사실과 다른 세금계산서인지 여부

○○○세무서장이 2006. 5. 9. 청구법인에게 한 2005년 제2기 부가가치세 11,469,830원의 부과처분은, 청구법인이 ○○○○주식회사 본점으로부터 교부받은 공가가액 550,000,000원의 매입세금계산서에 대한 매입세액을 공제하여 그 세액을 경정한다.

청구법인은 2005. 12. 6. ○○○○주식회사(이하 󰡒○○통산(주)󰡓라 한다) 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 공장건물(이하 󰡒쟁점건물󰡓이라 한다.)을 550,000,000원(여기에는 고정자산 매입액 150,000,000원이 포함되어 있다.)에 매입하고, ○○통산(주) 본점으로부터 매입세금계산서(공급가액 550,000,000원, 이하 󰡒쟁점매입세금계산서󰡓라 한다)를 수취한 후, 2005년 제2기 부가가치세 신고시 그 매입세액을 공제하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점건물을 사용하던 ○○통산(주) 지점으로부터 매입세금계산서를 수취하여야 하는데, ○○통산(주) 본점으로부터 이를 수취하였다 하여, 쟁점매입세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 2006. 5. 9. 청구법인에게 2005년 제2기 부가가치세 11,469,830원을 경정ㆍ고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006. 7. 26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점건물은 원래 ○○통산(주) ○○ ○○공단 지점이 사용하던 공장이긴 하였지만, 동 지점은 청구법인의 쟁점건물계약 당시에는 이미 실질적 폐업상태로, 청구법인은 어쩔 수 없이 쟁점건물의 부동산 등기부등본상 소유자인 ○○통산(주) 본점과 매매계약을 체결하고, 그 대금도 위 본점에 지급하였고. 그에 따라 쟁점매입세금계산서 역시 본점으로부터 교부받은 것이다. 그러므로 청구법인이 쟁점건물의 법률상 소유자인 ○○통산(주) 본점과 유효한 계약을 체결하고, 대금을 지급한 후 수취한 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점건물의 부동산등기부등본상 소유자가 ○○시 ○○구 ○○동에 소재하고 있는 ○○통산(주)(000000-0000000)인 것은 사실이나, ○○통산(주) ○○ ○○공단 지점은 2005. 12. 16. 청구법인과 쟁점건물에 대한 매매계약 당시, 폐업상태(폐업신고일은 2006. 3. 31., 폐업일은 2005. 12. 31.임)가 아닌 단순한 휴업상태에 있었던 법인이므로, 청구법인은 본점이 아니라 지점으로부터 쟁점매입세금계산서를 교부받았어야 한다. 그러므로, 부가가치세법 제4조 제1항 에 규정된 사업장별 과세의 원칙에 비추어, 처분청이 지점이 아니라 본점으로부터 청구법인이 수취한 쟁점매입세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제 처분을 한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 󰡒필요적 기재사항󰡓이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만. 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우 (3) 부가가치세법 시행규칙 제6조 【폐업일의 기준】

① 법 제5조 제4항에 규정하는 폐업하는 때는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 한다.(이하 생략)

② 폐업한 때가 명백하지 아니한 경우에는 제4조 제1항에 규정하는 휴업(폐업)신고서의 접수일을 폐업일로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망자료(TIS). 쟁점건물의 매매계약서 및 부동산 등기부등본 및 ○○통산(주) 본점이 작성한 확인서의 각 내용을 종합하면, ○○통산(주) ○○ ○○공단 지점이 2006. 3. 31. 관할세무서에 폐업일을 2005. 12. 31.로 기재하여 폐업신고를 한 사실 및 청구법인이 2005. 12. 16. 부동산등기부등본상 쟁점건물의 소유자인 ○○통산(주)의 본점(소재지: ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지)과 쟁점 건물의 매매계약을 체결하였고, 2005. 12. 30. 청구법인명의로 소유권 이전등기를 경료하였으며, 위 본점으로부터 쟁점매입세금계산서를 수취한 사실이 확인된다.

(2) 청구법인은 폐업신고 내용과는 다르게 ○○통산(주) ○○ ○○공단 지점의 경우 실질적으로 2005. 9. 30. 폐업하였으며, 청구법인으로서는 쟁점건물의 계약 당시(2005. 12. 16.) 부동산등기부등본상 소유자인 본점 외에는 거래상대방을 찾을 수 없었다고 주장하므로, 먼저 위 지점의 실질적 폐업여부에 대하여 살펴본다, (가) 청구법인이 제출한 방화관리대행 계약해지 공문 및 폐기물 위탁관리 해지계약서에는, ○○통산(주) ○○ ○○공단 지점이 공장운영에 필수적인 쟁점건물에 대한 방화관리 대행계약 및 폐기물 위탁관리계약을 각 2005. 9. 30. 해지한 사실이 나타나고, 소득자료 제출집계표, 원천징수이행상황신고서, 통합 전자문서 처리내역, 산재보험료 감액조정신청서, 감액반환금 환급통장사본, 주민세환급세액계산내역 및 환급통장사본의 내용을 살펴보면, 위 지점에 근무하던 직원 9명 중 현장근로자 7명에 대한 근로소득 및 퇴직소득이 9월에 신고ㆍ정산되었고, 이들의 4대 보험 관련 신고(퇴직처리)는 2005. 10. 18.에 이루어졌으며, 위 7인에 대한 산재보험료 및 주민세는 각 2005. 11. 9.과 2005. 11. 15.에 환급받은 사실이 확인된다. (나) 또한, 전기요금납부청구내역(2005. 7월~2006. 5월), 사업자등록증 및 부동산임대차계약서 등의 내용을 살펴보면, 아래 <표>와 같이 2005. 10월부터 2006. 2월사이에 쟁점건물 내의 구내식당이 사용한 전력 외에는 쟁점건물의 전력사용량이 급감한 사실이 확인된다. 사용기간 납부자 기본 요금 전력량 요금 청구 금액 비고 (청구법인주장) 2005년 7월분

○○ 통산 (주) 지점 1,490 2858 4,800

○○ 통산(주)지점은 9월30일 폐업 2005년 8월분 1,490 3073 5,139 2005년 9월분 1,490 1664 3,523 2005년10월분 ㆍ ㆍ 2,136 식당운영(임대)으로 인한 전기 사용 2005년11월분 1,490 439 2,120 2005년12월분 1,497 496 2,192 2006년 1월분 청구법인 ㆍ ㆍ 4,077 공장 설비 기간 2006년 2월분 2,303 804 4,294 2006년 3월분 2,388 3,394 6,969 청구법인이 공장 운영 시작 2006년 4월분 2,430 3,882 7,205 2006년 5월분 2,477 4,108 7,459 (단위: 천원) (다) 한편, 부가가치세법 시행규칙 제6조 제1항 에는 󰡒법 제5조 제4항에 규정하는 폐업하는 때는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 한다.󰡓라고 규정되어 있는바, 위 규정에 따라 부가가치세법상 사업의 개시, 폐지 등은 법상의 등록, 신고 여부와 관계없이 그 해당사실의 실질에 의하여 결정되는 것이고(대법원 2000. 10. 24.선고 99두7609 판결 참조), 이 경우 그 실질은 사업자의 영업활동 재개의사 유무, 사업장의 유지ㆍ관리상태, 매입ㆍ매출상황, 재고자산 및 고정자산의 처분상황 및 대금수령 일정 등 구체적인 상황을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다. (라) 살피건대, 공장 운영에 필수적인 방화관리대행 및 폐기물 위탁관리 계약이 2005. 9. 30.이 해지되었고, 위 일자를 기점으로 위 지점에서 근무하던 근로자들에 대한 일련의 퇴직절차가 진행되어 2005. 11. 15.경 대부분 그 절차가 종결되었으며, 공장운영을 위해서는 전기사용이 필수적이라고 할 것인데, 쟁점건물의 전기사용량 또한 10월 이후 급감한 사실에 비추어 보면, ○○통산(주)○○ ○○공단 지점은 단순한 휴업상태에 있었던 것이 아니라, 청구법인의 주장처럼 2005. 9. 30.경 실질적으로 폐업한 것으로 판단된다.

(3) 그렇다면, 청구법인의 경우 쟁점건물에 관한 매매계약을 본점과 직접 체결하여 그 대금(부가가치세 포함) 또한 본점에 지급하였고, 이 건과 같이 실질적으로 지점이 폐업한 상태에서 지점이 생산한 재화도 아닌 쟁점건물과 같은 고정자산을 거래하는 경우, 매수자로서는 쟁점건물의 부동산등기부등본상 소유자인 본점과 거래를 할 수 밖에 없으며, 쟁점매입세금계산서상 공급자 이외에 거래일자, 공급가액 등 다른 필요적 기재사항은 모두 사실과 부합하게 기재되어 있을 뿐만 아니라, 국세통합전산망 자료상 청구법인과 ○○통산(주) 본점이 매입ㆍ매출에 대하여 동일하게 부가가치세를 신고ㆍ납부한 사실로 보아, 청구법인이 지점이 아닌 본점으로부터 쟁점매입세금계산서를 수취한 행위에 조세 탈루를 위한 고의성이 있다거나 중대한 중과실이 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하면, 청구법인이 쟁점매입세금계산서를 이미 폐업한 지점으로부터 수취하지 아니하고 부동산등기부등본상 소유자인 본점으로부터 수취한 것은 잘못이 없는 것으로 판단되고, 따라서 쟁점매입세금계산서상 매입세액은 공제되는 것이 타당하다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.