법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하였다는 객관적인 입증없이 주식매매나 자금대여 사실만으론 특수관계자로 볼 수 없다 할 것인 바, 당해 법인과 특수관계자임을 전제로 둔 부과처분은 위법하다 할 것임.
법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하였다는 객관적인 입증없이 주식매매나 자금대여 사실만으론 특수관계자로 볼 수 없다 할 것인 바, 당해 법인과 특수관계자임을 전제로 둔 부과처분은 위법하다 할 것임.
○○세무서장이 2006.4.3. 청구법인에게 한 2001사업연도 법인세 5,078,330원, 2003사업년도 법인세 9,946,280원 및 2004사업연도 법인세 9,113,780원의 부과처분은 이를 취소한다.
청구법인은 1989.12.12. 설립되어 레미콘 제조 ․ 판매업을 영위하는 법인으로서, 2001.7.9. 주식회사 ○○○컨설팅(이하 “청구외법인”이라 한다) 및 ○○○창업투자주식회사(이하 “○○○창업투자라 한다”)와 상장법인인 ○○○○주식회사(이하 “○○○○”이라 한다)의 유상증자의 대금으로만 사용하는 것을 목적으로 청구법인이 청구외법인에게 10억원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 대여하기로 하는 자금대여약정(이하 “쟁점약정서”라 한다)을 체결하고 다음 날인 2001.7.10. 지급하였다. 청구법인은 쟁점금액에 대하여 2001사업연도에는 결산조정으로 가지급금인정이자 51,756,010원을 익금산입, 업무무관 가지급금에 대한 지급이자 39,338,842원을 손금불산입하였고, 2002사업연도에는 세무조정으로 가지급금인정이자 16,590,418원을 익금산입, 업무무관 가지급금에 대한 지급이자 12,595,141원을 손금불산입하였으며, 2003사업연도 및 2004사업연도는 이를 계상하지 아니하였다.
○○지방국세청장은 2005.10.19 ~ 2006.1.24. 기간동안 청구법인에 대한 법인세조사를 실시하여, 청구법인이 2001.12.28. 청구외법인으로부터 지급받은 10억원에 대하여 184,337,979원은 수입이자로, 815,662,021원은 대여금을 회수한 것으로 회계처리함에 따라 대여금이 184,337,979(이하 “쟁점잔액”이라 한다)원이 계속 남아 있음에도 불구하고, 쟁점잔액에 대하여 2003사업연도 및 2004사업연도에 가지급금 인정이자 33,338,559원(2003사업연도 16,690,759원, 2004사업연도 16,647,800원)을 익금산입하지 않았고, 업무무관가지급금에 대한 지급이자 23,526,590원(2003사업연도 12,207,747원, 2004사업연도 11,318,843원)을 손금불산입하지 않았으며, 2001.1기에 자료상으로부터 공급가액 9,500천원의 가공세금계산서를 교부받아 부가가치세 신고서 관련 매입세액을 공제하고 동 공급가액을 손금산입한 사실 등을 적출하였고, 이에 처분청은 위 조사내용에 의거 2006.4.3. 청구법인에게 법인세 2001사업연도 5,078,330원, 2003사업연도 9,946,280원 및 2004사업연도 9,113,780원과 2001.1기 부가가치세 2,004,970원을 각각 경정 ․ 고지하였다. 청구법인은 법인세 부과처분에 불복하여 2006.6.28. 심판청구를 제기하였다.
(1) 청구법인과 청구외법인은 법인세법상 특수관계에 해당하지 아니하므로 업무와 관계없이 지급한 대여금이라 할지라도 인정이자 익금산입과 지급이자 손금불산입해서는 안되는 바, 허○○와 청구외 법인간에 수차례의 자금거래 및 주식양수도 계약 등이 있었다는 이유만으로 허○○가 청구법인에 실질적인 영향력을 행사하고 있다고 볼 수 없다. 허○○는 동양○○ 주식을 조기에 매각하여 많은 수익을 얻었으나 청구법인은 더 많은 수익을 얻고자 계속 보유하다가 주식이 하락함으로써 원금만 회수한 것을 두고 허○○의 이익만을 위한 변칙거래로 보는 것은 부당하다.
(2) 쟁점약정서에서 쟁점금액을 청구외법인이 ○○철관의 유상증자대금으로만 사용하는 것으로 제한하고 있고, 청구외법인이 인수한 주식은 보호예수기간등을 고려하여 최대한 빠른 시일 내에 처분하기로 하며, 주식처분시 청구법인과 청구외법인은 세후처분이익에 대해서 50:50으로 배분하기로 하되 그 주식처분여부에 상관없이 2001.12.31.까지 대여금 원금액 10억원을 최소상환금액으로 하여 상환하기로 한 점을 볼 때 ‘대여금’이라는 용어를 사용하고 있지만 이는 청구외법인의 총수익의 50%를 얻는 한편, 청구법인이 투자한 원금을 조기에 상환하도록 하는 지급의무를 부담하도록 한 것으로서, 소비대차계약으로서의 대여금이 아니라 일정한 위험을 부담하고 수익을 누리는 주식투자가 약정의 본질임을 알 수 있다. 청구법인은 2001.7.10. 10억원을 청구외법인에게 대여하고 2001.12.28. 10억원을 회수하였는 바, 이는 쟁점약정서에 따라 투자원금 10억원을 조기상환 받은 것인데도 회계처리 담당자가 10억원중 184백만원은 수입이자로, 815백만원은 대여금 회수로 잘못 회계처리하였고, 2001~2002사업연도에는 상기 대여금을 특수관계자에 대한 업무무관가지급금으로 보아 인정이자 익금산입하고 지급이자 손금불산입하였으나, 2003~2004사업연도에는 이러한 세무처리가 잘못된 것을 알고 더 이상 이러한 세무처리를 하지 않았던 것으로 쟁점금액은 대여금이 아니라 투자금에 해당된다.
(3) 이 건 처분시 처분청이 9,500천원이 가공매입이라는 이유로 2001사업연도 법인세 5,078,330원을 경정 ․ 고지하였으나 청구법인과 청구외법인이 특수관계자에 해당하지 않음에도 청구법인이 2001사업연도 법인세 신고서 쟁점금액을 업무무관 가지급금으로 보아 결산조정으로 익금산입(51,756,010원)하고, 손금불산입(39,338,842원)한 사실이 있으므로 부과처분 세액 범위내에서 감액경정하여야 한다.
(1) 허○○는 청구법인의 이사일 뿐만 아니라 청구법인의 주식을 99.9% 소유한 ○○시멘트주식회사(이하 “○○시멘트”라 한다)의 대표이사로서 허○○와 그 친척들이 ○○시멘트 주식을 71.6% 소유하고 있고, 자본금이 5천만원인 청구외법인과 허○○간에 수차례 거액의 자금거래 및 주식양수도계약 등을 통해 밀접한 관계를 유지하고 있으며, ○○○창업투자는 허○○가 2001.7.10. 주당 6,000원에 청구외법인으로부터 취득한 ○○철관 주식을 액면분할(1주당 5,000원 → 1주당 500원, 10주)후 2001.12.13. 주당 2,000원에 매입하여 이를 다시 2001.12.21.~2003.12.11 주당 평균 777원에 매도하여 허○○에게 과다한 매매차익을 얻게 만든 점 등을 볼 때, 허○○가 대투자자로서 청구외법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 판단되므로 청구법인과 청구외법인은 법인세법상 특수관계자에 해당된다.
(2) 쟁점약정서 제6조 단서에서 보호예수물량의 미처분에 관계없이 2001.12.31까지 상환액은 그 대여원금인 10억원을 최소금액으로 한다라고 되어 있고, 제9조에서 청구외법인의 지급의무에 대해서 ○○○창업투자(주)가 지급보증하고 있어 이는 대여원금 보장과 그 원금의 상환일을 약정한 것으로 일정한 위험을 부담하고 수익을 누리는 주식투자로 볼 수 없으며, 청구법인이 2001~2002사업연도 법인세 신고시 스스로 쟁점금액을 업무무관 가지급금으로 보아 전문가인 세무사의 조력을 받아 결산조정 또는 세무조정을 통하여 법인세 신고를 하였고, 청구법인이 2004사업년도에 쟁점대여금잔액을 투자손실이 아닌 대손처리한 점을 볼 때 청구법인이 쟁점금액을 투자금액이 아닌 대여금으로 인식하였다고 보아야 한다.
(1) 청구법인과 청구외법인이 법인세법상 특수관계자에 해당하는 지 여부
(2) 쟁점금액이 대여금인지 또는 투자금인지 여부
(3) 증액경정처분의 원인 이외의 사유로 당해 증액경정처분에 대하여 불복청구를 할 수 있는지 여부
① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (3) 법인세법 시행령 제53조 (업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입)
① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익 사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다. (4) 법인세법 시행령 제87조 (특수관계자의 범위)
① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.
1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조 의 2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족
2. 주주등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족
3. 법인의 임원․사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족
4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 출자하고 있는 다른 법인
5. 제4호 또는 제8호에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50이상을 출자하고 있는 다른 법인
6. 당해 법인에 100분의 50이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 50이상을 출자하고 있는 법인이나 개인
7. 당해 법인이 독점규제 및 공정거래에관한 법률에 의한 기업진단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원
8. (생 략) (5) 법인세법 시행령 제88조 (부당행위계산의 유형 등)
① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. ~ 5. (생 략)
6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율 ․ 요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.
7. ~ 9. (생 략)
② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자와의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (단서 생략) (6) 국세기본법 제22조 의 2 (경정 등의 효력)
• 2001.12.28. 법률 제6782호로 신설
① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리 ․ 의무관계에 영향을 미치지 아니한다.
(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인, 허○○, 청구외법인 및 ○○○창업투자간의 관계를 본다.
1. 청구법인은 ○○시멘트그룹의 계열사로서 ○○시멘트가 99.91%, 계열사인 ○○건설주식회사가 0.06%, ○○산업주식회사가 0.03% 소유하는 등 ○○시멘트그룹이 100% 지분을 갖고 있는 비상장 법인이고, 허○○와 특수관계있는 친척들이 ○○시멘트의 주식을 71.6% 소유하고 있으며, 허○○는 2001.3.16.부터 청구법인의 이사로, ○○시멘트에서는 2001.3.6.부터 전문이사로, 2005.1.1.부터는 대표이사로 재직하고 있다.
2. 청구외법인 및 ○○○창업투자의 대표이사는 모두 전○○이고, 청구외법인의 및 ○○○창업투자의 대주주는 전○○ ․ 김○ ․ 김○○으로, 2001.12.13. 현재 이들의 지분내역은 다음과 같으며, 청구외법인과 ○○○창업투자는 특수관계자에 해당한다. 구 분 대표자 주식 지분 전○○ 김○ 김○○ 청구외법인 전○○ 39.98% 20.00% 20.00%
○○○창업투자 전○○ 25.52% 10.37% 10.27% (나) 다음으로, 청구법인과 청구외법인간에 체결된 쟁점약정서 내용과 이에 따른 청구법인의 회계처리 등에 대하여 본다.
1. 2001.7.9. 청구법인과 청구외법인간에 체결된 쟁점약정서를 보면, 청구법인과 청구외법인 및 ○○○창업투자(약정에 따른 지급의무 보증인이고, 청구외법인과 특수관계자에 해당한다)간에 체결된 것으로서, 제1조에서 ○○철관의 유상증자대금으로만 사용함을 목적으로 하고, 제3조 ○○철관의 구조조정에 따른 유상증자 납입일로부터 보호예수기간이 끝나고 신주를 처분한 후 2영업일까지를 대여기간으로 하며, 제5조에서 보호예수기간이 끝난 주식에 대해서는 최대한 빠른 시일내에 처분하고, 제6조에서 신주를 처분한 금액중 자금대여원금을 우선 상환하고 처분과 관련한 증권거래수수료 및 법인세분 30.8%를 제외한 후 50:50으로 배분하되, 보호예수물량의 미처분에 관계없이 2001.12.31까지 상환액은 대여원금인 10억원을 최소금액으로 한다고 되어 있다.
2. 이에 따른 청구법인은 ○○철관의 유상증자 참여(안)에는 청구외법인이 유상증자 물량은 확보하였으나 자금부족으로 10억원의 자금지원을 요청하였고, 청구외법인에 자금을 대여하기 위해 시멘트 대금 1,132백만원의 어음기일을 연장(8/29→12/29)하여 자금을 조달하는 것으로 되어 있다.
3. 그 후, 2001.12.28. 청구외법인은 인수한 총 5백만주(액면 분할가액기준으로 주당 600원에 취득하여 총 투자금액 30억원)중 843,100주를 매도하여 총 매각이익이 553,013,937원 발생하였고 청구법인의 이익액은 184,337,979원이라고 ○○철관 주식매도현황을 통지하면서 10억원을 송금하였다. 이에 청구법인은 184,337,979원을 이자 수익으로, 나머지 815,662,021원을 대여금을 회수한 것으로 회계처리 하였다. (다) 처분청은 청구외법인과 허○○간의 수차례 거액의 자금거래 및 주식양수도계약 등을 통해 밀접한 관계를 유지하고 있어 허○○가 대투자자로서 청구외법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있는 것으로 판단되므로 청구법인과 청구외법인은 법인세법상 특수관계자에 해당된다는 주장이므로 이에 대하여 본다.
1. 허○○와 청구외법인은 2001.7.10. 청구외법인이 인수하기로 되어 있는 ○○철관 신주 500,000주 중 83,333주를 5억원(1주당 6,000원에 발행)에 허○○에게 양도 ․ 양수하는 주식 매매계약을 체결하였는 바, 제3조에서 납입기일인 2001.8.9에 매매대금 전액을 청구외 법인이 지정하는 계좌에 현금 또는 당일자 현금처리가 가능한 자기앞수표로 지급하고, 이미 ○○철관에 이행보조금조로 납입한 금액은 제외토록 한다고 되어 있다. 이에 처분청은 이행보증금이 청구법인이 납입한 금액을 뜻한다고 하면서 청구법인이 허○○의 투자자금 5억원의 자금출처를 규명하지 못하고 있어 청구법인이 이를 대신 부담한 우회거래로 보았다. 그러나 청구법인은 심판청구중 허○○의 ○○은행 계좌(○○3-○○5337-00608)의 거래내역을 제출하였는 바, 허○○가 2001.7.10. 5억원을 현금으로 인출하여 청구외법인의 ○○○○은행 계좌(○○8-○○-00415-1)에 5억원을 입금한 것으로 확인된다. 또한, 청구법인은 계약이행보증금과 관련하여 2001.7.1. ○○철관과 ○○○창업투자간에 체결한 ‘구조조정 용역제공 및 주식인수계약서’ 제7조에서 전체투자액(300억원)의 10% 상당 금액을 계약이행금으로 예치토록 규정하고 있고, 이에 청구외법인이 일반투자자를 모집할 때 10% 금액을 선납하고 나머지 90% 금액은 법원의 최종허가가 결정된 후 완납토록 표준계약서 제3조에 명시하여 투자유치계약을 진행하였던 것으로 허○○의 경우에는 일시불로 전액 완납하였기에 추가로 납부할 금액은 없었다는 주장이다.
2. 처분청은 허○○가 ○○철관 주식 83,333주를 5억원(1주당 6,000원)에 취득한 후 2001.12.13. 558,000주(액면분할후 1주당 액면가 500원)를 ○○○창업투자에 주당 2,000원에 매각하는 등 2001.12.31까지 69,490주를 양도하여 939,410천원의 양도차익이 발생하였고, ○○○창업투자는 허○○로부터 취득한 주식을 2001.12.21~2003.12.11. 기간 중 주당 평균 777.45원에 매도하여 허○○에게 과다하게 매매차익을 얻게 한 것으로 이를 허○○가 청구외법인과 ○○○창업투자에 상당한 영향력을 행사하고 있다는 정황증거라고 주장하고 있다. 이와 관련하여 청구외법인은 ○○철관 주식을 2001.12.7. 4,380주를 2,805원에, 620주를 2,810원에 유가증권시장에서 양도한 것으로 나타나고, 허○○가 2001.12.13. 558,000주(액면가 500원)를 ○○○창업투자에 주당 2,000원에 매각할 당시 유가증권시장에서 ○○철관 주식시세는 종가 2,000원 ․ 고가 2,115원 ․ 저가 2,000원으로 나타난다.
3. 처분청은 2000.5.8.부터 청구법인이 ○○시멘트와 같은 건물에 소재하고 있고, 허○○가 원금이외에 이자는 부과하지 않기로 하고 청구외법인에게 2002.5.16. 1,380백만원, 2003.8.27. 565백만원을 대여한 것으로 보아 허○○와 청구외법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하였다고 보았다. 이에 대하여 청구외법인은 허○○가 ○○○주식회사 주식투자를 함에 투자금 일부의 반환을 보장하기 위해 작성한 것이라고 설명하고 있다. (라) 처분청은 허○○가 청구외법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하였다고 보는 다른 증거는 제시하지 않고 있다. (마) 살피건대, 처분청은 허○○가 대투자자로서 청구외법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있는 것으로 판단되므로 청구법인과 청구외법인은 법인세법상 특수관계자에 해당된다는 주장이나, 허○○가 주식매매나 자금대여와 관련하여 청구외법인과 관계가 있다고 하여 허○○가 청구외법인의 경영에 영향력을 행사한 다고 보기는 어렵다고 보여지고, 처분청이 달리 청구외법인의 경영에 관여하였다는 객관적인 증거를 제시하지 않는 이상 청구법인과 청구외법인은 특수관계자에 해당하지 않는다고 판단된다.
(2) 쟁점(2)는 쟁점(1)이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 심리를 생략한다.
(3) 쟁점(3)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2001사업연도 쟁점금액을 업무무관 가지급금으로 보아 결산조정으로 인정이자 51,756,010원을 익금산입하고 지급이자 39,338,842원을 손금불산입하여 과세표준을 369,773,749원으로 법인세 신고를 하였으나, 처분청은 가공매입 9,500천원을 손금불산입하는 세무조정을 하여 2001사업연도 법인세 5,078,330원을 증액경정 고지하였음이 법인세 신고서 및 경정결의서 등에 의하여 확인된다. (나) 국세기본법 제55조 제1항 에서 “이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 및 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 필요한 처분을 청구할 수 있다.”고 하여 과세처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 당한 자가 불복청구를 할 수 있도록 규정하고 있다. 이러한 점에 비추어 볼 때에 당초 처분을 감액시키는 경정처분을 당한 자는 그 경정처분에 의하여 권리 또는 이익을 침해당하였다고 볼 수 없으므로 감액경정처분이 있는 경우에는 불복을 제기할 수 없으나, 증액경정처분을 당한 자는 그 경정처분에 의하여 그의 권리 ․ 이익이 침해 당하였다고 할 수 있으므로 불복청구의 당사자 적격이 있다 하겠다. 과세관청의 증액경정처분이 있는 경우 당해 증액경정처분의 원인이 된 과세요건사실의 하자를 이유로 불복청구를 제기할 수 있다. 경정처분을 이유로 불복청구를 하면서 당해 경정처분이 있기전의 확정행위(신고 또는 결정)의 하자를 다툴 수 있는지를 보면, 신고나 결정에 의한 당초의 확정행위와 증액경정행위는 모두 추상적으로 성립한 조세채무를 구체적으로 확정하는 일련의 행위로서 외형적으로는 각기 별도 독립된 행위로서 나타나지만 실제 있어서는 서로 밀접한 관계를 맺고 있다 하겠다. 또한 처분청이 증액경정을 함에 있어서는 당초의 확정된 세액을 포함하여 당해 조세채무 전체에 대한 최종적이고도 통일적인 인식 내지 확인이라는 전제하에 세액을 확정시킨다는 점과 경정이 유효하게 이루어지면 신고나 결정에 의한 당초의 확정행위는 경정과 모순된 내용을 가진 부분은 존속할 수 없다 하겠다. 이러한 점에 비추어 보면 증액경정이 이루어진 경우에는 신고나 경정에 의하여 확정된 당초의 확정내용의 하자를 바로 잡도록함이 법적안전성을 해치지 아니하면서 합법성을 유지하는 길이라 하겠다. 그런데 불복청구의 대상에 당초의 확정행위에 관한 과세요건 사실도 포함된다고 할 때에 그 범위에 아무런 제한이 없는지를 국세기본법 제22조의2 제1항 과 관련하여 살펴보면, 전시 국세기본법 제22조 제1항 은 “당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한”이라 하여 경정의 효력이 미치는 범위를 세액을 기준으로 하였다. 즉, 증액경정이 있는 경우에도 당초에 확정된 세액에 그 경정의 효력이 미치지 못하도록 국한하고 있으므로, 불복청구를 함에 있어서도 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액만이 다툼이 대상이 된다고 하여야 함이 세액을 기준으로 경정의 효력을 정한 위 규정에 비추어 보아 그 타당성이 인정된다 하겠다. 그러하다면 불복 청구의 이유로서는 당초 확정행위의 하자를 포함한 모든 과세요건사실의 하자를 그 대상으로 하지만 청구세액은 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분만이 그 대상이 되어야 할 것이다(국심2003중0556, 2003.10.18, 국세심판관 합동회의, 같은 뜻). (다) 살피건대, 쟁점(1)에서 청구법인과 청구외법인이 특수관계자에 해당하지 아니한 것으로 판단되는 이상 청구법인이 2001사업연도에 법인세 신고서 쟁점금액에 대하여 결산조정으로 익금산입한 51,756,010원과 손금불산입한 39,338,842원을 익금불산입하거나 손금산입하는 세무조정을 하여 당초 청구법인이 2001사업연도 법인세 신고에 의하여 확정된 하자를 바로 잡아야 할 것이나, 증액경정이 있는 경우에 당초에 확정된 세액에 그 경정의 효력이 미치지 못하도록 국한하고 있으므로 청구세액은 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분만이 그 대상이 되어야 할 것이다. 그렇다면, 2001사업연도 법인세의 경우 청구법인이 2001사업연도 법인세 신고시 쟁점금액에 대하여 결산조정으로 익금산입한 51,756,010원과 손금불산입한 39,338,842원을 부과처분 세액 범위내에서 감액경정해야 한다는 청구법인의 주장은 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.