양도차익의 산정

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2000.08.21. ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○○-○답 862㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 상속 및 증여로 취득하여 2004.03.26. 쟁점토지를 공공사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 서울지방국토관리청에 252,853천원에 양도하였다. 청구인은 2004.05.31. 쟁점토지가 2004.02.26. 지정지역으로 지정되었기 때문에 쟁점토지의 양도에 관하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득을 예정신고하고, 2004년 귀속 양도소득세 6,441,780원을 납부하였다.
• 나. 청구인은 2006.07.27. 2004.12.31. 개정된 조세특례제한법 제85조 규정에 의하여 쟁점토지의 양도와 관련된 양도소득세를 기준시가로 경정해 달라는 경정청구서를 처분청에 제출하였다. 이에 처분청은 200.09.16. 청구인의 경정청구는 확정신고기한이 경과한 후 양도차익 산정방법의 변경에 불과하다는 이유로 청구인에게 거부통지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.11.28. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2004.12.31. 개정된 조세특례제한법 제85조 는 공익사업용 토지수용에 따른 양도소득세 부담을 경감시켜 원활한 공익사업을 지원하기 위한 것이고, 부칙 제12조에 의하면 양도소득 과세표준 확정신고기한이 도래하는 분부터 적용하도록 하여 2004년 양도분도 소급 적용이 가능한 바, 청구인의 경정청구를 거부하는 것은 법 개정취지를 도외시한 부당한 것이다. 또한, 양도소득세는 기준시가에 의하는 것이 원칙이고, 무신고자에 대하여는 처분청이 기준시가로 과세하고 있는 바, 처분청의 거부처분은 성실하게 실지거래가로 신고한 청구인에 대하여는 오히려 불이익을 주는 것으로 불합리하다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법에 의하면, 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에 경정청구 할 수 있다고 규정하고 있는 바, 세액의 변경에 대하여 경정청구 할 수 있지만, 이 건은 양도소득 과세표준 확정신고기한이 경과한 이후에 양도차익 산정방식의 변경에 불과하므로, 경정청구 할 수 없다.

• 가. 쟁 점 청구인이 쟁점토지 양도에 관하여 당초 실지거래가액으로 예정신고한 다음, 확정신고기한 경과 후 2004.12.31. 개정된 조세특례제한법 제85조 에 따라 기준시가로 양도차익을 산정한 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조 의 2【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 2년이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (2) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

6. 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 6의 2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우 (3) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산이 제96조 제1항 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. (4) 조세특례제한법 제85조 (2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 것) 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정 고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다. (5) 조세특례제한법 부칙(2004.12.31. 법률 제7322호) 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례】 제85조의 개정규정은 어 법 시행 후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지는 재정경제부장관이 지정하는 지정지역 내에 소재하고 있으며, 2004.03.26. 서울지방국토관리청에 의하여 공익사업용 토지로 수용된 사실, 청구인은 2004.05.31. 쟁점토지 양도에 관하여 실지거래가액으로 양도소득 예정신고를 한 후 확정신고를 하지 아니하였고, 2006.07.27. 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여 경정해 달라는 경정청구를 하였으나 처분청은 2005.05.31.까지 기준시가로 확정신고를 하여야 하나 동 기한 이후에 경정청구를 하였다는 이유로 2006.09.16. 청구인의 경정청구를 거부한 사실은 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 따라 실지거래가액으로 예정신고한 후 확정신고기간 경과 후 조세특례제한법 제85조 및 부칙 제12조의 규정에 따라 기준시가로 경정청구하였는 바, 이에 대하여 본다. (가) 2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 조세특례제한법 제85조 (신설)의 규정에 의하면, 지정지역 내의 부동산에 대해서도 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동 법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하면서 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며, 2004.12.31. 법률 제7322호 부칙 제12조의 규정에 의하면, 법(조세특례제한법) 제85조의 개정규정은 이 법 시행 후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다. (나) 쟁점토지는 지정지역에 소재하고 있고 2004.03.26. 양도되었으므로 양도당시 시행되던 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의거 실지거래가액의 과세(신고)대상이나, 2005.05.31. 과세표준확정신고시까지 개정된 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의거 기준시가로 양도차익을 계산하여 과세표준확정신고를 할 수 있었음을 알 수 있다. (다) 지정지역 내에 소재하는 부동산을 양도하는 경우 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 따라 실지거래가액 과세대상이나, 공익사업용으로 수용(양도)되는 경우에는 조세특례제한법 제85조 본문 및 같은 법 부칙 제12조의 규정에 따라 2005.01.01. 이후 과세표준 확정신고기한이 도래하는 분부터 기준시가로 과세할 수 있도록 예외를 인정하였고, 같은 법 단서에서 ‘양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하여 쟁점토지와 같이 지정지역 내의 공익사업용으로 수용되는 토지라 하더라도 실지거래가액으로 신고한 경우에는 지정지역 내의 부동산과 같이 실지거래가액으로 과세하겠다는 것이므로, 청구인이 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득 예정신고를 한 다음 확정신고기한까지 다른 신고를 하지 않은 이상 쟁점토지의 양도차익은 실지거래가액에 따라 산정할 수밖에 것이다(국심2006전 936, 2006.09.06. 합동회의와 같은 뜻임).

(3) 그렇다면, 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여 당초신고한 양도소득세액과의 차액을 환급해달라는 내용의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.