양도소득세 비과세요건

○○○세무서장이 2006.10.12. 청구인에게 한 2006년 귀속 농어촌특별세 2,010,090원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2006.5.15. 경기도 파주시 ○○읍 ○○리 000 ○○ 2차 ○○아파트 000동 0000호(이하 “쟁점①아파트”라 한다)및 경기도 김포시 ○○동 0000 ○○마을 000동 0000호(이하 “쟁점②아파트”라 한다)를 동시에 양도하고 소득세법시행령 제154조 제9항 에 의거 쟁점①아파트를 먼저 양도한 것으로 하여 쟁점①아파트에 대하여는 1세대 1주택 비과세를 적용하고 쟁점②아파트는 양도소득세 감면을 신청하여 2006년 귀속 양도소득세 2,584,400원 및 농어촌특별세 2,492,870원을 자진신고후 세액의 일부인 3,067,180원을 납부하였다.
• 나. 청구인은 쟁점②아파트의 양도에 대하여도 비과세 요건에 해당된다고 보아 기 납부한 세액에 대해 환급신청을 하였으나 처분청은 이를 거부하고 2006.10.12. 청구인에게 2006년 귀속 농어촌특별세 미납분 2,010,090원을 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.10.19. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인과 청구인의 배우자는 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의거 양도소득세 감면대상인 쟁점②아파트와 1세대 1주택 비과세가 적용되는 쟁점①아파트를 보유하다가 동일자에 매도한 것이므로 동시에 주택을 매도할 경우 납세자에게 유리한쪽을 선택할 수 있으므로 1세대 1주택 비과세가 적용되는 쟁점①아파트를 먼저 양도한 것으로 하여 비과세를 적용받고 남은 감면대상 주택도 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하므로 이 건 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 동일자에 양도한 2주택에 대하여 먼저 양도한 쟁점①아파트에 대하여는 비과세 적용을 받고 나중에 양도한 쟁점②아파트의 양도시에도 다른 주택이 없고 3년이상 보유하여 비과세 요건에 해당된다고 주장하나, 쟁점②아파트는 쟁점①아파트의 양도시에 양도소득세가 감면되는 주택으로 신고하였기 때문에 쟁점①아 파트가 비과세적용을 받은 것이므로 쟁점②아파트의 양도는 신축주택의 양도소득세 감면적용을 받아야 한다.

• 가. 쟁 점 양도소득세 비과세요건을 충족한 감면대상 신축주택과 비과세 요건을 충족한 일반주택을 각각 보유한 1세대가 동일자에 보유하고 있는 2주택을 모두 양도하는 경우 소득세법시행령 제154조 의 규정을 적용하여 2주택 모두 양도소득세 비과세요건에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 ① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 인하여 발생하는 소득

2. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2) 소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】①법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정 ․ 고시된 분당 ․ 일산 ․ 평촌 ․ 산본 ․ 중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

⑨ 법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 순서에 따라 주택을 양도한 것으로 본다. (3) 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정지법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 내에 주택건설사업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다) 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. (2003.5.29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2005.12.31. 개정)

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (1998.12.28. 개정)

④ 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 농어촌특별세법 제5조 【과세표준과 세율】① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호 별 과 세 표 준 세 율 1 조세특례제한법 관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세․법인세․관세․취득세 또는 등록세의 감면세액(제2호의 경우를 제외한다) 100분의 20

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점①아파트 및 쟁점②아파트를 동시에 양도하고 쟁점①아파트에 대하여는 1세대 1주택비과세를 적용하고 쟁점②아파트는 양도소득세 감면을 신청하여 신고세액의 일부인 3,067,180원을 납부한 후, 쟁점②아파트의 양도에 대하여도 비과세 요건에 해당된다고 보아 기 납부한 세액에 대해 환급신청을 하였으나 처분청은 이를 거부하고 이 건 과세처분한 사실이 처분청 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의거 양도소득세 감면대상인 쟁점②아파트와 1세대 1주택 비과세가 적용되는 쟁점①아파트를 보유하다가 동일자에 매도한 것이므로 1세대 1주택 비과세가 적용되는 쟁점①아파트를 먼저 양도한 것으로 하여 비과세를 적용받고 남은 감면대상 주택도 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하고 있음에도 이 건 과세처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다. (가) 청구인 및 청구인의 처 윤○○은 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의거 양도소득세 감면대상이 되는 신축주택인 쟁점②아파트와 1세대 1주택 비과세가 적용되는 쟁점①아파트를 보유하다가 2006.5.15. 동일자에 양도한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. (나) 소득세법 제89조 제1항 제3호 에서는 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 양도소득세를 과세하지 아니하도록 규정하고 있다. (다) 조세특례제한법 제99조 제1항 제3호 에 의하면 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 것으로 규정하고 있고, 제3항에서는 조세특례제한법 제99조 의 규정에 해당하는 신축주택은 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의한 1세대 1주택 비과세 규정을 적용함에 있어서 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것으로 규정하고 있다. (라) 농어촌특별세법 제3조 제1호 에서는 “제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세․법인세․관세․취득세 또는 등록세의 감면을 받은 자”를 농어촌특별세 납세의무자로 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항은 『“감면”이라 함은 조세특례제한법․ 관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세․법인세․관세․취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다』라고 규정한데 이어 그 제1호에서 “비과세․세액면제․세액감면․세액공제 또는 소득공제”를 감면의 하나로 규정하고 있다.

(3) 위 관련 법령을 종합적으로 살펴볼때, 조세특례제한법 제99조 제2항 에서는 조세특례제한법 제99조 의 규정에 해당하는 신축주택은 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의한 1세대 1주택 비과세 규정을 적용함에 있어서 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 바, 쟁점①아파트의 경우 양도당시 다른 주택이 없고 3년이상 보유한 사실이 인정되므로 소득세법상 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추었다고 볼 수 있다 하겠다. 또한, 쟁점②아파트의 경우 조세특례제한법 제99조 에 의하여 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면대상에 해당되나, 소득세법상 1세대 1주택에 대한 비과세 규정과 조세특례제한법상 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례는 지원목적이 다른 별개의 제도로서 소득세법과 조세특례제한법에서 양 규정간의 중복적용을 배제하는 명문 규정이 없고, 설령 양 규정이 중복적용된다고 하더라도 이중으로 공제되거나 비과세되어 중복지원되는 문제는 발생하지 않는 것으로 보이므로 쟁점②아파트의 양도당시 다른 주택이 없고 3년이상 보유한 사실이 인정되어 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하였다고 볼 수 있으므로 청구인에게 이 건 농어촌특별세를 결정고지한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.