결손금 통산에 의하여 과세표준을 계산하여야 하는 지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2002.08.13. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 127-1번지, 같은곳 128-5번지, 같은곳 129번지 소재 공장용지 1,434㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 동 지상건물 648㎡(이하 “쟁점건물”이라 하며 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구인이 대표이사로 재직 중인 주식회사 ○○경금속(이하 “양수법인”이라 한다)에게 사업의 포괄적인 양수도 방법에 의하여 양도하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 2003.05.30.자로 처분청의 신고함에 투입하였다는 양도소득과세표준신고서 와 조세특례제한법 제32조 의 규정에 의한 이월과세신청서가 제대로 접수되지 아니하였음을 이유로 취득 및 양도당시의 기준시가에 의하여 청구인에게 35,539,480원의 양도소득세를 과세하겠다는 내용의 과세예고통지를 하였다가, 2006.05.24.자 과세전 적부심사결정에 따라 취득가액 및 양도가액의 적정성 여부에 대한 재조사를 실시한 다음, 보유기간이 1년 미만인 쟁점건물은 실지거래가액에 의하여, 보유기간이 1년 이상인 쟁점토지는 기준시가에 의하여 각각 양도소득금액을 계산한 후, 실지거래가액에 의한 양도차익이 △31,699,390원인 쟁점토지의 경우 기준시가에 의한 산출세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수 없다는 대법원 판례(2001두5126, 2003.05.30)의 취지를 감안하여 산출세액을 영(0)으로 하기로 하고, 청구인이 2002.11.29. 양도한 ○○도 ○○시 ○○동 674번지 소재 대지 41㎡(이하 “쟁점외토지”라 한다)의 양도소득금액 14,926,442원에 쟁점부동산의 양도소득금액을 합산하여 2006.09.08. 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세 8,782,440원을 경정고지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.10.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 대법원의 판례(2001두5126, 2003.05.30.참조)에 의하면, 기준시가에 의한 산출세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수 없는 것인데 쟁점토지는 기준시가에 의한 산출세액이 실지거래가액에 의한 양도차익(△31,699,413원)의 범위를 넘었으므로 쟁점토지의 양도차익은 실지거래가액 △31,699,413원으로 보아야 하고, 소득세법 제102조 의 규정에 의하면, 동일과세기간의 양도소득은 통산하여야 하는데, 쟁점토지와 동일과세기간에 양도된 쟁점건물의 양도차익 9,273,470원과 쟁점외토지의 양도차익 14,926,442원 및 쟁점토지의 양도차익 △31,699,413원을 통산하면, 청구인의 양도차익은 △7,499,501원으로 계산되므로 이 건 양도소득세는 전액 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산 중 보유기간이 1년 미만인 쟁점건물의 양도차익은 실지거래가액에 의하여 산정하는 것이 타당하나, 보유기간이 1년 이상인 쟁점토지는 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하되, 다만 산출세액은 실지거래 양도차익의 범위로 제한하는 것이 타당하며, 이 경우 청구인의 양도차익은 쟁점건물의 양도차익 9,273,470원과 쟁점외토지의 양도차익 14,926,442원 및 쟁점토지의 양도차익 94,496,628원 합계 118,660,540원으로 계산되고, 쟁점토지에 대한 산출세액을 실지거래 양도차익의 범위로 제한할 경우 청구인의 양도소득세는 8,782,440원으로 계산되므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 기준시가에 의한 양도차익 계산 대상 자산의 실지거래가액에 의한 양도차익이 결손인 경우, 그 결손액을 동일과세기간에 양도한 다른 자산의 양도차익에 통산하여 양도소득세 과세표준을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2002.12.30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것) 제102조 【양도소득금액의 구분계산 등】 양도소득금액은 다음 각호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금은 이를 다른 호의 소득금액과 통산하지 아니한다.

1. 제94조 제1항・제2호 및 제4호의 규정에 의한 소득

2. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 소득 제96조 【양도가액】 ① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

4. 취득후 1년 이내의 부동산인 경우

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

(2) 조세특례제한법(2002.12.30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것)제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ①제조업・광업・건설업 기타 대통령령이 정하는 사업(이하 이 조에서 “제조업등”이라 한다)을 영위하는 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 제조업등을 영위하는 법인으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 거주자는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세적용신청을 하여야 한다.

(3) 조세특례제한법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것) 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ③법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2002년도에 쟁점부동산과 쟁점외토지를 양도하였으며, 쟁점부동산 양도와 관련하여 과세표준 신고기한내에 양도소득과세표준신고서와 이월과세신청서를 제출하였다고 주장하고 있으나, 그 사실이 입증되지 아니한다 하여 처분청은 보유기간이 1년 미만인 쟁점건물은 소득세법 제96조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하고, 보유기간이 1년 이상인 쟁점토지는 같은조 제1항 본문의 규정에 의하여 취득 및 양도당시의 기준시가에 의하여 양도차익을 계산 하였는 바, 처분청의 이 건 양도소득세 계산내역은 아래<표1>과 같다. <표1> 처분청의 이 건 양도소득세 계산내역 (단위:원) 구분 1년이상보유 1년미만보유 합계 쟁점토지 (기준시가) 쟁점외토지 (실거래가) 쟁점건물 (실거래가) 양도가액 (양도일자) 123,524,500 (2002.08.13) 90,000,000 (2002.11.29) 155,520,000 (2002.08.13) 취득가액 (취득일자) 28,182,400 (2001.05.30) 68,598,000 (1995.11.20) 143,500,000 (2001.12.14) 필요경비 845,472 2,746,530 양도차익 94,496,628 9,237,470 121,294,618 장기보유특별공제 0 0 2,634,078 양도소득금액 94,496,628 9,237,470 118,660,540 109,423,070 양도소득기본공제 2,500,000 0 2,500,000 과세표준 106,923,070 9,237,470 116,160,540 세율(%) 18% 36% 산출세액 26,792,305 3,338,449 6,993,196 23,137,558 3,654,747 신고납부세액공제 0 133,675 0 133,675 결정세액 0 3,521,072 338,449 6,859,521 신고납부불성실가산세 0 1,244,122 1,881,882 3,126,004 총세액결정 0 4,765,194 5,220,331 9,985,525 기납부세액 0 1,203,084 0 1,203,084 차감고지세액 0 3,562,110 5,220,331 8,782,441 즉, 처분청은 보유기간이 1년 이상인 쟁점토지와 쟁점외토지의 양도차익을 각각 취득 및 양도당시의 기준시가와 실지거래가액에 의하여 산정한 다음, 양도소득금액을 합산하여 납부할 세액을 산출하고, 쟁점토지는 기준시가에 의한 산출세액이 23,137,558원으로 실지거래가액에 의한 양도차익 △31,699,300원의 범위를 초과하였으므로 산출세액을 영(0)으로 보았으며, 쟁점외토지분 산출세액 3,654,747원을 쟁점건물의 산출세액 3,338,449원에 합산하여 이 건 양도소득세를 결정하였음이 확인된다.

(2) 이에 대하여 청구인은 ‘기준시가에 의한 산출세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수 없다’는 대법원의 판례(대법원 2001두5126, 2003.05.30. 참조)의 취지를 감안할 때, 쟁점토지는 기준시가에 의한 산출세액이 실지거래가액에 의한 양도차익 △31,699,413원의 범위를 넘었으므로 쟁점토지의 양도차익은 실지거래가액 △31,699,413원으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, (가) 위 대법원 판례에서 ‘기준시가에 의한 산출세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수 없다’는 취지는 “기준시가에 의하여 양도차익을 산정하는 경우에도 그 부동산의 실지거래가액이 확인되는 이상 헌법상 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그에 기초한 산출세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수 없다”는 것일 뿐, 이와 같은 경우에 반드시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하라는 취지는 아니라고 보여지므로 양도소득과세표준 신고기한 내에 신고서가 적법하게 제출되었다고 볼 수 없는 쟁점토지는 취득 및 양도당시의 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 위와 같은 취지에서 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 취득 및 양도당시의 기준시가에 의하여 산정하고, 이를 쟁점외토지의 양도차익에 합산하여 청구인이 납부하여야 할 세액을 산출한 다음, 이를 다시 양도소득금액의 비율로 안분하여 쟁점토지에 안분된 산출세액 23,137,558원에 대하여는 위 대법원 판례의 취지를 참작하여 과세하지 아니하고, 쟁점외토지에 안분된 산출세액 3,654,747원을 쟁점건물분 산출세액 3,338,449원에 합산하여 이 건 양도소득세를 결정한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.