 신축공사의 일시적인 중단은위 규정에 따른 정당한 사유로 사업의 개시가 지연되는 것으로 보아야 할것이며, 한편, 청구인은 2003.4.28 대표이사직을 사임하고, 경영권을 행사하지 않은 위치에 있어서 회사의 건설공사의 진행정도를 인지할 수 없음에도 불구하고 단순히 지분이 60%라는 이유만으로 과세하는 것은 부당하므로,처분청이 청구외법인에 대한 사업자등록을 직권말소하고 폐업시 잔존재화에 대한 부가가치세를 과세한 후,2005.6.9 청구인을 제2차납세의무자로 지정하고 청구인에게 부가가치세 158,925,600원과 동 가산금 4,767,760원 합계 163,693,360원을 납부통지하고, 2006.9.21. 제2차납세의무자로 지정한 청구인에게 부가가치세 79,818,800원을 납부통지한 처분은 부당하다. 또한 처분청은 청구인이 이 건 불복청구의 당사자적격이 없다는 의견이나. 청구인은 청구외법인이 직권폐업되지 않았다면 청구인에게 제2차 납세의무자 지정과 납부통지 처분이 있을 수 없었고, 현재 실질공사가 진행되고 있음에 비추어 볼 때, 청구인은 국세기본법 제55조에 의한 이익의 침해를 받은 자로서 당사자 적격이 있다고 볼 수 있다.
• 나. 처분청 의견 청구외법인은 2004사업연도에 법인세과세표준 및 세액신고서를 미제출하였고, 2005년 제1기 예정 부가가치세 과세표준 신고서도 제출하지 아니하였으며, 처분청이 청구외법인에 대한 탐문조사 결과 청구외법인의 건설공사가 중단되고, 사업장이 공가상태임이 확인되었으므로 직권폐업처분은 정당하고, 청구외법인의 사업자등록신청 당시 등기부 및 주주명부, 부동산매매계약서를 보면 청구인은 대표이사 및 발행주식총수의 60% 지분인 30,000주를 소유한 주주로 등재되어 있는 사실이 확인되고, 2003.4.28.로 대표이사직에서 사임하였고, 같은 날 후임 대표이사 서OO이 취임하였으나 청구외법인의 소재지 부동산매매계약서에도 매수인이 청구외법인이 아닌 당시 대표이사였던 청구인의 성명이 기재 날인되어 있는 점을 감안하면, 청구인이 청구외법인의 경영에 전혀 참여하지 않았다고는 볼 수 없고, 또한 대표이사 사임 후에도 소유한 주식을 양도한 사실이 전혀 확인되지 않는 등으로 볼 때, 사업자등록신청시부터 직권폐업시까지 청구인의 주식 30,000주(지분 60%)은 전혀 변동이 없었던 것으로 보여지므로청구인을 청구외법인의 폐업시 과점주주로 보아 청구외법인의 체납액에 대한 제2차 납세의무자로 지정 및 납부통지한 처분은 정당하다. 이 건 고지세액은 제2차 납세의무자 개인이 아닌 청구외법인에게 부과된 것으로 당해 법인은 불복청구 할 수 있으나 청구인은 동 폐업 및 고지처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 당한 자에 해당되지 아니하므로 청구외법인에 대한 직권폐업처분에 대한 이 건 청구인의 심판청구는 국세기본법 제55조에 의한 청구인 적격이 없는 부적법한 청구에 해당된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

(1) 직권폐업처리된 법인의 제2차납세의무자가 납부통지의 원인인 직권폐업처리의 당부에 대하여 불복할 당사자적격이 있는지 여부

(2) 청구인을 청구외법인의 폐업시 과점주주로 보아 제2차납세의무자로 지정하여 납부통지한 처분의 당부

• 나. 관련법령 국세기본법 제55조【불복】

① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

② 이 법 또는 세법에 의한 처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 받게 될 제2차납세의무자 등 대통령령이 정하는 이해관계인(이하 “이해관계인”이라 한다)은 위법 또는 부당한 처분을 받은 자의 처분에 대하여 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 기타 필요한 처분을 청구할 수 있다. 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차납세의무】

① 법인(주식을 한국증권선물거래소법제2조제1항의 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 과점주주중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

• 가. 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자
• 나. 명예회장·회장·사장·부사장·전무·상무·이사 기타 그 명칭에 불구하고 법인의 경영을 사실상 지배하는 자
• 다. 가목 및 나목에 규정하는 자의 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다) 및 그와 생계를 같이하는 직계존비속

② 제1항제2호에서 "과점주주"라 함은 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)을 말한다. 국세기본법 시행령 제44조 【불복을 할 수 있는 이해관계인의범위】 법 제55조 제2항에서 "대통령령이 정하는 이해관계인이라"함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다.

1. 제2차 납세의무자로서 납부통지서를 받은 자 부가가치세법 제5조 【등 록】

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.

② 사업장 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 등록번호가 부여된 등록증(이하 “사업자등록증”이라 한다)을 교부하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.

⑤ 사업자가 폐업하거나 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 사업장 관할세무서장은 지체없이 그 등록을 말소하여야 한다.

⑥ 사업장 관할세무서장은 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자등록증을 갱신ㆍ교부할 수 있다. 부가가치세법 시행령 제10조 【거래장소】

① 재화가 공급되는 장소는 다음 각호에 규정하는 곳으로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화의 이동이 개시되는 장소

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 공급되는 시기에 재화가 소재하는 장소

② 용역이 공급되는 장소는 다음 각 호에 규정하는 곳으로 한다.

1. 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 장소

2. 국내외에 걸쳐 용역이 제공되는 국제운송의 경우에 사업자가 비거주자 또는 외국법인인 때에는 여객이 탑승하거나 화물이 적재되는 장소

③ 제1항과 제2항에 규정하는 공급장소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부가가치세법 시행규칙 제6조【폐업일의 기준】

① 법 제5조 제4항에 규정하는 폐업하는 때는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 한다. 다만, 해산으로 인하여 청산중에 있는 내국법인 또는 회사정리법에 의하여 법원으로부터 회사정리계획인가를 받고 회사정리절차를 진행중인 내국법인인 사업자는 사업을 실질적으로 폐업하는 날로부터 25일내에 사업장 관할세무서장에게 신고하여 그 승인을 얻은 경우에 한하여 잔여재산가액확정일(해산일로부터 365일이 되는 날까지 잔여재산가액이 확정되지 아니한 경우에는 그 해산일로부터 365일이 되는 날)을 폐업일로 할 수 있다.

② 폐업한 때가 명백하지 아니한 경우에는 제4조 제1항에 규정하는 휴업(폐업)신고서의 접수일을 폐업일로 본다.

③ 법 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 사업개시일 전에 등록한 자로서 등록한 날로부터 6월이 되는 날까지 재화와 용역의 공급실적이 없는 자에 대하여는 그 6월이 되는 날을 사업을 개시하지 아니하게 되는 날로 보아 법 제3조 제3항 단서의 규정을 적용한다. 다만, 사업장의 설치기간이 6월 이상이거나 기타 정당한 사유로 인하여 사업의 개시가 지연되는 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1, 직권폐업처리된 법인의 제2차납세의무자가 납부통지의 원인인 직권폐업처리의 당부에 대하여 불복할 당사자적격이 있는지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은이 건 고지세액이 제2차 납세의무자 개인이 아닌 청구외법인에게 부과된 것이므로 당해 법인은 불복청구를 할 수 있으나, 청구인은 동 폐업 및 고지처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 당한 자에 해당되지 아니하므로 당사자적격이 없는 부적법한 청구라는 의견이고, 청구인은청구외법인이 직권폐업되지 않았다면 청구인에게 제2차 납세의무자 지정과 납부통지 처분이 있을 수 없었고, 현재 실지 공사가 진행되고 있음에 비추어 볼 때, 청구인은 국세기본법 제55조에 의한 이익의 침해를 받은 자로서 당사자 적격이 있다는 주장이다. (나) 관련법령의 규정을 보면, 국세기본법 제55조 제2항은 “이 법 또는 세법에 의한 처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 받게 될 제2차납세의무자 등 대통령령이 정하는 이해관계인(이하 “이해관계인”이라 한다)은 위법 또는 부당한 처분을 받은 자의 처분에 대하여 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 기타 필요한 처분을 청구할 수 있다.”고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제44조 제1호는 불복을 할 수 있는 이해관계인의 범위에 “제2차 납세의무자로서 납부통지서를 받은 자”를 규정하고 있으므로, 위 규정에 의거하면 제2차 납세의무자로서 납부통지서를 받은 자는 자기가 받은 처분이 위법·부당하다고 주장하는 이유로 본래의 납세의무자가 받은 처분이 타당한지에 대하여 다툴 수 있다고 판단된다. 따라서청구인은 처분청의 청구외법인에 대한 직권폐업처분 및 고지처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 당한 자에 해당되므로국세기본법 제55조에 의한 이익의 침해를 받은 자로서 불복청구의 당사자 적격이 있다고 보아야 할 것이다.

(2) 쟁점2, 청구인을 청구외법인의 폐업시 과점주주로 보아 제2차납세의무자로 지정하여 납부통지한 처분의 당부에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은2005.6.9 청구인을 제2차납세의무자로 지정하고 청구인에게 부가가치세 158,925,600원과 동 가산금 4,767,760원 합계 163,693,360원을 납부통지하고, 2006.9.21. 제2차납세의무자로 지정한 청구인에게 부가가치세 79,818,800원을 납부통지한 처분은 부당하다는 주장이다. (나) 먼저, 위 처분중 2005.6.9.자 처분에 대한 불복청구는 청구인이 불복청구기한을 13일 도과하여 이의신청을 제기하였으므로 부적법한 청구에 해당되므로 본안심리 대상이 아닌 것으로 판단된다. (다) 다음으로2006.9.21.자 처분과 관련하여,이 건 과세처분의 원인이 된 청구외법인의 직권폐업처분이 부당하다는 청구주장에 대하여, 처분청은청구외법인이 2004사업연도에 법인세과세표준 및 세액신고서를 미제출하였고 2005년 제1기 예정 부가가치세 과세표준 신고서도 제출하지 아니하였으며 처분청이 청구외법인에 대한 탐문조사 결과 청구외법인의 건설공사가 중단되고 사업장이 공가상태임이 확인되었으므로 직권폐업처분은 정당하다는 것이고, 이에 대하여 청구인은청구외법인이 목적사업인 관광호텔업을 영위하기 위하여 사업개시일 이전에 사업자등록을 하고 건축물을 신축중에 있는데 철근콘크리트 7층 건물의 골조공사를 마치고 내부시설공사 진행중에 자금난으로 공사를 중단하기를 수차례 하였으나, 현재 공사를 재개하여 개업을 위하여 공사를 진행하고 있는데 일시 공사중단을 이유로 사업자등록을 직권말소한 것을 부당하다는 주장이다. (라) 청구외법인은 2002.4.27. 청구인을 대표이사로 하여 법인설립등기를 한 후 관할세무서에 2002.11.1. 사업자등록을 하였으며 2003.4.28. 대표이사가 청구인에서 서OO으로 변경되었고 2005.10.13. 대표이사가 서OO에서 윤OO으로 변경되었으며, 2002.8월경 건축물 신축공사를 시공하여 2004.7.6. 건축물 소유권보존등기를 하였고 이후 내부공사를 하던 중 2006.5.16 공사시공자를 OOOOOO(주)에서 OOOOOO(주)로 변경하는 등 건축관계자변경신고를 한 바 있으며, 부가가치세 신고내용을 보면 2002년에 매입 1,460,302천원이 발생하여 146,030천원의 환급을 받았고, 2003년에 매입 2,036,711천원이 발생하여 203,670천원의 환급을 받았으며, 2004년에 매입 11,681천원이 발생하여 1,168천원의 환급을 받은 것으로 나타나고, 처분청에서는 2005.5.10. 청구외법인의 사업장 현황이 “호텔 건설공사 중단 상태이며 사업장 공가 상태”이고 사업자 동태는 “대표이사 서OO을 탐문하였으나 연락되지 않고 있다”하여 무단폐업으로 2005.1.1.자로 직권폐업처리를 하였는데, 이상의 사실은 법인등기부 등본, 건물등기부 등본, 건축관계자 변경신고필증(OOOO), 청구인의 이의신청에 대한 결정서, 휴폐업자조사복명서 등에 의하여 확인된다. (마) 한편, 청구인은 국세기본법 제58조의 규정에 의한 의견진술신청을 하고 국세심판관회의에 출석하여, 청구외법인의 실질 운영자는 청구인의 남편인 박OO인데 당시 청구외법인의 업무와 관련이 없는 다른 일(알선수재)로 구속이 되어 일시 공사가 중단되었으나 당시 공사장내 콘테이너 박스에서 직원 신OO이 지키고 있었고 청구외법인은 신축 건물에 수십억원의 공사비를 투입하여 90%이상 공사가 진행되어 있었으며 청구외법인이 존속하고 있다는 사실은 이 후 대표이사가 새로 취임하고 건축주 변경이 있었던 것에 의하여도 알 수 있는데, 일시 공사가 중단되었는지 폐업하였는지도 자세히 알아보지 아니하고 직권폐업처리하여 이 건 과세한 처분은 부당하다는 요지로 진술하였다. (바) 이상의 사실관계 및 관련 증거자료, 청구인의 진술 등을 종합하여 보면, 이 건 공사와 청구외법인의 운영을 실질적으로 주관한 청구인의 남편 박OO이 2004.6.9.경 구속되어 2004.7.7. 유죄판결(OOOO OOOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOOO, OO OOO OOOO OO, OOOOO OOOOO OOOOOO)을 받고, 2005년에는 위 사건과 병합된 사건의 혐의로 수배를 받아 도피하던 중 2005.11.15. 자수하여 구속된 후 2005.12.21. 유죄판결(OOOO OOOO OOOOOOOO, OOOOOOOOOOOOOOOO OO, OO OOOO)을 받음에 따라서 부가가치세 등의 무신고와 일시적인 공사의 중단이 있었던 것으로 보이고, 처분청에서 조사할 당시에는 관리인이 부재이었을 수도 있으나 부가가치세 신고내용에 의하여 확인되는 바와 같이 당시 35억원여가 투입되어 건축물 보존등기가 경료된 후 내부공사가 진행중에 있던 공사현장을 장기 부재상태로 두었다고 보기에는 사회통념에 비추어 적합지 않은 점이 있으며, 2005.10.13. 대표이사 변경 및 2006.5.16 공사시공자 변경이 있었던 사실로 미루어 볼 때 청구외법인이 폐업을 하였다거나 장기 휴업상태로 방치되었던 것으로 보이지 않는 점도 있으므로 처분청이 이와같은 사정을 고려하지 아니하고 청구외법인의 사업자등록을 직권폐업처리하여 폐업시 잔존재화에 대한 부가가치세를 부과한 후 청구인을 제2차납세의무자로 지정하여 납부통지한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.