영농조합법인이 판매용 사료를 영세율을 적용하여 부정하게 공급받았는지 여부

○○세무서장이 2007.9.5. 청구법인에게 한 부가가치세 2003년 1기 20,083,960원, 2003년 2기 22,354,360원, 2004년 1기 17,249,900원 및 2004년 2기 5,823,250원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 1993.9.20. 구 농어촌발전특별조치법에 의해 설립된 영농조합법인으로서, 2003.1기～2004.2기 과세기간 중 ○○주식회사 호남지사로부터 공급가액 595,559,060원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 축산업용 사료를 영세율로 공급받아 조합원에게 영세율로 공급한 것으로 하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 농민에 해당하지 않는 청구법인이 판매용 사료를 영세율을 적용하여 부정하게 공급받은 것으로 보아 2007.9.5. 청구법인에게 2003.1기～2004.2기 부가가치세 65,511,470원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.9.20. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 축산업의 경영 등을 목적으로 농업․농촌기본법에 의하여 설립한 영농조합법인으로 부가가치세 영세율 적용에 관한 특례규정 제2조에 의거 “농민”에 해당하여 제조업체로부터 사료의 영세율 매입은 정당하고, 청구법인이 농민조합원들의 축산업활동과 연계하여 사료를 구입하고 유통시킨 행위도 축산업의 경영 등을 목적으로 하는 것으로서 일반 영리도소매업체의 사업행위와 구분하여 농민의 범위에 포함하여야 하며, 청구법인이 현재 사료를 과세로 공급받아 조기환급신고를 하는 것이 영세율을 적용하는 경우와 경제적인 득실이 발생하지 않는 바, 부가가치세를 탈루할 목적으로 부정하게 영세율로 공급받은 적이 없는 거래행위에 대해 부가가치세 및 가산세를 추징하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 농․축산․임․어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율과 면세전용 등에 대한 특례규정 제2조에서 농민의 범위는 한국산업표준분류표상 축산업에 종사하는 자로 명시되어 있는 바, 청구법인이 축산업에 직접적인 종사를 하지 않았음이 법인세 결산서의 조정후수입금액명세서상 도소매사료로 수입금액만을 반영하고 있는 사실에 의해 확인되므로 청구법인은 농민에 해당하지 않으며, 청구법인이 수취한 매입세금계산서상 공동구매로 볼 수 있는 근거가 없고 조합원들에게 판매 후 매출세금계산서를 교부한 것으로 확인되며, 청구법인이 ○○주식회사 호남지사와 주식회사 ○○사료 등의 사료제조업체로부터 판매용 사료를 매입하여 조합원들에게 판매한 행위가 법인세 결산서상 조합원들에 대한 외상매출금 계상사실 등으로 확인되므로 이는 부정한 행위로 판단된다.

• 가. 쟁 점 영농조합법인이 판매용 사료를 영세율을 적용하여 부정하게 공급받은 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다.

5. 대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법ㆍ 엽연초생산협동조합법 또는 산림조합법에 의하여 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각목의 1에 해당하는 것 가.～라. (생략)

• 마. 사료관리법에 의한 사료(부가가치세법 제12조 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것을 제외한다)

② 관할세무서장은 제1항 제5호 각목외의 부분의 규정에 의한 농민에 해당하지 아니하는 자가 동호 라목 및 마목의 규정에 의한 축산업용기자재 및 사료(이하 이 항에서 “축산업용기자재등”이라 한다)를 부정하게 부가가치세 영의 세율을 적용하여 공급받은 경우에는 그 축산업용기자재등을 공급받은 자로부터 그 축산업용기자재등의 공급가액의 100분의 10에 해당하는 부가가치세액과 그 세액의 100분의 10에 해당하는 금액의 가산세를 추징한다.(2002.12.11. 신설)

(2) 농․축산․임․어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 대한 특례규정 제2조【영세율 적용대상 농ㆍ어민 등의 범위】

① 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제105조 제1항 제5호 본문에서 “대통령령이 정하는 농민”이라 함은통계법제22조의 규정에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표(이하 "한국표준산업분류표" 라 한다)상의 농업 중 작물재배업ㆍ축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 “농민”이라 한다)를 말한다. 다만, 한국표준산업분류표상 시설작물재배업 중 재정경제부령이 정하는 업종에 종사하는 자를 제외한다.

2.농업ㆍ농촌기본법에 의하여 설립된 영농조합법인과 농업회사법인

3. 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 당해 사업연도 개시일을 기준으로 당해 법인의 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상을 다음 각목의 1에 해당하는 자가 출자하고 있는 법인. 이 경우 사업연도중에 출자지분의 변경으로 다음 각목의 1에 해당하는 자의 출자지분이 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상이 되는 경우에는 당해 출자지분변경일을 기준으로 한다. 가.농업ㆍ농촌기본법 제3조 제2호의 규정에 의한 농업인

• 나. 당해 법인의 임원 또는 직원으로서 상시 근무하고 있는 자 4.농업협동조합법에 의한 조합 및 중앙회. 다만, 가축용사료를 공급받는 경우에 한한다.

5. 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 농민에게 위탁하여 가축을 사육(이하 이 호에서 “위탁사육”이라 한다)하거나 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 농민과 계약을 체결하여 가축 및 사료를 공급하여 가축을 사육(이하 이 호에서 “계약사육”이라 한다)하는 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 농림부장관이 고시하는 계열화사업자. 다만, 계열화사업자가 직접 사육에 사용하기 위하여 가축용 사료를 공급받는 경우를 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 정관 및 설립통지서 등에 의하면, 청구법인은 1993.9.20. 구 농어촌발전특별조치법에 의거 낙농․비육우의 축산업 경영, 낙농․비육우의 기자재 공동구매 등을 사업목적으로 하여 24인의 조합원으로 설립된 영농조합법인으로 나타나고, 부가가치세 결정결의서 등에 의하면, 처분청은 이 건 과세기간 중 농민에 해당하지 않는 청구법인이 ○○주식회사 호남지사로부터 판매용 축산사료를 공급받아 조합원에게 공급하면서 영세율세금계산서를 수수하여 신고한 것이 부정하게 영세율을 적용하여 공급받은 경우에 해당한다 하여 아래 표와 같이 부가가치세를 부과한 것으로 확인된다. 〈부가가치세액 및 가산세 추징내역〉 (단위: 원) 과세기간 공급가액 세액 추징내역 부가가치세액 가산세 2003.1기 182,581,460 0 18,258,146 1,825,815 2003.2기 203,221,542 20,322,154 2,032,215 2004.1기 156,817,344 15,681,734 1,568,173 2004.2기 52,938,714 5,293,871 529,387 계 595,559,060 59,555,905 5,955,590 (2) 조세특례제한법 제105조 제1항 5호 에서 “대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사는 자에게 농업용․축산업용 또는 임업용 기자재로서 사료관리법에 의한 사료의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 농․축산․임․어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 대한 특례규정(대통령령) 제2조 제1항은 “대통령령이 정하는 농민”의 범위에 농업․농촌기본법에 의하여 설립된 영농조합법인을 포함하고 있는 바, 청구법인은 1999.2.5. 법률 제5758호로 개정되기 전의 농어촌발전특별조치법 제6조 에 의하여 영농조합법인으로 설립되었다가 이 법을 승계한 농업․농촌기본법 부칙 제5조에 의하여 2000.1.1.부터 같은 법 제15조의 규정에 의하여 설립된 영농조합법인으로 의제되었으므로, 위 농․축산․임․어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 대한 특례규정상 “대통령령이 정하는 농민”에 해당하는 것으로 보인다.

(3) 처분청의 청구법인에 대한 현지확인조사자료 등에 의하면, 청구법인에 영세율세금계산서를 교부한 사료제조업체는 청구법인과 사료관리법에 의한 사료의 공급계약을 체결한 후 조합원인 축산농가가 사료대리점 등에 전화로 주문을 하면 동 업체에서 사료를 직접 축산농가에게 공급하고 그에 따른 거래명세와 영세율세금계산서를 청구법인에게 교부하며, 청구법인은 축산농가의 젖소로부터 생산되는 유류를 납품하고 그 대금을 지급받아 조합원이 부담하여야 할 사료비용을 제외하면서 이를 명확히 하기 위해 조합원에게 영세율세금계산서를 교부한 것으로 나타나 청구법인의 거래가 부정하게 영세율을 적용받기 위한 것으로는 보여지지 아니한다(이 건 과세기간 이후에는 세금계산서를 수취하고 영세율세금계산서를 교부한 후 영세율 조기환급신청을 하는 방식으로 변경하였음). 또한, 청구법인의 재무제표 등을 보면 조합원인 축산농가가 사료제조업체로부터 사료의 구매에 따라 지급받는 판매장려금을 청구법인의 조정수입금액에 반영하고 결산시 조합원에게 배당으로 회계처리한 것으로 나타나고 있는 점 등을 감안하면 이 건 거래의 실질이 조합원들의 사료구매에 따른 판매장려금의 수령목적에 있다 할 것이므로 청구법인이 판매용 사료를 직접 공급받은 것이 아니라 조합원들을 위하여 공동구매한 것으로 보인다.

(4) 살피건대, 사업자가 사료관리법에 의한 사료를 한국표준사업분류표상의 농업 중 작물재배업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 개인 및 농업․농촌기본법에 의하여 설립된 영농조합법인과 농업회사법인에 공급하는 경우에는 조세특례제한법 제105조 제1항 의 규정에 의거 영의 세율이 적용되는 것인 바, 이 건 거래의 실질은 청구법인이 축산농가인 조합원들의 사료구매에 따른 판매장려금의 수령목적으로 영세율세금계산서를 수수하여 부가가치세를 신고한 것에 지나지 아니할 뿐이어서 청구법인이 사료제조업체로부터 판매용 사료를 공급받은 것으로 보기 어려우므로, 청구법인이 사료제조업체로부터 쟁점금액 상당의 판매용 사료를 부정하게 부가가치세 영의 세율을 적용하여 공급받은 것으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.