창업중소기업 등에 대한 세액감면

○○○세무서장이 2006.9.11. 청구법인에게 한 2002사업연도 법인세 102,019,040원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 1999.8.16. ○○○ 사업으로 개업하여 2000.10.30. ○○○(이하 ○○○이라 한다)으로부터 벤처기업임을 확인(유효기간: 2000.10.30.∼2002.10.29.)받고 2002.1.1.∼12.31.사업연도(이하 “2002사업연도”라 한다) 법인세 신고시 법인세 74,195,672원을 창업벤처기업에 대한 법인세 감면세액(이하 “감면세액”이라 한다)으로 하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 벤처기업확인서의 유효기간(이하 “벤처기업유효기간”이라 한다)이 2002.10.29. 만료되어 2002.12.31. 현재 창업벤처기업에 해당되지 않는다 하여 위 감면세액을 배제하고 납부불성실가산세 27,823,377원을 결정세액에 가산하여 2006.9.11. 청구법인에게 2002사업연도 법인세 102,019,040원을 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.9.27. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】제2항 단서에서는 법인세 감면기간 중 벤처기업확인이 취소된 경우에 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 2【벤처기업 확인의 취소】제1항에서는 벤처기업 확인의 취소사유를 규정하고 있는바, 청구법인은 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 벤처기업임을 확인받은 사실도 없고, 휴폐업 등 기업활동을 하지 아니한 사실도 없으므로 청구법인은 이에 해당되지 아니하고, 대법원 판례에서도 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이며 합리적 이유 없이 유추해석하거나 확장해석하는 것은 허용되지 아니한다(○○○)고 판결하고 있는바, 처분청이 벤처기업유효기간이 2002.10.29. 만료된 것을 마치 취소된 것처럼 간주하여 감면세액을 추징하는 것은 관계법령을 유추해석하거나 확대해석하여 적용한 것이므로 위법ㆍ부당하며, 설령 2002.10.29. 벤처기업유효기간이 만료되었다고 하더라도 취소사유에 해당되지 않는한 벤처기업임을 확인받은 날로부터 6년간은 법인세를 감면하여야 하고, 처분청도 벤처기업 확인의 취소사유를 근거로 감면세액을 추징한 것은 아니므로 이 건 법인세 부과처분은 취소되어야 한다.

(2) 또한, 청구법인이 벤처기업유효기간이 2002.10.29. 만료된 후 벤처기업 갱신신청을 곧바로 하지 못한 것이 벤처기업 확인의 취소사유에 해당된다고 볼 경우에도 2002.12.5. 벤처기업평가를 위한 신청서를 제출하여 2003.1.17. 벤처기업 적격통보를 받은 점을 감안하면, 실질적으로 벤처기업으로서 계속 유지되었다고 할 수 있으므로 단순히 벤처기업확인이 지연된 사유를 근거로 감면세액을 추징하는 것은 벤처기업에 대한 지원제도 및 관련 법률의 입법취지에 비추어 볼 때, 잘못된 부과처분이라 할 것이므로 취소되어야 한다.

(3) 처분청처럼 벤처기업유효기간이 2002.10.29. 만료된 것을 마치 취소된 것처럼 본다고 하더라도 벤처기업으로 유지된 기간(2002.1.1.∼2002.10.29.)에 대하여는 법인세 감면세액을 계산함이 타당하다 할 것이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 창업벤처기업에 대한 세액감면을 적용받는 감면기간 중에 벤처기업유효기간이 만료되어 벤처기업에 해당하지 않는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 법인세를 감면할 수 없는 것이며, 이후에 벤처기업확인서를 재발급 받아 벤처기업에 해당하는 경우에는 해당 사업연도의 법인세를 감면받을 수 있는 것이므로 2002사업연도의 감면세액을 추징한 것은 정당하다.

(2) 창업벤처기업에 대한 법인세 감면은 사업연도 단위를 기준으로 적용하는 것이므로 감면세액을 월할계산하여야 한다는 청구주장도 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점 처분청이 벤처기업유효기간이 2002.10.29. 만료되었다 하여 2002사업연도 법인세 감면세액을 추징한 처분이 적법한지 여부와 이를 적법하다고 볼 경우, 벤처기업유효기간이 만료되기 전의 기간(2002.1.1.∼2002.10.29.)에 대하여 법인세 감면세액을 계산할 것인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】② 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다. (1-1) 조세특례제한법 시행령 제5조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】④ 법 제6조 제2항에서 “대통령령이 정하는 기업” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.

1. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의 2의 요건을 갖춘 중소 기업(괄호생략)

(2) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조【정 의】① 이 법에서 “벤처기업”이라 함은 제2조의 2의 요건을 갖춘 기업을 말한다.

(3) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의 2【벤처기업의 요건】① 벤처기업은 다음 각호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업일 것

2. 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률 제47조의 규정에 의한 중소기업진흥공단 등 대통령령이 정하는 기관으로부터 기술 및 경영혁신에 관한 능력이 우수한 것으로 평가받을 것

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

• 가. 다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계, 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율 및 그 비율을 유지하는 기간이 각각 대통령령이 정하는 기준 이상인 기업(이하 생략)

(4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조【벤처기업의 해당여부에 대한 확인】① 벤처기업으로서 이 법에 의한 지원을 받고자 하는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 기술신용보증기금 등 대통령령이 정하는 기관 또는 단체(이하 “벤처기업확인기관”이라 한다)의 장에게 확인을 요청할 수 있다.

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항의 규정에 의하여 요청을 받은 경우에는 산업자원부령이 정하는 기간 내에 확인하여 그 결과를 요청인에게 통지하여야 한다. 이 경우 당해 기업이 벤처기업에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.

(5) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 2【벤처기업 확인의 취소】① 벤처기업확인기관의 장은 벤처기업이 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제25조 제2항의 규정에 의한 확인을 취소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 때에는 확인을 취소하여야 한다.

1. 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 벤처기업임을 확인 받은 경우

2. 제2조의 2의 벤처기업의 요건을 갖추지 아니하게 된 경우. 다만, 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인을 받은 날부터 6월이 경과하지 아니한 기업은 제외한다.

3. 휴업·폐업 또는 파산 등으로 대통령령이 정하는 기간 동안 기업 활동을 하지 아니하는 경우

4. 대표자·최대주주 또는 최대출자사원 등이 기업재산을 유용하거나 은닉하는 등 기업경영과 관련하여 주주·사원 또는 이해관계인에게 피해를 발생하게 한 경우 등 대통령령이 정하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) ○○○이 송부한 심리자료에 의하면, 청구법인은 2000.10.30. 동 기관으로부터 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 근거하여 기술평가기업으로 벤처기업확인서(유효기간: 2000.10.30.∼2002.10.29.)를 확인받았으며, 이후에도 계속하여 3차례(2003.1.22., 2005.5.26., 2006.1.2.)에 걸쳐 벤처기업확인서를 갱신받았으고, 현재는 신기술기업과 벤처투자기업으로서 벤처기업임이 확인된다.

(2) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 2002.10.29. 벤처기업유효기간이 만료되어 2002.12.5. ○○○에게 벤처기업임을 확인받고자 벤처기업평가를 위한 기술사업계획서를 제출하였고, 2003.1.3. 벤처기업 평가수수료를 납부하고 2003.1.17. ○○○으로부터 벤처기업임을 통보받았으며, 2003.1.22. 벤처기업확인서(유효기간: 2003.1.22.∼2005.1.21.)를 발급받았음이 나타난다.

(3) 청구법인은 2002.10.29. 벤처기업유효기간이 만료되어 2002.12.5. ○○○에게 벤처기업 확인신청을 하였으나, 2003.1.22.까지 벤처기업확인이 지연되었을 뿐 이후에도 계속하여 벤처기업임을 확인받은 사실로 볼 때, 벤처기업유효기간이 만료된 이후에도 계속적으로 벤처기업을 유지한 것으로 보아야 하고, 2003.1.22.까지 벤처기업확인이 지연된 점을 이유로 감면세액을 추징하는 것은 벤처기업에 대한 지원제도 및 관계법령의 입법취지에 반하다고 하고 설령, 벤처기업 유효기간이 만료된 것을 벤처기업 확인의 취소사유에 해당한다고 볼 경우에도, 2002사업연도에 벤처기업으로 유지된 기간(2002.1.1.∼2002.10.29.)에 대하여는 감면세액을 계산하여야 한다고 주장한다.

(4) 처분청은 창업벤처기업에 대한 세액감면을 적용받던 중에 벤처기업유효기간이 만료되어 벤처기업에 해당하지 아니한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 법인세 감면을 적용받을 수 없으므로 2002사업연도 법인세 감면세액을 추징한 것은 정당하다고 하고, 창업벤처기업에 대한 세액감면은 사업연도 단위로 적용하는 것이므로 감면세액을 월할계산하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다는 의견이다.

(5) 이를 바탕으로 살피건대, 청구법인이 2002.10.29. 벤처기업유효기간이 만료된 후 2002 사업연도 종료일까지 2개월동안 벤처기업으로 확인받지 못한 사정에 대하여 보면, 청구법인이 2002사업연도가 종료되기 전인 2002.12.5. ○○○에게 벤처기업 갱신신청을 하여 2003.1.17.벤처기업임을 통보받았다는 점에서 청구법인이 벤처기업 갱신신청을 늦게함에 따라 발생된 절차적 문제로 벤처기업의 요건을 갖추지 못함에 따라 발생된 실체적 문제는 아니었으며, ○○○이 2003.1.17. 이후 심리일현재까지 벤처기업임을 확인하고 있다는 점에서 청구법인에 대한 벤처기업 확인은 2002사업연도 종료일 현재 취소되지 아니하고 계속 유지된 것으로 보아야 할 것이다. 또한, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 2에서는 벤처기업유효기간에 대한 기간만료 사유를 벤처기업 확인의 취소사유로 규정하고 있지 않으며, 조세특례제한법 제6조 제2항 에서도 창업벤처기업이 감면기간 중에 벤처기업의 확인이 취소된 경우에 한해 그 취소일이 속하는 과세연도부터 법인세 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로 처분청이 2002사업연도 종료일 현재 벤처기업 확인이 취소되지 아니한 청구법인에게 벤처기업에 해당되지 않는다 하여 법인세 감면세액을 추징한 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.